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运用实时定量PCR和16SrDNA测序法分析女性阴道菌群的结果比较 被引量：5
1
作者 张宁 韩阳 +3 位作者 骆菲 朱丽红 秦金红 江滟 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期71-75,共5页
目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细... 目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细菌设计的引物进行q PCR分析各样本菌群类型,比较2种检测结果的异同。结果·参考依据优势菌类型的阴道菌群分类标准,基于q PCR方法分析结果为Ⅰ型(卷曲乳杆菌为优势菌)9例,Ⅲ型(惰性乳杆菌为优势菌)24例,Ⅳ型(无乳杆菌为优势菌)12例,Ⅴ型(詹氏乳杆菌为优势菌)为2例。基于16S rDNA V1V2域进行测序分析的结果为Ⅰ型13例,Ⅱ型(格氏乳杆菌为优势菌)1例,Ⅲ型23例,Ⅳ型8例,Ⅴ型2例。2种方法对阴道菌群分型一致的为38例,一致率为77.6%。结论·2种方法分析得到的阴道菌群分类结果有差异;若采用q PCR对阴道菌群进行分类,还需考虑相关的技术因素对结果的影响。 展开更多
关键词 阴道菌群 实时定量pcr 16S rdna高通量测序
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枸杞实时荧光定量RT-qPCR内参基因筛选与验证 被引量：3
2
作者 李浩霞 黄稳娥 +5 位作者 柳西宁 朱馨蕾 任晓月 安巍 周军 赵建华 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第9期41-51,共11页
以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS_(1)~FS_(5))的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基... 以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS_(1)~FS_(5))的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法,评估候选内参基因的表达稳定性,并选择Beat基因验证内参基因。结果表明,Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因,Gapdh为表达最不稳定的内参基因;在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证,表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。 展开更多
关键词 枸杞 内参基因 实时荧光定量pcr 定量分析
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细菌16S rDNA荧光定量PCR法分析溃疡性结肠炎患者肠道菌群变化 被引量：26
3
作者 白鹏 吕愈敏 顾芳 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2008年第7期566-571,共6页
目的应用实时荧光定量PCR技术对溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)患者的粪便菌群进行定量分析。方法研究对象包括30名UC活动期、30名UC缓解期患者及22名正常对照,收集其粪便标本。根据细菌的16S rDNA序列设计双歧杆菌属、乳酸杆菌... 目的应用实时荧光定量PCR技术对溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)患者的粪便菌群进行定量分析。方法研究对象包括30名UC活动期、30名UC缓解期患者及22名正常对照,收集其粪便标本。根据细菌的16S rDNA序列设计双歧杆菌属、乳酸杆菌属、肠球菌属和大肠杆菌的特异性引物。待测粪便标本提取细菌基因组DNA,进行实时荧光定量PCR反应测定16S rDNA拷贝数,分析不同细菌的数量。