期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到531篇文章
< 1 2 … 27 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
百脉根TALE转录因子家族的鉴定与生物信息学分析 被引量：5
1
作者 丘日光 张天缘 +2 位作者 杨仕梅 宋莉 赵德刚 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期466-475,共10页
三胺酸环延伸(TALE)蛋白是一类在植物生长发育过程中调控分生组织分化的转录因子。本研究通过生物信息学手段从豆科模式植物百脉根(Lotus japonicus(Regel)K.Larsen)全基因组中筛选出分布于6条染色体上的40条TALE家族基因,并对其保守结... 三胺酸环延伸(TALE)蛋白是一类在植物生长发育过程中调控分生组织分化的转录因子。本研究通过生物信息学手段从豆科模式植物百脉根(Lotus japonicus(Regel)K.Larsen)全基因组中筛选出分布于6条染色体上的40条TALE家族基因,并对其保守结构域、基因结构、系统进化、在染色体上的分布、理化性质以及部分典型基因的组织表达差异等进行分析。根据结构域不同可将百脉根TALE家族分为BELL和KNOX两个亚族;百脉根TALE家族在进化上较为保守,分化上与大豆存在较大差异;该家族基因有外显子4～6个,氨基酸序列长度在271～792之间,家族成员蛋白均为弱酸性蛋白。Realtime PCR分析表明该家族基因表达与motif元件数之间存在相关性;BELL亚族主要在顶芽表达,KNOX亚族则主要在根组织中表达。研究结果为进一步克隆百脉根TALE基因和分析其功能奠定基础。 展开更多
关键词 百脉根 tale转录因子家族 生物信息学 系统进化 基因表达
原文传递
YTH结构域家族蛋白2和叉头蛋白转录因子3在肺腺癌中的表达关系研究
2
作者 杨睿 李占江 陈腾飞 《安徽医药》 CAS 2024年第4期764-767,I0004,共5页
目的 分析YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)及叉头蛋白转录因子3(FOXO3)在肺腺癌病人中的表达及与预后的关系。方法 收集2020年1月至2021年5月在郑州大学第一附属医院行手术治疗的肺腺癌病人癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织5 cm以上)80对... 目的 分析YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)及叉头蛋白转录因子3(FOXO3)在肺腺癌病人中的表达及与预后的关系。方法 收集2020年1月至2021年5月在郑州大学第一附属医院行手术治疗的肺腺癌病人癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织5 cm以上)80对,收集病人临床病理资料;利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库查询YTHDF2、FOXO3基因在肺腺癌中的表达水平;采用免疫组织化学法检测YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的表达情况;分析YTHDF2、FOXO3蛋白水平与肺腺癌病人临床病理资料的关系;分析肺腺癌中YTHDF2与FOXO3基因表达水平的相关性;对病人进行为期3年的随访,分析病人3年累积生存率。结果 YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的高表达率分别为34.00%、26.00%,明显低于癌旁正常组织中79.48%、61.54%(P<0.05)。YTHDF2蛋白表达情况与肺腺癌病人年龄、淋巴结转移和分化程度相关(P<0.05);与TNM分期、性别无关(P>0.05);FOXO3蛋白表达情况与肺腺癌病人性别和分化程度相关(P<0.05);肺腺癌组织中YTHDF2蛋白高表达组和低表达组病人3年累积生存率分别为53.30%、14.00%,经log-rank比较,差异有统计学意义(P<0.05);FOXO3蛋白高表达组和低表达组病人3年累积生存率分别为64.50%、12.20%,经Log-Rank比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 YTHDF2、FOXO3在肺腺癌组织中均低表达,与病人肿瘤分化程度及3年累积生存率有关,有望成为评估肺腺癌病人预后的生物标志物。 展开更多
关键词 癌 非小细胞肺 肺腺癌 YTH结构域家族蛋白2 叉头蛋白转录因子3 临床病理特征 累积生存率
下载PDF
基于转录组测序的红树莓bHLH转录因子家族鉴定及分析
3
作者 贺志敏 张峻鑫 +5 位作者 于丽平 胡康 姬凤岐 黄体冉 杨明峰 马兰青 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1669-1677,共9页
