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No consistent daily variation in DNA methylation detected in Populus nigra leaves by methylation-sensitive amplification polymorphism analysis
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作者 Shu Diao Yanbo Wang +5 位作者 Changjun Ding Yingying Chang Lixiong Liang Yanan Gao Bingyu Zhang Xiaohua Su 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2017年第4期653-660,共8页
DNA methylation, an epigenetic mechanism used by cells to control gene expression, has an important biological role in plant development and environmental fitness. Since plant DNA methylation is closely related to env... DNA methylation, an epigenetic mechanism used by cells to control gene expression, has an important biological role in plant development and environmental fitness. Since plant DNA methylation is closely related to environmental conditions, variation during the day is expected. Here, in genetically identical plants of Populus nigra clone N46, DNA methylation changes in leaves over a 24 h period were detected using the methylation-sensitive amplification polymorphism method. The results showed different DNA methylation patterns in mature poplar leaves: not only in individuals at the same time, but also in samples at each of the six time during the day. In addition, night samples had a higher percentage of methylation than in morning samples. However, no statistically significant differences were found among the samples gathered at different times. Similar results were obtained for three other P. nigra clones with different genetic backgrounds. Real time qPCR showed that the DNA methyltransferase genes Pt-MET1 and Pt-SOM1 involved in CG DNA methylation in poplar were stable over a 24 h period in leaves of P. nigra N46 compared with circadian-controlled genes. That could be part of the reason that methylation of CCGG sites is stable in those leaves. That DNA methylation differed even in genetically identical plants indicates the specificity of DNA methylation changes in their genomes. No statistically significant differences in methylation changes were found between day and night, suggesting that DNA methylation is more stable than expected and is unlikely to be involved in circadian regulation in plants. 展开更多
关键词 Cytosine methylation EPIGENETIC Populus nigra methylation-sensitive amplification polymorphism (msap) Variation
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黑果枸杞MSAP技术体系的构建
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作者 刘晓雯 张得芳 王占林 《青海大学学报》 2024年第2期35-42,共8页
