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基于RNA-seq的番茄响应根结线虫MiPDCD6蛋白的SA信号通路基因鉴定与表达分析
1
作者
邓小大
袁永强
+3 位作者
蔡书静
郑礼军
徐春玲
王新荣
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023年第1期184-195,共12页
为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理,以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料,以番茄品种新金丰1号组培苗为对照,通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种He...
为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理,以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料,以番茄品种新金丰1号组培苗为对照,通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种Heinz 1706基因组作为参考基因组进行对比,利用FPKM法计算基因表达量,设定参数(|log_(2)FC|>1且P<0.05)筛选差异表达基因。利用Gene Ontology(GO)数据库进行差异表达基因GO功能富集分析,统计每个GO term中的差异表达基因数目,计算出基因富集的显著性,找出富集显著的功能条目。利用KEGG数据库对差异表达基因进行Pathway富集分析,超几何分布检验方法计算每个Pathway中差异表达基因富集的显著性。以FDR和基因数量来衡量KEGG的富集程度。结合基因差异表达分析和功能富集分析,研究MiPDCD6蛋白对番茄PTI免疫相关通路基因的影响。结果发现:在超表达MiPDCD6番茄植株中,与野生型番茄相比,MiPDCD6过表达番茄植株中有2366个差异表达基因(DEGs),其中1354个上调基因,1012个下调基因。这些DEGs中,通过GO和KEGG注释,植物激素信号转导(sly04075)、植物-病原互作(sly04626)、植物MAPK信号通路(sly04016)和丙环素生物合成(sly00940)等KEGG通路中富集到大量的差异表达基因。SA生物合成途径包括ICS和PAL,MiPDCD6过表达番茄植株中SA合成通路PAL1和PAL-like基因以及SA信号转导途径TGA9、TGA10-like和PR1a2基因均显著下调,表明MiPDCD6基因可能抑制SA合成,从而抑制植物PTI免疫。
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关键词
番茄
根结线虫
转录组
差异表达基因
sa信号通路
MiPDCD6
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职称材料
NPR在SA信号通路中的研究进展
被引量：
4
2
作者
乔禹
丁国华
《中国农学通报》
2016年第8期37-43,共7页
长期以来,水杨酸(SA)被认为是植物的内源信号分子,并与植物体内的多种抗性相关。病程相关基因非表达子(NPR)是SA信号通路中的关键性因子,能够介导该信号转导途径的顺利进行。为了详尽地阐述近年来多项研究对NPR研究的进展,本研究在分子...
长期以来,水杨酸(SA)被认为是植物的内源信号分子,并与植物体内的多种抗性相关。病程相关基因非表达子(NPR)是SA信号通路中的关键性因子,能够介导该信号转导途径的顺利进行。为了详尽地阐述近年来多项研究对NPR研究的进展,本研究在分子水平上介绍了NPR的研究起源、SA受体,归纳了NPR1与其旁系同源物NPR3和NPR4之间相互协调的关系,分析了SA信号通路与SA提高植物抗性的机制。指出在多种植物体内,虽然NPR在SA信号通路中扮演着不可或缺的角色,但是由SA所诱导的植物抗病机制是一个复杂、精密的网络,现有的生物分子技术仍然无法使NPR的作用完全透明化。而且,在不同的植物体和相同植物的不同部位中,各种信号的转导方式也未必相同。因此,需要通过进一步确认整个信号通路中各组分及其功能、对模式植物进行详细研究来使该过程完整化。
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关键词
NPR
sa信号通路
sa
R
植物抗性
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职称材料
不结球白菜BcMPK4基因的诱导表达分析
被引量：
1
3
作者
马景蕃
黄素华
+2 位作者
刘喜明
黎英
周酵琼
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期53-58,共6页
为探索不结球白菜BcMPK4在菌核病防卫反应中的作用,试验选用核盘菌、草酸(OA)和抗病信号分子水杨酸(SA)、甲基茉莉酸(MeJA)、脱落酸(ABA)分别处理两个对菌核病抗性不同的不结球白菜品种,采用实时荧光定量PCR方法测定BcMPK4于各处理后在...