bHLH转录因子是植物中数量较大的一类转录因子家族,在植物的生长发育、次级代谢调控、激素响应等方面发挥着重要作用。红树莓果实中含有丰富的树莓酮,为了深入探究bHLH转录因子在红树莓生长发育及树莓酮合成过程中的作用,该研究基于‘... bHLH转录因子是植物中数量较大的一类转录因子家族,在植物的生长发育、次级代谢调控、激素响应等方面发挥着重要作用。红树莓果实中含有丰富的树莓酮,为了深入探究bHLH转录因子在红树莓生长发育及树莓酮合成过程中的作用,该研究基于‘波尔卡’和‘橙色传奇’2种红树莓果实的转录组测序,鉴定了红树莓bHLH基因家族成员,并对这些基因进行生物信息学分析。结果表明:(1)红树莓果实中共鉴定到95个bHLH转录因子家族成员。(2)红树莓的bHLH转录因子家族成员多数为不稳定蛋白;超过半数成员定位于细胞核。(3)bHLH转录因子N端包含保守的His5-Glu9-Arg13序列,C端包含保守的Leu序列。(4)系统发育树将该家族成员分为20个亚家族,其中R亚家族成员最多,有12个。(5)表达模式图表明bHLH转录因子在青果期表达量较高,成熟期表达量较低。该研究结果为筛选与树莓酮含量变化一致的bHLH转录因子提供了依据,为进一步探究红树莓bHLH家族的功能提供了参考。 展开更多
关键词 红树莓 转录组测序 bHLH转录因子 基因家族 树莓酮
下载PDF
樟树TIFY转录因子家族鉴定与表达分析
4
作者 张月婷 刘新亮 +2 位作者 戴小英 郑永杰 汪信东 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期466-477,共12页
TIFY转录因子对植物生长发育与次生代谢有重要调控作用。本研究利用生物信息学技术鉴定了樟树(Cinnamomum camphora(L.)Presl.)基因组中的21个CcTIFYs基因,并基于转录组数据分析了其表达特性。结果显示,21个成员分属于TIFY、JAZ、PPD与... TIFY转录因子对植物生长发育与次生代谢有重要调控作用。本研究利用生物信息学技术鉴定了樟树(Cinnamomum camphora(L.)Presl.)基因组中的21个CcTIFYs基因,并基于转录组数据分析了其表达特性。结果显示,21个成员分属于TIFY、JAZ、PPD与ZML等4个亚家族,且JAZ亚家族又进一步形成了6个进化分枝。染色体定位与共线性分析显示,CcTIFYs不均匀地分布于9条染色体上,存在14对CcTIFY共线性基因对。种间共线性分析结果表明樟树TIFY家族与毛果杨(Populus trichocarpa Torr.&Gray.)TIFY家族亲缘关系更近。此外,表达分析表明14个成员具有组织表达特异性,CcJAZ11、CcTIFY1与CcJAZ4/5等分别在花、根与籽中优势表达;在不同化学型的叶组织中,5个成员发生了差异表达,其中,CcJAZ10与CcPPD1在柠檬醛型中优势表达,CcJAZ9在甲基丁香酚型中优势表达。研究结果为分析樟树组织发育和次生代谢调控机理提供了参考。 展开更多
关键词 樟树 TIFY转录因子家族 系统发育 共线性 表达分析
下载PDF
锚蛋白重复序列和细胞因子信号传导抑制因子盒蛋白13通过锌指家族核转录因子2/溶质载体家族7成员11介导的铁死亡促进动脉粥样硬化的机制研究
5
作者 钟妮尔 王菲 +1 位作者 邓纪钊 杨光 《临床内科杂志》 CAS 2024年第6期415-419,共5页
目的探讨锚蛋白重复序列和细胞因子信号传导抑制因子盒蛋白13(ASB13)在动脉粥样硬化(AS)进展中的作用和分子机制。方法将载脂蛋白E基因敲除(ApoE-/-)小鼠随机分为对照组、AS组、sh-NC组、sh-ASB13组和sh-ASB13+sh-锌指家族核转录因子2(S... 目的探讨锚蛋白重复序列和细胞因子信号传导抑制因子盒蛋白13(ASB13)在动脉粥样硬化(AS)进展中的作用和分子机制。方法将载脂蛋白E基因敲除(ApoE-/-)小鼠随机分为对照组、AS组、sh-NC组、sh-ASB13组和sh-ASB13+sh-锌指家族核转录因子2(SNAI2)组。对照组小鼠给予标准饮食,其余4组均给予高脂饮食,饲喂8周。细胞实验1将HUVECs分为细胞对照组、ox-LDL组、ox-LDL+si-NC组、ox-LDL+si-ASB13组和ox-LDL+si-ASB13+Erastin组。细胞实验2将HUVECs分为ox-LDL+si-NC组、ox-LDL+si-SNAI2组和ox-LDL+si-ASB13+si-SNAI2组。采用HE染色评估组织病理学变化;采用CCK-8分析细胞活力;采用Western blot检测ASB13、SNAI2、溶质载体家族7成员11(SLC7A11)、GPX4蛋白表达水平;采用生化检测试剂盒检测脂质代谢物和Fe2+水平。结果动物实验结果表明,与对照组比较,AS组小鼠血清HDL-C水平及主动脉组织中SLC7A11和GPX4蛋白表达水平均降低,LDL-C、TC、TG、Glu和Fe2+水平及主动脉组织中ASB13蛋白表达水平均升高(P<0.05)。与sh-NC组比较,ASB13敲低抑制AS小鼠的动脉粥样硬化斑块形成,SNAI2敲低则作用相反。细胞实验结果表明,与细胞对照组比较,ox-LDL处理降低HUVECs细胞活力,升高ASB13蛋白表达水平,促进脂质积累和铁死亡;沉默ASB13升高细胞活力,减少脂质积累和铁死亡(P<0.05)。ASB13泛素化降低SNAI2蛋白表达水平,SNAI2与SLC7A11启动子结合促进其转录激活,上调SLC7A11蛋白表达水平。与ox-LDL+si-NC组比较,沉默SNAI2或铁死亡诱导剂Erastin处理逆转了ASB13沉默对HUVECs的保护作用(P<0.05)。结论ASB13可能通过SNAI2/SLC7A11介导的铁死亡促进AS发生与发展。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 锚蛋白重复序列和细胞因子信号传导抑制因子盒蛋白13 锌指家族核转录因子2 泛素化 铁死亡