为利用甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP)构建黑果枸杞MSAP技术反应体系,本试验采用CTAB法提取黑果枸杞DNA,通过双酶切、预扩增和选择性扩增对16对引物的多态性进行初步筛选并构建MSAP技术体系。结果表明:双酶切进行12 h,DNA模板能够酶切... 为利用甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP)构建黑果枸杞MSAP技术反应体系,本试验采用CTAB法提取黑果枸杞DNA,通过双酶切、预扩增和选择性扩增对16对引物的多态性进行初步筛选并构建MSAP技术体系。结果表明:双酶切进行12 h,DNA模板能够酶切完全;预扩增反应产物条带集中在250~1000 bp处,选择性扩增可筛选出6对引物组合,条带明显。本研究为后续黑果枸杞DNA甲基化水平的相关分析研究奠定了基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 甲基化敏感多态性扩增技术(msap) DNA甲基化 引物组合
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叶锈菌胁迫下的小麦基因组MSAP分析 被引量:21
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作者 付胜杰 王晖 +3 位作者 冯丽娜 孙一 杨文香 刘大群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期297-304,共8页
内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能... 内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能。小麦近等基因系TcLr19、TcLr41及其感病亲本Thatcher在苗期对叶锈菌生理小种THTT、TKTJ分别表现为小种特异性抗病反应和感病反应。文章利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了小麦的甲基化水平,同时比较了苗期在生物胁迫前后基因组DNA胞嘧啶甲基化模式。用60对MSAP引物对接种前后的小麦DNA进行全基因组筛选,没有直接分离得到接菌前后的甲基化模式的差异,结果初步表明,叶锈菌并没有诱导稳定且特异的植物基因组DNA胞嘧啶位点的甲基化模式变化,但发现TcLr41及其感病亲本Thatcher之间存在表观遗传学差异。 展开更多
关键词 DNA甲基化 小麦叶锈菌 甲基化敏感扩增多态性(msap) 抗病性
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栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的MSAP分析 被引量:21
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作者 于涛 杨爱国 +1 位作者 吴彪 周丽青 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1335-1342,共8页
运用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术对栉孔扇贝(♀)、虾夷扇贝(♂)及其杂交子一代、子二代基因组DNA胞嘧啶甲基化水平进行了研究,并分析了DNA甲基化与各性状的相关性及其与杂种优势... 运用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术对栉孔扇贝(♀)、虾夷扇贝(♂)及其杂交子一代、子二代基因组DNA胞嘧啶甲基化水平进行了研究,并分析了DNA甲基化与各性状的相关性及其与杂种优势的关系。结果表明,(1)DNA甲基化率与壳宽、总重等表型值呈正相关的关系,而与壳长、壳高、软体重和闭壳肌重4个性状表型值呈负相关的关系,其中闭壳肌重与甲基化率的相关性达到极显著水平(P<0.01);(2)虾夷扇贝、栉孔扇贝、F1代、F2代的总甲基化率分别为32.79%、24.13%、19.98%、20.18%,杂交种F1代的甲基化水平低于双亲,是两种扇贝杂交的结果;F1代的甲基化模式经过了重新调整,其变化相对其亲本主要有4种类型:甲基化水平相同、去甲基化、超甲基化、次甲基化,且去甲基化位点多于超甲基化位点。结果证实杂种优势的产生与杂交种F1代基因组DNA甲基化模式的改变和重新调整有关,丰富了杂种优势机理研究内容。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 虾夷扇贝 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性 杂种优势
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半夏多倍体复合体基因组DNA甲基化状态的MSAP分析 被引量:9
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作者 薛梅 陈成彬 +1 位作者 陈力 马小军 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1713-1716,共4页
目的分析半夏多倍体复合体DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。方法应用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,采用34对引物进行选择性扩增。结果扩增共得到7708条带,其中5636... 目的分析半夏多倍体复合体DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。方法应用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,采用34对引物进行选择性扩增。结果扩增共得到7708条带,其中5636条带为甲基化多态性带在半夏7倍、8倍、9倍、10倍体值株间DNA甲基化水平变化不大。总扩增位点甲基化水平在54%~58%,全甲基化率为24.1%~24.3%,高倍性植株甲基化程序相应比较高。除甲基化水平稍有变化外,半夏不同倍性株间的DNA甲基化模式也形式各异,检测到的带型分为两大类(和型)。其中,不同倍性间DNA甲基化状态保持不变的位点占52.5%,归为型;少部分检测位点(占47.5%,归为型)的DNA甲基化模式在不同倍性间存在显著差异。结论半夏多倍体复合体各倍性植株间存在大量的胞嘧啶甲基化变异且整体甲基化水平较高。 展开更多