结果UC活动期患者与正常对照相比,粪便中双歧杆菌(8.45±0.92vs9.10±0.78)、乳酸杆菌(8.11±0.94vs8.69±0.55)数量明显减少(P<0.05),大肠杆菌(9.88±1.34vs9.71±0.92)和肠球菌(7.74±0.63vs7.61±0.49)无明显变化(P>0.05);而UC缓解期患者粪便中4种细菌数量(双歧杆菌9.15±0.81,乳酸杆菌8.51±0.80,大肠杆菌9.54±1.64,肠球菌7.90±0.46)均与正常对照无明显差异(P>0.05)。结论UC活动期患者粪便双歧杆菌、乳酸杆菌数量较正常对照明显减少,而UC缓解期患者粪便菌群与正常对照无明显差异。提示肠道菌群失调可能是具有UC遗传易感性个体发病的触发因素。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 肠道菌群 16S rdna分析:实时定量pcr
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实时PCR定量分析干旱胁迫下水稻糖原合成酶激酶基因表达差异 被引量：14
4
作者 魏敏 熊建华 +1 位作者 李阳生 傅彬英 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期567-571,共5页
通过实时荧光定量PCR进行相对定量分析,得到水稻IR64糖原合成酶激酶(glycogen synthase kinase,GSK)基因在不同生育期、不同组织干旱胁迫处理前后的表达差异。叶片中GSK基因为组成型表达,各生育期干旱胁迫时诱导合成增加,尤其从分蘖期... 通过实时荧光定量PCR进行相对定量分析,得到水稻IR64糖原合成酶激酶(glycogen synthase kinase,GSK)基因在不同生育期、不同组织干旱胁迫处理前后的表达差异。叶片中GSK基因为组成型表达,各生育期干旱胁迫时诱导合成增加,尤其从分蘖期到抽穗期表达更为显著,说明这段生长期叶片对水分缺乏最敏感;苗期根系处理后GSK表达明显下降,叶片处理前后GSK表达无明显变化。由此可见,GSK基因的表达在不同的发育时期、不同的组织中呈现差异。 展开更多
关键词 水稻 糖原合成酶激酶 干旱胁迫 实时pcr 相对定量分析
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利用实时荧光定量PCR方法分析转基因水稻外源基因拷贝数 被引量：41
5
作者 杨立桃 赵志辉 +3 位作者 丁嘉羽 张承妹 贾军伟 张大兵 《中国食品卫生杂志》 2005年第2期140-144,共5页
为分析转基因水稻外源基因拷贝数 ,利用新型、灵敏、高通量的实时荧光定量PCR方法进行转基因水稻外源基因拷贝数的分析。转基因外源基因的拷贝数通过转基因水稻外源基因 (GUS和HPT基因 )和水稻内标准SPS基因含量的比较计算获得。定量分... 为分析转基因水稻外源基因拷贝数 ,利用新型、灵敏、高通量的实时荧光定量PCR方法进行转基因水稻外源基因拷贝数的分析。转基因外源基因的拷贝数通过转基因水稻外源基因 (GUS和HPT基因 )和水稻内标准SPS基因含量的比较计算获得。定量分析了 14株T0 代的转基因水稻植株 ,得到了外源基因插入分别为 1、2、3和 4的转基因植株 ,同时利用SouthernBlot方法进行验证分析。随机选择 18个已经过定量PCR检测分析的转基因水稻植株 ,用SouthernBlot的方法分析转基因水稻植株中的HPT或GUS基因的拷贝数 ,SouthernBlot分析结果显示有 15个转基因水稻植株的分析结果与定量PCR分析的结果是一致的 ,3个植株定量PCR分析的转基因拷贝数稍高于SouthernBlot的分析结果 ,主要原因是SouthernBlot方法在同一个插入位点有多拷贝的T -DNA片段插入时 ,转基因植株的基因组在完全酶切时会产生相似的DNA片段 ,电泳分析时很难分辨清楚。定量PCR方法则完全避免了这种情况的发生 ,除非目的基因DNA片段在PCR引物处发生断裂。两种方法分析结果的比较显示定量PCR方法分析转基因拷贝数更加有效、适用。 展开更多
关键词 拷贝数 实时荧光定量pcr HPT 方法分析 外源基因 分析结果 DNA片段 转基因水稻 转基因植株 利用
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转基因成分实时荧光PCR定量分析数学方程的理论研究 被引量：16
6
作者 邓平建 杨冬燕 +1 位作者 李碧兰 杨永存 《中国卫生检验杂志》 CAS 2005年第7期769-772,共4页
