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松材线虫rDNA-ITS2的Taq Man探针实时荧光PCR检测 被引量:22
1
作者 王明旭 朱水芳 +2 位作者 罗宽 周李华 赵文军 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期82-85,共4页
以松材线虫rDNA -ITS2为靶区 ,建立松材线虫的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。对松材线虫大量DNA和单条线虫的检测结果表明 ,探针检测松材线虫和拟松材线虫时 ,前者产生明显的荧光信号 ,后者无荧光信号 ,表明探针具有高度的特异性 ;探... 以松材线虫rDNA -ITS2为靶区 ,建立松材线虫的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。对松材线虫大量DNA和单条线虫的检测结果表明 ,探针检测松材线虫和拟松材线虫时 ,前者产生明显的荧光信号 ,后者无荧光信号 ,表明探针具有高度的特异性 ;探针检测到最低模板浓度为 1pg·μL- 1 。 展开更多
关键词 TAQMAN探针 rdna-its2 实时荧光PCR检测方法 荧光信号 拟松材线虫 DNA测序 检测结果 模板浓度 特异性
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不同地区微小按蚊rDNA-ITS2序列差异 被引量:20
2
作者 周水森 汤林华 +1 位作者 顾政诚 王漪 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期29-31,共3页
目的 比较我国云南、海南省、广西壮族自治区及泰国等不同地区微小按蚊核糖体 DNA第 2内转录间隔区 (ITS2 )序列差异。 方法 取单只雌蚊蚊腿消化提取 DNA,PCR特异扩增 r DNA- ITS2片段 ,并对其扩增产物纯化、测序及分析。 结果 发... 目的 比较我国云南、海南省、广西壮族自治区及泰国等不同地区微小按蚊核糖体 DNA第 2内转录间隔区 (ITS2 )序列差异。 方法 取单只雌蚊蚊腿消化提取 DNA,PCR特异扩增 r DNA- ITS2片段 ,并对其扩增产物纯化、测序及分析。 结果 发现 2种不同的 ITS2序列 (Gen Bank登录号 :AF4 16 783,AF4 16 784 ) ,分别与微小按蚊 A和 C同源 ,ITS2序列长度及 GC含量分别为 4 81bp,5 4 .0 4 %和 4 83bp,5 4 .2 3% ,两者无显著性差异 ;但 2 2个固定位点存在碱基置换和插入 /缺失 ,序列差异为 5 .8%。 结论 研究区内微小按蚊存在 A和 展开更多
关键词 微小按蚊 核糖体DNA 2内转录间隔区 rdna-its2 序列差异
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微小按蚊复合体rDNA-ITS2序列差异及遗传多态性研究 被引量:15
3
作者 史慧勤 赵彤言 +2 位作者 朱礼华 王善青 陆宝麟 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2003年第2期83-88,共6页
本研究对我国微小按蚊广西、云南、海南 6个地理株和越南Caonguen株rDNA ITS2PCR扩增片段和序列差异作分析 ,获得基因片段总长为 5 6 1bp~ 5 6 3bp ,发现地理株间ITS2序列差异程度不同 ,分析表明元江株为微小按蚊C型 ;其余 6个地理株为... 本研究对我国微小按蚊广西、云南、海南 6个地理株和越南Caonguen株rDNA ITS2PCR扩增片段和序列差异作分析 ,获得基因片段总长为 5 6 1bp~ 5 6 3bp ,发现地理株间ITS2序列差异程度不同 ,分析表明元江株为微小按蚊C型 ;其余 6个地理株为A型。应用限制性内切酶Sau96Ⅰ对微小按蚊复合体rDNA ITS2PCR扩增片段作酶切分型 ,结果同样显示两型差异 。 展开更多
关键词 微小按蚊 rdna-its2序列 差异 遗传多态性 限制性酶切
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我国4省区5地牛带绦虫rDNA-ITS2序列分析 被引量:21
4
作者 张科 杨明 包怀恩 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期918-921,共4页
