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应用RNA重测序分析低硫条件下大豆基因表达谱
1
作者 王慧 吴志医 +1 位作者 张玉娥 喻德跃 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期105-118,共14页
大豆是重要的粮油兼用作物,其硫利用的研究不足。本研究评价了云梦六月花叶和沁阳大豆对低硫的耐性,以这2个品种为材料,利用RNA重测序技术分析了对照(+S)和缺硫(-S)水平下根和叶中的表达谱。结果表明,云梦六月花叶对低硫表现为耐性,沁... 大豆是重要的粮油兼用作物,其硫利用的研究不足。本研究评价了云梦六月花叶和沁阳大豆对低硫的耐性,以这2个品种为材料,利用RNA重测序技术分析了对照(+S)和缺硫(-S)水平下根和叶中的表达谱。结果表明,云梦六月花叶对低硫表现为耐性,沁阳大豆对低硫表现为敏感。表达谱分析在云梦六月花叶和沁阳大豆的叶中分别鉴定到9064个和9795个低硫响应的差异表达基因,根中分别鉴定到3185个和5006个差异表达基因。KEGG富集分析发现,2个材料叶中有9个共有途径,仅植物MAPK信号途径富集更多的上调表达基因。2个材料根中有18个共有途径,其中9个途径在2个材料的中对低硫的响应一致,4个途径包含更多的上调表达基因,5个途径包含更多的下调表达基因。在其余9个途径中,云梦六月花叶包含更多的上调表达基因。大豆硫酸根转运蛋白基因对硫酸根的吸收和转运非常重要,在表达谱中鉴定到27个硫酸根转运蛋白基因,分属4个亚组,亚组1、2、4的基因多受低硫诱导,亚组3的基因对低硫的响应较为复杂。基于富集分析结果,本研究从植物MAPK信号途径中克隆了一个受低硫诱导的基因GmEIL1,通过转化大豆毛状根证明该基因参与大豆硫利用的调控。本研究结果为深入探索大豆硫利用效率的遗传机理奠定了基础,为大豆耐低硫育种提供了候选基因。 展开更多
关键词 大豆 低硫 rna重测序 硫酸根转运蛋白 EIN3/EIL
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PAIP1结合RNA测序及整合分析 被引量：2
2
作者 郑剑锋 杨峻 +3 位作者 李金平 杨小洁 邵文华 秘思思 《实验与检验医学》 CAS 2019年第6期991-994,1014,共5页
目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RN... 目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RNA结合活性,结合显著富集在CDS和Intron区域;KEGG分析表明,PAIP1结合的RNA分子主要参与了焦点粘连、剪切体、RNA转运、蛋白多糖在癌症中的作用、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论PAIP1具有结合RNA分子的功能,是一个新的RNA结合蛋白,可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥作用。 展开更多
关键词 PAIP1 rna结合蛋白富集测序 rna结合蛋白
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鸡脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析 被引量：4
3
作者 王启贵 李宁 +6 位作者 邓学梅 顾志良 刘兆良 李辉 陈志强 连正兴 吴常信 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期115-118,共4页
根据哺乳动物脂肪酸结合蛋白基因序列设计一对引物对鸡基因组进行PCR扩增 ,将 16 3bp扩增片段进行克隆和测序 ,并与猪的脂肪酸结合蛋白 (fattyacidbindingprotein ,FABP)基因序列进行同源性比较 ,该基因片段与猪的心脏脂肪酸结合蛋白 (h... 根据哺乳动物脂肪酸结合蛋白基因序列设计一对引物对鸡基因组进行PCR扩增 ,将 16 3bp扩增片段进行克隆和测序 ,并与猪的脂肪酸结合蛋白 (fattyacidbindingprotein ,FABP)基因序列进行同源性比较 ,该基因片段与猪的心脏脂肪酸结合蛋白 (heartfattyacidbindingprotein ,H FABP)基因有 6 8%的同源性 ,与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白(adipocytefattyacidbindingprotein ,A FABP)基因有 75 %的同源性 ,演绎成氨基酸之后与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白相应的氨基酸有 75 %的同源性。 展开更多
关键词 鸡 脂肪酸结合蛋白基因 单链构象多态性 克隆 测序
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通过测序与预测分析靶向奶牛乳腺κ-酪蛋白的miRNA 被引量：3
4
作者 李文清 王潇阳 +4 位作者 李晨婉 张国只 赵亚宁 张宏禄 李万利 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期7131-7139,共9页