目的:根据TaqMan荧光探针实时荧光PCR的技术原理,建立实时荧光PCR循环次数与荧光强度间的动力学方程、样品中转基因成分含量与X0及CT的定量关系和定量分析数学方程。方法:采用数学推导和理论测算的方法,研究数学方程中各参数的意义、影... 目的:根据TaqMan荧光探针实时荧光PCR的技术原理,建立实时荧光PCR循环次数与荧光强度间的动力学方程、样品中转基因成分含量与X0及CT的定量关系和定量分析数学方程。方法:采用数学推导和理论测算的方法,研究数学方程中各参数的意义、影响因素、变化特点和规律。结果:转基因成分含量的定义、定量分析模式、样品DNA提取效率、PCR扩增效率、反应管中初始模板数、荧光分子形成效率、荧光测量阈值、PCR测量的系统和偶然误差,是导致定量关系发生偏离及测定灵敏度发生变化的重要原因。结论:数学方程中各项参数可用于评估定量关系的偏离程度及变化趋势,还可作为选择、优化定量分析条件和校正、降低定量方法系统误差的技术指标。 展开更多
关键词 转基因成分 实时荧光pcr 定量分析 数学方程
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ToCV和TYLCV复合侵染番茄后部分病毒基因序列分析及实时荧光定量PCR分析 被引量：4
7
作者 宋建 薛俊 +6 位作者 金凤媚 孙海波 张越 王姝 范寰 周祥明 陈锐 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期95-102,共8页
番茄褪绿病毒病(ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)存在复合侵染的现象,其发病率逐年递增,成为一种新的威胁番茄产业的病毒病害。为了研究复合侵染样品中2种病毒的互作和基因变异情况,对天津番茄产区发生的TYLCV全基因组和ToCV的CP基因和... 番茄褪绿病毒病(ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)存在复合侵染的现象,其发病率逐年递增,成为一种新的威胁番茄产业的病毒病害。为了研究复合侵染样品中2种病毒的互作和基因变异情况,对天津番茄产区发生的TYLCV全基因组和ToCV的CP基因和HSP基因进行了克隆和序列分析。结果表明,与单独侵染样品进行比对,TYLCV的基因序列在复合侵染的样品中共有6处碱基发生了变异,分别为73位A→C、92位A→G、347位C→T、1 209位C→T、1 618位A→G、2 107位A→T,除73位和92位的变异未在编码区,其余的变异碱基均在ORF框内,其中1 209位为同义突变,其他均发生了错义突变。ToCV的CP基因有1处同义突变,ToCV的HSP基因共有4处碱基变异,其中826位由T→C和1 166位由G→A均为同义突变,1 395位和1 630位均由A→G,为错义突变。利用实时荧光定量PCR技术对单独侵染和复合侵染的番茄样品中TYLCV和ToCV病毒积累量进行分析。结果表明,在田间单独侵染和复合侵染的样品中, TYLCV的拷贝数差异不显著,ToCV的拷贝数在单独侵染和复合侵染的样品中差异也不显著。在复合侵染的样品中,TYLCV的拷贝数约为ToCV的262～436倍。 展开更多
关键词 番茄黄化曲叶病毒 番茄褪绿病毒 复合侵染 序列分析 实时荧光定量pcr
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实时荧光定量PCR的发展和数据分析 被引量：88
8
作者 纪冬 辛绍杰 《生物技术通讯》 CAS 2009年第4期598-600,共3页
实时荧光定量PCR技术是基因时代一项用于检测mRNA的常用技术,是临床检测和基础研究中不可缺少的重要研究方法,包括绝对定量PCR和相对定量PCR。该技术的特点是可以减少PCR后操作,在比较不同浓度的mRNA方面具有非常宽的动力学范围。我们... 实时荧光定量PCR技术是基因时代一项用于检测mRNA的常用技术,是临床检测和基础研究中不可缺少的重要研究方法,包括绝对定量PCR和相对定量PCR。该技术的特点是可以减少PCR后操作,在比较不同浓度的mRNA方面具有非常宽的动力学范围。我们就目前实时荧光定量PCR的发展及数据的分析进行综述。 展开更多
关键词 实时荧光pcr 定量分析 方法学
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16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板细菌污染检测中的应用比较 被引量：1
9
作者 刘晓颖 马敏 +4 位作者 徐忠 王迅 林俊杰 邱颖捷 钱开诚 《中国输血杂志》 CAS CSCD 2008年第9期677-679,共3页