目的采用PCR克隆测序方法对贵州都匀、从江,云南大理及新疆乌什4地牛带绦虫标本进行研究,与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种地理株作比较,为贵州株、云南株和新疆株的鉴别提供分子生物学证据,并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种的分类学地位。方法... 目的采用PCR克隆测序方法对贵州都匀、从江,云南大理及新疆乌什4地牛带绦虫标本进行研究,与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种地理株作比较,为贵州株、云南株和新疆株的鉴别提供分子生物学证据,并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种的分类学地位。方法取贵州都匀株(DY1)、贵州从江株(CJ1),云南大理株(DL1),新疆乌什株(XJ1)和台湾桃园株(TW1)成虫节片,分别抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS2区段,克隆rDNA-ITS2区段后作序列分析,构建不同地理株系统发育树。结果根据ITS2序列构建的系统发育树显示:系统发育树分为3支,XJ1占据上方1支;CJ1占据中间1支;而TW1、DY1和DL1组成下方1支。结论1.DY1、DL1与TW1属于牛带绦虫亚洲亚种,CJ1、XJ1属于传统牛带绦虫;2.rDNA-ITS2序列分析可用于牛带绦虫亚洲亚种与传统带绦虫分类学之研究。 展开更多
关键词 牛带绦虫 牛带绦虫亚洲亚种 rdna-its2
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基于rDNA-ITS2序列的中国按蚊属塞蚊亚属部分种类的系统发育研究(双翅目:蚊科) 被引量:12
5
作者 马雅军 吴静 马颖 《Entomotaxonomia》 CSCD 北大核心 2011年第4期245-256,共12页
应用rDNA-ITS2序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML),以按蚊亚属Anopheles的中华按蚊An.(An.)sinensis和赫坎按蚊An.(An.)hyrcanus为外群,对采自中国的按蚊属Anopheles塞蚊亚属Cellia21种蚊进行了系统发育分析。结果表... 应用rDNA-ITS2序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML),以按蚊亚属Anopheles的中华按蚊An.(An.)sinensis和赫坎按蚊An.(An.)hyrcanus为外群,对采自中国的按蚊属Anopheles塞蚊亚属Cellia21种蚊进行了系统发育分析。结果表明:rDNA-ITS2序列的长度范围为435~838bp,塞蚊亚属蚊种间遗传距离为0.027~0.496,平均值为0.336。各种方法重建的系统发育树均显示新迈蚊系Neomyzomyia为单系,新塞蚊系Neocellia和迈蚊系Myzomyia为并系。21种蚊在系统发育树中均分为4支,伪威氏按蚊An.pseudowillmori和塞沃按蚊An.sawadwongporni未归入多斑按蚊种团(An.maculatus group),其它各种团和复合体成员种的聚类关系与形态分类结果一致。本研究重建的分子系统发育树阐明了中国按蚊属塞蚊亚属各系及蚊种之间的亲缘关系,ITS2序列具有足够的信息贡献量。 展开更多
关键词 双翅目 按蚊属 塞蚊亚属 rdna-its2 系统发育
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我国赫坎按蚊复合体成员种的rDNA-ITS2区序列差异及系统发育分析 被引量:16
6
作者 马雅军 瞿逢伊 《昆虫知识》 CSCD 北大核心 2002年第3期209-214,共6页
测定了我国赫坎按蚊复合体 9成员种的核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )序列 ,根据序列差异分析各蚊种间的系统发育关系。结果显示 :( 1 )ITS2区序列最长的是中华按蚊 ( 4 6 8bp) ,最短的是克劳按蚊和赫坎按蚊 ( 4 36bp) ;GC含量... 测定了我国赫坎按蚊复合体 9成员种的核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )序列 ,根据序列差异分析各蚊种间的系统发育关系。结果显示 :( 1 )ITS2区序列最长的是中华按蚊 ( 4 6 8bp) ,最短的是克劳按蚊和赫坎按蚊 ( 4 36bp) ;GC含量为 4 4 9%~ 4 6 8% ;( 2 )发现该复合体 4成员种的ITS2区序列存在种内个体间差异 ,幅度为 0~ 3 8% ,明显小于种间差异 ;( 3)将各蚊种的ITS2区序列进行同源排序比较 ,发现其变异大多是简单重复单元的拷贝数不同 ;种间差异性最大的是克劳按蚊与嗜人按蚊( 32 3% ) ,最小的是贵阳按蚊与凉山按蚊 ( 9 0 % )平均差异率为 2 2 3% ;( 4 )根据ITS2区序列特征 ,用 3种方法构建的树状图拟合一致。以上结果表明赫坎按蚊复合体各成员种rDNA ITS2序列在种内非常保守 ,以种间序列差异分析为基础的分子鉴别技术是甄别蚊种分类地位混淆和错误的有效方法。 展开更多
关键词 赫坎按蚊复合体 成员种 序列差异 系统发育 中国 rdna-its2 蚊虫
