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一种鉴别栽培柿品种SNP标记的新方法
1
作者 梁晋军 朱溯远 +3 位作者 张宇琴 张鹏飞 温鹏飞 杨运良 《生物技术通报》 CAS CSCD 2024年第1期160-167,共8页
【目的】为了鉴别栽培柿品种间的遗传差异,开发一种基于核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA internally transcribed spacer)序列简单、高效的SNP分子标记新方法,为种质的收集、利用及推广应用提供参考。【方法】以18种六倍体栽培柿品种叶片... 【目的】为了鉴别栽培柿品种间的遗传差异,开发一种基于核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA internally transcribed spacer)序列简单、高效的SNP分子标记新方法,为种质的收集、利用及推广应用提供参考。【方法】以18种六倍体栽培柿品种叶片为试材,对其ITS区进行扩增测序,并分析序列差异,最后用Sau96 I限制性内切酶对151处杂合位点进行酶切验证。【结果】18份柿品种ITS长度均为730 bp,共存在6个杂合位点,分别在151、168、205、278、279和622 bp处。六倍体柿杂合位点处碱基峰图面积比例存在一定的规律,即C∶T=2∶1、C∶T=1∶1、C∶T=1∶2和A∶G=1∶1,利用出现的杂合位点及其峰图面积比例规律差异将18份栽培柿品种分成11类。【结论】151处位点的酶切结果验证了酶切产物浓度与峰图面积比例一致。这种基于nrDNAITS序列SNP分子标记的新方法能将18份栽培柿品种分成11类。 展开更多
关键词 栽培柿 nrDNAITS snp 杂合位点 遗传差异
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皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘 被引量：1
2
作者 王静琳 刘阳光 +7 位作者 徐启隆 陈朔 邓在双 程诗雨 丁月云 郑先瑞 殷宗俊 张晓东 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2783-2793,共11页
旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、... 旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31534384个SNPs,43673个SVs,3258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.1574~0.2873之间,平均为0.2435±0.0222;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6~178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004。综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远。结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考。 展开更多
关键词 皖岳黑猪 全基因组重测序 基因组遗传变异 特征snps 遗传结构
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基于SNP标记的4个品种复烤烟叶鉴别研究
3
作者 杨金初 童治军 +8 位作者 李萌 赵旭 徐永明 冯颖杰 杨宗灿 曲鹏 李悦 孙九喆 张轲 《河南农业科学》 北大核心 2023年第11期174-180,共7页
为探究单核苷酸多态性(SNP)标记在复烤烟叶品种鉴别上的可行性,开发基于SNP标记的复烤烟叶高效鉴别技术,对4个主栽烟草品种云烟87、红花大金元、K326及NC102的复烤烟叶进行了全基因组测序,应用全基因组数据发掘SNP位点,依据SNP位点设计... 为探究单核苷酸多态性(SNP)标记在复烤烟叶品种鉴别上的可行性,开发基于SNP标记的复烤烟叶高效鉴别技术,对4个主栽烟草品种云烟87、红花大金元、K326及NC102的复烤烟叶进行了全基因组测序,应用全基因组数据发掘SNP位点,依据SNP位点设计了PCR引物,并对不同烟草品种进行了基因分型和区分。结果显示,4个品种复烤烟叶全基因组测序共获得21.5 Gb数据,共检测出27137个SNP位点。挑选其中53个SNP位点设计不同错配类型等位基因引物570条,扩增结果均与预期一致。SNP位点35、45和51在品种间具有多态性,红花大金元在35、45、51位点基因型为T/T、C/C、T/T;K326为C/T、C/T、C/C;NC102为C/T、C/T、C/T;云烟87烟叶在35位点无扩增,在45、51位点的基因型为C/T、C/T。依据3个SNP位点的基因型构建不同品种的分子ID,可准确区分4个品种的复烤烟叶。 展开更多
关键词 复烤烟叶 品种 鉴别 全基因组测序 snp位点 等位基因 多态性
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基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发 被引量：29
4
作者 苏文瑾 赵宁 +3 位作者 雷剑 王连军 柴沙沙 杨新笋 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期27-34,共8页
【目的】单核苷酸多态性(SNP)是基因组中最普遍的遗传变异,是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为SNP位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例... 【目的】单核苷酸多态性(SNP)是基因组中最普遍的遗传变异,是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为SNP位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例高,一直以来多倍体作物的SNP位点挖掘面临巨大的挑战。【方法】共收集300份甘薯种质资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。首先以马铃薯基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库。后通过高通量测序的方式获得海量序列,进而通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。【结果】对照拟南芥的测序数据与其参考基因组进行比对的结果表明,双端比对效率在本试验中为87.71%,酶切效率为93.22%,说明本试验SLAF建库正常。