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Sanger测序和AMRS-PCR检测ALDH2基因突变结果的比较
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作者 罗莎 林昌海 +4 位作者 毛雪莹 王贵宇 徐莉 李欣 张晓莉 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第13期1614-1617,1623,共5页
目的比较Sanger测序法与扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)在检测患者线粒体乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因突变方面的差异。方法将2019年10月至2020年1月于陆军军医大学第一附属医院治疗的350例有冠心病、心肌梗死、心绞痛、原发性高血压病史的... 目的比较Sanger测序法与扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)在检测患者线粒体乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因突变方面的差异。方法将2019年10月至2020年1月于陆军军医大学第一附属医院治疗的350例有冠心病、心肌梗死、心绞痛、原发性高血压病史的患者纳入研究,收集受试者外周血标本。用Sanger测序法与ARMS-PCR法检测ALDH2基因突变,分析两种方法检测结果的差异。结果两种方法检测ALDH2基因突变的总突变率均为33.1%,AA纯合型突变率为3.7%,GA杂合型突变率为29.4%。两种方法检测结果的总符合率为100.00%,突变型阳性符合率和阴性符合率均为100.00%,ARMS-PCR法与Sanger测序法对临床标本的检测结果一致性较好(Kappa≥0.7,P<0.05),具有等效性。另外,ARMS-PCR法检测出的ALDH2基因型分布情况与性别、年龄无关(P>0.05)。结论Sanger测序法和ARMS-PCR法均可准确、有效地检测ALDH2突变情况,但基于成本优势和操作简便的原则,ARMS-PCR法在临床实践中更具优势。 展开更多
关键词 硝酸甘油耐受 ALDH2基因突变 sanger测序 扩增阻滞突变系统PCR
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Sanger测序法在乙型肝炎患者耐药突变检测中的应用 被引量:4
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作者 马亮 于洋 +4 位作者 张婧莹 丛笑 刘倩 杨辉 曹永彤 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第1期1-3,7,共4页
目的分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考。方法... 目的分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考。方法收集中日友好医院215例HBV-DNA拷贝数大于103的乙型肝炎患者血清,提取血清中的HBV-DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)方法进行扩增,并对PCR产物进行Sanger测序,使用STANFORD软件分析比对测序结果。并采用SPSS17.0软件进行统计学处理。结果本研究中,共有40例(18.6%,40/215)患者检测到发生耐药基因突变,其中具有对应参考价值的为21例(9.77%,21/215)。这215例患者中相关药物耐药突变发生率从高至低依次是LdT(9.77%,21/215)、FTC(7.44%,16/215),ETV(6.98%,15/215),LdT(6.05%,13/215),ADV(0.93%,2/215);未检出与TDF耐药相关突变。215例患者中C基因型发生率明显高于B基因型(P<0.01),C基因型与B基因型基因突变情况差异无统计学意义(P>0.05)。结论该研究提示Sanger测序可以较全面地分析乙型肝炎耐药基因突变情况;并且该研究也提示LAM药物作为慢性乙型肝炎(CHB)治疗首选药物的高耐药发生性。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 耐药基因突变 sanger测序 基因分型
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比较实时荧光PCR法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌BRAF基因突变 被引量:3
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作者 邱田 黄文亭 +6 位作者 郭蕾 鲁海珍 凌云 山灵 李文斌 吕宁 应建明 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期756-758,共3页
目的分析实时荧光PCR(real-time PCR)法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的阳性率及符合率。方法收集312例甲状腺乳头状癌手术切除标本,分别采用real-time PCR法和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌中BRAF V600E... 目的分析实时荧光PCR(real-time PCR)法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的阳性率及符合率。方法收集312例甲状腺乳头状癌手术切除标本,分别采用real-time PCR法和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌中BRAF V600E基因突变情况。结果 312例甲状腺乳头状癌标本real-time PCR法和Sanger测序法检出BRAF基因突变的阳性率分别为65.4%(204/312)、63.8%(199/312)。BRAF基因突变与患者性别无关,与患者年龄相关;两种方法检测结果总符合率为98.4%。结论 real-time PCR法适用于BRAF基因突变的检测。 展开更多
