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基于粗糙集的基因信号属性约简 被引量：4
1
作者 刘富 张潇 +1 位作者 侯涛 刘云 《吉林大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第2期624-629,共6页
为了解决k-mer频率在对DNA片段进行识别的过程中耗时长、效率低等问题,采用粗糙集的属性约简理论对DNA片段中提取的k-mer数字特征进行有效的约简优化,并对30个微生物菌株的全基因组进行了信号约简实验,结果证明本文所用方法能将原始的... 为了解决k-mer频率在对DNA片段进行识别的过程中耗时长、效率低等问题,采用粗糙集的属性约简理论对DNA片段中提取的k-mer数字特征进行有效的约简优化,并对30个微生物菌株的全基因组进行了信号约简实验,结果证明本文所用方法能将原始的高维基因信号约简掉72.27%,准确率提升0.62%,运行时间缩短73.3%。 展开更多
关键词 计算机应用 属性约简 粗糙集 k-mer频率
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酵母核小体中心序列与连接序列的差异分析
2
作者 尼玛达瓦 李宏 +2 位作者 周德良 郑燕 杨小希 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2015年第2期168-176,共9页
基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对... 基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对数增序的方式排列模体,得到两类序列k-mer相对频率对数比的分布.结果显示模体长度越长两类序列的使用差异越明显,当k>7以后差异分布逐渐稳定.按照中心序列8-mer相对频率增序的方式排列模体,发现在相对频率小于0.5的区域,两类序列的8-mer使用差异显著.分别计算了7个抽样点附近中心序列偏好的8-mer和连接序列偏好的8-mer的G+C含量和二核苷含量.结果显示两类序列模体的G+C含量随着相对频率的增大而逐步减小,中心序列更加偏好GC和CG二核苷,而连接序列更加偏好GG二核苷和CC二核苷.这些主要的差异特征与实验分析结果一致. 展开更多
关键词 酵母基因组 核小体中心序列 核小体连接序列 k-mer相对使用频率 差异分析
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