目的比较16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板制品细菌污染检测中的灵敏度和特异性,评价2种方法的应用前景。方法将血小板制品污染中常见的6种细菌用浓缩血小板悬液进行稀释,并选取浓度为102、101、100的菌悬液,分别用实... 目的比较16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板制品细菌污染检测中的灵敏度和特异性,评价2种方法的应用前景。方法将血小板制品污染中常见的6种细菌用浓缩血小板悬液进行稀释,并选取浓度为102、101、100的菌悬液,分别用实时荧光定量PCR法和全自动培养法进行检测。结果用16S rDNA实时荧光定量PCR法对6株细菌检测,其灵敏度和特异性均为100%,Κ=1.000。用全自动培养仪对6株细菌检测,其特异性均为100%;灵敏度分别为:金黄色葡萄球菌需氧瓶95.5%,Κ=0.886,厌氧瓶90.9%,Κ=0.787;表皮葡萄球菌及大肠杆菌2种培养瓶均为83.3%,Κ=0.667;蜡样芽孢杆菌2种培养瓶均为86.7%,Κ=0.684;铜绿假单胞杆菌需氧瓶度为100%,Κ=1.000,厌氧瓶为44.4%,Κ=0.286;痤疮丙酸杆菌需氧瓶为16.7%,Κ=0.105,厌氧瓶为91.7%,Κ=0.886。结论实时荧光定量PCR法检测血小板制品中的细菌污染,灵敏度高,特异性好,且省时、经济,能应用于临床上血液样本的大规模筛查。 展开更多
关键词 血小板 细菌 实时荧光定量pcr 全自动培养 16S rdna
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脑脊液中TB-DNA实时荧光定量PCR分析的临床应用价值评价 被引量：3
10
作者 李素华 陈莉 王欢 《西南国防医药》 CAS 2010年第6期641-642,共2页
目的探讨实时荧光定量PCR法检测脑脊液中TB-DNA的临床应用价值。方法收集具有神经系统症状患者的脑脊液标本106例,应用实时荧光定量PCR法检测TB-DNA。结果 106例中检测出TB-DNA阳性8例,总阳性率7.5%。检出的TB-DNA拷贝数最低为1.62e+001... 目的探讨实时荧光定量PCR法检测脑脊液中TB-DNA的临床应用价值。方法收集具有神经系统症状患者的脑脊液标本106例,应用实时荧光定量PCR法检测TB-DNA。结果 106例中检测出TB-DNA阳性8例,总阳性率7.5%。检出的TB-DNA拷贝数最低为1.62e+001,最高为7.51e+002。结论实时荧光定量PCR法检测脑脊液中TB-DNA对结核性脑膜炎的诊断有决定意义,具有较高临床应用价值。 展开更多
关键词 脑脊液标本 实时荧光定量 pcr分析 临床应用价值 价值评价 quantitative time CEREBROSPINAL fluid DNA Analysis clinical value pcr法检测 神经系统症状 结核性脑膜炎 阳性率 拷贝数 诊断 结果 患者 方法
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实时荧光定量PCR对艰难梭菌感染诊断价值的meta分析 被引量：2
11
作者 陈伟 刘文恩 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期390-394,共5页
目的系统评价实时荧光定量PCR(real-time PCR)对艰难梭菌感染的诊断价值。方法制定原始文献的纳入、排除标准及检索策略,检索有关real-time PCR诊断粪便中艰难梭菌感染且同时采用细胞培养毒素中和试验(CCCNA)或厌氧产毒培养(TC)作为诊... 目的系统评价实时荧光定量PCR(real-time PCR)对艰难梭菌感染的诊断价值。方法制定原始文献的纳入、排除标准及检索策略,检索有关real-time PCR诊断粪便中艰难梭菌感染且同时采用细胞培养毒素中和试验(CCCNA)或厌氧产毒培养(TC)作为诊断金标准的文献,采用诊断准确性研究的质量评价工具QUADAS进行质量评价,并用Meta DiSc 1.4软件进行meta分析。结果纳入研究文献共42篇,异质性检验提示无阈值效应,但存在其他原因导致的非阈值性异质性。real-time PCR诊断粪便艰难梭菌感染的合并敏感性、特异性、阳性似然比、阴性似然比及诊断优势比(95%CI)分别为0.925(0.913,0.936)、0.965(0.962,0.969)、28.385(23.394,34.441)、0.093(0.076,0.115)和378.15(282.17,506.77)。