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rDNA-ITS2应用于赤眼蜂分子鉴定的研究 被引量:13
7
作者 李正西 沈佐锐 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期80-84,共5页
本研究通过对拟澳洲赤眼蜂 Trichogramma confusum、甘蓝夜蛾赤眼蜂 T. brassicae、广赤眼蜂 T.evanescens、食胚赤眼蜂 T. embryophagum,及松毛虫赤眼蜂 T. dendrolimi的 6个地理种群的 r DNA- ITS2进行克隆测序 ,又运用软件 DNAStar的... 本研究通过对拟澳洲赤眼蜂 Trichogramma confusum、甘蓝夜蛾赤眼蜂 T. brassicae、广赤眼蜂 T.evanescens、食胚赤眼蜂 T. embryophagum,及松毛虫赤眼蜂 T. dendrolimi的 6个地理种群的 r DNA- ITS2进行克隆测序 ,又运用软件 DNAStar的 Meg Align程序对不同赤眼蜂属间、赤眼蜂属种间、同种不同地理种群之间以及同一赤眼蜂个体不同拷贝之间的 ITS2序列的遗传分歧及相似性进行了分析。结果表明 :赤眼蜂属与外群 ITS2序列的遗传相似性很低、赤眼蜂属内不同种之间 ITS2序列保守性适中、种内或不同地理种群之间以及同一个体不同 ITS2拷贝间非常保守。说明 展开更多
关键词 rdna-its2 应用 赤眼蜂 分子鉴定 天敌昆虫
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日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2遗传多态性研究 被引量:3
8
作者 何谐 张锡林 +1 位作者 牛靖萱 陈琳 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第21期2073-2077,共5页
目的分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异。方法采集2种吸虫成虫标本,提取其基因组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA4软件计算遗传距离,NJ法和MP... 目的分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异。方法采集2种吸虫成虫标本,提取其基因组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA4软件计算遗传距离,NJ法和MP法构建系统进化树;DNAsis软件对rDNA-ITS2序列片段进行模序分析。结果2种方法构建的遗传系统进化树基本结构相似,日本血吸虫与斯氏并殖吸虫间存在较远的遗传距离,但二吸虫ITS2序列间有42.7%的相似性。利用DNAsis软件在日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2序列中发现AP_2_CS6、bHLH_CS和CAP_site3种相同的转录因子。结论日本血吸虫和斯氏并殖吸虫虽然在rDNA-ITS2基因水平上存在明显种间差异,但在rDNA-ITS2序列、转录因子方面具有重要的相似性。 展开更多
关键词 日本血吸虫 斯氏并殖吸虫 rdna-its2 序列 遗传多态性
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应用rDNA-ITS2诊断性序列现场对3种重要蚊媒的鉴定 被引量:3
9
作者 耿艺介 高世同 +2 位作者 黄达娜 庾蕾 张仁利 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2008年第8期605-609,共5页
目的建立利用核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)诊断性序列鉴别蚊媒的分子生物学方法。方法根据淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊rDNA-ITS2基因两侧的5.8S和28S保守区设计诊断性引物,进行3种蚊虫的rDNA-ITS2克隆鉴定,并利用其rDNA-ITS... 目的建立利用核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)诊断性序列鉴别蚊媒的分子生物学方法。方法根据淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊rDNA-ITS2基因两侧的5.8S和28S保守区设计诊断性引物,进行3种蚊虫的rDNA-ITS2克隆鉴定,并利用其rDNA-ITS2特征进行现场蚊虫的鉴别。结果诊断性引物对于淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊DNA模板的扩增产物分别为440、514和558bp,3种蚊虫阳性克隆的测序结果与GenBank-blast相应蚊种rDNA-ITS2序列的同源性均为99%。用Biosept、DNAstar等软件分别分析发现各蚊虫克隆的个体间存在一定程度的单核苷酸多态性(SNP)。将现场采集的蚊虫诊断性引物扩增产物进行阳性克隆进行序列测定和分析,显示与淡色库蚊阳性对照的一致性为99%;与GenBank中淡色库蚊rDNA-ITS2基因的同源性为99%。结论通过对淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的序列分析,表明3种蚊媒的rDNA-ITS2基因具有可鉴别的种属特异性。利用同一体系的共享引物扩增,可以建立适用于3种蚊媒的现场鉴定方法。 展开更多
