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基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究
1
作者 盛中伟 樊艳凤 +3 位作者 贾晓旭 高玉时 陆俊贤 唐修君 《中国家禽》 北大核心 2024年第5期108-112,共5页
研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA... 研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101~1088个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示:所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。 展开更多
关键词 鹅肉 16S rrna基因 荧光定量PCR 源性成分 检测
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产甘油假丝酵母25S rRNA甲基转移酶BMT5对乙酸胁迫耐受的影响及应用
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作者 周柳 陆信曜 +1 位作者 宗红 诸葛斌 《食品与发酵工业》 CSCD 北大核心 2024年第1期1-6,共6页
挖掘功能基因,提升菌株环境胁迫耐受性,对高效利用纤维素水解液产乙醇至关重要。产甘油假丝酵母(Candida glycerinogenes)是具有多重抗逆性的工业菌株,经基因组文库筛选,获得能够提高酵母乙酸耐受性的rRNA甲基转移酶基因CgBmt5。在酿酒... 挖掘功能基因,提升菌株环境胁迫耐受性,对高效利用纤维素水解液产乙醇至关重要。产甘油假丝酵母(Candida glycerinogenes)是具有多重抗逆性的工业菌株,经基因组文库筛选,获得能够提高酵母乙酸耐受性的rRNA甲基转移酶基因CgBmt5。在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中表达CgBmt5提高了乙酸耐受性,重组菌在胁迫下乙醇产量为60.5 g/L,提高17.7%。在C.glycerinogenes中过表达CgBmt5后,乙酸胁迫下乙醇产量提高17.6%,2种过表达的单位菌体产量、底物转化率、生产强度均有提高。进一步将C.glycerinogenes过表达菌应用于纤维素水解液发酵,乙醇产量提高71.7%,转化率提高65.0%,生产强度提高155.7%。乙酸胁迫下,过表达菌中脂质过氧化水平降低,且过氧化氢酶(catalase,CAT)和超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活性增加;转录分析发现,Pfk1和Arg3基因上调,Gpd1和Cox3下调,表明CgBmt5可能通过降低脂质过氧化水平、提高SOD和CAT活性及影响糖代谢和精氨酸合成促进菌株的乙酸耐受和胁迫下的发酵能力。该研究为酵母的胁迫耐受机制和纤维素乙醇技术发展提供了新的生物材料。 展开更多
关键词 产甘油假丝酵母 基因筛选 环境胁迫 纤维素水解液 rrna甲基转移酶
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基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异
3
作者 张帅 陈奎蓉 +10 位作者 许迪 江山 王梦影 张坤 徐玉培 雷国凤 张志程 郭猛 赵云翔 兰干球 梁晶 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1605-1614,共10页
提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Ch... 提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella_1、Treponema_2、Prevotellaceae_NK3B31_group、Eubacterium_coprostanoligenes_group、p-1088-a5_gut_group、Prevotella_9、阿克曼菌属、Prevotellaceae_UCG_009、Ruminococcaceae_UCG-014、Ruminococcaceae_NK4A214_group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链球菌属。Spearman相关性分析结果表明,与FCR显著负相关的微生物大多与短链脂肪酸的产生有关,而与FCR显著正相关的微生物多数为潜在的致病性细菌。本研究通过筛选高、低饲料转化率猪粪便中的差异微生物,并对差异微生物丰度与饲料转化率性状进行相关性分析,最终筛选到与饲料转化率显著关联的粪便微生物,为猪饲料转化率性状的肠道微生物育种标记筛选提供一定参考。 展开更多
关键词 饲料转化率 16S rrna 粪便微生物
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低能N^(+)注入诱导大肠杆菌的16S rRNA遗传进化
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作者 唐朝 王婷 +2 位作者 王雪瑞 陈明晖 蔡长龙 《辐射研究与辐射工艺学报》 CAS CSCD 2024年第1期52-61,共10页