通过测序共产生498.14 Mb的读长数据,测序后各样品所获得的读长数目在441 595—2 731 920范围内,其中,冀薯4号获得的数据量最大,共计获得2 731 920个读长,对照拟南芥数据量最小,共计获得441 595个读长。测序质量值Q30的范围在88.37%—90.67%,样品3043 Q30测序值仅为87.31%,样品鄂紫1号Q30测序值为91.31%,所有样品Q30值均在80%以上。测序获得GC含量的范围在37.23%—38.09%,样品苏薯9号和浙薯2号存在极端值,样品苏薯9号的GC含量在39.80%,样品浙薯2号GC含量在37.10%,所有样品GC含量均值为37.64%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共计获得597 094个SLAF标签,样品的平均测序深度为11.77×,其中多态性SLAF标签260 000个,占SLAF标签总数的43.54%。根据所获得的260 000个多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共计获得795 794个群体SNP位点。【结论】共获得498.14Mb的读长数据,597 094个高质量的SLAF标签,260 000个多态性SLAF标签,从260 000个多态性SLAF标签上共计开发获得795 794个高质量SNP位点。表明SLAF-seq技术可以很好地应用于甘薯SNP位点的开发,其效率远远高于SSR、AFLP、RAPD等分子标记技术。从全基因组范围获得的SNP位点可以进一步的用来完成后续群体进化分析和特异性SNP标记的开发。 展开更多
关键词 甘薯 SLAF-seq snp位点 高通量测序 分子标记
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青海高原型牦牛GHR基因多态性与生长发育的关联性
5
作者 丁维芹 祁增源 +3 位作者 刘亚倩 韩银仓 李文浩 孙永刚 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 2024年第1期9-15,35,共8页
【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分... 【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分析单核苷酸多态性(SNP)位点,研究不同基因型及其合并基因型与生长发育指标(体质量、体高、体斜长、胸围和管围)的关联性。【结果】青海高原型牦牛GHR基因上存在g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A 3个SNP位点,其中g.732195A>G上存在2种基因型(AA,AG),g.732091C>G和g.732373G>A上各存在3种基因型(分别为CC、CG、GG和GA、AA、GG);卡方检验表明,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A均处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态,且g.732195A>G为低度多态(PIC<0.25),g.732091C>G和g.732373G>A为中度多态(0.25<PIC<0.50)。与生长性状的关联性分析发现,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A能够显著或极显著影响高原型牦牛的体质量和胸围,优势基因型分别为g.732091C>G和g.732373G>A的GG以及g.732195A>G的AA。对合并基因型分析发现,合并基因型GG-AA-GG个体的生长发育尤其是体斜长表现最佳。【结论】青海高原型牦牛GHR基因有3个SNP位点,因其与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。 展开更多
关键词 高原型牦牛 GHR基因 snp位点 基因多态性 合并基因型
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基于SLAF-seq技术的红心火龙果SNP位点开发及遗传分析 被引量：11
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作者 俞超 陈煜 +2 位作者 汪财生 陈佳怡 金从标 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期591-596,共6页
为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得... 为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得到多态SLAF标签,在此标签基础上进一步开发特异性SNP位点,最后建立14种红心火龙果品种的进化树。本研究共开发159 560个SLAF标签,样品的平均测序深度为5.26×;共得到120 294个群体SNP,其中高一致性的群体SNP 51 859个。12种红心火龙果聚类结果发现,样品1、2、6、8、10同缘关系相近;样品3、5、7、9同缘关系相近;样品4、14同缘关系相对较近。研究表明应用SLAF-seq技术开发分子标记的效率比ISSR、RAPD、AFLP等常规技术更高。12种红心火龙果的聚类结果从基因组水平揭示不同地区品种之间的遗传分化关系,为火龙果种质的保护和遗传改良提供参考。 展开更多
关键词 红心火龙果 SLAF-seq snp位点 遗传分析
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鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析 被引量：3
7
作者 屠云洁 姬改革 +7 位作者 章明 刘一帆 巨晓军 单艳菊 邹剑敏 李华 陈智武 束婧婷 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第23期4769-4780,共12页
