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积雪草CabHLH基因家族的全基因组鉴定和表达分析
1
作者 宋贞贞 吴军 童黄锦 《中国野生植物资源》 CSCD 2024年第10期27-41,共15页
目的:鉴定积雪草中bHLH转录因子家族,利用生信分析其蛋白理化性质和在基因组中的相关特性,为CabHLH家族基因在积雪草三萜生物合成调控研究中提供理论基础。方法:根据bHLH基因家族特征筛选积雪草的CabHLH基因家族,进行生信学分析和表达... 目的:鉴定积雪草中bHLH转录因子家族,利用生信分析其蛋白理化性质和在基因组中的相关特性,为CabHLH家族基因在积雪草三萜生物合成调控研究中提供理论基础。方法:根据bHLH基因家族特征筛选积雪草的CabHLH基因家族,进行生信学分析和表达分析。结果:基于基因组和转录组一共鉴定得到137个CabHLHs基因,命名为CabHLH001~CabHLH137。每个CabHLH蛋白均有bHLH结构域,多数为亲水性蛋白,定位于细胞核,系统进化树分析发现CabHLH家族蛋白成员可被分为16个组别29个亚组,与拟南芥AtbHLH蛋白系统分类结果类似。积雪草CabHLHs在基因组内存在大量的基因复制,而与拟南芥的共线性发现成对基因较少,这些成对的基因具有类似的生物学功能。137个CabHLHs在不同组织部位呈现差异表达,CabHLH017、CabHLH023、CabHLH096、CabHLH076表达受到茉莉酸甲酯(MeJA)诱导并在叶中高表达。结论:在积雪草基因组中共获得137个CabHLHs基因,具有亚家族分类的序列特征和不同的表达模式,叶中高表达并响应MeJA的CabHLHs可能具有调控积雪草三萜生物合成的作用。 展开更多
关键词 积雪草 bhlh基因家族 全基因组鉴定 进化分析
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火龙果HubHLH基因家族的全基因组分析及其对冬季补光诱导开花的表达响应
2
作者 李佳雪 丁一 +8 位作者 王猛 李涛 郭攀阳 刘成立 韦双双 黄家权 李洪立 胡文斌 汤华 《热带生物学报》 2024年第2期198-209,共12页
为了获得较完整的候选基因,探讨HubHLH基因在火龙果(Hylocereus undatus)冬季补光诱导开花过程的表达响应,对火龙果HubHLH基因家族进行全基因组分析。鉴定出153个HubHLH基因;这些基因的编码蛋白含有176~687个氨基酸,分子量大小为19.28~7... 为了获得较完整的候选基因,探讨HubHLH基因在火龙果(Hylocereus undatus)冬季补光诱导开花过程的表达响应,对火龙果HubHLH基因家族进行全基因组分析。鉴定出153个HubHLH基因;这些基因的编码蛋白含有176~687个氨基酸,分子量大小为19.28~74.44 kDa,等电点(pI)为4.81~9.88,均为亲水蛋白,亚细胞定位预测大多定位到细胞核。为鉴定HubHLH基因家族的同源性,本研究将153个火龙果HubHLH和120个拟南芥AtbHLH蛋白进行系统发育比较分析。系统发育比较分析结果:火龙果HubHLH基因家族成员被分为12个组,25个亚族;对HubHLH基因家族的保守motif、基因结构及在染色体的位置分布的分析结果表明,同一亚族的基因具有相似的基序组成和基因结构。对HubHLH基因家族的内部复制事件的分析结果表明,有78条片段复制被鉴定为片段重复基因,说明片段复制是HubHLH基因家族的主要扩张力量。此外,基于已测定的关于火龙果冬季补光诱导开花的4个时期转录组数据,筛选到59个HubHLH基因在冬季补光诱导成花过程中有差异表达,随后对这59个HubHLH基因进行GO功能富集,发现它们在红光或远红光的反应、对光刺激的反应、有性生殖功能、对辐射的反应等功能上均有富集,说明HubHLH基因家族可能在冬季补光诱导火龙果成花过程中起到了调控作用。 展开更多
关键词 火龙果 bhlh基因家族 全基因组 补光诱导开花 基因差异表达
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滇山茶bHLH基因家族鉴定及花色形成相关基因筛选
3
作者 周麟 黄顺满 +2 位作者 苏文坤 姚响 屈燕 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期142-151,共10页
