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多种归一化方法对miRNA微阵列数据的作用分析及比较 被引量：3
1
作者 侯丽云 张旭 吴珍 《西南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第5期98-102,共5页
通过MA图和箱线图比较归一化前后miRNA微阵列数据分布情况的变化,用K-S检验和均方误差来评估6种归一化方法的优良性.结果显示,对于miRNA微阵列数据而言,局部加权回归方法和分位数归一化方法比其它方法效果更好,其中又以局部加权回归方... 通过MA图和箱线图比较归一化前后miRNA微阵列数据分布情况的变化,用K-S检验和均方误差来评估6种归一化方法的优良性.结果显示,对于miRNA微阵列数据而言,局部加权回归方法和分位数归一化方法比其它方法效果更好,其中又以局部加权回归方法的效果最佳. 展开更多
关键词 mirna微阵列数据 归一化方法 MA图 K-S检验 均方误差
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基于微阵列和生物信息学分析的茯苓多糖对Lewis肺癌小鼠差异表达miRNA的影响 被引量：2
2
作者 张旭裕 钟诚 +2 位作者 蒲有为 杨中伟 鲍依稀 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2021年第11期76-82,共7页
目的利用miRNA微阵列技术,分析用茯苓多糖灌胃后Lewis肺癌小鼠脾脏差异表达的miRNA。方法Lewis肺癌小鼠分为茯苓多糖组和生理盐水组。统计肿瘤体积、胸腺指数和脾脏指数,采用miRNA微阵列技术分析小鼠脾脏免疫相关miRNA变化。利用生物信... 目的利用miRNA微阵列技术,分析用茯苓多糖灌胃后Lewis肺癌小鼠脾脏差异表达的miRNA。方法Lewis肺癌小鼠分为茯苓多糖组和生理盐水组。统计肿瘤体积、胸腺指数和脾脏指数,采用miRNA微阵列技术分析小鼠脾脏免疫相关miRNA变化。利用生物信息学技术对miRNA靶点进行GO及KEGG的富集分析,构建蛋白相互作用网络,并使用Cytoscape 3.8.0软件筛选关键基因(Hub基因)。结果茯苓多糖组小鼠肿瘤体积减小,脾脏指数和胸腺指数增加,共筛选出8个差异表达的miRNA。采用生物信息学方法预测出3个免疫相关信号通路和3个关键基因。结论茯苓多糖可调节8种脾脏免疫相关miRNA,这些miRNA使下游靶基因通过免疫调节作用有效促进肺癌细胞凋亡。 展开更多
关键词 肺癌 茯苓多糖 mirna qPCR微阵列 生物信息学分析 小鼠
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糖尿病肾病早期miRNAs表达谱分析 被引量：2
3
作者 王筱霞 陈玉强 +2 位作者 汪年松 张栋梁 姚兴梅 《中国中西医结合肾病杂志》 2010年第8期681-683,755,共4页
目的:探讨mi RNAs在糖尿病肾病(DN)早期的表达谱的改变,从而为其在DN发病机制中的研究提供有力的平台。方法:腹腔单剂注射链脲佐菌素(streptozotocin,STZ,150 mg/kg)建立小鼠糖尿病模型,检测对照组和糖尿病小鼠尿白蛋白排泄率,采用PAS... 目的:探讨mi RNAs在糖尿病肾病(DN)早期的表达谱的改变,从而为其在DN发病机制中的研究提供有力的平台。方法:腹腔单剂注射链脲佐菌素(streptozotocin,STZ,150 mg/kg)建立小鼠糖尿病模型,检测对照组和糖尿病小鼠尿白蛋白排泄率,采用PAS染色观察肾脏组织学的改变;MicroRNAs微阵列分析采用单通道Cy5荧光标记法,分析对照组和糖尿病mi RNAs表达谱,利用GO分析对差异表达mi RNAs进行靶通道测定。结果:糖尿病组白蛋白排泄率显著高于对照组(P<0.05);PAS染色提示糖尿病组小鼠肾小球内大量细胞外基质积聚,系膜区明显增宽,符合DN早期的病理改变。糖尿病组共检测出128个mi RNAs,其中显著上调者分别mi R-34a,mi R-214,mi R-2132;显著下调者为mi R-2143,mi R-1970,mi R-703;以上差异有统计学意义mi RNAs参与细胞周期、细胞黏附、凋亡、小G蛋白介导的细胞信号传导的调控。结论:DN早期mi RNAs表达谱发生差异有统计学意义,微阵列技术为DN发病机制的研究提供了全新的研究策略。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 mirna微阵列 GO分析 表达谱
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血清miR-141对结直肠癌的诊断价值及根治性切除术后水平的变化
4
作者 周岩 豆发福 +1 位作者 周亚东 沈振 《临床外科杂志》 2024年第2期199-202,共4页
目的 探讨血清miR-141对结直肠癌(CRC)的诊断价值及根治性切除术后水平的变化。方法 收集2019年4月~2021年3月我院75例CRC病人(CRC组)和20例因腹股沟疝而接受计划手术病人(非癌对照组)的手术组织和血清样本,进行miRNA微阵列分析。采用... 目的 探讨血清miR-141对结直肠癌(CRC)的诊断价值及根治性切除术后水平的变化。方法 收集2019年4月~2021年3月我院75例CRC病人(CRC组)和20例因腹股沟疝而接受计划手术病人(非癌对照组)的手术组织和血清样本,进行miRNA微阵列分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测术前和术后第3天时血清样本中miR-141的表达水平。结果 经miRNA微阵列分析,与非癌对照组比较,CRC组病人组织和血清样本中有12种miRNAs同时表达上调,其中miR-141上调最显著。