为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其... 为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其中5株诱变菌16S rRNA基因分别出现片段缺失,点突变(A257C),GC%含量增高,二级结构变异,并获得多药耐药特性。结果提示:低能N^(+)注入可以驱动大肠杆菌16S rRNA基因的随机突变和进化,进而调节耐药基因从头合成或变异,使大肠杆菌耐药性改变。 展开更多
关键词 低能N^(+)注入 大肠杆菌 16S rrna 耐药性
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基于16S rRNA基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群
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作者 黄一曼 孙凤霞 李晓玲 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2024年第1期34-39,共6页
目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组... 目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,Shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDS分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfSe对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论 模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。 展开更多
关键词 急性肝内胆汁淤积 大鼠 16S rrna基因测序技术 肠道菌群
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基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化
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作者 朱继伟 卢曼路 +5 位作者 焦倩倩 孙运良 刘璐 丁红红 于燕 潘磊 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期146-155,共10页
目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16... 目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16SrRNA高通量测序分析其微生物组成,分析两组人群肠道菌群之间的Alpha多样性、Beta多样性、物种差异与标志物种和差异生物功能代谢通路功能预测分析。结果Alpha多样性分析显示,OSA组的物种多样性指数Shannon和Simpson、物种丰度指数Observedspecies及菌群均匀度指数Pielou均低于对照组(P<0.05);Beta多样性分析显示,两组间群落结构存在差异(P<0.05)。OSA组肠道菌群群落结构上与对照组存在差异,潜在致病菌属如假单胞菌属、巨单胞菌属等菌群丰度增加(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,与对照组相比,OSA组假单胞菌属、巨单胞菌属、梭杆菌属丰度升高(P<0.05)。关联网络分析结果显示,影响宿主稳态的为差异标志菌群;随机森林分析和ROC曲线结果显示,假单胞菌属是具有重要鉴别意义的生物标志菌属。差异代谢通路预测功能显示,维持肠道菌群稳态起主要作用功能的是生物合成功能,假单胞菌属参与了芳香族生物胺降解和酮葡萄糖酸代谢。结论OSA患者存在肠道菌群紊乱,肠菌中假单胞菌属可能通过参与物质代谢影响OSA发生发展,可望作为防治OSA的潜在肠菌靶标。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 肠道菌群 16Srrna 多样性 高通量测序
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基于16S rRNA测序分析银屑病小鼠皮肤及肠道微生态菌群
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作者 张雨婷 赵慧霞 +2 位作者 孟欣 赵佳乐 何晓园 《中国麻风皮肤病杂志》 2024年第1期15-20,共6页
