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Assessment of different mcy genes for detecting the toxic to non-toxic Microcystis ratio in the field by multiplex qPCR 被引量:3
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作者 ZUO Jun CHEN Liting +3 位作者 SHAN Kun HU Lili SONG Lirong GAN Nanqin 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期1132-1144,共13页
Harmful cyanobacterial blooms, especially Microcystis blooms, occur worldwide and draw widespread attention. The dynamics of microcystin-producing Microcystis and competition between microcystin-producing Microcystis ... Harmful cyanobacterial blooms, especially Microcystis blooms, occur worldwide and draw widespread attention. The dynamics of microcystin-producing Microcystis and competition between microcystin-producing Microcystis and non-microcystin-producing Microcystis are key to predicting and treating Microcystis blooms. Multiplex qPCR is a useful tool to assess such issues. In this study, we developed multiplex qPCR methods with newly-designed probes and primers for the microcystin-synthesis related genes mcyA and mcyE. We used seven toxic Microcystis strains and four non-toxic Microcystis strains to compare the differences in the ratios of toxic and non-toxic Microcystis in mixed cultures, which were calculated using abundances of the genes mcyA, mcyB, mcyD, mcy E and phycocyanin( PC). We also compared traditional cell counting and multiplex qPCR. Hierarchical clustering and principal component analysis indicated that mcyD was the most suitable mcy gene for quantification in laboratory experiments. mcyB abundances were always higher; we suggest that the amount of toxic Microcystis measured using mcyB might overestimate the actual percentages. 展开更多
关键词 Microcystis bloom toxic Microcystis multiplex qpcr mcyA mcyB mcyD meTE PCA
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A Novel 2-dimensional Multiplex qPCR Assay for Single-Tube Detection of Nine Human Herpesviruses
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作者 Yingxue Li Zhenzhou Wan +7 位作者 Lulu Zuo Shenwei Li Honglian Liu Yingying Ma Lianqun Zhou Xia Jin Yuye Li Chiyu Zhang 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2021年第4期746-754,共9页
