同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术—利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量,是近年来定量...同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术—利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量,是近年来定量蛋白质组学常用的高通量筛选技术,正迅速被广大学者所接受。主要从iTRAQ实验技术概要、iTRAQ多重化学标记串联质谱技术在生命科学领域中的应用、问题与展望等三个方面进行简要总结。展开更多
【目的】明确镉污染对泽兰实蝇(Procecidochares utilis Stone)雄性附腺蛋白质造成的影响。【方法】利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合MS/MS对染镉与未染镉的泽兰...【目的】明确镉污染对泽兰实蝇(Procecidochares utilis Stone)雄性附腺蛋白质造成的影响。【方法】利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合MS/MS对染镉与未染镉的泽兰实蝇雄性附腺蛋白质进行分析与鉴定。【结果】共鉴定出3 661个蛋白质,具有定量信息差异的蛋白质58个,其中上调的蛋白质38个,下调的蛋白质20个。GO和KEGG注释分析和富集分析结果显示:这些蛋白质具有催化、代谢和转运等功能,表明染镉后泽兰实蝇雄性附腺中多种功能的蛋白质发生了变化。【结论】本研究明确了镉污染可改变泽兰实蝇雄性附腺蛋白质组,并鉴定了镉胁迫后泽兰实蝇雄性附腺的差异蛋白。展开更多
【目的】通过分析草莓果实生长发育过程中蛋白磷酸化水平的变化以期揭示蛋白磷酸化在果实生长发育成熟衰老过程中的作用。【方法】以iTraq(isobaric tags for relative and absolute quantification)定量蛋白质组学结合LC-MS/MS(liquid ...【目的】通过分析草莓果实生长发育过程中蛋白磷酸化水平的变化以期揭示蛋白磷酸化在果实生长发育成熟衰老过程中的作用。【方法】以iTraq(isobaric tags for relative and absolute quantification)定量蛋白质组学结合LC-MS/MS(liquid chromatography-mass spectrometry)的方法对草莓果实的5个不同发育时期(小绿果时期、大绿果时期、白果时期、果实成熟期、果实成熟后期)的蛋白磷酸化水平进行综合分析,并对这些鉴定到的磷酸化蛋白进行生物过程分类、亚细胞定位分类和分子功能分类。通过综合分析多个数据库的比对结果,对所鉴定的磷酸化蛋白进行功能的预测。【结果】不同发育时期的磷酸化蛋白有所差异,并且在大绿果时期到果实成熟期磷酸化差异蛋白总数比其他时期显著增加,其中,多数的磷酸化蛋白参与生长发育调控。生物过程分类结果显示,这些磷酸化蛋白多数集中在植物信号转导途径和糖代谢途径中,其中,参与信号转导途径的有17个,参与糖代谢生物过程的有8个。属于MAPK级联途径的有MAPKKK家族的101308592、MAPK家族的470122684和596127083。596127083的磷酸化水平在各个发育时期较为稳定,101308592随发育时期磷酸化水平逐渐升高,而470122684的磷酸化水平从软果期开始急剧下降。亚细胞定位分类结果显示,多数磷酸化蛋白定位在细胞核和细胞质中。分子功能分类结果显示,多数磷酸化蛋白具有转录调节和磷酸化去磷酸化的分子功能,鉴定出与生长发育调节相关的磷酸化蛋白有24个。其中,具有转录调控功能的有4个,参与细胞分裂的有6个,还有一部分磷酸化蛋白与调控生长发育的激素的响应有关,除此之外,还鉴定到3个与果实的成熟软化相关的磷酸化蛋白。另外,一部分蛋白有多种磷酸化修饰方式,其中,SNF1相关蛋白激酶β亚基有3种磷酸化修饰,且其磷酸化水平各不相同。【结论】同种蛋白可能同时存在不止一种磷酸化修饰方式。不同的磷酸化修饰方式的作用不尽相同。不同的时期占主导地位的修饰方式也不尽相同。磷酸化蛋白不仅参与转录调节和细胞分裂分化,还参与果实发育过程中对植物激素的响应和糖的代谢积累,甚至参与果实成熟软化的调节。另外,101308592和470122684可能参与果实生长发育的调控。总之,蛋白磷酸化修饰在草莓果实生长发育过程中起重要的调控作用。展开更多
研究白粉菌胁迫对苦荬菜叶片生理指标及蛋白组的影响,为揭示苦荬菜响应白粉菌胁迫的分子机制奠定基础。以龙牧苦荬菜(Lactuca indica L. cv. Longmu)为试验材料,测定其接种白粉菌72 h后叶片生理指标的变化,并利用同位素相对和绝对定量...研究白粉菌胁迫对苦荬菜叶片生理指标及蛋白组的影响,为揭示苦荬菜响应白粉菌胁迫的分子机制奠定基础。以龙牧苦荬菜(Lactuca indica L. cv. Longmu)为试验材料,测定其接种白粉菌72 h后叶片生理指标的变化,并利用同位素相对和绝对定量标记技术联合液相色谱-串联质谱技术(iTRAQ-LC-MS/MS)结合生物信息学方法分析叶片差异表达蛋白及其富集情况。结果表明,接种白粉菌后过氧化物酶活性较对照极显著增加(P<0.01),丙二醛含量和超氧化物歧化酶活性均显著增加(P<0.05),总叶绿素、叶绿素a和叶绿素b含量均下降。共筛选出200个差异表达蛋白,其中上调表达的蛋白有161个,下调表达的蛋白有39个。经过蛋白注释和富集分析,筛选出含Bet v 1结构域蛋白、含几丁质结合1型结构域蛋白、过氧化物酶、细胞色素P450、4-香豆酸-辅酶A连接酶-7、咖啡酸3-O-甲基转移酶和大根香叶烯A羟化酶7种差异表达蛋白与苦荬菜响应白粉菌胁迫有关。苦荬菜在白粉菌胁迫下,次生代谢和病程相关等蛋白显著上调表达以响应白粉病侵染,推测过氧化物酶可能在机体响应白粉菌胁迫的调控中发挥了重要作用。展开更多
