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LARGE SCALE PURIFICATION OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE(PGK) AND GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE(GAPDH) FROMYELLOW PEAS BY PEG/REPPAL PES AQUEOUS TWO PHASE SYSTEM AND ION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY
1
作者 Tian-wei TAN Zhong-Yao SHEN (Department of Chemical Engineering,Tsinghua University,Beijing 100084,P. R. China) 《高校化学工程学报》 EI CAS CSCD 1994年第S1期77-79,共3页
LARGESCALEPURIFICATIONOFPHOSPHOGLYCERATEKINASE(PGK)ANDGLYCERALDEHYDE3-PHOSPHATEDEHYDROGENASE(GAPDH)FROMYELLO... LARGESCALEPURIFICATIONOFPHOSPHOGLYCERATEKINASE(PGK)ANDGLYCERALDEHYDE3-PHOSPHATEDEHYDROGENASE(GAPDH)FROMYELLOWPEASBYPEG/REPPAL... 展开更多
关键词 gapdh PURIFICATION BY CHROMATOGRAPHY dehydrogenase EXCHANGE FROMYELLOW AND glyceraldehyde KINASE
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杜氏盐藻GAPDH cDNA的克隆鉴定及其启动子功能表达载体的构建 被引量:4
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作者 贾岩龙 牛杰 +2 位作者 贾俊英 邱乐乐 薛乐勋 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期106-110,共5页
根据藻类甘油醛3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)氨基酸高度保守序列设计简并引物,采用5′,3′-RACE和巢式PCR的方法,得到了杜氏盐藻(Dunaliella salina)GAPDH cDNA全长序列。序列同源性比较和进化树等生... 根据藻类甘油醛3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)氨基酸高度保守序列设计简并引物,采用5′,3′-RACE和巢式PCR的方法,得到了杜氏盐藻(Dunaliella salina)GAPDH cDNA全长序列。序列同源性比较和进化树等生物信息学分析结果表明,根据获得的盐藻GAPDH的核酸序列推导的氨基酸序列与其他已知物种的GAPDH有较高的同源性。定向克隆于原核表达载体的盐藻GAPDHcDNA在大肠杆菌中以融合蛋白的形式得到了高效表达,并成功构建了由盐藻GAPDH基因启动子驱动的cat(氯霉素乙酰转移酶)基因表达载体pUCGCat,为进一步研究杜氏盐藻GAPDH基因和启动子功能奠定了试验基础。 展开更多
关键词 杜氏盐藻 甘油醛3-磷酸脱氢酶 CDNA 启动子
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细粒棘球绦虫GAPDH蛋白的生物信息学分析及其重组表达纯化和酶活性检测 被引量:1
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作者 吴巨龙 王绚 +4 位作者 吕刚 苏娟 逯召莲 孙萃萍 景涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期125-129,共5页
目的以生物信息学预测细粒棘球绦虫甘油醛3-磷酸脱氢酶(EgGAPDH)编码基因及其编码蛋白的结构和功能,利用大肠杆菌原核表达系统高效表达EgGAPDH重组蛋白,体外检测其酶活性。方法运用各软件对EgGAPDH的理化性质、保守功能域、系统发生树... 目的以生物信息学预测细粒棘球绦虫甘油醛3-磷酸脱氢酶(EgGAPDH)编码基因及其编码蛋白的结构和功能,利用大肠杆菌原核表达系统高效表达EgGAPDH重组蛋白,体外检测其酶活性。方法运用各软件对EgGAPDH的理化性质、保守功能域、系统发生树和二级结构、三级结构等方面进行分析后,将EgGAPDH基因亚克隆于表达载体pET30a(+),转化入E.coli BL21(DE3)感受态细菌,表达、纯化重组蛋白,并利用底物3-磷酸甘油醛测定重组蛋白EgGAPDH的酶催化活性。结果 EgGAPDH cDNA序列长度为1 011bp,编码一个336个氨基酸的蛋白。该GAPDH蛋白理论相对分子质量为36 128.3Da,等电点为8.44,具有GAPDH蛋白家族的两个功能结构域,富含6种类型的特定功能位点。成功构建的原核表达载体pET30a(+)-EgGAPDH在E.coli BL21(DE3)中高效表达,且发现表达产物主要以可溶形式分布于裂解上清,制备甘油醛3-磷酸脱氢酶纯品并通过酶活检测显示其具有高效酶活性。结论 EgGAPDH基因可在原核系统中获得有酶催化活性的高效表达,为进一步研究其在糖代谢中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 甘油醛3-磷酸脱氢酶 生物信息学 原核表达 酶活性检测