目的:基于16S rRNA分析银屑病小鼠与对照组皮肤及肠道微生态菌群的不同,探讨银屑病发病的关键菌群。方法:12例小鼠随机分为实验组和对照组,收集皮肤及粪便样本,采用16S rRNA测序方法检测。结果:与对照组相比,实验组皮肤菌群中相对丰度... 目的:基于16S rRNA分析银屑病小鼠与对照组皮肤及肠道微生态菌群的不同,探讨银屑病发病的关键菌群。方法:12例小鼠随机分为实验组和对照组,收集皮肤及粪便样本,采用16S rRNA测序方法检测。结果:与对照组相比,实验组皮肤菌群中相对丰度降低的有拟杆菌门、红蝽菌纲、毛螺菌目、理研菌科等,相对丰度升高的有厚壁菌门、芽孢杆菌纲、葡萄球菌目等,实验组肠道中相对丰度降低的有拟杆菌门、α-变形菌纲、乳杆菌目等,相对丰度升高的有弯曲杆菌门、梭状芽孢杆菌纲、毛螺菌目等。LefSe分析表明,小鼠皮肤菌群中红蝽菌纲、拟杆菌纲、乳杆菌目、葡萄球菌目等起主要作用,肠道菌群中拟杆菌纲、梭状芽孢杆菌纲、肠杆菌目、毛螺菌目等起主要作用。MetagenomeSeq分析结果显示,两组皮肤和肠道菌群的物种组成及功能在门、纲、目、科、属、种水平上均存在差异,有统计学意义。结论:银屑病小鼠免疫系统受累,皮肤及肠道屏障功能破坏,菌群丰度发生改变,进一步验证了肠-免疫-皮肤轴的相关性。 展开更多
关键词 银屑病 皮肤菌群 肠道菌群 16S rrna
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基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异
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作者 倪妍 滕新栋 +6 位作者 徐丽 王绪敏 曲江勇 王丽君 金黎明 邢志凯 刘秀梅 《烟台大学学报（自然科学与工程版）》 CAS 2024年第2期163-171,共9页
通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicute... 通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。 展开更多
关键词 肠道菌群 T1DM T2DM 16S rrna测序
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细菌16SrRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的价值
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作者 林丹娥 翁立坚 +2 位作者 杨斯岚 林霓阳 房晓祎 《汕头大学医学院学报》 2024年第1期35-38,共4页
目的:探讨细菌16S rRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的应用价值。方法:选取2016年12月—2018年1月汕头大学医学院第一附属医院收治的102例疑似败血症新生儿为研究对象,其中男性66例,女性36例,年龄10 min~28 d。采集研究对象血液标本分... 目的:探讨细菌16S rRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的应用价值。方法:选取2016年12月—2018年1月汕头大学医学院第一附属医院收治的102例疑似败血症新生儿为研究对象,其中男性66例,女性36例,年龄10 min~28 d。采集研究对象血液标本分别用血培养和细菌16S rRNA基因PCR检测法进行病原检测,选取10例同期因非感染性疾病住院的新生儿的血液标本作为对照。结果:102例疑诊败血症新生儿中的46例经临床诊断及实验室确诊为败血症,血培养阳性率32.61%(15/46),16S rRNA基因检测阳性率91.30%(42/46),16S rRNA基因检测阳性率高于血培养(P<0.001)。10例同期住院的非感染性疾病患儿的血液标本PCR检测及血培养结果均为阴性,PCR检测灵敏度为91.30%(42/46),特异度为96.43%(54/56)。结论:与传统血培养相比,16S rRNA基因PCR检测法阳性率高,且敏感准确。 展开更多
关键词 新生儿败血症 16S rrna基因 血培养
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基于16S rRNA基因测序分析烟叶发酵过程中表面微生物的多样性
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作者 阴耕云 肖冬 +3 位作者 王凯 师建全 朱玲超 王明锋 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期102-112,共11页
雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因... 雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因测序技术鉴定各个样品表面微生物种类,通过OTU聚类分析、Alpha多样性分析、物种组成分析等方法进行微生物多样性分析,获得晾晒烟叶表面的优势菌。结果显示,云南省雪茄烟叶的优势菌属为葡萄球菌属,其他常见菌属有假单胞菌属、无色杆菌属、棒状杆菌属、泛菌属等;多米尼加共和国雪茄样品中微生物物种分布较中国雪茄样品更均匀,微生物的多样性整体高于中国雪茄样品,其优势菌属多为葡萄球菌属、棒状杆菌属、四联球菌属;云南省临沧市雪茄烟叶优势菌属与多米尼加雪茄相似,而且它的物种多样性和均匀度高于中国其他地区,具有较大的发展潜力。 展开更多
关键词 雪茄烟叶 16S rrna 多样性分析 优势菌群
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杉虎杂交斑5S rRNA基因甲基化分析
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作者 曹柳 黄潇庆 +2 位作者 陈菁苗 卢艳 黄海 《海南热带海洋学院学报》 2024年第2期11-17,共7页