本研究旨在验证通过测序与预测分析靶向奶牛乳腺κ-酪蛋白(CSN3)的miRNA。应用乳腺组织的小RNA测序、TargetScan预测和RNAhybrid分析,筛选了4个可能靶向CSN3的miRNA,分别是bta-miR-33a、bta-miR-2284ab、bta-miR-193b和bta-miR-193a-3p... 本研究旨在验证通过测序与预测分析靶向奶牛乳腺κ-酪蛋白(CSN3)的miRNA。应用乳腺组织的小RNA测序、TargetScan预测和RNAhybrid分析,筛选了4个可能靶向CSN3的miRNA,分别是bta-miR-33a、bta-miR-2284ab、bta-miR-193b和bta-miR-193a-3p。接着,通过荧光素酶报告试验检测CSN3-3’非编码区(3’ UTR)和4种miRNA的结合情况,结果表明只有bta-miR-193b和bta-miR-193a-3p能与CSN3-3’UTR结合(P<0.01)。牛奶体细胞相关基因表达趋势进一步验证了bta-miR-193b和bta-miR-193a-3p与CSN3的靶向关系。这些结果提示,bta-miR-193b和bta-miR-193a-3p可直接靶向CSN3,这可以解释从泌乳高峰期至泌乳后期牛奶中CSN3蛋白总量的减少。本试验结果为乳蛋白的调控研究提供了依据,并为miRNA的功能研究铺垫了道路。 展开更多
关键词 MIrna κ-酪蛋白 奶牛 小rna测序 预测
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肺表面活性物质结合蛋白C的cDNA合成、克隆及测序
5
作者 陶少华 封志纯 黄建生 《中国危重病急救医学》 CAS CSCD 1997年第10期584-586,共3页
目的：应用基因工程手段获得重新设计的肺表面活性物质结合蛋白Ｃ（ＳＰＣ）的ｃＤＮＡ克隆。方法：根据发表的ＳＰＣ基因序列，重新设计适宜在大肠杆菌中表达的目的基因片段，该基因双链分８个小片段合成，经退火、复性连接成目的片段... 目的：应用基因工程手段获得重新设计的肺表面活性物质结合蛋白Ｃ（ＳＰＣ）的ｃＤＮＡ克隆。方法：根据发表的ＳＰＣ基因序列，重新设计适宜在大肠杆菌中表达的目的基因片段，该基因双链分８个小片段合成，经退火、复性连接成目的片段后，克隆到经过ＥｃｏＲⅠ和ＨｉｎＤⅢ双酶切的质粒载体ｐＵＣ１１８中并转化大肠杆菌ＴＧ１，碱裂解法抽提重组子测序。结果：测序证明获得的基因序列与实验设计完全符合。结论：正确设计并合成了ＳＰＣ的ｃＤＮＡ，为进一步在大肠杆菌中表达奠定了基础。 展开更多
关键词 结合蛋白C 肺表面活性物质 基因合成 克隆 测序
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潜在转化生长因子β结合蛋白4影响肿瘤细胞伪足形成抑制结直肠癌转移的分子机制研究
6
作者 及松涛 王好甲 +4 位作者 李昂 孙亚盟 卢瑗瑗 赵晓迪 王新 《实用肿瘤杂志》 CAS 2024年第2期140-148,共9页
目的 探究潜在转化生长因子β结合蛋白4(latent transforming growth factor beta binding protein 4,LTBP4)通过影响肿瘤细胞伪足形成从而遏制结直肠癌细胞转移的分子机制。方法 在结直肠癌细胞株DiFi中使用小干扰si-LTBP4敲减LTBP4,... 目的 探究潜在转化生长因子β结合蛋白4(latent transforming growth factor beta binding protein 4,LTBP4)通过影响肿瘤细胞伪足形成从而遏制结直肠癌细胞转移的分子机制。方法 在结直肠癌细胞株DiFi中使用小干扰si-LTBP4敲减LTBP4,在结直肠癌细胞株HCT15中使用LTBP4过表达质粒过表达LTBP4。使用人源慢病毒在DiFi细胞株中稳定敲减/不敲减LTBP4构建稳转细胞株shLTBP4和shNC。Western blot法检测LTBP4、原肌球蛋白4(tropomyosin 4,TPM4)、金属基质蛋白酶14(matrix metalloproteinase-14,MMP14)及酪氨酸激酶底物5(tyrosine kinase substrate 5,TKS5)等蛋白。实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测LTBP4及TPM4的表达。Transwell迁移实验检测敲低/过表达LTBP4后结直肠癌细胞的体外转移能力。使用裸鼠尾静脉注射shLTBP4或shNC稳转细胞株构建裸鼠肺转移模型及阴性对照,检测结直肠癌细胞敲减LTBP4后的体内转移能力。转录组测序检测差异基因表达情况。鬼笔环肽染色观察敲低LTBP4后细胞骨架改变及侵袭性伪足形成情况。结果 qPCR实验检测发现,LTBP4在DiFi、HCT8和KM12C细胞株中均高表达(均P<0.05),在HCT15和KM12SM细胞株中均低表达(均P<0.01)。Westen blot检测发现,LTBP4在DiFi、HCT8和KM12C细胞株中均高表达(均P<0.01),在HCT15、KM12SM及RKO细胞株中均低表达(均P<0.05)。在高表达LTBP4的DiFi细胞株中转染小干扰si-LTBP4,敲低LTBP4,转染后72 h后进行transwell迁移实验发现,肿瘤细胞迁移能力增强(P<0.01);而在低表达LTBP4的HCT15细胞株中过表达LTBP4,72 h后肿瘤细胞迁移能力减弱(P<0.01)。裸鼠肺转移模型在通过尾静脉注射稳转细胞株shLTBP4以及shNC 5周后进行小动物活体荧光成像发现,敲减LTBP4后,小鼠肺部荧光信号增强(P<0.01)。高通量转录组测序发现,在DiFi细胞株中敲减LTBP4使细胞骨架蛋白TPM4的表达量增加(P<0.01),维持细胞运动功能(如肌动蛋白丝束收缩、应力纤维改变和肌动蛋束的调节)相关通路显著富集(均P<0.05)以及细胞形态改变相关通路(如轴突伸展调节、突触前膜、核孔和活性离子跨膜传输等)显著富集(均P<0.05)。Western blot、qPCR及免疫荧光实验验证DiFi细胞株中敲减LTBP4促进细胞运动相关蛋白TPM4的表达(均P<0.01)。结论 LTBP4可以通过调控TPM4的方式抑制侵袭性伪足的形成从而遏制结直肠肿瘤细胞的转移。 展开更多