Human herpesviruses are double-stranded DNA viruses that are classified into nine species.More than 90%of adults are ever infected with one or more herpesviruses.The symptoms of infection with different herpesviruses ... Human herpesviruses are double-stranded DNA viruses that are classified into nine species.More than 90%of adults are ever infected with one or more herpesviruses.The symptoms of infection with different herpesviruses are diverse ranging from mild or asymptomatic infections to deadly diseases such as aggressive lymphomas and sarcomas.Timely and accurate detection of herpesvirus infection is critical for clinical management and treatment.In this study,we established a single-tube nonuple qPCR assay for detection of all nine herpesviruses using a 2-D multiplex qPCR method with a house-keeping gene as the internal control.The novel assay can detect and distinguish different herpesviruses with 30 to 300 copies per 25µL single-tube reaction,and does not cross-react with 20 other human viruses,including DNA and RNA viruses.The robustness of the novel assay was evaluated using 170 clinical samples.The novel assay showed a high consistency(100%)with the single qPCR assay for HHVs detection.The features of simple,rapid,high sensitivity,specificity,and low cost make this assay a high potential to be widely used in clinical diagnosis and patient treatment. 展开更多
关键词 Human herpesviruses(HHVs) 2-D multiplex qpcr Melting temperature(Tm) Fluorescence probe Melting curve
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非洲猪瘟病毒多重PMA-qPCR检测方法的建立及应用
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作者 卓玛 钱炳旭 +2 位作者 吴晓东 戴建君 薛峰 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第4期93-101,共9页
本研究利用叠氮溴化丙锭(PMA)与多重荧光定量PCR(qPCR)技术相结合,建立了一种可以实现非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染性与非感染性(活/死病毒)鉴别的检测方法。通过对ASFV p72、CD2v、MGF110-14L基因保守序列设计特... 本研究利用叠氮溴化丙锭(PMA)与多重荧光定量PCR(qPCR)技术相结合,建立了一种可以实现非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染性与非感染性(活/死病毒)鉴别的检测方法。通过对ASFV p72、CD2v、MGF110-14L基因保守序列设计特异性引物及探针,建立p72、CD2v、MGF110-14L基因的多重qPCR检测方法。结果显示,本研究建立的多重qPCR检测方法具有较强特异性,与其他常见猪病毒性原无交叉反应;同时,该方法具有较高灵敏度,p72、CD2v、MGF110-14L基因的重组质粒标准品最低检出限均为102copies/μL。为弥补qPCR技术不能有效区分样品中活/死病毒的缺陷,本研究将构建的多重qPCR与PMA技术相结合。当加入PMA终浓度为10μg/mL、暗孵育10 min、光照强度40 W、光照15 min时,PMA能够抑制灭活病毒基因的扩增且对活病毒基因的扩增无影响;对比普通qPCR与多重PMA-qPCR的灵敏度可知,两者的灵敏度均为102copies/μL;将多重PMA-qPCR方法用于23份实际样品检测,结果显示,检测活病毒的准确率为100%,说明该方法能有效区分临床样品中具有感染性的ASFV。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 多重PMA-qpcr 基因缺失株 感染性病毒
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生鲜乳中16种致病微生物多重荧光定量PCR集成检测技术的建立与初步应用
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作者 肖沙 赵格 +6 位作者 赵建梅 向祝 宋时萍 刘娜 张喜悦 徐莹 王君玮 《中国动物检疫》 CAS 2024年第7期86-95,116,共11页