经qRT-PCR法检测,CRC组病人术前血清miR-141相对表达量高于非癌对照组[2.50(1.06,3.12)vs.0.97(0.68,1.21),Z=-5.842,P<0.05]。经ROC曲线分析,术前血清miR-141用于诊断CRC的AUC值为0.927(95%CI:0.862~0.992),当血清miR-141≥1.418时,用于区分CRC组和非癌对照组人群时的准确性为90.53%。联合检测血清miR-141可将癌胚抗原、糖类抗原-199的临床诊断AUC值提高至0.944(95%CI:0.899~0.998)。对于CRC组病人,接受根治性切除者术后血清miR-141相对表达量显著低于术前[1.85(1.29,2.22) vs.2.55(2.07,3.18),Z=-5.416,P<0.001],对于未接受根治性切除术者,术后血清miR-141相对表达量略低于术前[2.28(1.72,2.74)vs.2.45(2.06,2.85)],但差异无统计学意义(Z=-1.917,P=0.055)。CRC病人术前血清miR-141表达水平与肿瘤UICC分期和组织学分级有关(P<0.05)。结论 血清miR-141反映了CRC病人的病理变化,有望成为无创诊断CRC的有希望的生物标记物。 展开更多
关键词 血清 mirnas微阵列 结直肠癌 诊断
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miR-421和miR-196b-3p在胃癌癌前病变和早期胃癌诊断中的潜在价值
5
作者 王文怡 余静恬 甘程 《检验医学与临床》 2024年第6期726-732,共7页
目的研究血浆miR-421和miR-196b-3p作为诊断胃癌癌前病变和早期胃癌新型潜在生物标志物的临床意义。方法(1)发现集:于2018年12月1日至12月31日采集早期胃癌患者(早期胃癌组)、癌前病变患者(癌前病变组)和健康志愿者(NC组)的血浆标本各3... 目的研究血浆miR-421和miR-196b-3p作为诊断胃癌癌前病变和早期胃癌新型潜在生物标志物的临床意义。方法(1)发现集:于2018年12月1日至12月31日采集早期胃癌患者(早期胃癌组)、癌前病变患者(癌前病变组)和健康志愿者(NC组)的血浆标本各3例,用作miRNA微阵列分析。借用TCGA数据证实候选miRNA在癌症组织中的表达。(2)验证集:于2019年1月1日至2023年1月1日共采集90例胃癌患者(胃癌组)、89例癌前病变患者(癌前病变组)和45例健康志愿者(NC组)的血浆标本。通过定量实时聚合酶链反应测定候选miRNA水平。比较各组候选miRNA及常规肿瘤标志物[铁蛋白、甲胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)、CA211、CA50、CA125、CA199、CA153、CA242、CA724]水平;通过受试者工作特征(ROC)曲线分析比较候选miRNA与常规肿瘤标志物的诊断价值。结果(1)发现集:通过miRNA微阵列筛选,与NC组相比,miR-421和miR-196b-3p水平在早期胃癌组和癌前病变组明显上调(P<0.05)。TCGA数据证实,与正常胃黏膜相比,miR-421在胃癌组织中呈高表达(P<0.001)。(2)验证集:与NC组相比,癌前病变组和胃癌组血浆miR-421、miR-196b-3p水平明显上调(P<0.05),且胃癌组血浆miR-421、miR-196b-3p水平高于癌前病变组(P<0.001)。ROC曲线分析结果显示,血浆miR-421对胃癌的诊断价值最高,曲线下面积(AUC)为0.931(95%CI:0.889~0.972),高于CEA、CA125、CA199、CA724、CA211、CA50诊断胃癌的AUC(P<0.05);miR-196b-3p诊断胃癌的AUC[0.804(95%CI:0.733~0.875)]也高于CEA、CA125、CA199和CA724诊断胃癌的AUC(P<0.05);miR-421和miR-196b-3p也可用于早期胃癌诊断,AUC分别为0.942(95%CI:0.886~0.997)和0.809(95%CI:0.708~0.910);血浆miR-421和miR-196b-3p诊断癌前病变的AUC分别为0.788(95%CI:0.714~0.863)和0.648(0.556~0.741),miR-421诊断癌前病变的AUC均高于miR-196b-3p、铁蛋白、CA50诊断癌前病变的AUC(P<0.05)。血浆miR-421和miR-196b-3p在胃癌Ⅰ期病例中的水平与Ⅱ、Ⅲ/Ⅳ期相比,差异无统计学意义(P>0.05),但在胃癌发病早期(Ⅰ~Ⅱ期)的水平明显高于NC组和癌前病变组(P<0.05)。结论血浆miR-421和miR-196b-3p在早期胃癌患者中过表达,有希望成为诊断癌前病变和早期胃癌的新型生物标志物。 展开更多
关键词 早期诊断 癌前病变 miR-421 miR-196b-3p mirna微阵列 胃癌
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肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702差异微小RNA筛选 被引量：1
6
作者 李娟 刘辉 +5 位作者 刘雅歆 叶建蔚 赵军 王建华 温浩 吕国栋 《新疆医科大学学报》 CAS 2014年第9期1135-1139,共5页