关键词 结直肠癌 潜在转化生长因子β结合蛋白4 肿瘤转移 转录组测序 免疫荧光 侵袭性伪足
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SRSF6在大鼠胰岛细胞中结合的靶标及测序分析 被引量：1
7
作者 马艳荣 罗蕴之 +1 位作者 马福慧 周忠凯 《中华保健医学杂志》 2022年第4期336-338,共3页
目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA ... 目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA Binding Protein Immunoprecipitation highthroughput sequencing,iRIP-seq)技术在大鼠胰岛细胞中鉴定SRSF6调控的基因及功能通路,对SRSF6直接作用的靶标和调控通路及可变剪接事件进行鉴定。结果SRSF6富集性地结合编码区和内含子区域,KEGG分析发现SRSF6结合的靶标在胰岛素信号通路显著富集。结论SRSF6可能通过与胰岛素通路相关重要基因的m RNA前体结合,调控它们的剪接和加工,进而成为影响胰岛素分泌的潜在因素。 展开更多
关键词 富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6 rna结合蛋白富集测序 rna结合蛋白 改进的rna结合蛋白免疫共沉淀高通量测序
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基于转录组测序分析沉默番茄中RNA结合蛋白基因SlRBP1对其光合作用的影响 被引量：2
8
作者 周晞雯 马力群 朱鸿亮 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期150-162,共13页
植物的光合作用直接影响有机物的合成与积累,是农作物产量的直接影响因素。RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)参与调控植物的多种生理功能,而RBPs在光合作用中的功能尚未被明确阐述。为了探究番茄中一个甘氨酸富集的RNA结合蛋白(g... 植物的光合作用直接影响有机物的合成与积累,是农作物产量的直接影响因素。RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)参与调控植物的多种生理功能,而RBPs在光合作用中的功能尚未被明确阐述。为了探究番茄中一个甘氨酸富集的RNA结合蛋白(glycine-rich RNA-binding proteins,SlRBP1)对植物光合作用的影响,使用人工小RNA干扰的方式通过植物组织培养获得Alisa Craig中稳定遗传的SlRBP1沉默植株,发现番茄果实体积缩小,叶片显著黄化。通过叶绿素含量测定、叶绿素荧光成像及叶绿体透射电镜观察,发现番茄amiR-SlRBP1沉默植株叶片的叶绿体形态结构破坏,叶绿素含量显著降低。对同时期的野生型和amiR-SlRBP1沉默植株测定光合速率,发现amiR-SlRBP1沉默植株的光合速率显著降低。RNA-seq数据分析表明沉默SlRBP1显著降低植株中PsaE、PsaL、PsbY等光合作用相关基因的表达量,通过光合作用影响番茄果实产量。 展开更多
关键词 核糖核酸结合蛋白 光合作用 番茄 转录组测序
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鸭脂肪酸结合蛋白基因的克隆和序列多态性分析 被引量：8
9
作者 龚道清 张红 +3 位作者 顾志良 张军 段修军 赵旭庭 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期232-236,共5页
根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增,将扩增出的475 bp片段进行克隆和测序,序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列,与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84%、94%和77%的... 根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增,将扩增出的475 bp片段进行克隆和测序,序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列,与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84%、94%和77%的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR-SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变,分别为:241处“A-T”突变;243处的“T-C”突变;258处的“T-C”突变;299处的“C-T”突变。这些点突变共产生了3种基因型,且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。 展开更多