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3-磷酸甘油醛对酵母孢子萌发的抑制作用分析
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作者 成卓 刘国玉 中西秀树 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第4期42-48,共7页
在酿酒酵母孢子中,存在糖酵解产物3-磷酸甘油醛(3-glyceraldehyde phosphate,GAP)参与的抑制萌发的负调节机制,但是目前的调控途径并不完善。该研究目的是发现GAP对萌发孢子的影响,并深入了解其负调控机制。重点分析以GAP为底物的糖酵... 在酿酒酵母孢子中,存在糖酵解产物3-磷酸甘油醛(3-glyceraldehyde phosphate,GAP)参与的抑制萌发的负调节机制,但是目前的调控途径并不完善。该研究目的是发现GAP对萌发孢子的影响,并深入了解其负调控机制。重点分析以GAP为底物的糖酵解酶——三磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)在调控机制中的作用。该文采用富营养培养基和热处理等多种条件诱导酵母孢子萌发,并通过荧光增白剂染色来测定萌发率。分别在有无GAP的条件下诱导萌发,研究GAPDH的表达水平。接着利用qPCR的方法检验GAPDH mRNA的表达水平。此外,在酵母中敲除TDH1、TDH2和TDH3这3个GAPDH的结构基因,分析突变体的萌发效率。结果显示当营养物诱导或加热处理促使孢子萌发时,GAPDH的表达水平显著降低,而在孢子萌发的过程中添加GAP反而会增加GAPDH水平。qPCR结果显示孢子萌发时GAPDH的mRNA水平没有降低,故GAPDH表达水平的降低是因为在萌发过程中蛋白被降解。且GAPDH单个结构基因的缺失会增加孢子的萌发率。结果表明GAPDH参与GAP介导的负调控机制。 展开更多
关键词 静止期细胞 酵母 三磷酸甘油醛脱氢酶 孢子 萌发
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半滑舌鳎GAPDH基因开放读码框的克隆及序列分析 被引量:1
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作者 陈蓉 饶颖竹 +1 位作者 梁静真 邓富琳 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第19期126-130,共5页
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列... 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,从半滑舌鳎肌肉组织中成功克隆了GAPDH基因的开放读码框(ORF),序列全长1 002 bp,编码333个氨基酸,分子量为36.0235 ku,等电点PI为7.75。序列同源性分析显示,该序列与其他鱼类的GAPDH氨基酸序列具有较高的同源性。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(gapdh) 开放读码框(ORF) 克隆 序列分析
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管家基因GAPDH在肿瘤与衰老组织中作为内参应慎重 被引量:6
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作者 郑琳 郑慧玲 刘新光 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期385-389,共5页
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)是糖酵解过程中的一个酶,编码该酶的基因为管家基因,几乎在所有组织中呈高水平、恒定表达,常用作蛋白质、RNA、DNA等分子生物学相关实验的标准化内参。但近年来,GA... 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)是糖酵解过程中的一个酶,编码该酶的基因为管家基因,几乎在所有组织中呈高水平、恒定表达,常用作蛋白质、RNA、DNA等分子生物学相关实验的标准化内参。但近年来,GAPDH作为内参受到质疑,特别是在肿瘤组织、衰老组织。大量研究证实,GAPDH在多种肿瘤中表达上调,衰老的骨骼肌中下调。其中GAPDH在肿瘤中的高表达可能与肿瘤的侵袭性转移和细胞增殖相关。本文就GAPDH在肿瘤、衰老组织或细胞中的表达情况以及可能机制作一综述,旨在更全面地了解管家基因GAPDH在肿瘤与衰老组织、细胞中是否恒定表达,以便在研究中可以选择最优的内参做参照。 展开更多