关键词 DNA甲基化 半夏 多倍体复合体 甲基化敏感扩增多态性
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仿刺参“化皮病”体壁组织DNA甲基化的MSAP分析 被引量:4
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作者 高杉 杨爱馥 +7 位作者 董颖 王摆 陈仲 蒋经伟 关晓燕 姜北 孙红娟 周遵春 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期637-642,共6页
利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了健康仿刺参(Apostichopus japonicus)体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果显示,健康仿刺... 利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了健康仿刺参(Apostichopus japonicus)体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果显示,健康仿刺参体壁和"化皮病"仿刺参病变体壁、正常体壁总甲基化水平分别为(18.60±5.61)%、(26.70±6.82)%和(19.53±3.34)%,其中全甲基化水平分别为(13.97±4.86)%、(20.08±5.26)%和(15.42±2.61)%,半甲基化水平分别为(4.63±3.59)%、(6.62±3.80)%和(4.11±2.08)%。"化皮病"仿刺参病变体壁总甲基化水平和全甲基化水平显著高于健康仿刺参体壁和"化皮病"仿刺参正常体壁(P<0.05),健康仿刺参体壁与"化皮病"仿刺参正常体壁总甲基化水平和全甲基化水平差异不显著(P>0.05);三者的半甲基化水平无显著差异(P>0.05)。因此,推测仿刺参体壁"化皮"与DNA甲基化有关。 展开更多
关键词 仿刺参 体壁 甲基化 msap 化皮病
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利用MSAP分析硫化氢对盐胁迫大豆甲基化的影响 被引量:4
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作者 何庆元 向仕华 +4 位作者 李正鹏 王松华 祝嫦巍 刘斌 吴萍 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期195-201,共7页
已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以... 已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以不同浓度的Na HS溶液(0.00、0.20、0.40、0.60和0.80 mmol·L-1)喷施大豆植株,利用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)方法分析H2S作用对盐胁迫下大豆V3和V4期甲基化类型及程度的影响。结果表明:Na Cl溶液除在V4期的外侧半甲基化外,其他各类甲基化水平均降低;而喷施一定浓度Na HS后,除V3期内侧甲基化表现不一致,2个时期Na Cl胁迫大豆其他类型的甲基化的水平基本都表现为先升高后降低。喷施H2S溶液可能通过恢复盐胁迫大豆所改变的甲基化类型和程度来缓解盐胁迫对大豆植株造成的伤害。 展开更多
关键词 大豆 硫化氢 NACL胁迫 甲基化敏感扩增多态性(msap)
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南方泡桐二倍体及其同源四倍体AFLP和MSAP的差异 被引量:4
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作者 张晓申 范国强 +2 位作者 邓敏捷 董焱鹏 赵振利 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期47-51,共5页
以南方泡桐( Paulownia australis)二倍体及其同源四倍体幼苗为材料,分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明:AFLP中平均每对引物扩增出50~70条谱带,南方泡桐二倍体染色体加倍前后DN... 以南方泡桐( Paulownia australis)二倍体及其同源四倍体幼苗为材料,分别采用AFLP和MSAP分子标记技术研究其DNA碱基序列及其甲基化的变化情况。研究结果表明:AFLP中平均每对引物扩增出50~70条谱带,南方泡桐二倍体染色体加倍前后DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化;统计MSAP在100~500 bp的扩增带,二倍体南方泡桐与四倍体南方泡桐酶切位点分别有2059和2214个,发生甲基化的位点分别为34.34%和36.77%,而发生DNA全甲基化的位点则分别为9.76%和11.74%。四倍体南方泡桐与二倍体南方泡桐相比40.80%位点甲基化模式发生了变化,并且同源四倍体南方泡桐的总甲基化水平和半甲基化水平比其二倍体高。 展开更多
关键词 南方泡桐 二倍体 同源四倍体 AFLP msap
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家鸡胚胎发育过程DNA甲基化的MSAP检测 被引量:7
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作者 班谦 赵宗胜 曹体婷 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第21期9902-9904,共3页