关键词 甲状腺肿瘤 乳头状癌 BRAF基因突变 实时荧光PCR sanger测序
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SNPscan法与Sanger测序法用于感音神经性聋患者常见聋病基因检测的对比研究 被引量:2
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作者 李勇 陈兴健 +3 位作者 边盼盼 陈迟 朱一鸣 郭玉芬 《听力学及言语疾病杂志》 CSCD 北大核心 2017年第4期363-368,共6页
目的比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点。方法在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静... 目的比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点。方法在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan法对GJB2、SLC26A4和mtDNA基因常见115个突变位点进行筛查,采用Sanger测序法对GJB2基因的第二个外显子、SLC26A4基因P8和P18两个外显子、mtDNA的两个常见突变位点进行测序,比较两种方法基因筛查的结果。结果经SNPscan法检测151例患者GJB2、SLC26A4、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T基因突变的总检出率为23.18%(35/151),其中东乡族、裕固族、保安族的检出率分别为21.31%(26/122)、54.54%(6/11)、16.67%(3/18),与Sanger测序法的筛查结果一致,差异无统计学意义(P>0.05);SNPscan法在三个基因的致病基因型检出率分别为11.26%(17/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),而Sanger测序法的检出率分别为9.93%(15/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),差异无统计学意义(P>0.05)。完成上述三种基因突变筛查SNPscan法耗时约10天,而Sanger测序法耗时约1个月,且前者费用较低,可同时对多个位点进行检测。结论与Sanger测序法相比较,SNPscan法用于聋病基因检测耗费时间短,通量较高,成本较低,得到更多的有意义的突变位点,有利于降低假阴性率,因此,在进行全部外显子测序前先进行SNPscan法筛查更有意义。 展开更多
关键词 SNPscan法 sanger测序 基因突变 感音神经性聋
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ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较 被引量:2
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作者 薛小磊 赵亮 +2 位作者 潘志华 黎相照 丁彦青 《诊断病理学杂志》 2018年第2期99-103,共5页
目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程... 目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度。结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和Sanger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8%(54/113)和34.5%(39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2%(39/54)。ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P<0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P>0.05)。其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT>GAT(G12D)和GGC>GAC(G13D)双突变。结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致。ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多。综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率。 展开更多
关键词 ARMS法 sanger测序 结肠癌 KRAS基因
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外显子测序联合Sanger测序行X-连锁重症联合免疫缺陷家系分析及产前诊断1例报告 被引量:2
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作者 韦懿芸 曾繁娟 +1 位作者 庞丽红 杨冬艳 《广西医学》 CAS 2019年第14期1770-1773,共4页