关键词 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(gapdh) 肿瘤 衰老
原文传递
A Phytophthora sojae gene of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) induced in host infection and its anti-oxidative function in yeast 被引量:2
7
作者 ZENG Juan WANG Yuanchao SHEN Gu ZHENG Xiaobo 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2006年第11期1316-1323,共8页
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydro- genase (GAPDH) is a multifunctional protein well defined in eukaryotes, especially in mammalian and Saccharomyces cerevisiae. Using the method of suppression subtractive hybridizati... Glyceraldehyde-3-phosphate dehydro- genase (GAPDH) is a multifunctional protein well defined in eukaryotes, especially in mammalian and Saccharomyces cerevisiae. Using the method of suppression subtractive hybridization (SSH), we identified a Phytophthora sojae cDNA coding GAPDH, which was up-regulated during the early stage of soybean infection. The termed PsGapdh gene pos- sessed three copies in the P. sojae genome. Its amino acid sequence harbored overall conserved domain of GADPH, homologous closest to GapC1 of Achlya bisexualis (oomycete) and adjoined to GapC2s of Odontella sinensis and Phaeodactylum tricornutum (diatom), on the C-Ⅱ branch of subfamily GapC in phylogeny tree of GAPDH. The transcrip- tional level of PsGapdh was up-regulated throughout early infection. Heterogenous expression of PsGapdh in the yeast tdh1-deleted mutant could rescue growth arrest under continuous exposure to H2O2. These results indicated active roles of PsGapdh in patho- gen-host interaction and anti-oxidation. 展开更多
关键词 甘油醛 磷酸盐 脱氢酶 gapdh 病原体-宿主相互作用 抗氧化
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西伯利亚蓼甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的cDNA克隆与序列分析 被引量:20
8
作者 李晓泽 刘关君 杨传平 《植物生理学通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期41-48,共8页