为满足生鲜乳中微生物快速通量检测的需求,建立多重荧光定量PCR集成方法,从而快速检测生鲜乳中潜在的16种致病微生物,通过设计致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌等目标菌株的特异性引物和探针,优化反应体系,验证方法的特异性、敏... 为满足生鲜乳中微生物快速通量检测的需求,建立多重荧光定量PCR集成方法,从而快速检测生鲜乳中潜在的16种致病微生物,通过设计致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌等目标菌株的特异性引物和探针,优化反应体系,验证方法的特异性、敏感性等,建立了稳定的4组多重集成荧光定量PCR反应体系,并利用人工污染的生鲜乳样品对所建立的方法和传统培养法进行了验证比较。结果显示:各对引物探针对目标菌株均能有效识别并扩增,每组体系中引物探针未发现交叉反应,对其余3组体系的12株非目标菌均未有特异性反应;组内和组间变异系数均低于3%;该方法对布鲁氏菌的最低检出限为10^(2) CFU/mL,对阪崎肠杆菌、志贺菌、沙门菌等7种致病微生物的最低检出限为10^(3) CFU/mL,对蜡样芽胞杆菌、弯曲杆菌、结核分枝杆菌等8种致病微生物的最低检出限为10^(4) CFU/mL;所建方法和传统培养法对人工污染不同致病菌的各25份样品检测结果基本一致。结果表明,本研究建立的多重集成荧光定量PCR方法灵敏度高,特异性及重复性好,可实现对生鲜乳样品中多种致病微生物的快速高效检测,为生鲜乳微生物性风险监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 致病微生物 多重荧光定量PCR 生鲜乳 集成检测技术
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多重qPCR法鉴定麦卢卡蜂蜜 被引量:2
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作者 马丽 罗奎莉 +8 位作者 孙锡淳 龙云凤 刘芸 丁涛 张娜 厉蓉蓉 王毅谦 唐茂芝 王茂华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2020年第19期6905-6909,共5页
目的运用新西兰政府初级产业部(Ministry of Primary Industry, MPI)提出的多重qPCR方法鉴定麦卢卡蜂蜜。方法参照MPI提出的多重qPCR方法,建立麦卢卡标准曲线,提取15个未知来源的蜂蜜样品样品中的花粉DNA,进行样品多重qPCR检测分析。结... 目的运用新西兰政府初级产业部(Ministry of Primary Industry, MPI)提出的多重qPCR方法鉴定麦卢卡蜂蜜。方法参照MPI提出的多重qPCR方法,建立麦卢卡标准曲线,提取15个未知来源的蜂蜜样品样品中的花粉DNA,进行样品多重qPCR检测分析。结果建立麦卢卡标准曲线获得Manuka通道的阈值范围,可以用于今后蜂蜜样品的麦卢卡特异性分析。M2-4蜂蜜样品中的花粉DNA不来自麦卢卡树Leptospermum scoparium。结论本研究对MPI提出的鉴定麦卢卡蜂蜜方法起到很好的推动及指导作用。 展开更多
关键词 麦卢卡蜂蜜 麦卢卡树 花粉DNA 多重qpcr
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诺如病毒实验室诊断现状与展望 被引量:2
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作者 何涛君 陆学东 +1 位作者 庞晓莉 汤一苇 《传染病信息》 2017年第5期265-268,281,共5页
诺如病毒是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病因,常常引起严重的公共卫生与食品安全问题。诺如病毒基因组的多样性及其它们不断的进化和变异为临床诊断及疫苗研制带来了挑战。本文就诺如病毒实验室诊断方法的研究进展作一综述,包括从传统... 诺如病毒是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病因,常常引起严重的公共卫生与食品安全问题。诺如病毒基因组的多样性及其它们不断的进化和变异为临床诊断及疫苗研制带来了挑战。本文就诺如病毒实验室诊断方法的研究进展作一综述,包括从传统经典的核酸检测到应用纳米、芯片等高新技术的多重核酸定量检测和高通量测序平台,以及体外成功培养的报道等等。这些新技术的成功运用将推动诺如病毒实验室诊断的新发展,以满足临床诊疗及疫苗研制的新需求。 展开更多
关键词 诺如病毒 实验室诊断 多重核酸定量检测 高通量测序 病毒体外细胞培养
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基于分子信标探针RT-qPCR快速检测坚果中的霉菌 被引量:1
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作者 潘柯文 王周平 顾千辉 《分析试验室》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第1期8-15,共8页
霉菌污染是坚果质检不合格的主要原因,实现其快速检测对于坚果行业发展具有重要意义。曲霉属、青霉属和镰刀菌属是坚果霉菌污染的主要污染菌群,根据其内转录间隔区(ITS)基因序列设计引物及3对特异性分子信标探针,建立了一种同时检测坚... 霉菌污染是坚果质检不合格的主要原因,实现其快速检测对于坚果行业发展具有重要意义。曲霉属、青霉属和镰刀菌属是坚果霉菌污染的主要污染菌群,根据其内转录间隔区(ITS)基因序列设计引物及3对特异性分子信标探针,建立了一种同时检测坚果中曲霉属、青霉属和镰刀菌属的多重实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测方法。通过对qPCR反应体系进行优化,得到良好的扩增曲线和标准曲线,该方法的检出限分别为:曲霉属2.5×10^(-2)ng/mL(约741 CFU/g),青霉属8.7×10^(-3)ng/mL(约500 CFU/g),镰刀菌属5.6×10^(-3)ng/mL(约454 CFU/g)。本研究为坚果中霉菌的检测提供了一种快速准确的方法,相对于国标检测方法需要耗时7 d,本方法用于检测坚果中的霉菌,用时仅为3 d。 展开更多