目的探讨外显子测序联合Sanger测序应用于X-连锁重症联合免疫缺陷(X-SCID)家系分析及产前诊断的可行性。方法回顾性分析1例X-SCID先证者病史及家族史。用外显子测序技术对先证者免疫缺陷相关基因的外显子进行测序,捕获致病基因后,提取... 目的探讨外显子测序联合Sanger测序应用于X-连锁重症联合免疫缺陷(X-SCID)家系分析及产前诊断的可行性。方法回顾性分析1例X-SCID先证者病史及家族史。用外显子测序技术对先证者免疫缺陷相关基因的外显子进行测序,捕获致病基因后,提取其父母外周血DNA,采用Sanger测序技术进行验证。确定先证者该致病基因遗传于其母亲后,其母亲再次妊娠9周时绒毛取样提取DNA并采用Sanger测序行产前诊断。结果外显子测序结果提示先证者X染色体白细胞介素2受体的γ共用链(IL2RG)基因存在错义突变(c.713G>A,p.Ser238Asn)。Sanger测序结果显示,先证者母亲该位点存在杂合突变,其父亲该位点未见异常。先证者母亲再次妊娠时胚胎绒毛组织X染色体IL2RG基因存在错义突变,诊断胎儿为X-SCID。结论应用外显子测序法捕获X-SCID的相关致病基因,再使用Sanger测序验证并行孕早期产前诊断,可有效预防X-SCID患儿出生。 展开更多
关键词 X-连锁重症联合免疫缺陷 白细胞介素2受体的γ共用链 外显子 sanger测序 家系分析 产前诊断 病例报告
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Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用
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作者 孙怡 张庆义 +1 位作者 魏宽霞 马将军 《国际检验医学杂志》 CAS 2017年第3期355-357,共3页
目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分... 目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。 展开更多
关键词 吉西他滨 胞苷脱氨酶 sanger测序
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焦磷酸测序法和Sanger测序法检测丙型肝炎病毒基因分型的方法学比较 被引量:5
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作者 渠滕 田文君 +4 位作者 刘义庆 刘春梅 张庆 崔朝杰 邱旸 《中国现代医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第21期66-70,共5页
目的探讨焦磷酸测序法检测丙肝分型在临床应用中的准确性和敏感性,评价其方法的优缺点。方法收集100例丙肝患者的血浆标本,分装相同的2份,通过焦磷酸测序法和Sanger测序法分别进行丙型肝炎病毒基因分型的检测,对两种测序方法的结果进行... 目的探讨焦磷酸测序法检测丙肝分型在临床应用中的准确性和敏感性,评价其方法的优缺点。方法收集100例丙肝患者的血浆标本,分装相同的2份,通过焦磷酸测序法和Sanger测序法分别进行丙型肝炎病毒基因分型的检测,对两种测序方法的结果进行比较。结果焦磷酸测序法和Sanger测序法检测HCVR N A基因分型时,100例标本中,92例结果一致,8例结果不一致,一致率为92%。其中,HCV-R N A病毒载量>1×104IU/ml有80例,其测序结果完全一致为100%,HCV-R N A病毒载量<1×104 IU/ml有20例,其中焦磷酸测序共检测20例,Sanger测序法共检测14例,12例结果相同。结论焦磷酸测序法检测丙型肝炎病毒基因分型,不仅结果准确可靠,而且与Sanger测序法比较,其敏感性更高。此外,焦磷酸测序还可以进行定量分析。 展开更多
关键词 丙型肝炎 焦磷酸 sanger测序
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超声快速石蜡与常规石蜡在胃肠道间质瘤Sanger测序中结果的对比分析 被引量:3
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作者 张茜 杨月红 章宏峰 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期480-482,共3页
随着病理技术的发展,各种利用超声震动、恒温水浴和专用试剂对病理组织完成固定、脱水、透明全过程于一体的病理组织处理仪得到广泛应用,是目前国内病理科常用的快速制片方法之一[1]。因其方法简便快捷、省时省力,很多病理科会用超声快... 随着病理技术的发展,各种利用超声震动、恒温水浴和专用试剂对病理组织完成固定、脱水、透明全过程于一体的病理组织处理仪得到广泛应用,是目前国内病理科常用的快速制片方法之一[1]。因其方法简便快捷、省时省力,很多病理科会用超声快速石蜡方法对胃肠镜活检组织进行制片,据文献报道,在某些活检组织中,超声快速石蜡制片可以获得跟常规制片一致的HE染色的形态学结果[2]。在后续没有手术大标本的情况下,还需要用活检组织对胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumour,GIST)的患者进行Sanger测序检测C-Kit和PDGFRA基因突变的情况。本文主要探讨经超声快速脱水处理的组织在GIST Sanger测序中对C-Kit和PDGFRA基因突变检测结果的影响,以及与常规脱水组织在GIST Sanger测序中的C-Kit和PDGFRA基因突变检测结果的对比分析。 展开更多
关键词 胃肿瘤 胃肠道间质瘤 超声快速石蜡 常规石蜡 sanger测序