【目的】Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用,前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用,研究以金陵花鸡为研究对象,筛选Wnt3a SNPs,并分析其... 【目的】Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用,前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用,研究以金陵花鸡为研究对象,筛选Wnt3a SNPs,并分析其与毛囊密度性状的相关性,以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记,为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。【方法】采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a的SNPs位点进行筛查,分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。【结果】共发现14个SNP位点,在第2外显子发现1个SNP位点(SNP1),为同义突变;第2内含子发现4个突变位点(SNP2—SNP5),在第3内含子发现9个SNP位点(SNP6—SNP14)。卡方检验表明,第2外显子的1个突变位点(SNP1)和第2内含子的3个突变位点(SNP3—SNP5)的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05),第3内含子的9个SNPs(SNP6-SNP14)偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。SNP1—SNP5的He均小于0.50,PIC均小于0.25,这5个SNP位点遗传多样性较低。第3内含子的9个突变位点,SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25,其他6个突变位点0.25<PIC<0.5,为中度多态。单标记关联分析表明,公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型(P<0.05);母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型(P<0.05),在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著。14个SNPs连锁不平衡分析表明,SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型,H1(GAT)频率为0.882和H2(TCC)频率为0.118;SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型,其中H1(ACATTATC)和H2(ACGTCCCA),H3(ACGTTCCA),H4(GTGCTATA),H5(ACGTCCCC),单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014。SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2种单倍型组合后产生了3种单倍型组合,关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著;将SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后,公鸡有7种组合单倍型组合,毛孔数量差异不显著;母鸡有8种主要单倍型组合,其中H1H1(AACCAATTTTAATTCC)毛囊密度最大。SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关,单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)为母鸡优势单倍型。【结论】筛选到Wnt3a的14个SNPs位点,其中,SNP2(rs2587721 G>A)和SNP8(rs2555967G>A)位点与毛囊密度显著相关,8个SNPs(SNP6—SNP13)位点处于强连锁不平衡,母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1(AACCAATTTTAATTCC)单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关,可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。 展开更多
关键词 鸡 WNT3A 皮肤毛囊 snp位点 连锁不平衡
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基于SLAF-seq技术的乔木柳SNP位点开发 被引量：4
8
作者 李敏 郭聪 +3 位作者 王莹 李玉娟 谈峰 张健 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期891-895,共5页
【研究意义】采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义。【方法】本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因... 【研究意义】采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义。【方法】本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因组作为参考基因组,通过电子酶切预测,最终选择Hae III和Hpy166 II两种酶进行酶切试验,长度在314~364 bp之间的酶切片段序列定义为SLAF标签,预测可得SLAF标签126 008个,位于重复序列区的SLAF标签比例为1.60%。为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率,以水稻的测序数据为对照,通过SOAP软件比对水稻基因组(大小为382M)的测序reads与三角叶杨的基因组。【结果】通过研究得到双端比对效率为96.67%,酶切效率为92.06%,SLAF建库正常。采用本次研究中开发得到的SLAF标签277 333个,按照等位基因数和基因序列之间的差异,共获得99 526个多态性SLAF标签,比例达到35.89%。按照遗传学通用等位编码规则,成功编码了58 763个多态性SLAF标签。为构建遗传图谱进一步对SLAF标签进行过滤,最终获得6744个SLAF标签,进一步进行SNP位点的开发,在各连锁群上共开发得到9488个SNP位点。【结论】SLAF-seq技术可以很好地应用于乔木柳SNP位点的开发,可利用所开发的SNP标记,联系群体中不同个体的表型,关联定位与某性状紧密连锁的分子标记,进而可以实现优良基因的精细定位。 展开更多
关键词 乔木柳 SLAF-seq技术 snp位点
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巴马香猪周身皮肤厚度的测量及其与7号染色体候选SNPs位点的关联分析 被引量：3
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作者 黄涛 黄晓畅 +11 位作者 邱恒清 严国荣 黄贻忠 张弋峰 江嘉程 周李生 任军 麻骏武 肖石军 黄路生 杨斌 艾华水 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第16期3219-3228,共10页