根据NaHCO3胁迫下西伯利亚蓼茎部消减库中甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)表达序列标签序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增技术,从西伯利亚蓼茎中扩增出GAPDH的全长cDNA序列。该cDNA序列全长1331bp,完整阅读框1014bp,编码337个氨基酸。... 根据NaHCO3胁迫下西伯利亚蓼茎部消减库中甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)表达序列标签序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增技术,从西伯利亚蓼茎中扩增出GAPDH的全长cDNA序列。该cDNA序列全长1331bp,完整阅读框1014bp,编码337个氨基酸。属于稳定蛋白,具有GAPDH保守功能域。氨基酸组成与其他已知高等植物来自细胞质中的GAPDH基因cDNA序列具有很高的同源性,最高可以达到96%。通过转酿酒酵母INVSC1的NaHCO3和NaCl胁迫试验表明,转基因INVSC1(pYES2-GAPDH)有明显的抗盐胁迫特性。在10%NaHCO3和4mol·L-1 NaCl胁迫下,转基因INVSC1(pYES2-GAPDH)菌株存活率明显比INVSC1(pYES2)高,可以推测GAPDH基因赋予INVSC1(pYES2-GAPDH)抗NaHCO3和NaCl的能力。该基因的cDNA序列在GenBank中登录号为DQ922680。 展开更多
关键词 西伯利亚蓼 甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因 基因克隆 序列分析
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植物3-磷酸甘油醛脱氢酶的多维本质(英文) 被引量:26
9
作者 王幼宁 刘孟雨 李霞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期607-614,共8页
3-磷酸甘油醛脱氢酶 GAPDH 作为一种糖酵解蛋白在糖酵解的能量产生中发挥着重要作用 .它通常作为一种模式蛋白用于蛋白和酶的分析 ,也可以用作研究基因表达量的内在对照 .然而 ,最近的相关研究表明 ,真核及原核生物的 3-磷酸甘油醛脱... 3-磷酸甘油醛脱氢酶 GAPDH 作为一种糖酵解蛋白在糖酵解的能量产生中发挥着重要作用 .它通常作为一种模式蛋白用于蛋白和酶的分析 ,也可以用作研究基因表达量的内在对照 .然而 ,最近的相关研究表明 ,真核及原核生物的 3-磷酸甘油醛脱氢酶实际上存在着一种多维本质 ,研究证明它在 DNA修复、细胞凋亡、核 RNA输出、及其在细胞周期中都发挥着重要的作用 .尽管该酶在植物中的研究不如在哺乳动物中的深入 ,但研究已经陆续证明 ,3-磷酸甘油醛脱氢酶在植物中同样具有许多未被发现的功能 ,目前已经报道该酶在厌氧、热激、伤害以及能量供应中可能发挥着重要作用 .本文旨在就国内外对于该酶在植物中的研究作一总结论述 ,以期推进科学界对它的更深入认识和研究 . 展开更多
关键词 3-磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh) 光和CO2依赖的厌氧诱导 时空调控诱导 热激胁迫 糖源效应
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华支睾吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶重组蛋白的纯化、酶学活性及免疫学研究 被引量:8
10
作者 张咏莉 吴德 余新炳 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期231-235,共5页
目的体外制备华支睾吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶重组蛋白(CsGAPDH),分析其酶学活性及免疫学特性。方法常规表达重组质粒pGEX-4T-1-GAPDH,用谷胱甘肽-S-转移酶(GST)亲和纯化试剂盒纯化重组蛋白,经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAG... 目的体外制备华支睾吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶重组蛋白(CsGAPDH),分析其酶学活性及免疫学特性。方法常规表达重组质粒pGEX-4T-1-GAPDH,用谷胱甘肽-S-转移酶(GST)亲和纯化试剂盒纯化重组蛋白,经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),用凝血酶和纯化柱酶切、纯化的CsGAPDH免疫BALB/c小鼠,制备抗血清。ELISA检测抗IgG抗体滴度,浓缩型S-P免疫组化3步法检测CsGAPDH抗原在免疫小鼠体内的分布和表达。蛋白质印迹法(Western blotting)鉴定其抗血清的特异性。建立酶反应体系测定重组蛋白CsGAPDH的酶催化活性。结果纯化蛋白样品呈单一条带。免疫动物获取CsGAPDH抗血清,在免疫过程中抗体滴度呈连续上升趋势。CsGAPDH抗原分布和表达于小鼠肌细胞膜部位。免疫小鼠血清具有抗CsGAPDH特异性抗体。重组蛋白CsGAPDH具有酶生理活性,其酶活力单位为2 872 U min-1.ml-1。结论制备的重组蛋白CsGAPD H具有较好的酶活性和免疫原性。 展开更多
关键词 华支睾吸山 3-磷酸甘油醛脱氢酶 蛋白质印迹法 免疫原性
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日本血吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶的克隆 表达及结构预测 被引量:3