核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑... 核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑。对杉虎杂交斑及其亲本5S rRNA基因编码区前1 000 bp、编码区以及非转录区的DNA甲基化水平进行测定和比较分析。结果表明,杉虎杂交斑5S rRNA基因整体甲基化水平(0.418)高于棕点石斑鱼(0.379)和清水石斑鱼(0.037),但与母本棕点石斑鱼不具有显著性差异,与父本清水石斑鱼存在显著性差异。对5S rRNA基因编码区和非转录区的甲基化位点进行分析发现,在棕点石斑鱼与杉虎杂交斑中所有甲基化位点是一致的,但在清水石斑鱼中均未发现这些位点,表明杉虎杂交斑的5S rRNA基因甲基化模式与母本棕点石斑鱼一致。结果阐明了杉虎杂交斑5S rRNA基因的DNA甲基化水平和模式,为石斑鱼杂交育种提供理论基础。 展开更多
关键词 石斑鱼 杂交 5S rrna基因 DNA甲基化
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基于16S rRNA基因测序法分析勃起功能障碍患者口腔微生物多样性
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作者 周伟 朱璋龙 +4 位作者 王婉悦 周晶 胡贵瑶 刘瑶 丁维 《国际医药卫生导报》 2024年第1期28-32,共5页
目的通过16S rRNA高通量测序分析勃起功能障碍(erectile dysfunction,ED)患者和正常健康人的口腔菌群结构差异,探讨ED与口腔菌群的关系。方法选择贵州中医药大学第一附属医院泌尿外科门诊就诊的年龄段在20~65岁的ED患者(ED组)与健康者(... 目的通过16S rRNA高通量测序分析勃起功能障碍(erectile dysfunction,ED)患者和正常健康人的口腔菌群结构差异,探讨ED与口腔菌群的关系。方法选择贵州中医药大学第一附属医院泌尿外科门诊就诊的年龄段在20~65岁的ED患者(ED组)与健康者(正常对照组),各15例,收集唾液样本分别进行16S rRNA高通量测序,对各组唾液样本菌群的结构进行比较和分析。采用独立样本t检验、非参数检验、χ^(2)检验进行统计分析。结果ED组和正常对照组唾液中菌群的核心优势菌种组成相似,在菌属水平上优势菌属前10位分别为梭杆菌属、雷尔氏菌属、奈瑟氏菌属、嗜血杆菌属、普雷沃-7菌属、韦荣氏球菌属、异戊酸杆菌、链球菌属、卟啉菌属、放线菌属。两组唾液样本中不同菌群的丰度差异均有统计学意义(均P<0.05)。ED组中的链球菌属的丰度高于正常对照组[8.59(4.13,11.75)%比4.23(3.25,7.48)%],梭杆菌属的丰度低于正常对照组[9.38(5.61,14.91)%比14.13(7.92,19.03)%],两组比较差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论ED患者与健康人的口腔菌群存在着相同的核心组成骨架,而菌群结构却存在一定的差异,这或许和ED的发生发展有着密切联系,但其中的因果关系及其相关机制还有待进一步深入探讨。 展开更多
关键词 勃起功能障碍 16S rrna 高通量测序 口腔菌群
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深圳市某小学儿童口腔唾液菌群16SrRNA结构与超重肥胖的关联研究
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作者 张媞 邹泉 +2 位作者 杨静 朱闵敏 李晓月 《中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生》 2024年第3期0089-0093,共5页
背景 全球儿童超重肥胖问题日益严重,而口腔微生物群落的失衡被认为与超重肥胖的发生和发展密切相关。方法 本研究通过16S rRNA结构分析探索口腔唾液菌群与超重肥胖之间的关联。我们比较了肥胖组和非肥胖组儿童的一般情况、身体测量指... 背景 全球儿童超重肥胖问题日益严重,而口腔微生物群落的失衡被认为与超重肥胖的发生和发展密切相关。方法 本研究通过16S rRNA结构分析探索口腔唾液菌群与超重肥胖之间的关联。我们比较了肥胖组和非肥胖组儿童的一般情况、身体测量指标、体成分相关指标,并进行了口腔菌群OTU划分和分类地位的鉴定。结果 本研究共调查168名研究对象,肥胖组儿童身体测量和体成分指标显示,收缩压、腰围、臀围、腰臀比、体脂率、体脂量、基础代谢率、去脂体重、骨骼肌质量和骨骼肌指数显著高于非肥胖组。在口腔菌群结果显示,本研究共检出42个门、117 个纲、242个目、443个科、893个属、1183个种。Beta-多样性结果显示,肥胖组口腔微生物群落结构与非肥胖组存在明显差异( P <0.01)。结论 本研究为进一步探究口腔微生物与超重肥胖之间的机制提供了线索,并为预防和管理儿童超重肥胖提供了科学依据。 展开更多
关键词 儿童 rrna 肥胖 口腔唾液菌群 16S
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弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质的研制 被引量：1