【目的】通过生物信息学方法初步筛选与滇山茶花色相关的bHLH基因,为后续深入研究滇山茶花色提供支持。【方法】基于滇山茶全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定滇山茶bHLH基因家族成员,并对其理化性质、二级结构、系统发育关系和结... 【目的】通过生物信息学方法初步筛选与滇山茶花色相关的bHLH基因,为后续深入研究滇山茶花色提供支持。【方法】基于滇山茶全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定滇山茶bHLH基因家族成员,并对其理化性质、二级结构、系统发育关系和结构域等进行分析。利用二代转录组和代谢组数据挖掘与滇山茶花色相关的bHLH基因,通过实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)验证bHLH基因在滇山茶开花过程中和不同品种间的表达情况。【结果】在滇山茶全长转录组中鉴定到71个滇山茶CrbHLHs基因,蛋白分子量的范围在22994.58-102996.96 Da,等电位为4.98-9.51,均为亲水性蛋白。与拟南芥聚类分析发现,滇山茶bHLH基因家族成员可分布到14个亚族。多组学联合分析发现,CrbHLH8、CrbHLH61和CrbHLH63与矢车菊色素苷呈正相关,而CrbHLH59与其呈负相关;CrbHLH13和CrbHLH71与原花青素呈正相关,其中CrbHLH8和CrbHLH61为IIIf亚族成员。【结论】从滇山茶全长转录组中鉴定出71个CrbHLHs家族成员,其中6个CrbHLHs与滇山茶花色相关。 展开更多
关键词 滇山茶 bhlh基因家族 花色 进化树 全长转录组 生物信息学
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干旱胁迫下大苞萱草bHLH转录因子家族鉴定与分析 被引量：4
4
作者 陈丽飞 刘云怡慧 +3 位作者 李嘉峻 白云 孟缘 周蕴薇 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期1027-1038,共12页
【目的】为探究大苞萱草bHLH基因家族成员特性,基于对干旱胁迫下大苞萱草叶和根转录组测序结果,鉴定并分析大苞萱草bHLH基因家族成员。【方法】利用生物信息学方法对大苞萱草bHLH转录因子家族基因进行系统发育、理化性质、二级结构、保... 【目的】为探究大苞萱草bHLH基因家族成员特性,基于对干旱胁迫下大苞萱草叶和根转录组测序结果,鉴定并分析大苞萱草bHLH基因家族成员。【方法】利用生物信息学方法对大苞萱草bHLH转录因子家族基因进行系统发育、理化性质、二级结构、保守结构域及基因表达等分析。【结果】共鉴定出55个大苞萱草bHLH家族基因并分为11个亚族;bHLH蛋白理化性质差异较大,总平均亲水性为负值,均为亲水性蛋白;亚细胞定位预测大苞萱草bHLH蛋白主要分布在细胞核中;基因表达分析表明,叶中有26个上调基因,26个下调基因,根中有32个上调基因,22个下调基因,差异基因HmbHLH50的表达量变化显著,可能与大苞萱草的抗旱能力相关。【结论】本研究为挖掘bHLH转录因子家族基因的功能奠定基础,也为深入解析大苞萱草的抗旱机制提供理论依据。 展开更多
关键词 大苞萱草 干旱胁迫 bhlh基因家族
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毛竹bHLH转录因子的鉴定及其在干旱和盐胁迫条件下的表达分析 被引量：10
5
作者 徐秀荣 杨克彬 +1 位作者 王思宁 高志民 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期610-620,共11页
以毛竹( Phyllostachys edulis (Carr.) Lehaie)为材料,利用生物信息学方法,在基因组水平上对其bHLH基因家族成员进行鉴定和分析,并对不同组织中该基因的表达模式以及部分基因在干旱和高盐胁迫条件下的表达情况进行研究。结果显示:在毛... 以毛竹( Phyllostachys edulis (Carr.) Lehaie)为材料,利用生物信息学方法,在基因组水平上对其bHLH基因家族成员进行鉴定和分析,并对不同组织中该基因的表达模式以及部分基因在干旱和高盐胁迫条件下的表达情况进行研究。结果显示:在毛竹中共鉴定出153个具有完整保守结构域的bHLH基因家族成员( PebHLH001 ~ PebHLH153 ),这些基因内含子数量为0 ~ 14,其中137个基因的启动子均含有与干旱、盐胁迫相关的顺式作用元件;PebHLHs 编码的蛋白长度为134 ~ 1401 aa;bHLH家族成员的系统进化分析结果表明,153个PebHLHs可被分为17个亚类,其中C亚类的成员数量最多,为42个;基于转录组数据的表达谱分析结果发现,有151个 PebHLHs 在毛竹不同组织和不同生长发育时期有不同程度的表达量;实时荧光定量PCR实验结果显示,在干旱和盐胁迫处理后,分别有14和13个 PebHLHs 基因的表达量上调,分别有2和3个表达量下调,但表达模式存在一定差异,说明他们在应答干旱和盐胁迫过程中可能发挥不同的作用。 展开更多
关键词 毛竹 bhlh基因家族 基因鉴定 胁迫 表达分析
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蒺藜苜蓿bHLH家族基因进化及干旱胁迫应答分析 被引量：2
6
作者 陈云 肖春梅 +5 位作者 彭程 冉祎云 唐涛 李馨媛 刘靖越 刘致浩 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第9期2916-2932,共17页