关键词 淡色库蚊 白纹伊蚊 嗜人按蚊 rdna-its2
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不同地区不同生境按蚊种群的分子鉴定及rDNA-ITS2序列分析 被引量:2
10
作者 谭伟龙 赵彤言 +2 位作者 董言德 汪中明 李春晓 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2011年第2期84-89,共6页
对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊,按照文献合成引物,用PCR方法进行分子鉴定;并对各种群的ITS2序列测序后,与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分... 对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊,按照文献合成引物,用PCR方法进行分子鉴定;并对各种群的ITS2序列测序后,与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分析。结果显示,采集的不同地区不同生境的按蚊均为中华按蚊,此次采集没有采到嗜人按蚊;现场的中华按蚊与凉山按蚊、贵阳按蚊和昆明按蚊的同源性为80.6%~83.1%.与嗜人按蚊和雷氏按蚊的同源性为75.2%~76.2%,与最黑按蚊和带足按蚊的同源性稍低,为63.2%~64.6%。系统发育树显示:所有的序列样本形成了两个分支,来自现场的按蚊处在同一分支且差异小。 展开更多
关键词 按蚊 分子鉴定 rdna-its2 序列分析 同源性
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中国7市家蝇rDNA-ITS2基因分析 被引量:3
11
作者 胡佳林 郑学礼 陈晓光 《第四军医大学学报》 CAS 北大核心 2008年第11期961-963,共3页
目的:分析我国7市家蝇的rDNA-ITS2基因.方法:采集北京、吉林、长春、成都、南京、湖北荆州和养殖7市8个家蝇样本,形态鉴定.依据Drosophila melanogaster的nrRNA序列,设计扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2基因的引物,PCR扩增不同地区家蝇基因... 目的:分析我国7市家蝇的rDNA-ITS2基因.方法:采集北京、吉林、长春、成都、南京、湖北荆州和养殖7市8个家蝇样本,形态鉴定.依据Drosophila melanogaster的nrRNA序列,设计扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2基因的引物,PCR扩增不同地区家蝇基因组,获特定基因片段,SSCP分析.将PCR扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2片段克隆于pMD-18T载体,序列测定,采用ClustalW软件在线分析不同地区家蝇rDNA-ITS2序列,用MegAlign(4.0)软件的UPMGA方法构建系统发育树.结果:我国7市8个家蝇样品的rDNA-ITS2基因均获约360bp阳性扩增区带.SSCP分析8个家蝇样品的rDNA-ITS2的SSCP电泳DNA迁移率均有一定差异.ClustalW比对分析不同地区的8个家蝇rDNA-ITS2基因序列间存在一定差异.同源性为75%,而其中部分地区家蝇样品rDNA-ITS2序列同源性高,家蝇(长春、吉林、养殖),三者之间的同源性为98.0%~99.1%;家蝇(成都、南京、广州、荆州)之间的同源性为99.1%~99.7%.系统聚类分析显示,发育树共分成2支,1支是家蝇(北京与养殖)关系密切,先聚为一类,然后与家蝇(长春)再聚类;另1支是家蝇(成都与荆州)关系密切,最先聚类,然后与家蝇(南京)聚类,再与家蝇(广州)聚类,最后与家蝇(吉林)聚类.结论:应用PCR-SSCP和rDNA-ITS2基因序列分析揭示我国不同地区家蝇基因组序列存在一定差异. 展开更多
关键词 家蝇 不同地区 SSCP rdna-its2 序列分析
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赤眼蜂rDNA-ITS2克隆测序及蜂种特异引物设计 被引量:6