[目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果... [目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果]共发现甲基化位点880个,CCGG位点单链外侧的胞嘧啶甲基化位点比例为20.48%,双链CCGG位点的内侧胞嘧啶甲基化19.30%,两者总比例为39.78%。[结论]鸡胚发育过程,DNA甲基化随着胚胎的发育呈升高趋势。 展开更多
关键词 甲基敏感扩增多态性 表观遗传 鸡胚 检测
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北京油鸡MSAP毛细管电泳荧光检测技术的建立 被引量:4
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作者 李金龙 唐韶青 +2 位作者 邹智元 王海潮 徐青 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期495-502,共8页
采用毛细管电泳荧光检测技术,对北京油鸡肌肉组织基因组进行甲基化敏感扩增片段多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测。通过对基因组DNA用量、预扩产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和电泳... 采用毛细管电泳荧光检测技术,对北京油鸡肌肉组织基因组进行甲基化敏感扩增片段多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测。通过对基因组DNA用量、预扩产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和电泳内标量等6个主要参数进行分析和优化,建立了适合北京油鸡基因组DNA甲基化分析的MSAP毛细管电泳荧光检测技术。重复实验表明,建立的毛细管电泳荧光标记的MSAP检测技术能够自动地、高通量地分析北京油鸡基因组的DNA甲基化状态,也适用于其他动植物基因组的DNA甲基化研究。 展开更多
关键词 msap 毛细管电泳 荧光标记 北京油鸡
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MSAP技术及其在橡胶树遗传育种研究中的应用前景 被引量:2
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作者 吴春太 李维国 +1 位作者 高新生 张晓飞 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第11期9-14,共6页
MSAP是一种基于限制性内切酶的新技术,结合了扩增片段长度多态性的优点,已被广泛应用于植物种质资源鉴定、品种改良、种质资源表观遗传多样性分析、基因表达调控、杂种优势预测与利用、转基因沉默、种群表观遗传结构分析及环境适应研究... MSAP是一种基于限制性内切酶的新技术,结合了扩增片段长度多态性的优点,已被广泛应用于植物种质资源鉴定、品种改良、种质资源表观遗传多样性分析、基因表达调控、杂种优势预测与利用、转基因沉默、种群表观遗传结构分析及环境适应研究等遗传育种各个领域。对MSAP技术的原理、基本程序、方法的评价以及其在橡胶树遗传育种研究中应用的重要性进行了综述,并对其应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 DNA甲基化 DNA甲基化敏感扩增多态性(msap) 橡胶树 遗传育种
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NaCl胁迫下碱蓬基因组MSAP分析 被引量:4
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作者 赵秀娟 韩雅楠 蔡禄 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第18期3856-3858,共3页
采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术检测NaCl胁迫下碱蓬(Suaeda salsa L.)基因组DNA甲基化的变化,结果显示,碱蓬基因组DNA全甲基化比率与NaCl处理浓度存在一定的剂量效应关系(R=-0.92);利用18种组合的引物,检测不同NaCl浓度处理下碱蓬... 采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术检测NaCl胁迫下碱蓬(Suaeda salsa L.)基因组DNA甲基化的变化,结果显示,碱蓬基因组DNA全甲基化比率与NaCl处理浓度存在一定的剂量效应关系(R=-0.92);利用18种组合的引物,检测不同NaCl浓度处理下碱蓬基因组时共发现147个甲基化位点。 展开更多
关键词 碱蓬 DNA甲基化 高盐CTAB msap
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橡胶树MSAP反应体系优化及其不同开割高度单株DNA甲基化分析 被引量:2
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作者 吴春太 班硕 +1 位作者 黎瑜 曾日中 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期860-869,共10页