关键词 鸭 脂肪酸结合蛋白基因 克隆 测序 SSCP
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利用转录组测序分析GRB2和SOS基因在籽鹅等级前卵泡中的mRNA表达 被引量：3
10
作者 孙永峰 李书哲 +3 位作者 王子遒 路洪涛 杨威 隋玉健 《中国家禽》 北大核心 2017年第9期5-10,共6页
为研究生长因子受体结合蛋白2(Growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)和SOS(Son of sevenless)基因组在籽鹅等级前卵泡中的表达情况,本研究采用高通量测序技术对籽鹅等级前卵泡进行转录组测序分析,之后通过荧光定量PCR进行验证... 为研究生长因子受体结合蛋白2(Growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)和SOS(Son of sevenless)基因组在籽鹅等级前卵泡中的表达情况,本研究采用高通量测序技术对籽鹅等级前卵泡进行转录组测序分析,之后通过荧光定量PCR进行验证。通过FPKM值进行分析,GRB2和SOS在籽鹅等级前卵泡中均有表达。随着卵泡的发育,GRB2在小白卵泡中表达量最低,在初级卵泡中表达量最高;SOS在大白卵泡和中白卵泡中的表达量最低,在初级卵泡中的表达量最高。荧光定量PCR结果与转录组测序结果基本一致。 展开更多
关键词 籽鹅 等级前卵泡 生长因子受体结合蛋白2 转录组测序
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中国人视黄醇结合蛋白cDNA的克隆与序列分析 被引量：1
11
作者 梁学颖 黄英武 +3 位作者 刘云 刘志红 刘耀清 徐琪寿 《营养学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期397-400,共4页
目的：　为了进行中国人视黄醇结合蛋白（ｈｕｍ ａｎ ｒｅｔｉｎｏｌ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏ－ｔｅｉｎ， ｈＲＢＰ）的原核表达，克隆出ｈＲＢＰ的ｃＤＮＡ。　方法：　利用反转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法获得ｈＲＢＰ的... 目的：　为了进行中国人视黄醇结合蛋白（ｈｕｍ ａｎ ｒｅｔｉｎｏｌ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏ－ｔｅｉｎ， ｈＲＢＰ）的原核表达，克隆出ｈＲＢＰ的ｃＤＮＡ。　方法：　利用反转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法获得ｈＲＢＰ的ｃＤＮＡ，克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体后，在美国ＡＢＩＤＮＡ 自动测序仪上以双脱氧法进行核苷酸序列测定。结果：　扩增出了约０．５８ｋｂ的特异片段，并筛选出阳性重组克隆质粒ｐＧＥＭ－ＲＢＰ，核苷酸序列测定表明其含有一段５８０ 个碱基的插入片段，与文献报道的一致。结论：　我们已获得了中国人ＲＢＰ的ｃＤＮＡ，可用于进行原核表达。 展开更多
关键词 视黄醇结合蛋白 RT-PCR 测序 克隆 CDNA
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RNA测序研究筛选血管紧张素Ⅱ诱导的心脏重构候选基因 被引量：3
12
作者 吴李娜 金立 +1 位作者 舒锦 汪海娅 《老年医学与保健》 CAS 2018年第3期336-340,共5页
目的研究血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的心脏重构的机制和筛选潜在治疗靶点。方法大鼠心脏成纤维细胞(CFSs)加入10nMAngⅡ后培养12h,对照组未加入AngⅡ。从2组样品中提取RNA后,检测细胞基因表达水平。使用R语言中的limma软件包筛选两组样本... 目的研究血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的心脏重构的机制和筛选潜在治疗靶点。方法大鼠心脏成纤维细胞(CFSs)加入10nMAngⅡ后培养12h,对照组未加入AngⅡ。从2组样品中提取RNA后,检测细胞基因表达水平。使用R语言中的limma软件包筛选两组样本间的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析探讨它们的功能和参与的信号通路。此外,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建揭示它们在蛋白水平的关系。结果共筛选了126个上调基因和140个下调差异表达基因。根据富集分析发现:其中的ACACB,IL1B,IL1A,NOS2和MMP3与免疫反应、血管生成的调控、超氧代谢过程和羧酸结合生物过程高度相关。PPI网络构建显示:ACACB和MPP3是两个主要节点。结论 ACACB,IL1B,IL1A,NOS2和MMP3这五种基因,可能是AngⅡ诱导心脏重构的重要候选标志物。 展开更多
关键词 心脏重构 心脏成纤维细胞 血管紧张素Ⅱ(AngⅡ) rna测序 差异表达基因 蛋白质相互作用
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内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响:生物信息学分析和实验验证
