目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行...目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行验证。方法通过癌症临床公开数据库TCGA挖掘胶质母细胞瘤发生发展的关键基因,利用CMAP数据库寻找潜在治疗胶质母细胞瘤的药物,借助STITCH、Drug bank、Binding DB、BATMAN-TCM、TargetNet、SwissTarget、PubChem检索药物靶点信息,利用Drug bank、DisGeNET、GeneCards,TDD筛选胶质母细胞瘤靶点。通过Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”可视化网络图,通过进行GO、KEGG和分子对接分析,预测其作用机制。利用CCK-8及qPCR等方法验证卤泛群对胶质母细胞瘤细胞及治疗靶点的作用。结果筛选出潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群,卤泛群有150个作用靶点,胶质母细胞瘤治疗靶点有173个,和药物交集靶点有12个,获得3个核心靶点:EGFR、MAPK14、IGF1R。分子对接结果显示,卤泛群与核心靶点结合的潜能和活性良好。CCK-8和qPCR实验结果表明卤泛群可通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点抑制胶质母细胞瘤细胞增殖。结论卤泛群通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点发挥治疗胶质母细胞瘤的作用。展开更多
目的通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox...目的通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督类的方法进行m6A聚类生存分析。结果16个m6A甲基化调节因子在肺腺癌中差异表达,其中有5个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、YTHDC2)与肿瘤分期、7个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、METTL3、YTHDF2、METTL14)与T期和2个m6A甲基化调节因子(IGF2BP3、YTHDC2)与N期显著相关。Cox回归分析结果表明6个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、HNRNPA2B1、HNRNPC、RBM15)是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。结论m6A甲基化调节因子与肺腺癌进展有关,6个m6A甲基化调节因子可以作为预测肺腺癌患者预后的潜在生物标志物。展开更多
目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基...目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。展开更多
目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生...目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生物钟相关基因进行差异表达分析,比较生物钟基因在肝癌患者及正常样本之间的表达情况。运用DAVID在线工具分析差异基因的GO及KEGG功能富集通路,并通过STRING数据库构建差异基因之间蛋白质相互作用网络。了解生物钟基因肝癌发生发展过程中的主要作用。结果:在374例肝癌患者样本的51个生物钟相关基因中,有21个基因在肝癌样本中表达上调(P<0.05),3个基因表达下调(P<0.05)。生物钟基因高表达样本主要富集于Wnt信号通路、Hedgehog信号通路及Hippo信号通路(P<0.001)。参与调节昼夜节律和细胞代谢的10个生物钟基因在蛋白质相互作用网络中相关性最为紧密(P<0.001)。GO分析差异基因集中作用于调节昼夜节律、细胞代谢过程、基因表达等通路(P<0.001)。结论:生物钟相关基因通过调节人体昼夜节律和细胞代谢参与原发性肝细胞癌的发生发展。展开更多
文摘目的通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督类的方法进行m6A聚类生存分析。结果16个m6A甲基化调节因子在肺腺癌中差异表达,其中有5个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、YTHDC2)与肿瘤分期、7个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、METTL3、YTHDF2、METTL14)与T期和2个m6A甲基化调节因子(IGF2BP3、YTHDC2)与N期显著相关。Cox回归分析结果表明6个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、HNRNPA2B1、HNRNPC、RBM15)是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。结论m6A甲基化调节因子与肺腺癌进展有关,6个m6A甲基化调节因子可以作为预测肺腺癌患者预后的潜在生物标志物。
文摘目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。
文摘目的:探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌(简称肝癌)中的表达及意义。方法:从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生物钟相关基因进行差异表达分析,比较生物钟基因在肝癌患者及正常样本之间的表达情况。运用DAVID在线工具分析差异基因的GO及KEGG功能富集通路,并通过STRING数据库构建差异基因之间蛋白质相互作用网络。了解生物钟基因肝癌发生发展过程中的主要作用。结果:在374例肝癌患者样本的51个生物钟相关基因中,有21个基因在肝癌样本中表达上调(P<0.05),3个基因表达下调(P<0.05)。生物钟基因高表达样本主要富集于Wnt信号通路、Hedgehog信号通路及Hippo信号通路(P<0.001)。参与调节昼夜节律和细胞代谢的10个生物钟基因在蛋白质相互作用网络中相关性最为紧密(P<0.001)。GO分析差异基因集中作用于调节昼夜节律、细胞代谢过程、基因表达等通路(P<0.001)。结论:生物钟相关基因通过调节人体昼夜节律和细胞代谢参与原发性肝细胞癌的发生发展。