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作者 王文琴 李小红 +3 位作者 刘述先 宋光承 徐裕信 曹建平 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2007年第3期170-174,共5页
目的 克隆、表达日本血吸虫(大陆株)3-磷酸甘油醛脱氢酶(SjcGAPDH)编码基因并作结构预测。方法 将编码SjeGAPDH的pBlueseript质粒用限制性内切酶XhoⅠ和SacⅠ消化后,收集目的片段,与经同样酶切的原核表达载体pET28b连接,筛选重... 目的 克隆、表达日本血吸虫(大陆株)3-磷酸甘油醛脱氢酶(SjcGAPDH)编码基因并作结构预测。方法 将编码SjeGAPDH的pBlueseript质粒用限制性内切酶XhoⅠ和SacⅠ消化后,收集目的片段,与经同样酶切的原核表达载体pET28b连接,筛选重组克隆并测序,将正确的重组质粒转化入BL21(DE3)感受态细菌,异丙基-β-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组蛋白。用GeneRunner软件对该蛋白的结构及抗原表位进行预测。结果 十二烷基磺酸钠一聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS—PAGE)观察到大小约42.7kDa的特异性蛋白条带,与预计一致。免疫印迹试验(Western blot)结果表明致弱尾蚴免疫兔血清可识别该重组蛋白。结构预测表明SjcGAPDH的第50~70、102~122、135~148、165~175、187-205、254-272、278-285位氨基酸区域可能为蛋白质的抗原优势区域。结论 SjcGAPDH编码基因克隆、表达获得成功,为开展该分子功能和免疫原性研究奠定了基础,对GAPDH的结构和性质预测为探索该蛋白的抗原优势表位提供了理论依据。 展开更多
关键词 日本血吸虫 3-磷酸甘油醛脱氢酶 克隆 表达
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箭筈豌豆甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因片段的克隆及序列分析 被引量:3
12
作者 张磊 刘志鹏 +2 位作者 张吉宇 张妙青 王彦荣 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期753-757,共5页
本研究预期通过同源克隆获得了箭筈豌豆(Vicia sativa)甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因的部分片段,为研究箭筈豌豆适应高海拔环境的分子机制奠定基础。根据近缘物种GAPDH基因序列设计1对引物,通过RT-PCR技术克隆获得了一段长度1 141 bp... 本研究预期通过同源克隆获得了箭筈豌豆(Vicia sativa)甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因的部分片段,为研究箭筈豌豆适应高海拔环境的分子机制奠定基础。根据近缘物种GAPDH基因序列设计1对引物,通过RT-PCR技术克隆获得了一段长度1 141 bp的序列。生物信息学分析表明,该序列编码的381个氨基酸,与其他植物同源GAPDH基因序列的相似度达83%,氨基酸序列相似度在95%以上。可以确定,克隆获得的片段即为箭筈豌豆甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因片段。将此片段命名为VsGAPDH,在GenBank注册,登录号HM117006。 展开更多
关键词 箭筈豌豆 gapdh基因 RT-PCR 同源克隆 甘油醛-3-磷酸脱氢酶
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细粒棘球绦虫三磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆、表达及其分子特征的生物信息学分析 被引量:3
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作者 王家海 王凝 +5 位作者 胡丹丹 钟秀琴 宋星桔 古小彬 汪涛 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1629-1637,共9页