以‘热研7-33-97’橡胶树无性系幼嫩叶片为材料,通过利用单因素和正交试验相结合的方法,对酶切、预扩增和选择性扩增3个影响甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析的关键步骤的反应体系中关键影响因素进行了优化,建立橡胶树MSAP反应最佳体系,... 以‘热研7-33-97’橡胶树无性系幼嫩叶片为材料,通过利用单因素和正交试验相结合的方法,对酶切、预扩增和选择性扩增3个影响甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析的关键步骤的反应体系中关键影响因素进行了优化,建立橡胶树MSAP反应最佳体系,并用于高低割线橡胶树基因组DNA甲基化差异分析。结果表明:在50μL反应体系中,750 ng基因组DNA用EcoRⅠ20 U,HpaⅡ20 U或MspⅠ10 U于37℃恒温同步酶切10 h,酶切完全。最佳预扩增体系(20μL)为:连接产物4μL,Mg Cl_2(25 mmol·L^(-1))0.15μL,d NTPs(2.5 mmol·L^(-1))0.1μL,上下游引物E-00/HM-00(10μmol·L^(-1))各0.3μL,Taq酶(5 U·μL^(-1))0.1μL,10×PCR Buffer 2μL。最佳选择性扩增反应体系(20μL)为:稀释20倍的预扩增产物2μL,Mg Cl_2(25 mmol·L^(-1))0.1μL,d NTPs(2.5 mmol·L^(-1))0.125μL,上下游引物E+3/HM+3(10μmol·L^(-1))各0.4μL,Taq酶(5 U·μL^(-1))0.1μL,10×PCR Buffer 2μL。高低割线树DNA的甲基化比例分别为37.22%和36.43%,2种开割胶树基因组CCGG位点胞嘧啶全甲基化率明显高于半甲基化率,推测橡胶树基因组甲基化主要模式可能是Cp G型。综上表明,建立的MSAP反应体系稳定可靠且重复性好,为后续橡胶树不同胁迫(割胶)程度DNA甲基化的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 高低割线橡胶树 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 体系优化
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瓜实蝇DNA甲基化的MSAP体系建立与优化 被引量:1
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作者 龚治 周世豪 +2 位作者 马华博 张亚楠 符悦冠 《热带农业科学》 2016年第5期37-43,共7页
瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]是中国重要的蔬菜害虫,但其DNA甲基化研究尚未见报道。甲基化敏感扩增多态性是研究DNA甲基化的重要技术之一。通过对酶切反应、连接、PCR扩增和引物筛选等条件优化,建立瓜实蝇MSAP反应体系,即... 瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]是中国重要的蔬菜害虫,但其DNA甲基化研究尚未见报道。甲基化敏感扩增多态性是研究DNA甲基化的重要技术之一。通过对酶切反应、连接、PCR扩增和引物筛选等条件优化,建立瓜实蝇MSAP反应体系,即:120μL酶切体系中加入10 U的限制性内切酶与600 ng基因组DNA,于37℃酶切反应过夜;220μL连接体系中加入T4连接酶1 U,HpaⅡ-MspⅠ-adapter接头50 pmol,Eco R I-adapter接头5 pmol,并于16℃反应12 h;3连接产物稀释后进行PCR预扩增和选择性扩增,再经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测结果。通过该体系筛选出适用于瓜实蝇基因组DNA甲基化多态性研究的6对引物;瓜实蝇MSAP体系为瓜实蝇的表观遗传学研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 瓜实蝇 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性 表观遗传
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低温对罗非鱼基因组DNA甲基化的影响 被引量:20
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作者 朱华平 卢迈新 +5 位作者 黄樟翰 高风英 可小丽 刘志刚 李庆勇 刘玉姣 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1460-1467,共8页
以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼耐寒品系为实验材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析方法从全基因组水平上探讨了低温适应对罗非鱼DNA序列中CCGG位点的甲基化水平的影响... 以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼耐寒品系为实验材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析方法从全基因组水平上探讨了低温适应对罗非鱼DNA序列中CCGG位点的甲基化水平的影响。结果显示,选用的18对选择性扩增引物共检测到849个位点。耐寒品系检测到的位点数为411个,对照组为438个,其中发生甲基化的位点数分别为72和104个,总甲基化率分别为17.52%和23.74%;全甲基化位点分别为37个和65个,全甲基化率分别为9.00%和14.84%;半甲基化位点分别为35个和39个,半甲基化率分别为8.52%和8.90%。结果分析表明,尼罗罗非鱼耐寒品系的总甲基化水平、全甲基化水平和半甲基化水平较对照组均有一定程度的下降。与对照组相比,尼罗罗非鱼耐寒品系基因组DNA甲基化总体水平下降了6.22%,其中以全甲基化位点变异为主,其下降幅度比例明显,为5.84%。由此可见,经过连续多代的低温胁迫可导致尼罗罗非鱼DNA甲基化水平发生改变,发生了去甲基化反应,表现为基因组甲基化程度降低的特征,说明了DNA甲基化与罗非鱼抗寒性反应密切相关。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 低温 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性
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DNA甲基化差异对猪生长性状的影响 被引量:18