13
作者 燕茹 王凯茹 +2 位作者 张飞燕 贾绍斌 丛广志 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第1期103-110,共8页
背景:血管新生是心血管疾病的主要干预靶点,骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,但内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的调控作用不清楚。目的:探讨内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响。方法:(1)生物信息学分析:通... 背景:血管新生是心血管疾病的主要干预靶点,骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,但内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的调控作用不清楚。目的:探讨内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响。方法:(1)生物信息学分析:通过Panglao DB公共基因表达数据库单细胞转录组荟萃分析观察骨形态发生蛋白2细胞群表达丰度和定位。血管新生小鼠和内皮(心内膜)过表达骨形态发生蛋白2小鼠转录组测序数据集探索内皮细胞骨形态发生蛋白2对血管新生信号通路的调控作用。(2)体内实验验证:建立小鼠后肢缺血模型,对比模型小鼠患侧与健侧缺血后肢7,14和21 d血流灌注情况,免疫荧光和免疫组织化学染色评估小鼠骨形态发生蛋白2和CD31的表达定位情况。(3)体外实验验证:体外培养人脐静脉内皮细胞,分为对照组、缺氧组和骨形态发生蛋白2抑制剂(Noggin蛋白)干预组,培养24 h,观察各组内皮细胞血管新生情况。结果与结论:(1)内皮细胞是表达骨形态发生蛋白2的重要细胞亚群,在血管新生内皮细胞和骨形态发生蛋白2过表达内皮细胞转录组再分析均发现骨形态发生蛋白2表达明显升高,血管新生通路明显激活。(2)缺血7 d小鼠新生血管周围骨形态发生蛋白2阳性血管明显增加(P<0.05),缺血2周骨形态发生蛋白2阳性血管明显减少(P<0.001)。(3)体外培养人脐静脉内皮细胞,缺氧干预后,内皮细胞迁移能力和血管出芽明显增加,血管新生因子血管内皮生长因子和血小板衍生生长因子的表达明显升高,Noggin明显减少了缺氧诱导的内皮细胞血管新生(P<0.001),并下调血管内皮生长因子和血小板衍生生长因子的表达(P<0.01)。(4)结果证实,内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,靶向性内皮细胞骨形态发生蛋白2可望改善血管新生。 展开更多
关键词 内皮细胞 骨形态发生蛋白2 血管新生 单细胞rna测序 批量rna测序 信号通路 后肢缺血模型 成管实验
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RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术 被引量：6
14
作者 陈伟 许馨 孙绍光 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页
RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这... RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序 光活化核苷增强的CLIP rna结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE rna标记 相互作用组捕获
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青海草原毛虫气味结合蛋白基因与生物信息学分析 被引量：6
15
作者 南彦斌 张月 +2 位作者 何啟玥 陈帅 周渊涛 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期688-698,共11页
青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是危害青藏高原高寒草甸最重要的害虫之一。本研究通过第二代高通量测序技术对青海草原毛虫4龄幼虫、雌雄成虫进行转录组测序并进行基因功能注释,同时筛选获得其气味结合蛋白基因(GqinOBPs)并进... 青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是危害青藏高原高寒草甸最重要的害虫之一。本研究通过第二代高通量测序技术对青海草原毛虫4龄幼虫、雌雄成虫进行转录组测序并进行基因功能注释,同时筛选获得其气味结合蛋白基因(GqinOBPs)并进行生物信息学分析。结果表明:转录本经过组装之后总计得到63335条unigenes,在全部unigenes中筛选并鉴定出17个GqinOBPs基因,通过生物信息学分析发现这些气味结合蛋白为热稳定性蛋白,亚细胞定位主要在胞外,二三级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成,多序列比对显示GqinOBPs具有昆虫OBPs的半胱氨酸模式识别序列;系统分析表明,GqinOBPs基因与同是鳞翅目昆虫的桃蛀螟、小线角木蠹蛾和沙棘木蠹蛾亲缘关系较近。该研究首次公开并分析青海草原毛虫转录组数据,同时挖掘出其气味结合蛋白基因,为进一步研究青海草原毛虫的基因功能奠定基础。 展开更多