三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是糖酵解途径中的关键酶,现已发现该酶可作为一些寄生虫的疫苗候选分子和药物靶标。然而,有关绦虫三磷酸甘油醛脱氢酶的研究报道较少。为探究细粒棘球绦虫GAPDH(EgGAPDH)的分子特征与应用价值,克隆细粒棘球绦... 三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是糖酵解途径中的关键酶,现已发现该酶可作为一些寄生虫的疫苗候选分子和药物靶标。然而,有关绦虫三磷酸甘油醛脱氢酶的研究报道较少。为探究细粒棘球绦虫GAPDH(EgGAPDH)的分子特征与应用价值,克隆细粒棘球绦虫的GAPDH基因,并以生物信息学方法对其进行系统的分析。结果显示:EgGAPDH基因全长1 011bp,编码336个氨基酸。EgGAPDH是由4个结构相同的单体蛋白(O、P、Q、R)组成的一个同源四聚体,每个单体蛋白质含有3个活性中心,即NAD+绑定区域(aa 4-151和aa 315-336)、催化结合区域(aa 156-314)和一个酶活性位点(aa 149-156)。通过对EgGAPDH的氨基酸序列的抗原表位预测得到了16个B细胞抗原表位和9个T细胞结合位点;Western blot显示原核表达的重组EgGAPDH能与感染细粒棘球蚴的小鼠血清发生特异性结合;以纯化的重组EgGAPDH蛋白为抗原通过ELISA法检测17份细粒棘球蚴小鼠阳性血清,阳性检出率为100%。试验结果表明:成功克隆并表达细粒棘球绦虫的EgGAPDH基因,EgGAPDH蛋白具有3个酶功能区域和多个免疫结合位点,Western blot和ELISA结果显示,该蛋白质可能具有作为抗细粒棘球蚴的药物靶标和疫苗候选分子的潜力。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 3-磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh) 分子特征
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荧光半定量逆转录-聚合酶链式反应检测大鼠死后肾mRNA 被引量:4
14
作者 朱方成 蔡成忠 +3 位作者 王树法 刘良 任亮 朱少华 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1628-1630,共3页
目的探讨荧光半定量逆转录-聚合酶链式反应(fluorescencesemi-quantitativereversetranscrip-tase-polymerasechainreaction,RT-PCR)技术检测大鼠死后不同时间肾3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)mRNA含量变化对死亡时间(postmorteminterval,P... 目的探讨荧光半定量逆转录-聚合酶链式反应(fluorescencesemi-quantitativereversetranscrip-tase-polymerasechainreaction,RT-PCR)技术检测大鼠死后不同时间肾3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)mRNA含量变化对死亡时间(postmorteminterval,PMI)推断的应用价值。方法28只大鼠断颈处死后置于20℃温控系统内,利用荧光标记半定量RT-PCR技术检测大鼠肾GAPDHmRNA在死后48h内相对表达量的变化情况。结果在死后即刻至40h内大鼠肾均可检测出GAPDHmRNA,且其扩增产物呈规律性下降。结论荧光半定量RT-PCR技术检测大鼠死后肾GAPDHmRNA含量变化对PMI推断具有一定的应用价值。 展开更多
关键词 死亡时间(PMI) 荧光半定量技术 逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR) 3-磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh)
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毛竹甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的克隆与序列分析 被引量:10
15
作者 杨洋 张智俊 罗淑萍 《经济林研究》 2010年第3期7-13,24,共8页
为了分离毛竹抗逆相关基因,利用RT-PCR和RACE技术,从毛竹叶片中克隆出甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因PeGAPDH的全长cDNA序列(GenBank登录号GU356597)。该序列全长1368bp,完整阅读框1013bp,编码一个具有337个氨基酸残基的蛋白。利用生物信息学... 为了分离毛竹抗逆相关基因,利用RT-PCR和RACE技术,从毛竹叶片中克隆出甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因PeGAPDH的全长cDNA序列(GenBank登录号GU356597)。该序列全长1368bp,完整阅读框1013bp,编码一个具有337个氨基酸残基的蛋白。利用生物信息学软件对PeGAPDH蛋白进行了分析,结果表明:PeGAPDH蛋白分子量为36.643kDa,等电点为6.33;该蛋白含有2个保守区,即N端的NAD+结合区和靠近C端的催化功能区。PeGAPDH是一种亲水性、非分泌型蛋白,定位于膜的表面,属于氧化还原酶系,主要在中间产物代谢和能量代谢中起作用。蛋白质进化树的构建结果表明:PeGAPDH与水稻等禾本科植物来自细胞质中的GAPDH蛋白的亲缘关系很近,同双子叶植物的GAPDH则相差较远。 展开更多