12
作者 李正西 沈佐锐 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2001年第2期75-80,共6页
通过对松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂 ITS2基因 (内部可转录间隔区 )的克隆测序 ,并联机检索 Gen Bank核酸序列库中其它相关序列 ,我们利用引物设计软件 Primer Premier 5 .0设计出蜂种的特异引物 ,对赤眼蜂各个发育期 ,包括卵期、幼期和... 通过对松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂 ITS2基因 (内部可转录间隔区 )的克隆测序 ,并联机检索 Gen Bank核酸序列库中其它相关序列 ,我们利用引物设计软件 Primer Premier 5 .0设计出蜂种的特异引物 ,对赤眼蜂各个发育期 ,包括卵期、幼期和成熟期进行检测 ,实现了松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂快速、可靠的分子鉴定和检测。该技术可用于赤眼蜂的田间种群监测。 展开更多
关键词 rdna-its2 种特异引物 设计 分子鉴定 赤眼蜂 生物防治 测序
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rDNA-ITS2序列作为中国按蚊分子鉴别特征的评述:I按蚊亚属 被引量:6
13
作者 伍桐 马雅军 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2013年第1期16-24,共9页
对核糖体DNA第2内转录间隔区(rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属按蚊亚属蚊种鉴别的分子特征进行评价。笔者整理和分析了GenBank数据库中注册的所有中国记录的按蚊亚属蚊种的rDNA—ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性(... 对核糖体DNA第2内转录间隔区(rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属按蚊亚属蚊种鉴别的分子特征进行评价。笔者整理和分析了GenBank数据库中注册的所有中国记录的按蚊亚属蚊种的rDNA—ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性(P距离)。截止2012年10月,GenBank中已注册ITS2序列共584条,隶属按蚊亚属蚊20种(包括同物异名)、待定种5种和杂交种1个。计算结果显示,ITS2序列在种内的变异性小于1%,种间的差异性范围为1.2%(凉山按蚊与昆明按蚊)-69.5%(待定种YM.2003a与须喙按蚊)。另外,发现少数注册的序列在种内差异性较大,在比对序列时需谨慎。结果提示rDNA-ITS2序列在本研究按蚊中具有良好的种内保守性和种间解析度。 展开更多
关键词 rdna-its2 按蚊亚属 鉴别 评述
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云南洱海环湖带绦虫rDNA-ITS2序列测定及分析 被引量:5
14
作者 李强 杨毅梅 《第四军医大学学报》 北大核心 2009年第4期295-297,共3页
目的:对云南洱海环湖地区的带绦虫标本的rDNA-ITS2区段序列进行测定,确定亚洲带绦虫在洱海环湖地区的分布情况,进一步探讨亚洲带绦虫的分类地位.方法:取大理挖色、洱源、喜洲、周城、双廊、贵州都匀、贵州从江和传统牛带绦虫成虫标本,... 目的:对云南洱海环湖地区的带绦虫标本的rDNA-ITS2区段序列进行测定,确定亚洲带绦虫在洱海环湖地区的分布情况,进一步探讨亚洲带绦虫的分类地位.方法:取大理挖色、洱源、喜洲、周城、双廊、贵州都匀、贵州从江和传统牛带绦虫成虫标本,分别提取DNA,PCR扩增rDNA-ITS2片段后做序列测定及分析,并构建系统进化树.结果:根据ITS2测序结果构建系统进化树显示,树共分为两大枝,洱源、挖色和从江标本为第1枝,周城、喜洲、双廊和都匀为第2枝.结论:洱源与挖色存在传统牛带绦虫,周城、喜洲和双廊存在亚洲带绦虫.传统牛带绦虫和亚洲带绦虫在大理地区有分布区域上的重叠性. 展开更多
关键词 亚洲带绦虫 牛带绦虫 rdna-its2序列
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rDNA-ITS2序列作为中国按蚊分子鉴别特征的评述:Ⅱ塞蚊亚属 被引量:1
15
作者 伍桐 诸德源 +1 位作者 王一然 马雅军 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2014年第1期6-16,共11页