关键词 坚果 霉菌 分子信标 多重qpcr检测
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基于TaqMan探针多重实时荧光PCR的肠道特殊菌群绝对定量方法的建立 被引量:2
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作者 王虹 施美芳 +6 位作者 杨浩 邬永琳 肖振明 谯鹏 屈一帆 荣星喻 赵超 《微生物与感染》 CAS 2022年第3期129-138,共10页
本研究旨在建立对肠道主要共生菌的快速定量方法。根据细菌16S rRNA基因的保守序列并参考相关研究,设计针对总肠道菌群的通用引物和探针,以及针对双歧杆菌属、肠球菌属和肠杆菌科的特异性引物和探针,采用引物设计工具(Primer-BLAST)以... 本研究旨在建立对肠道主要共生菌的快速定量方法。根据细菌16S rRNA基因的保守序列并参考相关研究,设计针对总肠道菌群的通用引物和探针,以及针对双歧杆菌属、肠球菌属和肠杆菌科的特异性引物和探针,采用引物设计工具(Primer-BLAST)以及聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增以验证引物和探针的特异性。通过分子克隆技术,构建各目标菌属目的基因的重组质粒作为qPCR检测的标准模板,选择标准模板进行重复性实验,并计算组内和组间重复变异系数。用所建立的方法对不同年龄段的临床粪便标本进行3类细菌的检测,并初步分析这些菌群与增龄的关系。结果显示,引物和探针具有较高的特异性;各目的细菌标准曲线在一定范围内线性关系良好,总菌群或各目标菌属的线性范围分别为:总菌群2.9×103~2.9×10^(12)copies/μL、双歧杆菌3.1×10^(2)~3.1×10^(9)copies/μL、肠球菌5.9×10^(2)~5.9×10^(9)copies/μL、肠杆菌6.3×10^(2)~6.3×10^(9)copies/μL,决定系数R2≥0.995;检测的最低拷贝数为总菌群7.5×10^(2)copies/μL、双歧杆菌46 copies/μL、肠球菌37 copies/μL、肠杆菌51 copies/μL;重复性实验变异系数在1.32%以下,具有良好的可重复性。对不同年龄段临床粪便标本检测的结果显示,肠球菌和肠杆菌含量随增龄呈增长趋势,且老年组含量显著高于青年组,但在高龄老年人中未发现肠球菌数量增加。双歧杆菌含量随增龄减少,且各组间差异显著,在高龄老年人中也未观察到双歧杆菌显著减少。结果提示,本研究建立了一种可供临床推广的菌群绝对定量方法,能够同时检测3类细菌和菌群总量,对于菌群定量研究具有实际意义。 展开更多
关键词 肠道菌群 绝对定量 TAQMAN探针 多重实时定量PCR 肠杆菌科
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恙虫病东方体超快速检测方法的建立及评价
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作者 金捷 陆洪斌 +4 位作者 张怡 王新宇 吴晶 李涛 姜宁 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期43-53,共11页
目的:建立一种可以在基层医疗机构使用的超快速恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)核酸检测方法。方法:利用实时荧光定量PCR技术(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR),通过比对分析数据库中恙虫病东方体全基... 目的:建立一种可以在基层医疗机构使用的超快速恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)核酸检测方法。方法:利用实时荧光定量PCR技术(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR),通过比对分析数据库中恙虫病东方体全基因组序列确定靶基因,设计qPCR特异性引物和探针,优化反应体系和反应程序,建立超快速多重qPCR检测方法;利用经过数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量后的样本核酸作为标准物质,评价该方法的灵敏度、重复性以及最低检出限;通过比较基因组学分析,验证恙虫病东方体与同科属的易引起类似症状的病原体的特异性,通过检测24种(共45例)易引起类似症状的其他病原体核酸评价特异性;利用116例来源于云南省红河州金平县人民医院和复旦大学附属华山医院的临床全血样本,通过四格表卡方检验对多重qPCR超快速检测方法和传统qPCR检测方法的检测结果进行比较,采用Kappa一致性检验分析方法间的一致性。结果:恙虫病东方体与同科属的易引起类似症状的病原体的同源性较低,与常见的易引起类似症状的24种病原体无交叉反应,具有很好的特异性;最低检出限为156 copies/mL;具有很好的重复性,检测Ct值的变异系数≤3.13%;多重qPCR超快速检测方法和传统qPCR检测方法同时检测116例临床全血样本,检测结果的差异无统计学意义(P>0.05),两种方法具有很高的一致性(Kappa=0.9392,P<0.001),总符合率97.42%(CI:92.67%~99.12%),检测时间可缩短至30 min。结论:建立的多重qPCR超快速检测方法具有良好的灵敏度、重复性和特异性,可以快速诊断临床全血样本中的恙虫病东方体核酸,在基层医疗机构实现及时快速诊疗。 展开更多
关键词 恙虫病 恙虫病东方体 多重qpcr技术 超快速核酸检测