目的初步探讨肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异。方法选取肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702样本分别作为实验组和对照组,采用高通量的miRNA微阵列芯片技术筛选两者间差异表达的miRNA,并运用实时荧光... 目的初步探讨肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异。方法选取肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702样本分别作为实验组和对照组,采用高通量的miRNA微阵列芯片技术筛选两者间差异表达的miRNA,并运用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)验证芯片结果的可靠性(样品间变化标准以上调或者下调2倍作为判定的阈值范围)。结果在肝癌细胞株HepG2中,上调2倍的差异表达miRNA分子有32个,其中上调超过8倍差异表达miRNA有12个;下调2倍的差异表达miRNA有26个,其中下调超过8倍的miRNA分子有4个(P<0.05),miRNA上调与下调表达率差异有统计学意义。结论肝癌细胞株HepG2与正常肝细胞株7702的差异表达miRNA分子可能与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的发生、转移以及侵袭能力相关,为进一步研究与肿瘤相关的miRNA在肝细胞癌发病机制中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 肝细胞癌 微小RNA mirna微阵列芯片
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溃疡性结肠炎相关性结肠癌差异表达的miRNA的筛选研究 被引量：10
7
作者 张永锋 郭长军 +2 位作者 谭永港 杨敏 陈嫚茵 《中国中西医结合消化杂志》 CAS 2014年第2期65-68,共4页
[目的]分析结肠癌与正常结肠黏膜、结肠炎肠黏膜的微小RNA(miRNA)表达谱差异。[方法]通过建立溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)及UC相关性结肠癌(ulcerative colitis related colorectal cancer,UCRCC)小鼠模型,抽提、纯化RNA,加入... [目的]分析结肠癌与正常结肠黏膜、结肠炎肠黏膜的微小RNA(miRNA)表达谱差异。[方法]通过建立溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)及UC相关性结肠癌(ulcerative colitis related colorectal cancer,UCRCC)小鼠模型,抽提、纯化RNA,加入荧光标记后与miRNA寡核甘酸基因芯片(Affymetrix公司)杂交,应用SAM软件进行数据分析,对有显著差异的miRNA进行实时荧光定量PCR验证,采用靶基因分析软件分析miRNA功能。[结果]has-miR-194、has-miR-215、has-miR-93、has-miR-192、has-miR-92a、has-miR-29b、has-miR-20a等7个miRNA在肿瘤组织中显著上调〔中位假基因验出率(FDR)<5%〕,has-miR-1231、has-miR-195、has-miR-143、has-miR-145等4个miRNA显著下调(FDR<5%)。[结论]UCRCC与正常结肠黏膜、UC肠黏膜之间存在明显的miRNA差异表达,这些miRNA的差异性表达可能与UCRCC的发病有关。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 溃疡性结肠炎相关性结肠癌 小鼠模型 mirna微阵列芯片
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miRNA在中波紫外线照射的NIH3T3细胞中的差异表达谱
8
作者 凌朝辉 郭玲 +3 位作者 郑莉 何英杰 吕超 丁振华 《苏州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2010年第3期461-465,共5页
目的应用miRNAs芯片筛选中波紫外线(UVB)照射的NIH3T3细胞表达miRNAs,并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因。方法 miRNAs微阵列技术筛选UVB照射的NIH3T3细胞差异表达miRNAs,同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RT-... 目的应用miRNAs芯片筛选中波紫外线(UVB)照射的NIH3T3细胞表达miRNAs,并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因。方法 miRNAs微阵列技术筛选UVB照射的NIH3T3细胞差异表达miRNAs,同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RT-PCR验证。结果 NIH3T3细胞受不同剂量UVB照射后,MTT结果显示细胞生存率明显下降。miRNAs芯片结果显示,实验组细胞与对照组细胞差异表达的miRNA共30个(占11%),其中27个表达上调,3个表达下调。mmu-miR-365和mmu-miR-21显著上调,而mmu-miR-465在不同的时间点都下调。其差异表达均在2倍以上;mmu-miR-let-7a、mmu-miR-24、mmu-miR-376b和mmu-miR-21的实时荧光定量RT-PCR验证结果与芯片表达结果基本一致。结论 miRNA在UVB照射的NIH3T3细胞中有差异表达,提示miRNA可能参与UVB照射后NIH3T3细胞内的多种信号调控途径。 展开更多
关键词 mirnas 中波紫外线辐射 mirna微阵列技术 NIH3T3细胞
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