下载PDF
莴苣SBP转录因子基因家族鉴定及其在茎用莴苣茎膨大期的表达分析
6
作者 张雨 马文娟 +3 位作者 丁怡如 柳天义 廉荣齐 黄莹 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1923-1932,共10页
SBP家族基因在植物生长发育过程中具有重要作用。为明确茎用莴苣SBP家族基因染色体分布、启动子顺式作用元件、茎膨大期表达特征及其编码蛋白质的理化性质,本研究以拟南芥SBP蛋白氨基酸序列为参考筛选鉴定莴苣SBP家族基因,进行莴苣SBP... SBP家族基因在植物生长发育过程中具有重要作用。为明确茎用莴苣SBP家族基因染色体分布、启动子顺式作用元件、茎膨大期表达特征及其编码蛋白质的理化性质,本研究以拟南芥SBP蛋白氨基酸序列为参考筛选鉴定莴苣SBP家族基因,进行莴苣SBP家族基因的染色体定位、进化树构建、启动子顺式作用元件分析,构建其编码蛋白质的互作网络,并利用转录组测序技术及实时荧光定量PCR分析茎用莴苣茎膨大期SBP家族基因的表达模式。结果表明,在莴苣基因组中共鉴定到27个SBP基因,可分为7个亚族,不均匀分布于8条染色体上。多个SBP转录因子与植物开花相关蛋白LFY、乙烯响应转录因子(TOE2、TOE3、SMZ、SNZ)存在互作。在茎用莴苣茎膨大过程中,13个SBP基因的表达模式存在差异。随着茎用莴苣茎的膨大,LsSBP25的表达量呈增加趋势,而LsSBP10、LsSBP22的表达量逐步降低。本研究结果可为进一步探究莴苣SBP家族基因在莴苣生长发育过程中的作用提供基础。 展开更多
关键词 莴苣 SBP家族转录因子 茎膨大期 表达模式
下载PDF
膀胱癌细胞高表达E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a)通过上调CD24抑制NK细胞的杀伤
7
作者 姚田军 周幸春 +2 位作者 杨帆 刘静 张波 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期333-341,共9页
目的 探讨膀胱癌细胞过表达E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a)后是否影响自然杀伤(NK)细胞的活化及杀伤并探讨其具体机制。方法 利用慢病毒载体构建E2F3a稳定过表达的人及小鼠膀胱癌细胞株并将其与NK细胞共孵育,乳酸脱氢酶释放实验及流... 目的 探讨膀胱癌细胞过表达E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a)后是否影响自然杀伤(NK)细胞的活化及杀伤并探讨其具体机制。方法 利用慢病毒载体构建E2F3a稳定过表达的人及小鼠膀胱癌细胞株并将其与NK细胞共孵育,乳酸脱氢酶释放实验及流式细胞术检测NK细胞活化及杀伤能力的变化。转录组测序分析膀胱癌细胞E2F3a过表达组与对照组之间的基因表达差异,免疫组织化学染色法检测膀胱癌组织中E2F3a与差异基因在蛋白水平上表达的相关性。进一步利用染色质免疫沉淀(ChIP)、实时定量PCR、 Western blot法及小干扰RNA(siRNA)等方法探索膀胱癌细胞过表达E2F3a后对NK细胞活化及杀伤影响的具体机制。结果 在膀胱癌细胞中过表达E2F3a能显著抑制NK细胞的活化及杀伤。膀胱癌细胞过表达E2F3a可显著上调CD24基因的表达,膀胱癌组织中E2F3a和CD24蛋白的表达呈显著正相关。CHIP结果显示,E2F3a能够结合CD24的启动子区并促进CD24基因的转录。干涉E2F3a过表达膀胱癌细胞中的CD24表达后,发现膀胱癌细胞E2F3a过表达所介导的NK细胞活化及杀伤抑制被显著缓解。结论 在膀胱癌细胞中E2F3a可结合CD24的启动子区促进CD24基因的转录及CD24蛋白的表达。膀胱癌细胞E2F3a通过上调CD24表达来抑制NK细胞的活化及杀伤。 展开更多
关键词 膀胱癌 E2因子转录因子家族成员3a(E2F3a) 自然杀伤(NK)细胞 CD24 免疫抑制
原文传递
MYB转录因子在水稻胁迫响应中的研究进展
8
作者 吴秀菊 张新颖 +2 位作者 许敏 卜庆云 王臻昱 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期83-96,共14页
