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基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析
被引量：
16
1
作者
谢冬梅
俞年军
+4 位作者
黄璐琦
彭代银
刘丛彬
朱月健
黄浩
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第15期2954-2961,共8页
牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina H...
牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene。进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%。研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础。
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关键词
牡丹皮
转录组
次生代谢
差异基因
简单重复序列
原文传递
不同长度疟原虫环子孢子蛋白重复序列DNA免疫的实验分析
2
作者
孙明
王炯
+2 位作者
董承红
王丽春
李琦涵
《上海免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2000年第6期326-328,共3页
本实验利用DNA免疫技术 ,将PCR得到的疟原虫环子孢子蛋白 (CSP )不同长度的重复序列基因克隆到pcDNA3质粒中 ,对小鼠进行肌肉注射 ,经过免疫检测 ,结果证明不同长度CSP的重复序列能够单独诱发机体全面的细胞免疫和体液免疫 ,这为今后疟...
本实验利用DNA免疫技术 ,将PCR得到的疟原虫环子孢子蛋白 (CSP )不同长度的重复序列基因克隆到pcDNA3质粒中 ,对小鼠进行肌肉注射 ,经过免疫检测 ,结果证明不同长度CSP的重复序列能够单独诱发机体全面的细胞免疫和体液免疫 ,这为今后疟疾疫苗的发展提供了新的思路。
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关键词
DNA免疫
GSP基因重复序列
疟疾
疫苗
CTL
原文传递
题名
基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析
被引量：
16
1
作者
谢冬梅
俞年军
黄璐琦
彭代银
刘丛彬
朱月健
黄浩
机构
安徽中医药大学安徽省中医药科学院中药资源保护与开发研究所
中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地
安徽济人药业有限公司
北京同仁堂安徽中药材有限公司
出处
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第15期2954-2961,共8页
基金
国家自然科学基金项目(81503190)
安徽高校科研创新平台团队项目(皖教秘科[2015]49号)
安徽道地中药材品质提升协同创新中心项目(皖教秘科[2014]44号)
文摘
牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene。进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%。研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础。
关键词
牡丹皮
转录组
次生代谢
差异基因
简单重复序列
Keywords
Moutan Cortex
transcriptome
secondary metabolism
different
expressed
gene
simple sequence
repeat
分类号
S567.15 [农业科学—中草药栽培]
原文传递
题名
不同长度疟原虫环子孢子蛋白重复序列DNA免疫的实验分析
2
作者
孙明
王炯
董承红
王丽春
李琦涵
机构
中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所
出处
《上海免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2000年第6期326-328,共3页
文摘
本实验利用DNA免疫技术 ,将PCR得到的疟原虫环子孢子蛋白 (CSP )不同长度的重复序列基因克隆到pcDNA3质粒中 ,对小鼠进行肌肉注射 ,经过免疫检测 ,结果证明不同长度CSP的重复序列能够单独诱发机体全面的细胞免疫和体液免疫 ,这为今后疟疾疫苗的发展提供了新的思路。
关键词
DNA免疫
GSP基因重复序列
疟疾
疫苗
CTL
Keywords
DNA immunology
different size repeat sequences of csp gene
C
分类号
R392－33 [医药卫生—免疫学]
R531.303 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析
谢冬梅
俞年军
黄璐琦
彭代银
刘丛彬
朱月健
黄浩
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017
16
原文传递
2
不同长度疟原虫环子孢子蛋白重复序列DNA免疫的实验分析
孙明
王炯
董承红
王丽春
李琦涵
《上海免疫学杂志》
CSCD
北大核心
2000
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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