为探索不结球白菜BcMPK4在菌核病防卫反应中的作用,试验选用核盘菌、草酸(OA)和抗病信号分子水杨酸(SA)、甲基茉莉酸(MeJA)、脱落酸(ABA)分别处理两个对菌核病抗性不同的不结球白菜品种,采用实时荧光定量PCR方法测定BcMPK4于各处理后在抗感品种中的表达变化。结果表明,在核盘菌和OA诱导早期,BcMPK4表达水平在抗病品种003-R-6中显著升高,在感病品种003-S-7中显著下降,并且在抗性品种中经核盘菌和OA诱导的BcMPK4上调表达趋势相似。SA能快速诱导BcMPK4上调表达,而MeJA抑制其表达,ABA对BcMPK4表达响应不明显。推测BcMPK4在核盘菌诱抗信号转导和SA信号通路中起关键作用。
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关键词
不结球白菜
核盘菌
表达
sa信号通路
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职称材料
题名
基于RNA-seq的番茄响应根结线虫MiPDCD6蛋白的SA信号通路基因鉴定与表达分析
1
作者
邓小大
袁永强
蔡书静
郑礼军
徐春玲
王新荣
机构
华南农业大学植物保护学院
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023年第1期184-195,共12页
基金
广东省基础与应用基础研究基金(2019A1515012080)
国家自然科学基金项目(31171825,30771409)。
文摘
为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理,以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料,以番茄品种新金丰1号组培苗为对照,通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种Heinz 1706基因组作为参考基因组进行对比,利用FPKM法计算基因表达量,设定参数(|log_(2)FC|>1且P<0.05)筛选差异表达基因。利用Gene Ontology(GO)数据库进行差异表达基因GO功能富集分析,统计每个GO term中的差异表达基因数目,计算出基因富集的显著性,找出富集显著的功能条目。利用KEGG数据库对差异表达基因进行Pathway富集分析,超几何分布检验方法计算每个Pathway中差异表达基因富集的显著性。以FDR和基因数量来衡量KEGG的富集程度。结合基因差异表达分析和功能富集分析,研究MiPDCD6蛋白对番茄PTI免疫相关通路基因的影响。结果发现:在超表达MiPDCD6番茄植株中,与野生型番茄相比,MiPDCD6过表达番茄植株中有2366个差异表达基因(DEGs),其中1354个上调基因,1012个下调基因。这些DEGs中,通过GO和KEGG注释,植物激素信号转导(sly04075)、植物-病原互作(sly04626)、植物MAPK信号通路(sly04016)和丙环素生物合成(sly00940)等KEGG通路中富集到大量的差异表达基因。SA生物合成途径包括ICS和PAL,MiPDCD6过表达番茄植株中SA合成通路PAL1和PAL-like基因以及SA信号转导途径TGA9、TGA10-like和PR1a2基因均显著下调,表明MiPDCD6基因可能抑制SA合成,从而抑制植物PTI免疫。
关键词
番茄
根结线虫
转录组
差异表达基因
sa信号通路
MiPDCD6
Keywords
Tomato
Root knot nematode
Transcriptome
Differentially expressed genes
sa
signal transduction pathways
MiPDCD6
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
S641.2 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
NPR在SA信号通路中的研究进展
被引量：
4
2
作者
乔禹
丁国华
机构
哈尔滨师范大学生命科学与技术学院
植物生物学黑龙江省高校重点实验室(哈尔滨师范大学)
出处
《中国农学通报》
2016年第8期37-43,共7页
基金
国家自然科学基金项目"中国特产濒危蕨类水韭科植物生殖生物学研究"(31170294)
植物生物学黑龙江省高校重点实验室(哈尔滨师范大学)开放基金资助"cDNA-AFLP克隆水韭重金属诱导基因的研究"(ZK201201)
文摘
长期以来,水杨酸(SA)被认为是植物的内源信号分子,并与植物体内的多种抗性相关。病程相关基因非表达子(NPR)是SA信号通路中的关键性因子,能够介导该信号转导途径的顺利进行。为了详尽地阐述近年来多项研究对NPR研究的进展,本研究在分子水平上介绍了NPR的研究起源、SA受体,归纳了NPR1与其旁系同源物NPR3和NPR4之间相互协调的关系,分析了SA信号通路与SA提高植物抗性的机制。指出在多种植物体内,虽然NPR在SA信号通路中扮演着不可或缺的角色,但是由SA所诱导的植物抗病机制是一个复杂、精密的网络,现有的生物分子技术仍然无法使NPR的作用完全透明化。而且,在不同的植物体和相同植物的不同部位中,各种信号的转导方式也未必相同。因此,需要通过进一步确认整个信号通路中各组分及其功能、对模式植物进行详细研究来使该过程完整化。
关键词
NPR
sa信号通路
sa
R
植物抗性
Keywords
NPR
sa
signaling pathways
sa
R
plant resistance
分类号
Q946.885 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
不结球白菜BcMPK4基因的诱导表达分析
被引量：
1
3
作者
马景蕃
黄素华
刘喜明
黎英
周酵琼
机构
龙岩学院生命科学学院
龙岩学院资源工程学院
出处
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期53-58,共6页
基金
福建省自然科学基金项目(2011J05086)
文摘
为探索不结球白菜BcMPK4在菌核病防卫反应中的作用,试验选用核盘菌、草酸(OA)和抗病信号分子水杨酸(SA)、甲基茉莉酸(MeJA)、脱落酸(ABA)分别处理两个对菌核病抗性不同的不结球白菜品种,采用实时荧光定量PCR方法测定BcMPK4于各处理后在抗感品种中的表达变化。结果表明,在核盘菌和OA诱导早期,BcMPK4表达水平在抗病品种003-R-6中显著升高,在感病品种003-S-7中显著下降,并且在抗性品种中经核盘菌和OA诱导的BcMPK4上调表达趋势相似。SA能快速诱导BcMPK4上调表达,而MeJA抑制其表达,ABA对BcMPK4表达响应不明显。推测BcMPK4在核盘菌诱抗信号转导和SA信号通路中起关键作用。
关键词
不结球白菜
核盘菌
表达
sa信号通路
Keywords
Brassica campestris ssp. chinensis Makino
Sclemtinia sclerotioru
expression
sa
signal-ing pathway
分类号
S634 [农业科学—蔬菜学]
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq的番茄响应根结线虫MiPDCD6蛋白的SA信号通路基因鉴定与表达分析
邓小大
袁永强
蔡书静
郑礼军
徐春玲
王新荣
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
NPR在SA信号通路中的研究进展
乔禹
丁国华
《中国农学通报》
2016
4
下载PDF
职称材料
3
不结球白菜BcMPK4基因的诱导表达分析
马景蕃
黄素华
刘喜明
黎英
周酵琼
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
下载PDF
职称材料
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