水稻是重要的粮食作物之一,不利环境条件及病虫害等严重影响水稻产量和品质。MYB家族转录因子是植物中最大转录因子家族之一,参与植物多种生长发育途径调控,对植物响应生物和非生物胁迫发挥重要作用。文章总结近年来MYB家族转录因子在... 水稻是重要的粮食作物之一,不利环境条件及病虫害等严重影响水稻产量和品质。MYB家族转录因子是植物中最大转录因子家族之一,参与植物多种生长发育途径调控,对植物响应生物和非生物胁迫发挥重要作用。文章总结近年来MYB家族转录因子在水稻生物和非生物胁迫响应中的功能及调控机制,为水稻抗逆育种提供参考。 展开更多
关键词 水稻 MYB家族转录因子 转录调控 非生物胁迫 生物胁迫
下载PDF
甘蔗割手密种NAC转录因子ATAF亚家族鉴定及栽培品种ScNAC2基因的功能分析 被引量：5
9
作者 王恒波 张畅 +5 位作者 吴明星 李湘 蒋钟莉 林容潇 郭晋隆 阙友雄 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期46-61,共16页
NAC (NAM, ATAF和CUC)是陆生植物特有的转录因子家族,包含18个亚家族,其中ATAF亚家族成员广泛参与生物和非生物胁迫应答过程。本研究基于甘蔗割手密种基因组数据和栽培品种ROC22的cDNA文库,首先,通过比较基因组学方法,对ATAF亚家族成员... NAC (NAM, ATAF和CUC)是陆生植物特有的转录因子家族,包含18个亚家族,其中ATAF亚家族成员广泛参与生物和非生物胁迫应答过程。本研究基于甘蔗割手密种基因组数据和栽培品种ROC22的cDNA文库,首先,通过比较基因组学方法,对ATAF亚家族成员进行鉴定、蛋白多序列比对、系统进化分析及启动子区域顺式作用元件预测;其次,从甘蔗栽培品种克隆获得割手密种ATAF亚家族成员SsNAC2的同源基因ScNAC2,在生物信息学分析基础上,采用qRT-PCR技术分析该基因的组织特异性表达模式,及其在不同外源胁迫下的表达特性;最后,对ScNAC2基因的编码蛋白进行亚细胞定位和转录激活活性试验。结果表明,一共鉴定到6个ATAF亚家族成员,开放读阅读框在889~1017bp之间,相对分子量介于32.067~35.819kD之间,理论等电点分布在5.09~8.92之间,所有成员的编码蛋白被预测均定位于细胞核上。这些基因的Ka/Ks比值均小于1,表明纯化选择在进化过程中起重要作用。蛋白的氨基酸序列比对显示,ATAF亚家族成员都含NAM保守结构域(由Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ亚结构域组成)。系统进化分析揭示,禾本科的甘蔗、高粱、玉米与水稻亚家族成员都聚类在一起,表明有较近的亲缘关系,同时拟南芥、水稻、玉米和高粱等40个ATAF亚家族成员分为两个组(Group A和Group B),其中玉米ATAF亚家族发生明显的基因扩增现象。此外, ATAF亚家族成员启动子区域均包含响应低温、干旱和激素等逆境胁迫的顺式作用元件,推测其参与多种生物和非生物胁迫的应答过程。进一步,从甘蔗栽培品种ROC22中克隆获得ScNAC2基因的cDNA全长序列(GenBank登录号为OL982539),其开放读码框为891bp,编码296个氨基酸残基;该基因的编码蛋白与割手密种ATAF亚家族GroupB中SsNAC2蛋白的氨基酸序列相似性为97.99%。qRT-PCR表达分析结果表明, ScNAC2基因在甘蔗不同组织中组成型表达,在蔗叶和蔗皮中表达量高于蔗肉、蔗芽和蔗根;在水杨酸和茉莉酸甲酯胁迫下,表达量显著下调;在脱落酸、4℃低温和氯化钠胁迫下, ScNAC2基因的表达呈现由低到高的模式,且差异达显著水平。亚细胞定位结果显示, ScNAC2-GFP融合蛋白定位在细胞核上。转录激活活性试验表明, ScNAC2蛋白不具有转录自激活活性。以上结果为深入解析甘蔗NAC-ATAF亚家族成员在响应生物和非生物胁迫应答中的生物学功能奠定了基础,为甘蔗抗性分子育种提供潜在的基因资源。 展开更多
关键词 甘蔗 转录因子 NAC基因家族 生物和非生物胁迫 表达模式
下载PDF
樟树WRKY转录因子分析
10
作者 伍艳芳 涂白连 +2 位作者 张月婷 刘新亮 郑永杰 《南方林业科学》 2024年第5期1-7,共7页
WRKY基因家族是一种重要的转录因子,参与植物生长发育及激素调节通路,可以正向或负向调节其他基因的表达。为了研究樟树WRKY基因家族的功能,更好地了解其对萜类物质的调控机制,研究基于已获得的樟树全基因组及不同化学型转录组数据,采... WRKY基因家族是一种重要的转录因子,参与植物生长发育及激素调节通路,可以正向或负向调节其他基因的表达。为了研究樟树WRKY基因家族的功能,更好地了解其对萜类物质的调控机制,研究基于已获得的樟树全基因组及不同化学型转录组数据,采用生物信息学方法对樟树WRKY转录因子进行鉴定与分析。结果表明:TPS关键基因转录水平的表达调控可能受樟树WRKY转录因子的影响。使用HMMER 3.0软件对樟树蛋白序列进行WRKY基因的检索比对,分离出61条候选CcWRKY序列。根据WRKY保守域数目和锌指结构类型,WRKY蛋白被分为Group I、GroupⅡ、GroupⅢ3种类型,其中GroupⅡ型WRKY基因依据其结构特征可进一步分为5个亚组:Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe。对CcWRKY蛋白进行WRKY保守域分析,发现Ⅱ型蛋白上的3条WRKYGQK七肽系列结构上发生了突变。对CcWRKY基因的结构和表达模式进行分析,结果表明其结构可以分为不含内含子、含有1~6个内含子7种。所有CcWRKY基因在5种化学类型转录谱中均有表达,其中CCA009569.1、CCA002757.1、CCA027442.1在芳樟中的表达量远高于其他4种化学型,推测其可能参与芳樟醇的合成调控途径。 展开更多