为评价核糖体DNA第2内转录间隔区( rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属塞蚊亚属蚊种鉴别的分子特征。笔者整理和分析了数据库中注册的所有中国记录的塞蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性( p距离)。截... 为评价核糖体DNA第2内转录间隔区( rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属塞蚊亚属蚊种鉴别的分子特征。笔者整理和分析了数据库中注册的所有中国记录的塞蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性( p距离)。截止2013年7月, GenBank中已注册ITS2序列共442条,隶属塞蚊亚属蚊27种。计算结果显示, ITS2序列在大多数种内的变异性小于1%;而注册的浅色按蚊、乌头按蚊和溪流按蚊的序列种内差异较大,无法确定其种特异序列;忽略上述3蚊种进行计算的其他种间序列差异性范围为2.80%(大劣按蚊与大劣按蚊D)~68.3%(多斑按蚊与迷走按蚊)。结果提示rDNA-ITS2序列在中国塞蚊亚属大多数蚊种中具有良好的种内保守性和种间解析度,少数种类无法区分。 展开更多
关键词 rdna-its2 塞蚊亚属 鉴别 评述
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淡色库蚊rDNA-ITS2基因的克隆分析 被引量:7
16
作者 耿艺介 高世同 +3 位作者 黄达娜 庾蕾 宋红改 张仁利 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期887-890,共4页
目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS... 目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS2序列进行PCR扩增,PCR产物纯化后连接到pGEM-Teasy载体上并转化到DH5α菌中,然后对其进行DNA序列测定及分析。结果成功克隆了淡色库蚊的rDNA-ITS2基因。序列分析结果表明,实验中所克隆到的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列与GenBank所登录的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列同源性均为98%以上,同时发现孽生现场存在淡色库蚊。结论rDNA-ITS2序列在淡色库蚊中具有种属特异性,可为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。 展开更多
关键词 淡色库蚊 核糖体DNA 内转录第二间隔区 聚合酶链反应
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嗜人按蚊rDNA-ITS2基因的克隆鉴定及SNP分析 被引量:1
17
作者 耿艺介 黄达娜 +3 位作者 高世同 庾蕾 黄继莲 张仁利 《热带医学杂志》 CAS 2007年第1期38-41,共4页
目的克隆和分析嗜人按蚊核糖体DNA(rDNA)第2内转录间隔区(ITS2)序列,研究嗜人按蚊rDNA-ITS2序列的种属特异性及不同个体rDNA-ITS2序列的单核苷酸多态性(Single Nuclear Polymorphism,SNP)。方法用DNA提取试剂盒从嗜人按蚊中提取DNA摸板... 目的克隆和分析嗜人按蚊核糖体DNA(rDNA)第2内转录间隔区(ITS2)序列,研究嗜人按蚊rDNA-ITS2序列的种属特异性及不同个体rDNA-ITS2序列的单核苷酸多态性(Single Nuclear Polymorphism,SNP)。方法用DNA提取试剂盒从嗜人按蚊中提取DNA摸板,利用蚊虫5.8S和28S序列的保守性设计特异引物进行聚合酶链反应以扩增嗜人按蚊rDNA-ITS2基因,扩增产物经回收纯化后连接到TA载体,经amp+LB固体平板筛选的阳性克隆,经amp+LB液体培养基培养后进行PCR鉴定、EcoRI酶切鉴定和序列分析。结果经PCR反应扩增出全长556bp的嗜人按蚊rDNA-ITS2基因,纯化后重组克隆经PCR鉴定可重现556bp的特异性条带,其酶切产物亦与目的基因PCR产物位置相同。嗜人按蚊6个克隆的同一性为99.6%,其rDNA-ITS2基因单核苷酸存在颠换和插入,在556的范围内有一个A→T,一个G→T的颠换;一个T的插入。结论嗜人按蚊rDNA-ITS2序列在种间高度保守,但不同个体间也存在一定的SNP多态性。 展开更多
关键词 嗜人按蚊 rDNA第2内转录间隔区 聚合酶链反应 单核苷酸多态性
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蝗总科部分种类rDNA-ITS2的分子系统发育关系
18
作者 刘改娟 刘海霞 印红 《齐鲁工业大学学报》 CAS 2013年第4期49-53,共5页