关键词 青海草原毛虫 转录组测序 气味结合蛋白 生物信息学分析 系统发育树
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结合Bulk RNA和Single-cell RNA测序探索年龄相关性黄斑变性能量代谢关键基因及调控中药化合物预测
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作者 史随随 罗越毅 +3 位作者 唐梦丹 祁宝玉 周剑 巢国俊 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2303-2315,共13页
目的探寻年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)能量代谢的关键基因和潜在调控的中药化合物。方法从GEO数据库获取AMD相关Bulk RNA测序数据集GSE135092,利用R语言筛选差异表达基因,并与GSEA数据库下载的能量代谢相... 目的探寻年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)能量代谢的关键基因和潜在调控的中药化合物。方法从GEO数据库获取AMD相关Bulk RNA测序数据集GSE135092,利用R语言筛选差异表达基因,并与GSEA数据库下载的能量代谢相关基因(energy metabolism-related genes,EMRGs)映射取交集,获取AMD差异表达EMRGs,通过Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)、转录因子(transcription factor,TF)、微小RNA(microRNA,miRNA)网络。使用LASSO回归在差异表达EMRGs中筛选AMD标志物,构建风险评分。同时,将AMD相关Single-cell RNA测序数据集GSE188280进行主成分分析(principal component analysis,PCA)及统一流形逼近与投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)分析以聚类降维,并进行细胞类型注释,进一步评估AMD关键差异表达EMRGs在不同细胞类型间的表达水平。将关键差异表达EMRGs导入Coremine Medical数据库中进行相关中药活性成分预测及分子对接、分子动力学验证。结果筛选出6个AMD关键差异表达EMRGs:FOXO3、GSK3B、MEF2A、NCOA1、HDAC1、PPARG,并构建相应PPI、TF-mRNA、mRNA-miRNA网络。LASSO回归得出NCOA1、MEF2A、FOXO3、GSK3B表达与AMD发生呈正相关,HDAC1表达与AMD发生呈负相关。分析AMD相关Single-cell RNA测序将32714个细胞分类为19个簇,使用marker基因将细胞簇鉴定为9种细胞类型,进一步得到HDAC1、MEF2A、FOXO3及NCOA1在内皮细胞中高表达。根据关键基因HDAC1、MEF2A、FOXO3筛选到9味中药及其285种活性成分,经分子对接及分子动力学模拟,其中丹参醇B治疗AMD潜力最大。结论HDAC1和丹参醇B为AMD能量代谢的潜在关键基因及作用化合物。 展开更多
关键词 年龄相关性黄斑变性 rna测序 能量代谢 关键基因 组蛋白脱乙酰酶1 丹参醇B
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利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs 被引量：2
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作者 黄亚洲 刘叶文 +3 位作者 王玲玲 金晶 陈茜 李伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期417-426,共10页
长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在... 长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序(RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing,RIP-Seq)的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R(human antigen R,HuR)蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA(large intergenic noncoding RNA,LincRNA)、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA(antisense lncRNA)等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低(P<0.05),2条LincRNA显著升高(P<0.05),剩余7条LincRNA表达量未发生变化(P>0.05)。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。 展开更多
关键词 人抗原R蛋白 长链非编码rna rna结合蛋白免疫沉淀技术-高通量测序 测序数据分析 HEPG2细胞
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长链非编码RNA在急性肺损伤中的作用及分子调控机制研究进展 被引量：1