关键词 樟树 WRKY转录因子 基因家族 表达模式
下载PDF
红树莓CPP转录因子家族的生物信息学及表达分析 被引量：2
11
作者 郑奕宸 李明 +3 位作者 李闯 吴菁菁 李寒 顾玉红 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期58-65,共8页
为探索CPP转录因子家族在红树莓果实中的功能,本研究通过生物信息学技术与表达分析结合的方法,在‘海尔特兹’红树莓转录组数据库中检索到的CPP转录因子家族进行生物信息学分析、转录表达量分析和qRT-PCR表达分析。结果表明:红树莓CPP... 为探索CPP转录因子家族在红树莓果实中的功能,本研究通过生物信息学技术与表达分析结合的方法,在‘海尔特兹’红树莓转录组数据库中检索到的CPP转录因子家族进行生物信息学分析、转录表达量分析和qRT-PCR表达分析。结果表明:红树莓CPP基因家族包括4个成员,相对分子质量在47175.57~86763.46 kD之间,等电点在5.83~9.20之间,为不稳定、亲水性的蛋白质,无信号肽,定位于细胞核,无跨膜结构,含有2个CXC保守结构域,结构主要由无规则卷曲构成,含有8~12个外显子,7~8个保守基序,与拟南芥的CPP基因亲缘关系较近,含有生长素、脱落酸、赤霉素、水杨酸、防御和应激、干旱诱导等顺式作用元件,转录表达和qRT-PCR表达均分析发现RuCPP-1和RuCPP-4基因在青果时期的表达量最高,RuCPP-2和RuCPP-3基因分别在红果和深红果时期的表达量最高,推测RuCPP基因家族可能参与调控生长素、脱落酸、赤霉素、水杨酸等反应。 展开更多
关键词 红树莓 CPP转录因子家族 生物信息学分析 表达分析
下载PDF
‘海尔特兹’红树莓果实发育过程中NLPs(NIN-like proteins)转录因子家族的生物信息学分析 被引量：1
12
作者 范青 郑奕宸 +5 位作者 梁光毅 李明 张雪梅 赵志磊 李寒 顾玉红 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期1-7,共7页
为探究‘海尔特兹’红树莓中NLPs(NIN-like proteins)转录因子家族成员的基本特征和表达模式,本研究利用生物信息学技术对‘海尔特兹’红树莓4个发育时期(青果、黄果、红果、深红果)果实的NLP基因家族成员进行分析。结果表明:红树莓中3... 为探究‘海尔特兹’红树莓中NLPs(NIN-like proteins)转录因子家族成员的基本特征和表达模式,本研究利用生物信息学技术对‘海尔特兹’红树莓4个发育时期(青果、黄果、红果、深红果)果实的NLP基因家族成员进行分析。结果表明:红树莓中3个NLPs转录因子都含有RWP-RK结构域,其中RuNLP1和RuNLP2的保守基序相同;红树莓的NLPs转录因子家族成员与野草莓和月季的NLPs转录因子家族进化关系最近,且NLPs基因家族的基因扩增发生在单子叶植物和双子叶植物祖先分化之前;RuNLP1和RuNLP2为酸性不稳定的亲水性蛋白质,而RuNLP3为碱性不稳定的亲水性蛋白质;三者都不含信号肽和跨膜结构;RuNLP1和RuNLP2蛋白质均定位于细胞核,而RuNLP3定位于细胞核和叶绿体;二级结构的预测结果显示,结构占比均以无规卷曲为主,α螺旋次之,与三级结构预测结果基本一致,结果较为可靠;RuNLPs转录因子家族成员之间不存在互作现象;RuNLPs基因家族3个成员的表达量随果实逐渐成熟均减少。本研究为RuNLPs转录因子家族在红树莓果实发育过程中的分子机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 红树莓 果实 发育 NLPs转录因子家族 生物信息学分析
下载PDF
核桃JrbHLH转录因子家族鉴定与响应冷胁迫基因表达分析 被引量：1
13
作者 刘凯 李洋 +4 位作者 张强 王红霞 张井刚 何富强 陈春晴 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期50-62,共13页
为了探究核桃bHLH转录因子家族在响应冷胁迫过程中的作用,本研究通过转录组数据结合隐马尔可夫模型筛选技术在核桃全基因组挖掘出bHLH转录因子家族成员并进行结构分析,进一步对该家族成员响应冷胁迫的差异表达基因进行冷胁迫不同时间与... 为了探究核桃bHLH转录因子家族在响应冷胁迫过程中的作用,本研究通过转录组数据结合隐马尔可夫模型筛选技术在核桃全基因组挖掘出bHLH转录因子家族成员并进行结构分析,进一步对该家族成员响应冷胁迫的差异表达基因进行冷胁迫不同时间与不同组织中的表转录水平分析。结果表明,核桃bHLH转录因子家族包含72个基因,编码72条蛋白,开放阅读框为393-1839 bp,编码的蛋白长度为130-612个氨基酸,等电点为4.61-9.51,均为亲水性蛋白;各成员均含有典型的碱性区域和螺旋-环-螺旋结构域;与拟南芥同家族聚类分析发现,核桃bHLH家族成员可分布到15个亚群,且同源性较高。结合转录组数据筛选到16个响应冷胁迫的差异表达基因,在冷胁迫不同时间后出现不同程度响应,并且在不同组织中存在特异性表达。本研究将为核桃bHLH转录因子家族在响应冷胁迫过程中的作用研究奠定基础。 展开更多