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Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性比较分析 被引量:2
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作者 梁红玲 李洪胜 +6 位作者 黄健清 苏健 金田恩 韩国栋 敖翔 邱霓 谭小军 《循证医学》 CSCD 2018年第6期370-375,共6页
目的比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性。方法共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率。采用卡方检验分析... 目的比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性。方法共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率。采用卡方检验分析BIM缺失多态性在不同临床特征患者中的比例情况。采用配对卡方检验和κ系数检验分析两种方法的一致性。结果 Sanger测序法检测出39例患者BIM基因缺失,阳性率为11.61%;Snapshot法检测出47例患者BIM基因缺失,阳性率为13.99%。Sanger测序法检测出的BIM突变状态在不同年龄阶段(χ~2=6.242,P=0.044)和孕激素表达水平(χ~2=4.070,P=0.044)的乳腺癌中差异有统计学意义。配对卡方检验显示两种检测方法差异无统计学意义(P=0.152),Kappa检验结果表明两种方法的一致性较好(吻合系数κ=0.695,P=0.000)。结论在中国乳腺癌患者中BIM缺失多态性的比例约为11.61%。Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性具有较好的一致性,可以相互补充。 展开更多
关键词 乳腺癌 BIM基因 sanger测序 Snapshot检
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ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本EGFR基因突变分析 被引量:1
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作者 梁继珍 苏宁 +1 位作者 谢亚琳 易基群 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第13期2104-2107,2118,共5页
目的应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性。方法分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较... 目的应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性。方法分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较其间的一致性。结果 ARMS法及测序法检测EGFR基因突变率分别为46.1%(47/102)、37.7%(52/138),ARMS法EGFR基因突变率女性高于男性(61.9%vs 35.0%,P=0.007),而与年龄、吸烟、活检部位、活检方法、标本性质、原发肿瘤、淋巴结、远处转移、分期无关(P>0.05)。测序法EGFR基因突变率与活检部位存在相关性(P=0.049),与其他临床病理特征均无关(P>0.05)。二者的一致率为64.1%(25/39),Kappa系数为0.499(P<0.001)。结论 ARMS法与测序法对晚期肺腺癌的临床小样本进行EGFR检测具有中等的一致性。 展开更多
关键词 肺肿瘤 腺癌 表皮生长因子受体 ARMS法 sanger测序
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荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析 被引量:1
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作者 熊艳蕾 王雷明 +5 位作者 刘莉 王玮 胡泽良 姚盈盈 段焕利 滕梁红 《北京医学》 CAS 2022年第3期245-248,共4页
目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致... 目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。 展开更多
关键词 胶质瘤 端粒酶反转录酶基因启动子突变 荧光聚合酶链反应-毛细管电泳法 sanger测序
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ddPCR技术和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的比较分析 被引量:3
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作者 时运 王卓 《中国肿瘤外科杂志》 CAS 2021年第3期287-290,共4页