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作者 罗飞 张红 《山东医药》 CAS 2024年第6期93-97,共5页
急性肺损伤(ALI)是临床上常见的危重症之一。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在染色质形成、转录和转录后翻译等基因表达水平直接或间接参与ALI的发生发展。lncRNA核富集丰富转录物1、lncRNA HOX转... 急性肺损伤(ALI)是临床上常见的危重症之一。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在染色质形成、转录和转录后翻译等基因表达水平直接或间接参与ALI的发生发展。lncRNA核富集丰富转录物1、lncRNA HOX转录反义基因间RNA及lncRNA牛磺酸上调1等lncRNA可作为竞争性内源RNA,与miR-26a-5p、miR-17-5p及miR-34b-5p等微小RNA结合,调节Wnt1诱导的信号通路蛋白1、Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1蛋白及自噬相关蛋白等下游相关蛋白的表达,参与ALI的发生发展。LncRNA可能通过调控DNA甲基化、组蛋白修饰,在表观遗传水平参与ALI的发生发展;L通过组装转录激活因子和抑制因子,调节白细胞介素6(IL-6)、IL-17、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3/9等蛋白质的转录,在转录水平参与ALI的发生发展;与多种RNA结合蛋白相互作用,在转录后水平调控ALI的发生发展。 展开更多
关键词 长链非编码rna lncrna核富集丰富转录物1 lncrna HOX转录反义基因间rna lncrna牛磺酸上调1 微小rna DNA甲基化 转录激活因子 rna结合蛋白 急性肺损伤
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基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达 被引量：1
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作者 于志君 袁琼 +5 位作者 金志刚 向梓非 龙萍 朱明 杨越旺 胡霞敏 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期765-772,共8页
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗... 目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 心肌素相关转录因子A rna结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序 脑缺血再灌注损伤 差异基因分析
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悬铃木方翅网蝽触角气味结合蛋白基因鉴定 被引量：2
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作者 杨海博 胡镇杰 +2 位作者 李定旭 朱品红 董钧锋 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1121-1131,共11页
【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq^(TM) 4000高通量... 【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq^(TM) 4000高通量测序技术对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角进行转录组测序并对测序结果进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qPCR)方法,分析OBP基因在悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角中的表达模式。【结果】对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角6个样品的转录组测序,共获得40.87 Gb clean reads,各样品的序列长度均达到6.31 Gb。转录组数据分析共鉴定出26个推测的悬铃木方翅网蝽OBP基因,其编码蛋白中24个(CcilOBP1-24)属于Classic OBPs,CcilOBP25/26属于Plus-C OBPs;与半翅目其他昆虫相关OBPs系统发育分析表明,大部分CcilOBPs形成独立一簇,少数与其他半翅目昆虫OBPs直系同源。qPCR分析显示,有11个OBP基因在雌雄成虫触角中表达量差异显著,其中有9个OBP基因(CcilOBP5/6/9/10/17/18/21/24/25)在雄成虫触角中显著高表达,有2个OBP基因(CcilOBP14/16)在雌成虫触角中显著高表达。【结论】本研究获得了悬铃木方翅网蝽成虫触角气味结合蛋白基因信息,研究结果为生物控制该害虫提供了重要基础数据和候选分子靶标。 展开更多
关键词 悬铃木方翅网蝽 触角转录组 高通量测序 气味结合蛋白 实时荧光定量PCR
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