ROC曲线下面积(AUCSROC)和Q*指数分别为0.987 8和0.953 2,漏斗图显示无发表偏倚,meta回归结果显示各个影响因素中以发表年份和样本含量为主要异质性来源,对发表年份和样本含量进行亚组分析,发现2010年之后的诊断效能大于2010年之前,样本量大于200的诊断效能大于样本量小于200者。结论通过对real-time PCR对艰难梭菌感染的诊断价值进行meta分析,发现realtime PCR具有较高的敏感性、特异性、阳性似然比及阴性似然比。因其快速准确,可广泛应用于临床。 展开更多
关键词 艰难梭菌 实时荧光定量pcr 荟萃分析
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实时定量PCR分析ST13基因在肿瘤细胞株中的表达 被引量：5
12
作者 陈功星 张佳炜 +2 位作者 董庆华 丁佳逸 郑树 《国外医学（临床生物化学与检验学分册）》 2004年第4期301-302,305,共3页
目的　利用实时定量PCR(real timequantitativePCR)相对定量ST1 3基因在不同肿瘤细胞株的表达情况。方法　提取肿瘤细胞株SW 6 2 0、A5 4 9、Bxpc 3、SMMC 772 1、RKO和Bcap 37细胞总RNA ,经寡聚脱氧胸腺嘧啶逆转录 ,实时定量PCR扩增 ,... 目的　利用实时定量PCR(real timequantitativePCR)相对定量ST1 3基因在不同肿瘤细胞株的表达情况。方法　提取肿瘤细胞株SW 6 2 0、A5 4 9、Bxpc 3、SMMC 772 1、RKO和Bcap 37细胞总RNA ,经寡聚脱氧胸腺嘧啶逆转录 ,实时定量PCR扩增 ,针对内参照GAPDH基因相对定量ST1 3基因的表达 ,比较ST1 3基因在不同组织癌细胞株中的表达。结果　ST1 3基因在 6种肿瘤细胞株中表达高 ,相当于GAPDH基因表达的 1 %～ 2 0 % ,细胞株之间ST1 3基因表达量分高、中、低三类 (P <0 .0 5 ) ,呈现Bcap 37、RKO >SMMC 772 1和Bxpc 3>A5 4 9、SW6 2 0。 结论　本方法简便、快速、高效地反映了ST1 3基因在细胞株中的表达情况 。 展开更多
关键词 实时定量 pcr分析 STL 3基因 肿瘤细胞株 基因表达 GAPDH 逆转录
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火龙果溃疡病菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选
13
作者 姚姿婷 曹雪颖 +4 位作者 肖雪 李瑞芳 韦小妹 邹承武 朱桂宁 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期92-102,共11页
火龙果溃疡病是由火龙果溃疡病菌引起的重要真菌病害,近年来在世界火龙果产区的爆发严重影响了火龙果产业的发展。为研究火龙果溃疡病菌响应逆境胁迫的基因表达和功能,需要筛选火龙果溃疡病菌在各种条件下表达稳定的内参基因。以火龙果... 火龙果溃疡病是由火龙果溃疡病菌引起的重要真菌病害,近年来在世界火龙果产区的爆发严重影响了火龙果产业的发展。为研究火龙果溃疡病菌响应逆境胁迫的基因表达和功能,需要筛选火龙果溃疡病菌在各种条件下表达稳定的内参基因。以火龙果溃疡病菌菌株LJ02为研究对象,以在马铃薯葡萄糖液体培养基(PDW)培养的菌丝体为对照组,以在LB培养基培养的菌丝体和分别在添加过氧化氢、吡唑醚菌酯和苯醚甲环唑的PDW培养的菌丝体为处理组。利用实时荧光定量PCR技术以及内参基因稳定性评估软件(geNorm、NormFinder、Bestkeeper和RefFinder),评估18个候选内参基因(CYT1、SDH2_1、TBCC、SUI1、RPL19、PPH、ATP5B、UBE2_16、RPL13、UBE2_2、PRS17、SUCLA2、ATP5A、TUB1_2、ACT1、EFTU、EF1A和GAPDH)的表达稳定性。结果显示,火龙果溃疡病菌的18个候选基因在上述培养条件下的Ct值介于14.80-24.66之间,表达水平适中;稳定性最高的内参基因是CYT1,其次为SUI1,GAPDH和ACT1的稳定性最差;最少使用2个内参基因组合可以提高定量PCR分析结果的准确性,此时SUCLA2和ATP5A是最稳定的内参基因组合。该结果可为研究火龙果溃疡病菌生物学过程中的基因表达提供理论依据。 展开更多