【目的】测定中国地方小型猪品种巴马香猪成年时周身9个典型部位的皮肤厚度,揭示巴马香猪不同部位皮肤厚度变化规律,进行9个部位皮肤厚度与候选SNPs位点的关联分析,在巴马香猪群体中验证影响皮肤厚度的7号染色体主效QTL,为进一步在巴马... 【目的】测定中国地方小型猪品种巴马香猪成年时周身9个典型部位的皮肤厚度,揭示巴马香猪不同部位皮肤厚度变化规律,进行9个部位皮肤厚度与候选SNPs位点的关联分析,在巴马香猪群体中验证影响皮肤厚度的7号染色体主效QTL,为进一步在巴马香猪群体中大规模开展皮肤厚度等形态变化的分子遗传控制机理及其相关基因功能研究奠定基础,从而增强人们对猪皮肤的认知。【方法】从一个由319头300日龄巴马香猪组成的成年屠宰群体中,随机选取50头,包括27头母猪和23头阉割公猪,分别取头脸、肩、背、肷、臀、胸、下腹、腋下和管等9个部位的皮肤,利用电子游标卡尺对这些不同部位皮肤厚度进行精确测量,利用R语言基本统计包进行不同部位和不同性别间皮肤厚度的差异分析以及不同部位间皮肤厚度的相关分析。在猪7号染色体34.5-36.2Mb的区域选取46个SNPs位点,利用MassARRAY时间飞行质谱技术进行基因分型,结合上述测定的皮厚表型,利用广义混合线性模型及R语言SNPassoc软件包进行目标候选区域的关联分析。根据关联分析结果和基因的生物学功能确定可能的位置候选基因。【结果】(1)单因素方差分析表明巴马香猪9个部位的皮肤厚度存在极显著差异(P=2.95×10^(-117)),肷部和背部的皮肤最厚,分别为(5.15±0.92)和(4.97±0.85)mm,下腹和腋下的皮肤最薄,分别为(1.77±0.36)和(1.97±0.68)mm。皮肤厚度从厚到薄依次是肷部、背部、肩部、头脸、臀部、管部、胸部、腋下和下腹。(2)阉割公猪腋下皮肤厚度显著小于母猪的(P=0.021),其它部位皮肤厚度在母猪和阉割公猪间差异均不显著。(3)除了下腹皮肤厚度与背部、肩部、头脸部的不相关(P>0.05)外,巴马香猪不同部位两两之间皮肤厚度均呈现不同程度地显著或极显著正相关。(4)关联分析结果表明,9个不同部位的皮肤厚度表型均与候选区域的某些SNPs存在极显著的关联,从强到弱依次是肷部、肩部、背部、腋下、臀部、胸部、头脸、管部和下腹。从而,证实了巴马香猪群体存在影响猪皮肤厚度的7号染色体主效QTL。(5)3个与皮肤厚度关联性最强的SNPs值得进一步关注,分别位于7号染色体的34856565、35543837和35573869位置。肷部的皮肤厚度与SNP(chr7:34856565)的关联显著性最强(P_(cor)=5.15×10^(-6)),这个SNP也是肩部皮肤厚度最关联(P_(cor)=5.75×10^(-6))的位点。SNP(chr7:35543837)是腋下(P_(cor)=3.05×10^(-5))、臀部(P_(cor)=0.010)、胸部(P_(cor)=0.013)和头脸(P_(cor)=0.025)皮肤厚度的最关联位点,也是肩部皮肤厚度的次最关联位点。SNP(chr7:35573869)则是背部皮肤厚度的最关联位点(P_(cor)=1.17×10^(-5)),SNPs(chr7:35543837和chr7:34856565)次之。(6)根据最强关联SNPs所在基因及基因生物学功能,初步推测ANKS1A和HMGA1基因可能是影响皮肤厚度的候选因果基因。【结论】较全面地测量了中国小型地方猪品种巴马香猪周身皮肤厚度,揭示了巴马香猪皮肤厚度在不同部位之间的变化规律。在巴马香猪群体中验证了影响皮肤厚度的7号染色体主效QTL位点,肷部、背部和肩部皮肤厚度表型性状与候选SNPs位点关联性更强,可能适合下一步大规模深入分析。ANKS1A和HMGA1基因可能是影响皮肤厚度的候选因果基因,但需要进一步生物学功能试验证明。 展开更多
关键词 巴马香猪 皮肤厚度 候选snps位点 关联分析
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猪SLA-DRA基因SNP位点筛选及其生物信息学分析 被引量：2
10
作者 刘丽霞 张丽 +5 位作者 田晓静 陈红 寸海霞 金丽 谭小音 谢德琼 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1077-1085,共9页
以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基... 以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基因SNP位点,分别为外显子1的A^(177)G,外显子2的A^(3093)C,以及外显子4的A^(4167)G、A^(4246)G、C^(4282)T和G^(4293)A,其中A^(3093)C、A^(4167)G和G^(4293)A为错义突变,分别导致甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu)、谷氨酰胺(Gln)变为精氨酸(Arg)和精氨酸(Arg)变为组氨酸(His)。以3个错义SNP位点为基础,构建了6种DRA单倍型,其中H1、H3和H6为主要单倍型,频率分别为0.25、0.21和0.21。生物信息学分析表明,三个猪种DRA基因单倍型的mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构与野生型均存在一定的差异。研究结果可为八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪的保种和抗病育种提供理论依据。 展开更多
关键词 猪 SLA-DRA snp位点 生物信息学
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基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发 被引量：7
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作者 耿广东 陈立杰 张素勤 《经济林研究》 北大核心 2019年第2期7-12,共6页
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因... 为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。 展开更多
关键词 古茶树 SLAF-seq snp位点 高通量测序 分子标记
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猪FBXL8基因第二内含子的克隆测序及SNP位点检测 被引量：1
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作者 李勇 杨述林 +5 位作者 崔文涛 牟玉莲 唐中林 储明星 彭克美 李奎 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期938-941,共4页
