文摘目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma,LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis,GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达与肿瘤分期,组织学分级和肿瘤大小均具有相关性(均P<0.001);USP39高表达的肝细胞癌患者生存率低于低表达患者,且USP39可作为肝细胞癌患者的独立预后因子(均P<0.05)。GSEA和潜在靶基因相关性分析显示USP39与自噬过程相关,且USP39与ATG4B、ATG16L1、BIRC6、TSC1具有相关性(|r|>0.4,均P<0.001)。TIMER数据库分析显示USP39与免疫细胞浸润具有显著相关性。结论USP39表达与肝细胞癌患者预后及免疫浸润具有相关性,并且其可能通过肿瘤细胞自噬调控肝细胞癌的进展。