将自测的我国直翅目蝗总科8科14种的rDNA-ITS2核酸序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的325 bp的序列中,A+T平均含量37.2%,G+C为平均含量62.8%,颠换取代(transversion)的速率大于转换取代(transition... 将自测的我国直翅目蝗总科8科14种的rDNA-ITS2核酸序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的325 bp的序列中,A+T平均含量37.2%,G+C为平均含量62.8%,颠换取代(transversion)的速率大于转换取代(transition)的速率,其中249核苷酸位点存在变异。以蟋蟀总科Grylloidea的Acheta domesticus为外群构建分子系统树,结果表明:蝗总科8科的起源关系为:瘤锥蝗科→锥头蝗科→癞蝗科→网翅蝗科和斑翅蝗科→槌角蝗科→剑角蝗科→斑腿蝗科;锥头蝗科与瘤锥蝗科关系较近,并与癞蝗科形成姐妹群,是蝗总科内最原始的类群;斑翅蝗科和网翅蝗科互为姐妹群,与槌角蝗科关系较近,斑腿蝗科为最进化类群,同现用的分类系统。 展开更多
关键词 蝗总科 rdna-its2 分子系统发育
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新疆6种蚊虫的rDNA-ITS2区序列分析 被引量:5
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作者 马雅军 瞿逢伊 柴君杰 《地方病通报》 2001年第2期66-70,共5页
测定并分析了新疆 4种伊蚊和 2种按蚊的 rDNA—ITS2区序列,新疆伊蚊、刺扰伊蚊ITS2区长度分别为 231bp~256 bp、250bp或 253bp,其克隆间、种内序列差异分别为 0.3%~4.3%、0.8%~1... 测定并分析了新疆 4种伊蚊和 2种按蚊的 rDNA—ITS2区序列,新疆伊蚊、刺扰伊蚊ITS2区长度分别为 231bp~256 bp、250bp或 253bp,其克隆间、种内序列差异分别为 0.3%~4.3%、0.8%~1.4%;里梅伊蚊与长刀伊蚊的长度为330 bp、251 bp,种内序列无差异;4种伊蚊种间序列差异明显大于种内差异水平,为12.3%~33.5%;赫坎按蚊和米赛按蚊的 ITS2区序列长度分别为 463bp、311bp,种内个体间无差异,而种间的差异为 30.8%.结果显示 rDNA-ITS2区序列差异,为形态上易混淆蚊种提供了有意义的分子鉴别特征。 展开更多
关键词 核糖体DNA 2内转录间隔区 伊蚊属 按蚊属 新疆
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3种线虫rDNA-ITS2-RFLP分析 被引量:1
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作者 任芳 杨玉荣 韦华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期661-664,共4页
目的爪哇根结线虫(Meloidogynejavanica)、鼠蛲虫(Enterobiussp·)和犬钩虫(Ancylostomacaninum)是来自不同种属的3种线虫,利用rDNA-ITS2-RFLP方法分析3种不同线虫种间多态性,为将来进一步发展以rDNA-ITS-RFLP分析为基础的土源性线... 目的爪哇根结线虫(Meloidogynejavanica)、鼠蛲虫(Enterobiussp·)和犬钩虫(Ancylostomacaninum)是来自不同种属的3种线虫,利用rDNA-ITS2-RFLP方法分析3种不同线虫种间多态性,为将来进一步发展以rDNA-ITS-RFLP分析为基础的土源性线虫的分子诊断方法建立基础。方法应用种间具有较为保守性的遗传区域-内转录间隔区,包括部分的5·8S序列、ITS2和28S的序列,以爪哇根结线虫、鼠蛲虫、犬钩虫3种不同种类线虫的基因组DNA为模板,设计特定引物用PCR扩增rDNA-ITS2+片段,用限制性内切酶HindⅢ、EcoRⅠ、EcoRⅤ、PstⅠ、KpnⅠ和SalⅠ酶切PCR扩增产物进行RFLP分析。结果PCR扩增爪哇根结线虫、鼠蛲虫、犬钩虫得到的ITS2+片段大小分别为1000bp、1800bp、1800bp,用6种限制性内切酶酶切PCR扩增产物,共产生12条酶切片段。用限制性内切酶HindⅢ/EcoRⅠ,PstⅠ/EcoRⅠ,HindⅢ/PstⅠ双酶切爪哇根结线虫、鼠蛲虫和犬钩虫的rDNA-ITS2+的PCR扩增产物,除爪哇根结线虫外,鼠蛲虫和犬钩虫均可得到2条以上的RFLP片段。结论爪哇根结线虫、鼠蛲虫、犬钩虫rDNA-ITS-RFLP分析显示这3种不同线虫rDNA-ITS2+存在着种间多样性,其中爪哇根结线虫为植物寄生性线虫,而鼠蛲虫和犬钩虫均为动物寄生性线虫,说明rDNA-ITS2+-RFLP方法可用来作为判断线虫种间多样性以及诊断和区分不同线虫的有用依据。 展开更多
关键词 爪哇根结线虫 鼠蛲虫 犬钩虫 rdna-its-RFLP
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