为探明猪FBXL8基因的分子结构特征,本试验以人FBXL8基因的mRNA序列作为信息探针,搜集猪同源基因EST序列,并构建EST重叠群Contig,设计出合适的引物,以湖北通城、大白和长白猪基因组为模板,应用PCR技术克隆测定FBXL8基因的第二内含子序列... 为探明猪FBXL8基因的分子结构特征,本试验以人FBXL8基因的mRNA序列作为信息探针,搜集猪同源基因EST序列,并构建EST重叠群Contig,设计出合适的引物,以湖北通城、大白和长白猪基因组为模板,应用PCR技术克隆测定FBXL8基因的第二内含子序列。序列分析结果表明猪FBXL8基因第二内含子为855 bp。通过运用SEQMAN软件对3个品种的序列比较分析,初步发现第二内含子的第325、361和493位碱基为SNP位点。 展开更多
关键词 FBXL8 第二内含子 克隆测序 snp位点检测
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基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析 被引量：4
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作者 梁芳 张继 +4 位作者 吕平 龙凌云 黄惠芳 檀小辉 韦丽君 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期325-331,共7页
【目的】发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础。【方法】从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的db EST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰... 【目的】发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础。【方法】从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的db EST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析。【结果】对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点。从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%。通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性。【结论】NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性。 展开更多
关键词 玫瑰 EST序列 snp位点 生物信息学 NCBI
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基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发 被引量：1
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作者 杨光 孙兰英 +1 位作者 李鹏举 段亚东 《中国农学通报》 2018年第36期58-64,共7页
为分析树莓群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。选用23个栽培种树莓以用SLAF-seq技术测序,从树莓全基因组范围开发SNP位点,以黑树莓基因组为参考基因组,通过生物信息学分析进行电子酶切预测,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文... 为分析树莓群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。选用23个栽培种树莓以用SLAF-seq技术测序,从树莓全基因组范围开发SNP位点,以黑树莓基因组为参考基因组,通过生物信息学分析进行电子酶切预测,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库。通过高通量测序的方式获得海量序列标签,利用软件分析比对,获得多态性SLAF标签,进而开发大量特异性SNP位点。对照水稻的测序数据与参考基因组比对结果,双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,说明SLAF建库正常。通过测序共产生59.93 Mb的读长数据,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共获得425402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121610个。获得749811个有效单核苷酸多态(SNP),利用这些SNP分析了23个树莓种质的群体结构与系统发生树。利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记。 展开更多
关键词 树莓 SLAF-seq 高通量测序 分子标记 snp位点
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应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析
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作者 毛立彦 龙凌云 +7 位作者 檀小辉 檀业维 韦勇杰 於艳萍 宾振钧 覃剑锋 覃茜 金刚 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期74-80,85,共8页
利用生物信息学手段,从NCBI中db EST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析。采用DNASTAR软件中的SeqMan程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得... 利用生物信息学手段,从NCBI中db EST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析。采用DNASTAR软件中的SeqMan程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2 267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点。经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17%,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点。不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点。突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5%、37.7%、1.8%。通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89%以上。 展开更多