关键词 火龙果溃疡病菌 内参基因 实时荧光定量pcr 菌丝生长 表达分析 非生物胁迫 内参基因分析软件
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豌豆蚜实时荧光定量PCR内参基因的评估
14
作者 高雨晴 马子淇 +4 位作者 李真祥 陈珍珍 刘芳华 康志伟 许永玉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期663-675,共13页
【目的】本研究旨在通过对豌豆蚜Acyrthosiphon pisum内参基因在不同实验条件下的表达稳定性进行评估,为豌豆蚜基因表达分析奠定基础。【方法】利用qPCR测定昆虫常用14种候选内参基因(EF1α,Tubulin,NADH,RPL12,SDHB, 18S rRNA, 28S rRN... 【目的】本研究旨在通过对豌豆蚜Acyrthosiphon pisum内参基因在不同实验条件下的表达稳定性进行评估,为豌豆蚜基因表达分析奠定基础。【方法】利用qPCR测定昆虫常用14种候选内参基因(EF1α,Tubulin,NADH,RPL12,SDHB, 18S rRNA, 28S rRNA, 16S rRNA,ATPase,Actin,TATA,RPL32,GAPDH和RPL7)在豌豆蚜不同发育阶段(1-4龄若蚜和成蚜)、有翅和无翅孤雌成蚜、孤雌无翅成蚜不同组织(头、胸和腹)、不同地理种群(美国种群、甘肃种群、云南种群和德令哈种群)的孤雌无翅成蚜、不同寄主植物(苜蓿、三叶草和蚕豆)饲养的孤雌无翅成蚜、不同光周期(24L∶0D, 0L∶24D和16L∶8D)下饲养的孤雌无翅成蚜、不同温度(4, 18和35℃)下饲养的孤雌无翅成蚜和吡虫啉(200 g/L)处理下孤雌无翅成蚜中的表达量;利用RefFinder,ΔCt法,GeNorm, NormFinder和BestKeeper对上述14种内参基因表达稳定性进行分析;以CYP6CY3为靶标基因,探究不同内参基因对其在吡虫啉(200 g/L)处理下孤雌无翅成蚜中表达量分析的影响。【结果】依据qPCR检测结果,通过RefFinder对ΔCt法,GeNorm, NormFinder和BestKeeper结果的综合分析显示,在不同生物条件下(发育阶段、翅型、组织、地理种群和寄主植物),18S rRNA和GAPDH是表达最稳定的内参基因,而16S rRNA和Actin的表达稳定性最差。在非生物条件下(光周期、温度和杀虫剂),18S rRNA和EF1α的表达最稳定,而Tubulin和TATA的表达稳定性最差。基于GeNorm最佳内参基因数分析和不同内参基因对靶标基因CYP6CY3表达影响的分析,推荐使用2个表达最稳定内参基因18S rRNA和EF1α用于豌豆蚜的进一步研究。【结论】在豌豆蚜qPCR分析中,推荐同时使用18S rRNA和EF1α作为内参基因。 展开更多
关键词 豌豆蚜 内参基因 稳定性 实时荧光定量pcr 表达分析
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实时荧光定量PCR技术及实例分析 被引量：5
15
作者 李洁 《中国现代教育装备》 2009年第1期47-50,共4页
本文主要介绍了实时荧光定量PCR技术的原理、类型和特点,并通过实例分析介绍了相对定量分析法的实际操作和数据分析。
关键词 荧光实时定量pcr技术 相对定量分析法 基因科学技术 生物学医学
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应用微量蛋白质定量分析评估临床样本炎性反应状态
16
作者 叶雨昕 李慧娴 +2 位作者 阎涛 张赟 孙玉琳 《基础医学与临床》 CAS 2024年第5期690-698,共9页
目的比较实时荧光定量PCR(qPCR)和微量蛋白质定量分析方法在乳腺癌患者外周血单核细胞中炎性相关因子caspase-1和IL-1β表达检测中的效果差异。方法收集10例乳腺癌患者的术前、术后2 h配对外周血样本各约6 mL,分离出外周血单核细胞并通... 目的比较实时荧光定量PCR(qPCR)和微量蛋白质定量分析方法在乳腺癌患者外周血单核细胞中炎性相关因子caspase-1和IL-1β表达检测中的效果差异。方法收集10例乳腺癌患者的术前、术后2 h配对外周血样本各约6 mL,分离出外周血单核细胞并通过脂多糖活化;分别用qPCR和微量蛋白质定量分析方法,检测caspase-1和IL-1β在单核细胞中的mRNA和蛋白质表达水平,并使用了β-actin进行了数据归一化,比较两种检测方法结果的异同,并评估其优缺点。