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作者 蒋曹德 邓昌彦 熊远著 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期105-110,共6页
测定和计算了大白×梅山F1 个体180日龄活重、料肉比、日增重、90 kg日龄、相对生长率和(KR)Kleiber5个性状,应用甲基敏感扩增多态技术(MSAP)分析了DNA甲基化与以上生长性状的关系。共扩增出 1 274 个位点,其中在252个多态性位点中,... 测定和计算了大白×梅山F1 个体180日龄活重、料肉比、日增重、90 kg日龄、相对生长率和(KR)Kleiber5个性状,应用甲基敏感扩增多态技术(MSAP)分析了DNA甲基化与以上生长性状的关系。共扩增出 1 274 个位点,其中在252个多态性位点中,有81个甲基化位点对生产性状产生显著的影响。整体上,亲子代间甲基化差异不显著。但是,经配对数据t检验分析,每对引物在亲子代间扩增的带数表现出一定的差异:梅山猪与F1 代的差异接近显著性标准,大白猪与F1 代的差异达到极显著(P<0 .05)。个体一般甲基化百分差异和个体中性甲基化百分差异对所研究的6个生长性状均无显著的效应(P>0. 05)。除180日龄活重外,个体特殊甲基化百分差异对其余5个性状均产生显著的效应(P<0 .05)。从有利于养猪生产力这一角度讲,5 个生长性状表现都随个体特殊甲基化百分差异的增加而下降。回归分析表明,个体特殊甲基化百分差异与 5 个性状回归关系显著(P<0. 05)。结果显示,DNA甲基化是影响杂种表现或杂种优势的因素之一,可以作为分子标记用于杂种优势的预测和相关的研究;对性状产生显著影响的甲基化位点在预测杂种表现中要优于其它甲基化位点。 展开更多
关键词 生长性状 日龄 位点 杂种表现 杂种优势 活重 大白 DNA甲基化 扩增 影响
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强光下H_2S对石斛DNA甲基化及抗氧化系统的影响 被引量:6
17
作者 关蕾 樊洪泓 +3 位作者 陈沙沙 林毅 蔡永萍 金青 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1090-1098,共9页
本试验以铁皮石斛为材料,研究强光胁迫下外源硫化氢对铁皮石斛的抗氧化系统及基因组DNA的甲基化水平和模式变化的影响。结果表明:200μmol.L-1的硫氢化钠(NaHS,H2S的供体)可显著促进SOD、CAT和POD的酶活性、降低MDA含量,缓解了强光胁迫... 本试验以铁皮石斛为材料,研究强光胁迫下外源硫化氢对铁皮石斛的抗氧化系统及基因组DNA的甲基化水平和模式变化的影响。结果表明:200μmol.L-1的硫氢化钠(NaHS,H2S的供体)可显著促进SOD、CAT和POD的酶活性、降低MDA含量,缓解了强光胁迫对铁皮石斛造成的氧化损伤。而高浓度NaHS(600μmol.L-1)处理则加重了石斛的氧化损伤。甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析表明,强光胁迫下0、200和600μmol.L-1NaHS处理(T1、T3、T5)的石斛DNA甲基化比率分别为29.6%、33%和28.9%,均低于对照(正常光照,35.4%)。强光下T1与对照CK相比、T3和T5与T1相比,石斛基因组DNA的去甲基化和甲基化变化的位点比例分别为6.4%、7.7%、6.7%和9.0%、8.1%、9.2%。通过对差异条带的回收测序和Blast比对,发现其中有与光合作用有关的合成酶、与抗逆相关的转录因子等同源的片段。 展开更多
关键词 铁皮石斛 硫化氢 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性
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栽培稻×药用野生稻种间杂种基因组DNA甲基化的遗传与变异研究 被引量:3
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作者 何平 疏冕 +1 位作者 蔡晓丹 傅雪琳 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期19-31,共13页
为了探索栽培稻与药用野生稻种间杂种体内异源基因组重组引起的DNA甲基化变异规律,及其生物学效应,利用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术对辽粳944、药用野生稻及其杂种F_1不同发育时期的叶片和小穗基因组DNA甲基化水平和模式的遗传变异... 为了探索栽培稻与药用野生稻种间杂种体内异源基因组重组引起的DNA甲基化变异规律,及其生物学效应,利用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术对辽粳944、药用野生稻及其杂种F_1不同发育时期的叶片和小穗基因组DNA甲基化水平和模式的遗传变异特点进行了分析。结果表明,辽粳944、药用野生稻及其杂种F_1的叶片和小穗DNA的甲基化水平表现出相同的变化趋势,即随着生长发育的进行,DNA甲基化水平呈下降趋势,各组织的全甲基化率均显著高于半甲基化率(P=0.000);杂种在分蘖期、减数分裂期及开花期叶片DNA平均总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率分别为20.19%,16.06%及4.13%,其甲基化水平高于双亲;而杂种在减数分裂期、小孢子发育期及花粉成熟期小穗DNA平均总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率分别为17.38%,13.67%及3.71%,均比辽粳944高,而比药用野生稻低;杂种小穗的半甲基化率显著高于辽粳944(P=0.015)。杂种叶片和小穗DNA的甲基化模式均有5种类型。经过对94个甲基化特异片段的序列分析,有38个片段的序列与已知或假定功能的基因具有同源性。为进一步研究栽培稻与野生稻种间杂种不育机理奠定了基础。 展开更多