目的探讨微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)患者BRAF V600E基因突变检测中的应用。方法应用ddPCR技术和Sanger测序法同时检测病例组90例PTC患者及对照组19例甲状腺良性病变... 目的探讨微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)患者BRAF V600E基因突变检测中的应用。方法应用ddPCR技术和Sanger测序法同时检测病例组90例PTC患者及对照组19例甲状腺良性病变患者术后福尔马林固定后石蜡包埋标本的BRAF V600E基因突变,检测结果加以分析对比。结果ddPCR法检测病例组BRAF V600E基因突变,检出率73.33%(66/90),Sanger测序法检出率53.33%(48/90)。与Sanger测序法相比,采用ddPCR法检测敏感性和特异性分别为100.00%和57.14%,阳性预测值和阴性预测值分别为72.73%和100.00%,两种方法一致率为80%。采用ddPCR法检测基因突变丰度为0.35%~47.50%。其中68.18%的样本(45/66)基因突变丰度≥10%,9.09%的样本(6/66)基因突变丰度在5%~10%,22.73%的样本(15/66)基因突变丰度≤5%。突变丰度≥10%的全部45例样本采用Sanger测序法均可检测出,突变丰度在5%~10%的6例样本中有3例可检测出,其余样本未检测出突变。Sanger测序法和ddPCR法均未在对照组中检出BRAF V600E基因突变。结论ddPCR法检测PTC患者BRAF V600E基因突变,灵敏度好,检出率更高,特别适合检测肿瘤DNA含量和突变丰度较低的样品。可替代Sanger测序法,在临床检测中应用推广。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 BRAF V600E基因突变 微滴式数字PCR sanger测序
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Sanger测序与ARMS-PCR在非小细胞肺癌EGFR基因突变检测中的比较及应用评价 被引量:6
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作者 葛闯 易琳 +3 位作者 唐万燕 吴明凤 杨薇 辇伟奇 《国际检验医学杂志》 CAS 2018年第21期2648-2653,共6页
目的比较Sanger测序法与ARMS-PCR法检测肺癌表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的差异,评价两种基因突变检测方法用于目标人群的临床应用价值。方法收集2016年4-9月123例非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本。用Sanger测序法与ARMS-PCR法检测EGFR... 目的比较Sanger测序法与ARMS-PCR法检测肺癌表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的差异,评价两种基因突变检测方法用于目标人群的临床应用价值。方法收集2016年4-9月123例非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本。用Sanger测序法与ARMS-PCR法检测EGFR基因第18~21号外显子基因突变,分析两种检测手段之间的方法学差异以及临床病理行为对基因突变的影响,随访并比较受检人群的生存状况。结果 Sanger测序法EGFR基因突变总检出率为36.6%(45/123),ARMS-PCR法基因突变总检出率为48.0%(59/123)。Sanger测序与ARMS-PCR两种方法在不同类型标本中的阳性率分别是手术标本:35.8%(19/53)与49.1%(26/53),穿刺标本:50.0%(11/22)与54.5%(12/22),纤维支气管镜标本:30.0%(3/10)与40.0%(4/10),胸水标本:31.6%(12/38)与44.7%(17/38)。EGFR基因突变多见于≤65岁(54.2%)、女性(61.0%)、非吸烟(60.6%)、腺癌(50.9%)人群。未接受靶向治疗组与接受靶向治疗的Sanger阳性患者组、ARMS-PCR阳性患者组的治疗效果差异均有统计学意义(X^2=4.797,P=0.029;X^2=7.270,P=0.007),Sanger组敏感突变患者与ARMS-PCR组敏感突变患者接受TKIs的疗效差异无统计学意义(X^2=0.141,P=0.708)。结论两种检测方法对NSCLC患者的靶向治疗决策均具有积极意义,但基于灵敏度更高、操作更简便的最优原则,ARMS-PCR法在临床实践中更具优势。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 sanger测序 ARMS-PCR 靶向治疗
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Sanger测序法和突变扩增阻滞系统法检测非小细胞肺癌EGFR基因19、21号外显子突变的临床价值比较 被引量:8
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作者 王建华 李纪鹏 +1 位作者 金明威 李珊凤 《浙江医学》 CAS 2017年第2期97-101,共5页
目的比较Sanger测序法和突变扩增阻滞系统(ARMS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR基因19、21号外显子突变的临床价值。方法收集经病理组织学确诊的NSCLC患者肺部原发或转移癌标本102例,其中石蜡包埋组织75例,病理活检标本27例;采用Sanger... 目的比较Sanger测序法和突变扩增阻滞系统(ARMS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR基因19、21号外显子突变的临床价值。方法收集经病理组织学确诊的NSCLC患者肺部原发或转移癌标本102例,其中石蜡包埋组织75例,病理活检标本27例;采用Sanger测序法和ARMS法检测上述标本EGFR基因19、21号外显子突变情况,分析其与患者临床病理学特征的关系。结果 ARMS法突变检出率为48.0%(49/102),高于Sanger测序法的32.3%(31/96),两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。