关键词 生物信息学 毛竹 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 基因克隆
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顶复门原虫3-磷酸甘油醛脱氢酶功能及其应用研究进展 被引量:2
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作者 廖申权 戚南山 +4 位作者 吴彩艳 吕敏娜 袁建丰 余劲术 孙铭飞 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第1期71-74,共4页
糖酵解途径广泛存在于各类生物中,是顶复门原虫的主要供能方式。3-磷酸甘油醛脱氢酶是糖酵解途径的重要酶,与顶复门原虫的生存密切相关,可以作为抗寄生虫药物研发的重要靶标。文章主要从顶复门原虫糖酵解途径、3-磷酸甘油醛脱氢酶的基... 糖酵解途径广泛存在于各类生物中,是顶复门原虫的主要供能方式。3-磷酸甘油醛脱氢酶是糖酵解途径的重要酶,与顶复门原虫的生存密切相关,可以作为抗寄生虫药物研发的重要靶标。文章主要从顶复门原虫糖酵解途径、3-磷酸甘油醛脱氢酶的基因分析、作用机理及应用等方面进行综述。 展开更多
关键词 顶复门原虫 3-磷酸甘油醛脱氢酶 药物靶标
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人类3-磷酸甘油醛脱氢酶的原核表达、纯化和鉴定
17
作者 李毅 万涛 +3 位作者 杨琴 蔡雪飞 张文露 汤华 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期102-105,共4页
为了研究3-磷酸甘油醛脱氧酶(GAPDH)化生物学功能,以pcDNA3.1-GAPDH质粒为模板,PCR方法扩增GAPDH基因,经BamHI和SalI双酶切后插入相同酶切的pET32a(+)载体,构建His-GAPDH融合蛋白表达质粒pET32a(+)-GAPDH;转化JM109感受态细胞,并进行阳... 为了研究3-磷酸甘油醛脱氧酶(GAPDH)化生物学功能,以pcDNA3.1-GAPDH质粒为模板,PCR方法扩增GAPDH基因,经BamHI和SalI双酶切后插入相同酶切的pET32a(+)载体,构建His-GAPDH融合蛋白表达质粒pET32a(+)-GAPDH;转化JM109感受态细胞,并进行阳性克隆筛选,扩增目的质粒;转化大肠杆菌BL21菌株,经IPTG诱导产生融合蛋白,亲和层析柱纯化后,用SDS-PAGE和Western blotting检测GAPDH蛋白表达情况。结果表明,构建的人GAPDH基因表达载体经序列测定证实,与GenBank数据完全一致;双酶切鉴定证实,克隆基因正确插入pET32a(+)载体;表达质粒pET32a(+)-GAPDH在大肠杆菌BL21中成功地诱导表达了可溶性His-GAPDH融合蛋白,纯化后SDS-PAGE和Western blotting检测证实融合蛋白表达成功。人GAPDH原核表达载体的成功构建,及6His-GAPDH融合蛋白的正确表达,为进一步深入研究GAPDH的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 三磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh) 原核表达 SDS—PAGE 免疫印迹
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粘虫甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因cDNA的克隆、序列分析及表达量检测
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作者 李柯 阴环 +1 位作者 奚耕思 廉振民 《生命科学研究》 CAS CSCD 2010年第6期485-491,共7页
运用RT-PCR和RACE技术,以粘虫(Mythimna separata(Walker))cDNA为模板,对甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因进行克隆获得全长cDNA序列,并利用生物信息学方法,对GAPDH全长cDNA序列及推测得到的GA... 运用RT-PCR和RACE技术,以粘虫(Mythimna separata(Walker))cDNA为模板,对甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因进行克隆获得全长cDNA序列,并利用生物信息学方法,对GAPDH全长cDNA序列及推测得到的GAPDH蛋白序列进行分析.结果表明,获得的粘虫GAPDH基因cDNA序列长度为1 317 bp,其中包括80 bp的5′非编码区、238 bp的3′非编码区和999 bp的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),编码一个332个氨基酸蛋白,具有GAPDH蛋白家族的两个功能结构域.该GAPDH蛋白理论相对分子质量为35.498 6 kDa,等电点为7.63,富含6种类型的特定功能位点.该蛋白序列与其他动物GAPDH蛋白序列具有77.4%~92.9%高度同源性.GAPDH基因表达量检测结果显示GAPDH在粘虫6种不同组织间表达量无显著差异(P>0.05),表明GAPDH可作为研究粘虫功能基因表达量分析的可靠内参基因.该基因的cDNA序列已经递交GenBank并获得登录号为HM055756. 展开更多