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作者 张喜悦 张铭洋 +11 位作者 赵格 曲志娜 刘俊辉 王娟 赵建梅 高玉斌 黄秀梅 刘娜 程慧敏 徐佳微 邹明 王君玮 《中国动物检疫》 CAS 2023年第7期103-109,共7页
弯曲杆菌引起的食源性胃肠道疾病是21世纪人类面临的一项严重经济和公共卫生负担。当前国内外进行的弯曲杆菌属分子生物学检测方法研究的靶基因均为16S rRNA基因。为满足检测试剂标准化需求,制备了候选弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准... 弯曲杆菌引起的食源性胃肠道疾病是21世纪人类面临的一项严重经济和公共卫生负担。当前国内外进行的弯曲杆菌属分子生物学检测方法研究的靶基因均为16S rRNA基因。为满足检测试剂标准化需求,制备了候选弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质,经均匀性和稳定性检验,证实其于-20℃保存12个月,4℃短期保存8 d,反复冻融30次后依然稳定。对候选标准物质采用微滴式数字PCR(ddPCR)方法,联合8家实验室进行联合定值,对不确定度进行量化、合成,确定了标准物质的扩展不确定度。最终确定弯曲杆菌16S rRNA质粒DNA标准物质标准值为4.95×10^(3)copies/μL,扩展不确定度(k=2)为0.47×10^(3)copies/μL。临床试用结果表明,该产品具有良好的均匀性和稳定性。该标准物质的研制,为我国弯曲杆菌分子生物学检测试剂的标准化奠定了基础。 展开更多
关键词 弯曲杆菌 16S rrna基因 标准物质 均匀性 稳定性 可重复性
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应用16S rRNA测序技术分析冷暖季节放牧牦牛瘤胃细菌区系特征的研究 被引量：1
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作者 崔占鸿 杨得玉 焦洋 《饲料研究》 CAS 北大核心 2023年第3期1-6,共6页
试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公... 试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、BT组(冷季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、DO组(暖季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)和DT组(冷季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)。结果表明,在门水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中拟杆菌门、软壁菌门丰度在冷季明显高于暖季,而厚壁菌门和互养菌门的丰度在暖季明显高于冷季。在属水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中产酸糖酵菌属、Papillibacter的菌属丰度在冷季明显高于暖季,而未分类-普雷沃氏菌属和欧氏菌属丰度明显降低。功能预测中显示,在冷季时期1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃微生物区系中的聚糖生物合成与代谢功能、酶家族和脂质代谢和运输和分解代谢功能等相关基因的表达量明显高于暖季,而翻译功能相关的基因表达量明显低于暖季。研究表明,暖季放牧牦牛瘤胃水解产物降解菌群在种类、数量、能量代谢等方面均高于冷季,表明暖季放牧更有利于牦牛瘤胃细菌区系的生长发育。 展开更多
关键词 放牧牦牛 冷暖季节 瘤胃细菌 16S rrna测序
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广西地区壮族正常听力人群线粒体基因12S rRNA的突变研究
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作者 张少杰 唐凤珠 +6 位作者 王瑢 班莫璐 黄兰诚 周凯 林钻平 瞿申红 李东云 《中国临床新医学》 2023年第5期442-446,共5页
目的研究广西地区壮族正常听力人群线粒体基因12S rRNA的突变携带率以及突变特点,为临床防聋及治聋提供参考。方法采用晶芯十五项遗传性耳聋基因检测试剂盒(微阵列芯片法)对广西地区150例壮族正常听力的受试者进行线粒体基因12S rRNA的... 目的研究广西地区壮族正常听力人群线粒体基因12S rRNA的突变携带率以及突变特点,为临床防聋及治聋提供参考。方法采用晶芯十五项遗传性耳聋基因检测试剂盒(微阵列芯片法)对广西地区150例壮族正常听力的受试者进行线粒体基因12S rRNA的2个突变位点检测,对确诊的阳性结果进行Sanger测序分析。结果150例受试者中,检出线粒体基因12S rRNA 1555 A>G突变者1例(携带率为0.67%),经Sanger测序证实为1555 A>G突变,未发现1494C>T位点突变。结论在广西地区壮族人群中开展线粒体基因12S rRNA突变筛查具有重要意义,可以为突变携带者及其母系亲属提供合理的用药指导、遗传咨询,是预防药物性聋的有效措施。 展开更多
关键词 耳聋基因 线粒体基因 12S rrna
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应用16S rRNA基因测序比较分析不同品系1型糖尿病小鼠肠道菌群的异同