病理活检组织ARMS法突变检出率为57.1%(12/21),明显高于Sanger测序法的23.8%(5/21),差异有统计学意义(P<0.05);石蜡包埋组织ARMS法和Sanger测序法突变检出率分别为49.3%(37/75)和34.7%(26/75),两者比较差异无统计学意义(P>0.05)。女性患者EGFR基因突变检出率68.0%高于男性患者的28.8%,未吸烟患者突变检出率65.5%高于吸烟患者的27.7%,腺癌患者突变检出率62.3%高于鳞癌患者的26.8%,差异均有统计学意义(均P<0.05);但EGFR基因突变检出率和有无淋巴结转移及年龄比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论 EGFR基因19、21号外显子突变好发于女性、未吸烟患者和腺癌患者,Sanger测序法对大组织样本及未知突变检测更有优势,ARMS法对病理活检、微小样本及要求灵敏度高的样本检测更为适合,结合2种方法检测结果更为全面可靠。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 基因突变 外显子 sanger测序 ARMS法
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联合应用PCR扩增和Sanger测序对脊髓小脑型共济失调进行基因诊断的临床意义 被引量:3
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作者 陈韭铭 顾鸣敏 孙顺昌 《检验医学》 CAS 2019年第6期534-538,共5页
目的分析1个遗传性脊髓小脑型共济失调(SCA)家系的基因突变情况,对该家系进行分型,为遗传咨询提供依据。方法采集1个SCA家系5例个体(含3例患者)的外周血,提取基因组DNA。设计9对引物,采用聚合酶链反应(PCR)分别扩增SCA1、SCA2、SCA3、S... 目的分析1个遗传性脊髓小脑型共济失调(SCA)家系的基因突变情况,对该家系进行分型,为遗传咨询提供依据。方法采集1个SCA家系5例个体(含3例患者)的外周血,提取基因组DNA。设计9对引物,采用聚合酶链反应(PCR)分别扩增SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA12、SCA17、齿状肌麻痹性萎缩(DRPLA)基因,筛选该家系的致病基因。对筛选出的SCA致病基因通过Sanger测序进行验证。结果 3例患者SCA3基因中CAG重复序列数分别为76、78和75,超出文献报道的12~44重复数的正常范围,确诊为SCA3家系。通过PCR扩增及Sanger测序,家系中1例携带CAG重复序列数为74的个体被确诊为SCA3致病基因携带者。结论联合应用PCR扩增和Sanger测序是一种简单易行的SCA基因诊断途径,可应用于携带者诊断和产前诊断。 展开更多
关键词 遗传性脊髓小脑型共济失调 聚合酶链反应 sanger测序 基因诊断
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基因芯片联合Sanger测序技术在非综合征型聋患者基因诊断中的应用 被引量:3
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作者 伍丽东 唐宁 +6 位作者 严提珍 李哲涛 李健鸿 李伍高 庞红 罗世强 邱琪 《听力学及言语疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期569-574,共6页
目的应用基因芯片联合Sanger测序技术检测广西壮族自治区听力言语康复中心非综合征型聋患者的基因突变谱系及基因型,为基因诊断、遗传咨询及防聋治聋提供参考。方法对广西壮族自治区听力言语康复中心136例双侧重度及以上程度感音神经性... 目的应用基因芯片联合Sanger测序技术检测广西壮族自治区听力言语康复中心非综合征型聋患者的基因突变谱系及基因型,为基因诊断、遗传咨询及防聋治聋提供参考。方法对广西壮族自治区听力言语康复中心136例双侧重度及以上程度感音神经性非综合征型聋患儿采集外周血并提取基因组DNA,用遗传性聋基因芯片对4个耳聋易感基因的9个突变位点(GJB2基因:c.35delG、c.235delC、c.176del16、c.299delAT;GJB3基因:c.538C>T;SLC26A4基因:c.919-2A>G、c.2168A>G;mtDNA 12SrRNA基因:m.1494C>T、m.1555A>G)进行分析。基因芯片技术未确诊的样本采用Sanger测序法进一步检测。结果通过基因芯片技术在20例聋儿中检出GJB2、SLC26A4和线粒体12SrRNA基因突变,总检出率为14.71%(20/136);结合Sanger测序技术,34例聋儿检出GJB2、SLC26A4和12SrRNA基因突变,总检出率为25%(34/136),发现6种基因芯片技术未检出的SLC26A4突变位点(c.259G>T、c.754C>T、c.1229C>T、c.1548_1549insC、c.1705+5A>G和c.2086C>T)。GJB2基因以c.235delC突变为主,SLC26A4基因以c.919-2A>G、c.754C>T和c.1229C>T为主;GJB2和SLC26A4基因突变者占本组病例基因突变总例数的38.24%(13/34)和58.82%(20/34)。结论基因芯片联合Sanger测序技术可以提高非综合征型聋患者基因突变的检出率;广西壮族自治区听力言语康复中心非综合征型聋患者热点突变基因以GJB2和SLC26A4基因为常见。 展开更多
关键词 非综合征型聋 易感基因 基因芯片 sanger测序
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蓝白斑联合Sanger测序技术检测KRAS基因12位密码子突变 被引量:1