关键词 粘虫 甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因 克隆
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探索结直肠癌血清外泌体有效分子标志物 被引量:1
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作者 杨钊 邹鲁飞 《生物医学工程与临床》 CAS 2023年第6期785-795,共11页
目的基于血清外泌体数据结合加权基因共表达算法(WGCNA)和蛋白-蛋白互作分析(PPI)筛选结直肠癌(CRC)患者有效血清标志物,为预测CRC的发生提供帮助。方法从外泌体数据库(http://www.exorbase.org/)中下载健康人群和CRC患者血清外泌体基... 目的基于血清外泌体数据结合加权基因共表达算法(WGCNA)和蛋白-蛋白互作分析(PPI)筛选结直肠癌(CRC)患者有效血清标志物,为预测CRC的发生提供帮助。方法从外泌体数据库(http://www.exorbase.org/)中下载健康人群和CRC患者血清外泌体基因表达数据,采用WGCNA和PPI对由118例健康人群和35例CRC患者组成的数据集进行分析,并利用外部的癌症基因组图谱(TCGA)数据库、GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)数据库中GSE192667和GSE24549数据集、R2预后平台(https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi)、CancerSEA(http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/)单细胞数据集和TIMER(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)网站分析和验证核心分子。结果外泌体数据库中CRC患者较健康人群上调基因有5078个,下调基因有13004个。基于WGCNA和PPI算法获得了甘油醛3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)和微管蛋白α-1B基因(TUBA1B)作为核心分子。并通过内部数据集验证GAPDH和TUBA1B表达与CRC发生相关,可以作为有效的血清外泌体分子标志物。同时,外部TCGA数据集中上述两个基因在肿瘤组织中均高表达,在R2生存平台中高表达GAPDH和TUBA1B患者预后更差。同时在GSE192667和GSE24549数据集也获得了相似的结果。基于GSE192667数据集构建并验证了生存风险模型[生存风险模型得分=GAPDH表达量×0.0015+TUBA1B表达量×(-0.0002)]。利用CancerSEA网站和TIMER网站并结合基因集富集分析(GSEA)发现核心分子涉及了多个肿瘤相关通路和功能。结论利用血清外泌体数据库结合WGCNA和PPI算法,筛选获得的GAPDH和TUBA1B可以作为CRC患者有效的血清外泌体分子标志物。 展开更多
关键词 结直肠癌 血清外泌体 基因加权共表达算法(WGCNA) 甘油醛3-磷酸脱氢酶基因(gapdh) 微管蛋白α-1B基因(TUBA1B)
原文传递
恶性疟原虫FCC-1/HN株3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的序列测定
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作者 江钢锋 洪佳冬 陆家海 《广东药学院学报》 CAS 2002年第3期225-227,共3页
目的 :对恶性疟原虫FCC - 1 HN株的 3 -磷酸甘油醛脱氢酶 (GAPDH)基因进行序列测定。方法 :恶性疟原虫FCC - 1 HN株体外培养物提取总RNA和基因组DNA ,从总RNA合成cDNA。分别用基因组DNA和cDNA作模板在体外用特异引物扩增GAPDH基因 ,... 目的 :对恶性疟原虫FCC - 1 HN株的 3 -磷酸甘油醛脱氢酶 (GAPDH)基因进行序列测定。方法 :恶性疟原虫FCC - 1 HN株体外培养物提取总RNA和基因组DNA ,从总RNA合成cDNA。分别用基因组DNA和cDNA作模板在体外用特异引物扩增GAPDH基因 ,并直接对其进行序列测定。结果 :恶性疟原虫GAPDH基因含一个约 30 0bp的内含子 ,该基因的开放阅读框共 1 0 1 1bp ,编码一个 337氨基酸残基的蛋白质。结论 :我国恶性疟原虫FCC - 1 展开更多
关键词 恶性疟原虫 3-磷酸某油醛脱氢酶 gapdh 基因测序
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