关键词 石斛 EST序列 snp位点
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基于神经网络预测的SNP信息的剪接点识别算法研究
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作者 赵婧 魏彬 +1 位作者 陈明淑 张晓娟 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2016年第5期885-890,共6页
随着基因组计划的完成,人们需要尽快从这些海量数据中了解基因组的结构,揭示生命的奥秘,剪接位点识别是其中的一个重要环节,然而到目前为止该问题仍未能得到很好的解决。在分析此问题时引入了第三代遗传标记单核苷酸多态性(SNP),以期探... 随着基因组计划的完成,人们需要尽快从这些海量数据中了解基因组的结构,揭示生命的奥秘,剪接位点识别是其中的一个重要环节,然而到目前为止该问题仍未能得到很好的解决。在分析此问题时引入了第三代遗传标记单核苷酸多态性(SNP),以期探索变异对剪接机制的影响;其次,对DNA序列的数字化进行了探讨。通过实验表明,单核苷酸多态性的引入对于剪接位点识别算法的性能有着一定的影响,此外文中提出的编码方法对预测精度的提升亦有正面作用,整体效果比目前常用方法有了大幅提升。 展开更多
关键词 snp 剪接位点预测 人工神经网络 符号序列分析
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猪THRSP基因5’调控区多位点SNP联合效率的研究
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作者 谢亚男 焦明慧 +5 位作者 陈宏权 潘中婷 陈公伟 周梅 王学故 马帮军 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期278-281,共4页
旨在分析猪THRSP基因5’调控区多位点SNP联合调控THRSP基因表达的效率。实验从猪基因组获取包含多位点SNP的目的片段,利用荧光素酶报告基因pGL3-Basic构建表达载体,检测多位点SNP的联合启动效率,并通过实时荧光定量PCR进行THRSP基因表... 旨在分析猪THRSP基因5’调控区多位点SNP联合调控THRSP基因表达的效率。实验从猪基因组获取包含多位点SNP的目的片段,利用荧光素酶报告基因pGL3-Basic构建表达载体,检测多位点SNP的联合启动效率,并通过实时荧光定量PCR进行THRSP基因表达验证分析。结果表明,在5个SNP位点中,TCAGA的启动效率最高,比CTGGA的启动效率高129%,而CCAGA、CTAGA和CTGAT的启动效率较CTGGA分别低99.0%、73.2%和42.6%。TCAGA的启动效率较CCAGA高75.6%,而CCAGA比CTAGA的启动效率高96.6%;报告基因所揭示的SNP启动效率与THRSP基因实时荧光定量PCR结果一致。 展开更多
关键词 THRSP基因 多位点snp联合调控 基因表达 猪 脂肪沉积
原文传递
microRNAs的SNPs研究进展 被引量：2
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作者 张谊 《西昌学院学报（自然科学版）》 2013年第1期7-13,共7页
miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究... miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究情况进行综述,对miRNAs的SNP在未来可能的为人类疾病治疗、提高畜禽生产性能方面的作用进行思考。 展开更多
关键词 microRNA pre—microRNAs 成熟miRNAs miRNAs靶基因 snp
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猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析 被引量：8
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作者 杨慧 陈宝剑 +3 位作者 兰干球 郭亚芬 蒋钦杨 杨秀荣 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2052-2057,共6页
【目的】探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础。【方法】采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代... 【目的】探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础。【方法】采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析。【结果】猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型。G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同)。A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著。【结论】猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记。 展开更多
关键词 猪 GHR基因 snp位点 多态性 PCR-RFLP CRS-PCR-RFLP 生长性状 关联分析
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中华鳖IGF2基因SNP标记与生长性状的关联分析 被引量：6
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作者 彭娜 曾丹 +4 位作者 王晓清 王佩 罗志嘉 李潇 周先文 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期88-94,共7页
采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高... 采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具有用作中华鳖生长性状分子标记辅助育种的潜力。 展开更多
关键词 中华鳖 IGF2基因 snp标记 生长性状
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