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作者 刘军 丁登峰 +2 位作者 高伟 陈华 牛苗苗 《实验动物科学》 2023年第5期24-32,共9页
目的比较C57BL/6(B6)和FVB两个品系小鼠建立的1型糖尿病(T1DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T1DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性B6和FVB小鼠各20只,两组小鼠每天腹腔注射40 mg/k... 目的比较C57BL/6(B6)和FVB两个品系小鼠建立的1型糖尿病(T1DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T1DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性B6和FVB小鼠各20只,两组小鼠每天腹腔注射40 mg/kg的链脲佐菌素(STZ)连续5 d,小鼠空腹血糖连续2周≥11.1 mmol/L为T1DM建模成功,建模6周后每组分别收集10份洁净粪便,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌科及肠道菌群相关的功能通路。结果B6与FVB组T1DM小鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异(P>0.05),两组小鼠的菌群Beta多样性存在统计学上的差异(P<0.05)。B6组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Muribaculaceae、Lactobacillaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Desulfovibrionaceae、Akkermansiaceae;FVB组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Lactobacillaceae、Muribaculaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Clostridiales_unclassified、Saccharimonadaceae、Marinifilaceae;两组中共有的优势菌科在比例上差异很大。B6与FVB组的厚壁菌门与拟杆菌门的比值都显著增加。两组T1DM小鼠肠道菌群的功能通路集中在以氨基酸、糖代谢及核苷酸的代谢途径中。结论两组T1DM小鼠肠道菌群Alpha多样性无差异,但肠道菌群的组成及比例差异较大,优势菌群在不同模型中的组成比例发生了改变。 展开更多
关键词 C57BL/6 FVB 1型糖尿病 肠道菌群 多样性 16S rrna基因测序
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基于16S rRNA基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病大鼠的肠道菌群
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作者 李晓玲 孙凤霞 +2 位作者 张莹雪 郭雨菲 门秋爽 《中国肝脏病杂志（电子版）》 CAS 2023年第4期39-46,共8页
目的 基于16S rRNA基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的肠道菌群。方法 以SPF级SD大鼠为实验对象,随机分为普通饮食组(对照组)和高脂饮食组(模型组)。高脂饮食组通过进食高脂饲料8周诱... 目的 基于16S rRNA基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的肠道菌群。方法 以SPF级SD大鼠为实验对象,随机分为普通饮食组(对照组)和高脂饮食组(模型组)。高脂饮食组通过进食高脂饲料8周诱发NAFLD模型。8周后检测大鼠血清丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,AST)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、甘油三酯(triglyceride,TG)和总胆固醇(total cholesterol,TC)水平,取肝组织进行HE及油红O染色,采集大鼠新鲜粪便通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V3-V4区进行基因测序。利用UPARSE软件进行类单元(operational taxonomic unit,OTU)聚类,采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,并在门、纲、目、科、属、种等水平上进行注释其群落的物种信息。基于OTU聚类结果,利用mothur软件和Qimme(V.1.8)进行Alpha多样性分析和Beta多样性分析,并通过LEfSe软件进行组间菌落差异分析。