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作者 温博雅 彭翠英 +1 位作者 徐畅 周翠兰 《中南医学科学杂志》 CAS 2020年第6期647-650,667,共5页
为研究蓝白斑联合Sanger测序检测KRAS基因12位密码子突变的可行性,将M12突变型质粒与WT野生型质粒按1∶30,1∶100,1∶300,1∶1000的比例混合以模拟游离DNA(cDNA),利用蓝白斑技术联合Sanger测序对KRAS基因稀有突变进行检测。结果显示,蓝... 为研究蓝白斑联合Sanger测序检测KRAS基因12位密码子突变的可行性,将M12突变型质粒与WT野生型质粒按1∶30,1∶100,1∶300,1∶1000的比例混合以模拟游离DNA(cDNA),利用蓝白斑技术联合Sanger测序对KRAS基因稀有突变进行检测。结果显示,蓝白斑技术联合Sanger测序,可以检测出达到0.1%的KRAS基因稀有突变,无假阳性。通过改变阅读框架,使密码子能转变为终止密码子TAA,TGA,TAG的体细胞突变,可采用蓝白斑技术联合Sanger测序技术进行检测。 展开更多
关键词 KRAS基因 蓝白斑技术 sanger测序 PCR
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基于高通量测序技术检测慢性髓性白血病患者ABL激酶区突变的临床价值
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作者 周玲 王军亮 +4 位作者 王献伟 李扬威 邹喆 张龑莉 吕晓东 《中国实验血液学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期262-268,共7页
目的:对比分析高通量测序法与Sanger测序法检测慢性髓性白血病(CML)患者ABL激酶区突变的效能及临床价值。方法:采集2017年7月至2021年3月于河南省肿瘤医院就诊的147例CML患者的198例次样本,同时进行高通量测序和Sanger测序,检测ABL激酶... 目的:对比分析高通量测序法与Sanger测序法检测慢性髓性白血病(CML)患者ABL激酶区突变的效能及临床价值。方法:采集2017年7月至2021年3月于河南省肿瘤医院就诊的147例CML患者的198例次样本,同时进行高通量测序和Sanger测序,检测ABL激酶区突变,并收集相关临床数据进行对比分析。结果:高通量测序法检出总体突变比例和≥2个突变的比例明显高于Sanger测序法(P=0.01;P=0.046)。22例次检出≥2个突变,其中发现5例次(22.7%)复合突变。高通量测序法可检出Sanger法无法检出的低比例突变。198例次样本中检出低比例突变25例次(12.6%),高比例突变33例次(16.7%)和高低比例混合突变10例次(5.1%)。相关临床因素分析中,最佳反应期、失败期和警告期突变检出比例和发生低比例突变占比均逐渐升高(突变比例,P=0.016;低比例突变,P=0.005),伴随附加染色体异常出现突变的比例也明显升高(P=0.009)。接受一线、二线治疗的患者检出突变的比例明显低于接受三线及以上治疗的患者(P=0.006)。基于突变位点的VAF值分析有助于可视化评估耐药CML细胞的克隆演变状态。结论:高通量测序法较Sanger测序法检测突变更加敏感、准确,有助于临床精准、可视化评估TKI治疗反应和优化CML治疗策略。 展开更多
关键词 慢性髓性白血病 酪氨酸激酶抑制剂 ABL激酶区突变 高通量 sanger测序
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Sanger测序对运动神经元存活基因1复合杂合突变型脊髓性肌萎缩症的诊断价值 被引量:5
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作者 杨兰 曹延延 +5 位作者 瞿宇晋 白晋丽 王红 金煜炜 韩蕴丽 宋昉 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期418-423,共6页
目的建立并评价Sanger测序技术在诊断运动神经元存活基因1(SMN1)复合杂合突变型脊髓性肌萎缩症(SMA)病例中的意义。 方法选取首都儿科研究所2014年1月至2016年6月就诊的52例SMA患儿,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增52例患儿的SMN... 目的建立并评价Sanger测序技术在诊断运动神经元存活基因1(SMN1)复合杂合突变型脊髓性肌萎缩症(SMA)病例中的意义。 方法选取首都儿科研究所2014年1月至2016年6月就诊的52例SMA患儿,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增52例患儿的SMN1和SMN2基因第7外显子,Sanger测序通过识别扩增片段中SMN1和SMN2基因固有差异碱基的峰高,判断SMN1基因纯合或杂合缺失。当SMN1基因杂合缺失时,经PCR-Sanger测序筛查SMN基因所有外显子、外显子与内含子交界区域的变异位点。最后通过多重连接探针扩增(MLPA)方法验证SMN1基因杂合缺失,并利用克隆测序确定突变点来自SMN1基因,完成SMN1基因复合杂合突变的确诊。结果经Sanger测序检测的52例SMA患儿中47例为SMN1基因纯合缺失,5例为SMN1基因杂合缺失。MLPA方法验证了后5例患儿SMN1基因拷贝数均为1,Sanger测序检测出5例患儿均存在SMN基因点突变,并通过克隆Sanger测序验证了5例患儿突变均位于SMN1基因。结论Sanger测序技术适用于SMN1基因复合杂合突变病例的诊断,对提高SMA基因诊断率具有临床意义。 展开更多
关键词 肌萎缩 脊髓性 sanger测序 运动神经元存活基因 复合杂合突变
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