藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行...藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。展开更多
文摘为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。
文摘藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。