关键词 核桃 冷胁迫 bHLH转录因子家族 表达分析
下载PDF
三七SBP转录因子基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量：2
14
作者 潘建英 张诗焉 +3 位作者 郭宜欣 唐诗成 邓伟 张子龙 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2073-2079,共7页
目的鉴定三七SBP(PnSBP)家族,并分析其蛋白序列特征、功能特性及表达模式。方法采用生物信息学方法,从三七基因组文件中鉴定出具有完整开放阅读框的PnSBP基因,对其蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序(motif)、启动子顺式元件、蛋白互... 目的鉴定三七SBP(PnSBP)家族,并分析其蛋白序列特征、功能特性及表达模式。方法采用生物信息学方法,从三七基因组文件中鉴定出具有完整开放阅读框的PnSBP基因,对其蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序(motif)、启动子顺式元件、蛋白互作网络、表达模式进行分析。结果共鉴定出33个PnSBP基因,均具有SBP-box结构域,系统进化树将拟南芥、水稻、三七的SBP基因共分为8个亚家族,PnSBP启动子有许多激素响应元件及MYB转录因子结合位点,表达分析发现摘蕾会引起6个PnSBP基因在芦头与主根中的表达升高,推测PnSBP家族可能参与调控三七皂苷的生物合成。结论本研究对PnSBP转录因子家族进行全基因组鉴定,初步筛选了在摘蕾后在主根与芦头表达升高的,转录调控皂苷生物合成过程的PnSBP基因。 展开更多
关键词 三七 SBP转录因子 基因家族鉴定 生物信息学 保守结构域
下载PDF
绿豆C3H和NBS转录因子家族成员鉴定及盐胁迫响应分析 被引量：1
15
作者 刘金洋 林云 +5 位作者 陈景斌 闫强 薛晨晨 吴然然 陈新 袁星星 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期1097-1109,共13页
NBS和C_(3)H是植物体内2个重要的转录因子家族,在调控植物抗病与耐盐方面不可或缺。本研究通过转录组数据分析、qRT-PCR分析,分别鉴定出30个和289个绿豆C_(3)H和NBS家族成员,2个基因家族各有13个基因受到纯化选择,并且C_(3)H和NBS基因... NBS和C_(3)H是植物体内2个重要的转录因子家族,在调控植物抗病与耐盐方面不可或缺。本研究通过转录组数据分析、qRT-PCR分析,分别鉴定出30个和289个绿豆C_(3)H和NBS家族成员,2个基因家族各有13个基因受到纯化选择,并且C_(3)H和NBS基因家族种内共线性关系均为片段重复。耐盐材料的转录组数据分析结果表明,VrC_(3)H5、VrC_(3)H7、VrC_(3)H10和VrC_(3)H13等4个基因的表达量在盐胁迫后发生显著改变。VrC_(3)H5,VrC_(3)H7和VrC_(3)H133个基因对脱落酸(ABA)处理、氯化钠(NaCl)处理、干旱胁迫都有不同程度的响应,VrC_(3)H5在ABA处理后基因表达量上调超过了10倍。在NBS基因中,有85个基因在盐胁迫10 d和15 d后出现显著差异表达,其中9个NBS基因表达变化值|log_(2)FC|(FC为表达倍数变化)大于2。VrNBS20转录因子通过调控EVM0022385参与绿豆的耐盐功能,VrNBS20可能是绿豆抗病与耐盐调控网络中的交叉点。本研究结果为绿豆耐盐与抗病研究提供了丰富的基因资源。 展开更多
关键词 绿豆 NBS基因家族 C_(3)H基因家族 盐胁迫 VrNBS20转录因子
下载PDF
石斑鱼转录因子NR1D1和NR1D2在冷胁迫中的调控作用
16
作者 苗奔奔 林楚 +4 位作者 曹文科 梁燕珊 吴仁协 牛素芳 梁镇邦 《应用海洋学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期147-159,共13页
NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族,二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程,尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀&... NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族,二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程,尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀×Epinephelus lanceolatus♂)的基因调控关系以及它们所参与的通路,揭示它们在鱼类低温环境中的功能作用。生物信息学比较分析显示NR1D1和NR1D2基因序列均有23个开放阅读框,编码的蛋白质均属于不稳定的亲水性蛋白质。NR1D1和NR1D2蛋白质均含有ZF-C4类锌脂蛋白结构域和Hormone_Recep核激素受体的配体结合域,主要配体为含铁原卟啉IX。这两种蛋白主要在细胞核中发挥调控基因表达的作用,且与昼夜节律通路的多个关键基因有直接作用关系。结果表明,在冷胁迫下NR1D1和NR1D2作为转录因子可通过调控靶基因的表达,参与昼夜节律调节并促进糖脂代谢、线粒体氧化等过程,为珍珠龙胆石斑鱼提供必要的能量,有助于增强其耐寒性。 展开更多
关键词 海洋生物学 珍珠龙胆石斑鱼 冷胁迫 核受体转录因子家族 昼夜节律调节
下载PDF
蓖麻CeSA转录因子基因家族的鉴定与表达分析 被引量：1
17
作者 王宙 王宏伟 +4 位作者 王亚 杨俊芳 赵宜婷 张宏斌 曹越 《激光生物学报》 CAS 2023年第2期160-169,共10页
纤维素合成酶(CeSA)是能在植物细胞质膜上合成纤维素的蛋白质,具有与叶片形态发育相关的顺式作用元件。在高等植物的生长发育过程中,细胞的伸长受到激素和环境的影响,使得植物生长高度具有差异性。其中细胞壁对细胞伸长起限制作用,而纤... 纤维素合成酶(CeSA)是能在植物细胞质膜上合成纤维素的蛋白质,具有与叶片形态发育相关的顺式作用元件。在高等植物的生长发育过程中,细胞的伸长受到激素和环境的影响,使得植物生长高度具有差异性。其中细胞壁对细胞伸长起限制作用,而纤维素是细胞壁重要的组成成分,对植物的细胞形态有重要的影响。Ce SA是植物生长发育的重要调控因子。本研究通过对蓖麻(Ricinus communis)参考基因组CeSA基因的识别和生物遗传信息学的研究,结合蓖麻基因组数据库,对CeSA家族成员的基因结构、染色体定位、理化性质、二级结构、三级结构、信号肽与亚细胞定位、蛋白跨膜结构域、共线性分析、保守基序、启动子顺势作用元件及系统进化进行了鉴定和表达分析。从蓖麻参考基因组中共鉴定出8个CeSA转录因子,命名为RcCeSA1~RcCeSA8,分布在8条染色体上;8个RcCeSAs蛋白都是亲水性蛋白,不含信号肽,蛋白亚细胞定位以在叶绿体和高尔基体上为主;在二级结构中有70%的α-螺旋和无规则卷曲;RcCeSAs基因保守性分析表明,除Motif1和Motif2外,其他Motif均为RcCeSA家族中较为保守的基序;基因启动子顺式作用元件分析发现,RcCeSA1、RcCeSA4、RcCeSA7转录因子的启动子区域中存在叶片形态发育以及参与防御和应激反应的相关的元件,可能会在逆境条件下快速表达,发挥其潜在功能。系统进化树分析表明,RcCeSA家族与大豆、向日葵的亲缘关系更近。本研究结果探究了蓖麻CeSA相关转录因子调控植物纤维素合成的分子机制功能,为进一步研究叶片形态差异、纤维素含量及纤维素合成相关基因在蓖麻中的表达与建立植物形态对实际生产中的重要作用奠定基础。 展开更多
关键词 蓖麻 Ce SA转录因子 基因家族 植物纤维素合成 生物信息学
下载PDF
辣椒WOX转录因子家族的鉴定、进化与表达分析 被引量：2
18
作者 张烨达 王星 +3 位作者 王丽萍 佟静 武占会 高彦魁 《河南农业科学》 北大核心 2023年第5期130-141,共12页
WUSCHEL(WUS)相关的同源异型盒(WOX)转录因子家族是一类植物特异性转录因子,维系植物干细胞动态平衡、茎尖分生组织形成、胚胎发育等重要生命活动。利用生物信息学方法,在遵辣1号辣椒中鉴定到10个WOX基因,命名为CaWUS—CaWOX13。CaWOXs... WUSCHEL(WUS)相关的同源异型盒(WOX)转录因子家族是一类植物特异性转录因子,维系植物干细胞动态平衡、茎尖分生组织形成、胚胎发育等重要生命活动。利用生物信息学方法,在遵辣1号辣椒中鉴定到10个WOX基因,命名为CaWUS—CaWOX13。CaWOXs不均等地分布在5条染色体上,被分为3个支系,亚细胞预测全部定位在细胞核上。不同支系间基因数目差异较大,同一支系的成员具有相似的基因结构和保守基序。CaWOX家族启动子包含14种有关植物生长发育、激素调控和逆境胁迫的作用元件,分布最广的为茉莉酸甲酯应答元件(MeJA responsiveness)。CaWOX家族内没有发现串联重复和大片段复制,但和拟南芥、番茄存在共线性关系。CaWUS作为关键蛋白,在蛋白质互作网络中承担枢纽作用。CaWOXs的基因表达量具有显著的差异性,部分基因在根、茎以及果实发育过程中具有重要的调控作用。 展开更多
关键词 辣椒 WOX家族 转录因子 系统进化 基因表达 共线性分析 蛋白质互作 生物信息学
下载PDF
玉米ARID转录因子家族鉴定及表达分析
19
作者 田玉红 吉虹菁 +5 位作者 罗堰木 全岩冰 黄敏 李曼菲 杜何为 刘睿 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2821-2830,共10页