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产气荚膜梭菌多重TaqMan 荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 王景松 郭亚男 +2 位作者 王健霖 李继东 王建东 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期174-184,共11页
为建立一种可以对产气荚膜梭菌(C.perfringens)5种毒素基因cpa、cpb、etx、itx和cpe进行快速检测并分型的方法,根据NCBI数据库中公布的产气荚膜梭菌cpa、cpb、etx、itx和cpe毒素基因序列,设计特异性引物和TaqMan探针,通过构建标准阳性... 为建立一种可以对产气荚膜梭菌(C.perfringens)5种毒素基因cpa、cpb、etx、itx和cpe进行快速检测并分型的方法,根据NCBI数据库中公布的产气荚膜梭菌cpa、cpb、etx、itx和cpe毒素基因序列,设计特异性引物和TaqMan探针,通过构建标准阳性质粒、优化反应条件、构建标准曲线,并进行特异性、灵敏度、重复性试验以及临床样本检测,建立可同时检测5种毒素基因的多重TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,建立的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的扩增曲线具有良好的线性关系,R^(2)>0.99,90%<E<110%;特异性强,与不同病原之间无交叉反应;灵敏度高,其5种阳性质粒的检测下限均为10^(2)copies/μL;重复性好,变异系数均小于2%;使用该方法对30份产气荚膜梭菌菌液样品进行检测,共检出30份阳性样品,其中产气荚膜梭菌A型11株,C型1株,D型18株。上述结果表明,本试验建立的产气荚膜梭菌多重TaqMan荧光定量PCR检测方法为产气荚膜梭菌病的诊断、防控以及净化提供了便捷、快速高效的技术支持。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 毒素基因 多重TaqMan荧光定量PCR
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骨折相关感染5种常见病原菌的多重qPCR体系建立及应用 被引量:1
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作者 李启丹 罗刚 马显志 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第11期1261-1267,共7页
目的建立一种快速检测骨折相关感染(fracture-related infection,FRI)的方法。方法利用5种临床常见致病菌(金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、阴沟杆菌)的特异DNA序列,设计特异的引物和探针,建立FRI常见致病菌... 目的建立一种快速检测骨折相关感染(fracture-related infection,FRI)的方法。方法利用5种临床常见致病菌(金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、阴沟杆菌)的特异DNA序列,设计特异的引物和探针,建立FRI常见致病菌的多重qPCR检测方法。结果建立的多重qPCR方法具有较好的特异性,其检测循环阈值(Cycle threshold,Ct)与各质粒DNA浓度有良好的线性关系。且多重qPCR(AUC=0.73;95%CI,0.46-0.80)的检测性可与组织培养法(AUC=0.88;95%CI,0.67-0.96)结果相符,检测时间<5 h。结论该FRI检测方法诊断快速、敏感,结果稳定,可应用于FRI的多种细菌感染检测。 展开更多
关键词 骨折相关感染(FRI) 多重qpcr 分子检测
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多重PCR检测肠源性脓毒症常见病原菌的方法构建及初步临床应用 被引量:3
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作者 向崛 刘长峰 +2 位作者 施新萍 张永乐 张竝 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1466-1469,共4页
目的构建多重PCR反应体系检测肠源性脓毒症常见病原菌的快速可靠的方法,并初步探索其临床价值。方法选择2013年6月-2015年7月医院42例肠源性脓毒症患者,随机分为多重PCR组及对照组,各21例;根据10种肠源性脓毒症常见病原菌(以下简称目标... 目的构建多重PCR反应体系检测肠源性脓毒症常见病原菌的快速可靠的方法,并初步探索其临床价值。方法选择2013年6月-2015年7月医院42例肠源性脓毒症患者,随机分为多重PCR组及对照组,各21例;根据10种肠源性脓毒症常见病原菌(以下简称目标细菌)的16sRNA特异性片段设计互补序列的引物和探针;优化多重PCR反应体系并进行特异性实验及浓度梯度敏感性实验。结果多重PCR体系检测10种目标细菌的标准菌株均呈现阳性结果;浓度梯度敏感性实验提示本项目设计的多重PCR反应体系可检测的最小细菌浓度为1×103 CFU/ml,最适宜检测浓度范围1×103~1×106 CFU/ml;多重PCR组检出率显著高于对照组,多重PCR组患者SIRS持续时间、抗菌药物费用与对照组比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论本项目建立的多重PCR反应体系具备高通量、精准检测脓毒症患者感染的常见病原菌的能力;初步的临床研究提示该方法在指导肠源性脓毒症患者的抗微生物治疗中有一定的应用价值。 展开更多
关键词 肠源性脓毒症 抗微生物治疗 细菌DNA 多重PCR
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