关键词 栽培稻 药用野生稻 种间杂种 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性
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红麻DNA甲基化响应镉胁迫及甲基化差异基因的表达分析 被引量:4
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作者 卢海 李增强 +7 位作者 唐美琼 罗登杰 曹珊 岳娇 胡亚丽 黄震 陈涛 陈鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2324-2334,共11页
DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量... DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量;利用甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析镉胁迫下根系DNA甲基化水平变化;回收甲基化差异片段并克隆测序,采用qRT-PCR技术对DNA甲基化差异基因的表达量进行分析。结果表明,CdCl_(2)胁迫显著抑制红麻幼苗的株高、茎粗、根长、根表面积以及全鲜重。对照及镉处理下幼苗根系的DNA甲基化率分别为62.78%、68.23%,其中全甲基化率分别为37.50%、36.36%,半甲基化率分别为25.28%、31.87%,表明镉胁迫显著提高红麻幼苗根系的DNA甲基化水平。qRT-PCR分析表明,7个与抗性密切相关的DNA甲基化差异基因也存在表达量的差异,推测DNA甲基化水平变化在响应红麻镉胁迫中发挥重要作用。本结果为深入探索DNA甲基化响应植物镉胁迫的潜在机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 红麻 镉胁迫 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap) 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)
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DNA methylation polymorphism in flue-cured tobacco and candidate markers for tobacco mosaic virus resistance 被引量:5
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作者 Jie-hong ZHAO Ji-shun ZHANG +4 位作者 Yi WANG Ren-gang WANG Chun WU Long-jiang FAN Xue-liang REN 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2011年第11期935-942,共8页
DNA methylation plays an important role in the epigenetic regulation of gene expression during plant growth,development,and polyploidization.However,there is still no distinct evidence in tobacco regarding the distrib... DNA methylation plays an important role in the epigenetic regulation of gene expression during plant growth,development,and polyploidization.However,there is still no distinct evidence in tobacco regarding the distribution of the methylation pattern and whether it contributes to qualitative characteristics.We studied the levels and patterns of methylation polymorphism at CCGG sites in 48 accessions of allotetraploid flue-cured tobacco,Nicotiana tabacum,using a methylation-sensitive amplified polymorphism(MSAP) technique.The results showed that methylation existed at a high level among tobacco accessions,among which 49.3% sites were methylated and 69.9% allelic sites were polymorphic.A cluster analysis revealed distinct patterns of geography-specific groups.In addition,three polymorphic sites significantly related to tobacco mosaic virus(TMV) resistance were explored.This suggests that tobacco breeders should pay more attention to epigenetic traits. 展开更多
关键词 methylation-sensitive amplified polymorphism Epigenetic modification Tobacco mosaic virus (TMV)resistance Flue-cured tobacco
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