【目的】鉴定玉米ARID转录因子家族成员,并进行表达分析,为深入研究ARID转录因子生物学功能及玉米遗传育种提供理论参考。【方法】从拟南芥数据库TAIR获取7个ARID转录因子家族成员的氨基酸序列,与玉米基因组编码蛋白进行同源比对,鉴定... 【目的】鉴定玉米ARID转录因子家族成员,并进行表达分析,为深入研究ARID转录因子生物学功能及玉米遗传育种提供理论参考。【方法】从拟南芥数据库TAIR获取7个ARID转录因子家族成员的氨基酸序列,与玉米基因组编码蛋白进行同源比对,鉴定出玉米ARID转录因子家族成员,采用生物信息学方法对其理化性质、系统发育进化、启动子区顺式作用元件、生育期组织表达模式和蛋白互作网络等进行预测分析,并用实时荧光定量PCR检测其在激素处理及低温胁迫下的表达模式。【结果】从玉米中共鉴定出12个ARID转录因子家族成员(ZmARID1~ZmARID12),编码的氨基酸数量为448~1875个,均为亲水性蛋白,除ZmARID12外,其余均为不稳定蛋白;ZmARID2、ZmARID4、ZmARID9和ZmARID10蛋白定位于叶绿体和细胞核,ZmARID12定位于叶绿体和细胞质,ZmARID1定位于叶绿体,其余成员均定位于细胞核。玉米ARID家族基因启动子区域不仅含有多种光响应元件(G-box、Sp1、GATA-motif、Box 4、MRE、AE-box),还含有茉莉酸甲酯(MeJA)响应元件(CGTCA-motif)、脱落酸(ABA)响应元件(ABRE)、赤霉素(GA)响应元件(GARE-motif、TATC-box)、生长素(IAA)响应元件(TGA-element、AuxRR-core)和水杨酸(SA)响应元件(TCA-element)。ZmARID1基因在授粉后12 d(12 DAP)的胚乳中表达水平较高;除了ZmARID1和ZmARID3基因外,其余成员在2~4 mm和6~8 mm穗长的原基中均有较高表达;ZmARID3基因在成熟叶片和营养分生组织中表达水平较高;ZmARID5、ZmARID6和ZmARID11基因在成熟叶片中表达水平较高,说明部分家族成员表达具有组织特异性。实时荧光定量PCR检测结果显示,GA处理后,ZmARID12基因的相对表达量较对照显著升高(P<0.05,下同);ABA处理后,ARID家族基因相对表达量显著升高或下降,但IAA、JA、SA和低温胁迫处理后整体呈下降趋势。【结论】玉米ARID家族成员在全生育期具有明显的组织表达特异性,且在响应多种激素和低温胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 玉米 ARID转录因子家族 生物信息学 鉴定 表达模式
下载PDF
白刺NtBES1转录因子家族的鉴定及分析
20
作者 王丽蓉 杜萌 +3 位作者 易丹 王博 杨鑫光 李毅 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期45-54,共10页
该研究基于白刺(Nitraria tangutorum)全长转录组数据,以白刺幼苗为材料,利用生物信息学手段,从转录组数据中鉴定白刺NtBES1家族成员,预测其理化性质、磷酸化位点、亚细胞定位,分析其保守结构域和系统进化关系;采用荧光定量PCR方法分析... 该研究基于白刺(Nitraria tangutorum)全长转录组数据,以白刺幼苗为材料,利用生物信息学手段,从转录组数据中鉴定白刺NtBES1家族成员,预测其理化性质、磷酸化位点、亚细胞定位,分析其保守结构域和系统进化关系;采用荧光定量PCR方法分析该家族基因在不同浓度PEG和NaCl处理下白刺叶片中的表达模式,为深入研究白刺NtBES1家族成员的功能以及白刺抗逆分子机理奠定基础。结果表明:(1)从白刺全长转录组中共鉴定出7个具有完整BES1_N保守结构域的NtBES1成员,分别命名为NtBES1-1~NtBES1-7。(2)NtBES1蛋白氨基酸数在86~422 aa之间,分子量在9.75~47.53 kD之间,等电点在5.29~10.22之间,不稳定指数范围在34.88~75.02之间,平均亲水系数均为负值。(3)亚细胞定位预测结果显示,NtBES1-6定位在细胞质中,其余6个成员均被定位在细胞核中。(4)系统发育树将7个成员分为3组,NtBES1-2、NtBES1-3和NtBES1-7为一组,NtBES1-1、NtBES1-5和NtBES1-6为一组,NtBES1-4单独为一组,且同组成员的结构、理化性质以及功能注释均相似。(5)经预实验筛选的表达水平较高的3个基因在胁迫下呈现不同的表达模式,其中:NtBES 1-2和NtBES 1-6仅在30%PEG胁迫2 h时表达上调;NtBES 1-2和NtBES 1-4在200 mmol/L NaCl处理2 h时表达量最高,在450 mmol/L NaCl处理12 h后3个基因的表达陆续开始上调,于24 h时表达量达到最高。研究认为,白刺NtBES1家族成员结构特征存在差异,且不同成员在白刺耐干旱和耐盐的过程中发挥不同的作用。 展开更多
关键词 BES1转录因子家族 白刺 生物信息学 表达模式
下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 27 下一页 到第 页
使用帮助 返回顶部