bHLH (basic helix-loop-helix)基因家族是植物中最大的基因家族之一,广泛参与植物的各种生理活动。本研究利用生物信息学方法从蒺藜苜蓿(A17)中鉴定出168个bHLH基因,依据进化分析结果将这些基因分为19个亚支。基因定位和基因复制事件... bHLH (basic helix-loop-helix)基因家族是植物中最大的基因家族之一,广泛参与植物的各种生理活动。本研究利用生物信息学方法从蒺藜苜蓿(A17)中鉴定出168个bHLH基因,依据进化分析结果将这些基因分为19个亚支。基因定位和基因复制事件分析结果表明,近50%的蒺藜苜蓿bHLH基因是由基因复制事件产生的。基因结构分析结果表明,多数bHLH (151个)基因外显子数量少于8个;保守结构域分析表明,不同亚支上的bHLH蛋白既有共同性也有特异性。最后结合进化分析、转录组测序及基因芯片数据,筛选出了参与蒺藜苜蓿干旱应答的bHLH基因。这些结果将有助于开展蒺藜苜蓿bHLH家族基因的生物学功能研究。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 bhlh基因家族 干旱
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NaCl胁迫下黑果枸杞bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量：5
7
作者 马彦军 谢军 +3 位作者 马瑞 周晓雷 魏佳 Richard John Tiika 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第20期5311-5319,共9页
目的基于不同浓度NaCl胁迫下黑果枸Lycium ruthenicum杞转录组测序结果,利用生物信息学方法对黑果枸杞bHLH转录因子家族成员进行鉴定。方法通过对NaCl胁迫下黑果枸杞根和叶的样品进行转录组测序,筛选出bHLH家族基因,利用生物信息学方法... 目的基于不同浓度NaCl胁迫下黑果枸Lycium ruthenicum杞转录组测序结果,利用生物信息学方法对黑果枸杞bHLH转录因子家族成员进行鉴定。方法通过对NaCl胁迫下黑果枸杞根和叶的样品进行转录组测序,筛选出bHLH家族基因,利用生物信息学方法对筛选到的基因进行理化性质、保守结构域、基因结构、细胞定位及系统进化分析。结果黑果枸杞在NaCl胁迫下的转录组数据库中共筛选出89个bHLH转录因子家族基因;bHLH家族蛋白理化性质差异较大,71.90%的蛋白质呈弱酸性,蛋白属于亲水蛋白。黑果枸杞bHLH家族蛋白含有2个保守结构域,分别位于N端的碱性氨基酸区和C端的螺旋-环-螺旋区。亚细胞定位预测bHLH家族蛋白主要分布在细胞核内和细胞质中。进化分析显示,黑果枸杞中89个bHLH转录因子家族蛋白可分为20个亚族,其中第3亚族中包含的bHLH成员最多,为11个;第7、11、13、22亚族中的成员数量均为1个,其他亚族为2~9个。结论NaCl胁迫下黑果枸杞bHLH转录因子家族有89个成员,bHLH家族蛋白大多数呈弱酸性,属亲水蛋白,可分为20个亚族。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 bhlh基因家族 生物信息学分析 转录组测序
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西洋参bHLH转录因子家族生物信息学分析 被引量：10
8
作者 闫艳 王希 +3 位作者 周珂辉 李纪冬 韩鹏 邸鹏 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期316-321,共6页
bHLH是真核生物中一类编码转录调控因子的基因家族,在植物生长发育中具有重要的调控作用。通过对西洋参根、叶、花蕾样品进行转录组测序,筛选其中的bHLH家族基因,利用生物信息学方法对筛选到的基因进行表达模式、蛋白结构、细胞定位及... bHLH是真核生物中一类编码转录调控因子的基因家族,在植物生长发育中具有重要的调控作用。通过对西洋参根、叶、花蕾样品进行转录组测序,筛选其中的bHLH家族基因,利用生物信息学方法对筛选到的基因进行表达模式、蛋白结构、细胞定位及系统进化分析。结果显示:从西洋参转录组中共鉴定得到62个西洋参bHLH家族基因,这些bHLH在根、叶、花蕾中具有4种表达模式。西洋参bHLH亚细胞定位预测主要在细胞核内,所有表达产物均包含HLH结构域。进化分析显示,西洋参中62个bHLH基因可分为18个亚类,其中第Ⅺ亚族中包含最多的bHLH成员,共包含11个bHLH蛋白;第Ⅲf、Ⅳa、Ⅲ(a+c)、Ⅰb(2)、Orphans、Ⅳb亚族中的成员数量均为1个,其他亚族为2~9个。 展开更多
关键词 西洋参 bhlh基因家族 生物信息学方法 生物合成途径
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