结果 与正常组相比,模型组大鼠AST [(23.63±4.82)U/L vs (10.61±1.17)U/L]、ALT [(9.98±2.27)U/L vs(3.40±0.81)U/L]、LDL-C [(0.69±0.11)mmol/Lvs(0.34±0.10)mmol/L]、TG [(0.90±0.24)mmol/L vs (0.33±0.13)mmol/L]及TC [(5.69±0.72)mmol/L vs(2.10±0.42)mmol/L]水平均显著升高,HDL-C [(0.62±0.14)mmol/L vs (1.07±0.17)mmol/L]水平显著降低,差异均有统计学意义(P均<0.05)。两组共获得2607个OTU,经过抽平处理后获得2547个OTU,其中对照组2367个,模型组2168个,两组共享OTU为1988个。随样本量增加物种累积曲线趋于平缓,表明样本量充分。在Alpha多样性指数中,模型组的香农指数(7.0673±0.4812 vs 6.1695±0.7165)、物种个数[(968.6250±233.0221)个vs (1155.9500±129.0011)个]和PD_Whole_Tree指数(69.3449±14.2872vs82.0219±10.2012)显著低于对照组,差异有统计学意义(P均<0.05),Chao1指数也低于对照组(1418.4503±277.8639 vs 1599.1725±100.1048),但差异无统计学意义(P>0.05)。采用主成分分析、主坐标分析、层次聚类分析、偏最小二乘法判别分析和非度量多维尺度法等Beta多样性分析方法均能将模型组与对照组大鼠完全区分开来,进一步说明二者间的菌群有明显区别。采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,结果表明,从门水平分析,NAFLD大鼠厚壁菌门和放线菌门丰度增加,其中放线菌门丰度显著增加,拟杆菌门和变形菌门的丰度降低。从纲水平分析,NAFLD大鼠放线菌纲和丹毒丝菌纲相对丰度显著升高,而杆菌纲相对丰度显著下降。从目水平分析,NAFLD大鼠红椿菌目和丹毒丝菌目相对丰度显著升高,而乳杆菌目和酸微菌目相对丰度显著降低。从科水平分析,NAFLD大鼠毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcus)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)等增加,其中双歧杆菌科、肽链球菌科显著增加,乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和拟杆菌目S24-7组比例下降,其中乳酸杆菌科显著性减少。采用LEfSe对组间差异显著的物种分析,结果表明两组间差异起重要作用的肠道微生物类群共126个,LDA值大于3.6的微生物类群共24个。结论与普通饮食组相比,高脂饮食组干预8周后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。 展开更多
关键词 脂肪性肝病 非酒精性 大鼠 16S rrna基因测序技术 肠道菌群
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“一锅法”等温核酸扩增策略联合荧光定量侧流层析技术对多种细菌16S rRNA的超灵敏检测
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作者 周杰 张璞 《化学传感器》 CAS 2023年第1期67-68,共2页
致病菌对人类健康构成了极大的威胁,因此及时、灵敏地检测病原体是确诊感染源、预防疾病传播和改善患者治疗的关键。最近的研究表明,细菌的16S rRNA包含了种间差异信息,而典型的细菌则拥有约10000个16S rRNA拷贝。因此,使用16S rRNA作... 致病菌对人类健康构成了极大的威胁,因此及时、灵敏地检测病原体是确诊感染源、预防疾病传播和改善患者治疗的关键。最近的研究表明,细菌的16S rRNA包含了种间差异信息,而典型的细菌则拥有约10000个16S rRNA拷贝。因此,使用16S rRNA作为检测模板对于低浓度病原体的即时检测(POCT)具有重大意义。 展开更多
关键词 层析技术 感染源 荧光定量 超灵敏检测 一锅法 16S rrna 等温核酸扩增 病原体
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应用16S rRNA基因序列分析检测人型支原体血液感染1例
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作者 刘佳 王玉飞 +2 位作者 张金红 段菲菲 张薇 《武警医学》 CAS 2023年第3期252-254,共3页
人型支原体(mycoplasma hominis,MH)常定植于人体生殖道黏膜,造成黏膜细胞损伤,引起泌尿生殖系统感染[1-3]。MH也可引起泌尿生殖系统之外的感染,但引起血液感染的报道少见[1,2]。我科在临床工作中发现1例MH引起的血液感染,报道如下。1... 人型支原体(mycoplasma hominis,MH)常定植于人体生殖道黏膜,造成黏膜细胞损伤,引起泌尿生殖系统感染[1-3]。MH也可引起泌尿生殖系统之外的感染,但引起血液感染的报道少见[1,2]。我科在临床工作中发现1例MH引起的血液感染,报道如下。1病例报告患者,男,50岁,主因“突发意识障碍5 h余”于2021-09-04入院。患者有既往高血压史,突发意识障碍5 h,浅昏迷,左侧肢体可见不自主活动。 展开更多
关键词 人型支原体 血液感染 16S rrna
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