文摘同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术—利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量,是近年来定量蛋白质组学常用的高通量筛选技术,正迅速被广大学者所接受。主要从iTRAQ实验技术概要、iTRAQ多重化学标记串联质谱技术在生命科学领域中的应用、问题与展望等三个方面进行简要总结。
基金Scientific Research Fund of Guangxi Education Department(YB2014004)The Open Topic from Guangxi Key Laboratory of Buffalo Genetics Reproduction and Breeding(SNKF-2012-05,SNKF-2013-02)
文摘【目的】明确镉污染对泽兰实蝇(Procecidochares utilis Stone)雄性附腺蛋白质造成的影响。【方法】利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合MS/MS对染镉与未染镉的泽兰实蝇雄性附腺蛋白质进行分析与鉴定。【结果】共鉴定出3 661个蛋白质,具有定量信息差异的蛋白质58个,其中上调的蛋白质38个,下调的蛋白质20个。GO和KEGG注释分析和富集分析结果显示:这些蛋白质具有催化、代谢和转运等功能,表明染镉后泽兰实蝇雄性附腺中多种功能的蛋白质发生了变化。【结论】本研究明确了镉污染可改变泽兰实蝇雄性附腺蛋白质组,并鉴定了镉胁迫后泽兰实蝇雄性附腺的差异蛋白。
文摘【目的】通过分析草莓果实生长发育过程中蛋白磷酸化水平的变化以期揭示蛋白磷酸化在果实生长发育成熟衰老过程中的作用。【方法】以iTraq(isobaric tags for relative and absolute quantification)定量蛋白质组学结合LC-MS/MS(liquid chromatography-mass spectrometry)的方法对草莓果实的5个不同发育时期(小绿果时期、大绿果时期、白果时期、果实成熟期、果实成熟后期)的蛋白磷酸化水平进行综合分析,并对这些鉴定到的磷酸化蛋白进行生物过程分类、亚细胞定位分类和分子功能分类。通过综合分析多个数据库的比对结果,对所鉴定的磷酸化蛋白进行功能的预测。【结果】不同发育时期的磷酸化蛋白有所差异,并且在大绿果时期到果实成熟期磷酸化差异蛋白总数比其他时期显著增加,其中,多数的磷酸化蛋白参与生长发育调控。生物过程分类结果显示,这些磷酸化蛋白多数集中在植物信号转导途径和糖代谢途径中,其中,参与信号转导途径的有17个,参与糖代谢生物过程的有8个。属于MAPK级联途径的有MAPKKK家族的101308592、MAPK家族的470122684和596127083。596127083的磷酸化水平在各个发育时期较为稳定,101308592随发育时期磷酸化水平逐渐升高,而470122684的磷酸化水平从软果期开始急剧下降。亚细胞定位分类结果显示,多数磷酸化蛋白定位在细胞核和细胞质中。分子功能分类结果显示,多数磷酸化蛋白具有转录调节和磷酸化去磷酸化的分子功能,鉴定出与生长发育调节相关的磷酸化蛋白有24个。其中,具有转录调控功能的有4个,参与细胞分裂的有6个,还有一部分磷酸化蛋白与调控生长发育的激素的响应有关,除此之外,还鉴定到3个与果实的成熟软化相关的磷酸化蛋白。另外,一部分蛋白有多种磷酸化修饰方式,其中,SNF1相关蛋白激酶β亚基有3种磷酸化修饰,且其磷酸化水平各不相同。【结论】同种蛋白可能同时存在不止一种磷酸化修饰方式。不同的磷酸化修饰方式的作用不尽相同。不同的时期占主导地位的修饰方式也不尽相同。磷酸化蛋白不仅参与转录调节和细胞分裂分化,还参与果实发育过程中对植物激素的响应和糖的代谢积累,甚至参与果实成熟软化的调节。另外,101308592和470122684可能参与果实生长发育的调控。总之,蛋白磷酸化修饰在草莓果实生长发育过程中起重要的调控作用。
文摘研究白粉菌胁迫对苦荬菜叶片生理指标及蛋白组的影响,为揭示苦荬菜响应白粉菌胁迫的分子机制奠定基础。以龙牧苦荬菜(Lactuca indica L. cv. Longmu)为试验材料,测定其接种白粉菌72 h后叶片生理指标的变化,并利用同位素相对和绝对定量标记技术联合液相色谱-串联质谱技术(iTRAQ-LC-MS/MS)结合生物信息学方法分析叶片差异表达蛋白及其富集情况。结果表明,接种白粉菌后过氧化物酶活性较对照极显著增加(P<0.01),丙二醛含量和超氧化物歧化酶活性均显著增加(P<0.05),总叶绿素、叶绿素a和叶绿素b含量均下降。共筛选出200个差异表达蛋白,其中上调表达的蛋白有161个,下调表达的蛋白有39个。经过蛋白注释和富集分析,筛选出含Bet v 1结构域蛋白、含几丁质结合1型结构域蛋白、过氧化物酶、细胞色素P450、4-香豆酸-辅酶A连接酶-7、咖啡酸3-O-甲基转移酶和大根香叶烯A羟化酶7种差异表达蛋白与苦荬菜响应白粉菌胁迫有关。苦荬菜在白粉菌胁迫下,次生代谢和病程相关等蛋白显著上调表达以响应白粉病侵染,推测过氧化物酶可能在机体响应白粉菌胁迫的调控中发挥了重要作用。