结果绝大部分患者经过手术应激后外周血单核细胞数量明显增加。在mRNA水平上,与术前相比,术后caspase-1和IL-1β在50%(5/10)和40%(4/10)的患者中呈现升高趋势,其余表现为降低(分别为40%和50%)或改变甚微无统计学意义(均为10%)。而微量蛋白质定量分析结果显示,与术前相比,术后caspase-1和IL-1β蛋白在60%(6/10)和60%(6/10)的患者中呈现升高趋势,其余表现为降低(分别为30%和20%)或改变较小无统计学意义(分别为10%和20%),且80%的患者在术后出现了明显增加的caspase-1和IL-1β活性切割电泳条带。重要的是,有30%和40%的患者手术前后caspase-1和IL-1βmRNA和蛋白质水平变化不一致。结论微量蛋白质定量分析方法具有样本用量少、灵敏度高、重复性好、操作相对简单等优点,更适于临床样本的炎性反应状态评估。 展开更多
关键词 炎性相关因子 CASPASE-1 IL-1Β 微量蛋白质定量分析系统 实时荧光定量pcr(qpcr)
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实时PCR定量分析体内基因转染效率的可行性
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作者 高春记 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2003年第2期132-136,共5页
为了探索实时PCR技术评价基因转染效率的可行性 ,利用克隆PCR检测逆转录病毒载体介导的neo基因导入原代成肌细胞的转染效率 ,同时行实时PCR检测 ,对二者结果进行对比分析 ;利用线性扩增介导的PCR(LAM PCR)技术和逆转录病毒 5′LTR插入... 为了探索实时PCR技术评价基因转染效率的可行性 ,利用克隆PCR检测逆转录病毒载体介导的neo基因导入原代成肌细胞的转染效率 ,同时行实时PCR检测 ,对二者结果进行对比分析 ;利用线性扩增介导的PCR(LAM PCR)技术和逆转录病毒 5′LTR插入细胞基因组位点的分析 ,确定单细胞内基因转染的拷贝数。结果显示 :①在低转染率的情况下 (<36 % )二者的结果相近 ,但是在高转染率情况下二者的结果差别明显 ;②逆转录病毒载体介导的转染 ,在原代成肌细胞中为单拷贝基因导入基因组内。结论 :实时PCR可以比较精确地估计体内病毒载体介导的基因转染效率 ;而在体外由于多为高转染率 。 展开更多
关键词 实时pcr定量分析 基因转染效率 克隆 逆转录病毒载体 生物医学
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分离胶真空采血管在HBV-DNA实时荧光定量PCR分析中的应用
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作者 李朝晖 郑锦利 刘洁 《医学检验与临床》 2010年第5期128-129,共2页
分离胶真空采血管由于分离胶界于血清与血细胞之间,可有效保护血清成分以及其分离血清效果优于无任何添加剂的真空采血管的优点,广泛应用于血清生化学试验、免疫检测、药物检测等,但分离胶真空采血管用于HBV-DNA实时荧光定量PCR检测是... 分离胶真空采血管由于分离胶界于血清与血细胞之间,可有效保护血清成分以及其分离血清效果优于无任何添加剂的真空采血管的优点,广泛应用于血清生化学试验、免疫检测、药物检测等,但分离胶真空采血管用于HBV-DNA实时荧光定量PCR检测是否适用,Donald S.Young,MD,PhD主编、李艳等主译的〈分析前因素对临床检验结果影响〉中也未提及[1],因此我们用无任何添加剂的真空采血管（A组）和分离胶促凝剂真空采血管（B组）采集51名门诊患者空腹静脉血样,然后对两种试管HBV-DNA结果进行统计分析,以探讨分离胶促凝管对HBV-DNA实时荧光定量PCR的检测是否有影响和在核酸检测中应用价值. 展开更多
关键词 分离胶真空采血管 实时荧光定量pcr HBV-DNA pcr分析 应用 荧光定量pcr检测 免疫检测 临床检验结果
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澳洲坚果实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选 被引量：7
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作者 杨倩 杨子平 +2 位作者 周娅丽 陈东泉 刘恒 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第8期1505-1512,共8页
澳洲坚果是重要的热区经济作物,目前国内外尚无关于澳洲坚果实时荧光定量PCR分析内参基因的报道。选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的先决条件。为筛选澳洲坚果实时定量PCR最适内参基因,以澳洲坚果的根、茎、叶、果... 澳洲坚果是重要的热区经济作物,目前国内外尚无关于澳洲坚果实时荧光定量PCR分析内参基因的报道。选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的先决条件。为筛选澳洲坚果实时定量PCR最适内参基因,以澳洲坚果的根、茎、叶、果皮、果仁为材料,利用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA,Actin,CYP,EF1a,EF1b,GAPDH,MDH,TUBa,TUBb,UBQ,UBC等11个常用的内参基因在澳洲坚果不同组织中的表达稳定性进行了分析。geNorm软件分析的最适内参基因数目为2,最稳定内参组合为MDH和EF1b,TUBa基因的稳定性最差。BestKeeper分析结果认为,MDH基因表达最稳定,EF1b次之,与geNorm结果一致。NormFinder软件稳定性分析显示,GAPDH最稳定,其次是CYP基因;TUBa基因表达最不稳定。ΔCt算法结果表明,18S基因表达最稳定,其次是GAPDH基因,MDH和EF1b排第3和第4。RefFinder综合排序为:MDH>18S>GADPH>EF1b>CYP>UBC>EF1a>Actin>TUBb>UBQ>TUBa。因此,MDH基因在澳洲坚果不同组织中表达最稳定,初步确认可以作为实时荧光定量PCR分析的校正内参基因,在澳洲坚果的基因表达模式分析中具有重要意义。 展开更多
关键词 澳洲坚果 内参基因 实时荧光定量pcr 稳定性分析
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BVDV TC株E0基因克隆和序列分析及SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 郭妍婷 田瑞鑫 +8 位作者 李胜男 胡新艳 李祯 陈俊贞 赵新艳 冉多良 姚刚 付强 史慧君 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第24期83-86,92,175,176,共7页
为了建立一种基于牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)囊膜蛋白E0基因的实时荧光定量PCR检测方法,试验根据GenBank数据库中BVDV E0基因序列设计特异性引物,扩增BVDV新疆塔城分离株TC株的E0基因并克隆至pBM23载体中并测... 为了建立一种基于牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)囊膜蛋白E0基因的实时荧光定量PCR检测方法,试验根据GenBank数据库中BVDV E0基因序列设计特异性引物,扩增BVDV新疆塔城分离株TC株的E0基因并克隆至pBM23载体中并测序鉴定;根据测序结果对E0基因的基本理化性质、B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行生物信息学分析;以pBM23-E0为标准质粒,10倍梯度稀释后建立实时荧光定量PCR标准曲线。结果表明:BVDV TC株E0基因长度为681 bp,与已发表的BVDV1 V070株E0基因氨基酸同源性为97.36%;生物信息学分析表明,E0蛋白为稳定的亲水性蛋白,该蛋白有4个O-糖基化位点和19个磷酸化位点,11个潜在的B细胞抗原表位。二级结构以无规则卷曲为主,并用SWISS-MODEL构建出E0蛋白的三级结构;成功绘制出检测BVDV TC株E0基因荧光定量PCR的标准曲线,相关系数(R^2)>0.9980。说明成功建立了基于BVDV E0基因的实时定量PCR的检测方法。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 E0基因 B细胞抗原表位 生物信息学分析 实时荧光定量pcr
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