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基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究
1
作者 盛中伟 樊艳凤 +3 位作者 贾晓旭 高玉时 陆俊贤 唐修君 《中国家禽》 北大核心 2024年第5期108-112,共5页
研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA... 研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101~1088个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示:所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。 展开更多
关键词 鹅肉 16S rrna基因 荧光定量PCR 源性成分 检测
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16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎手术时机选择的研究
2
作者 翟刚 《中国医药科学》 2024年第11期130-133,共4页
目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例... 目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例患者为对照组。采用HiSeq测序平台,借助双端测序模式进行高通量二代测序,比较两组多样性指数、优势均属丰度及不同优势菌比值等;绘制受试者操作特征(ROC)曲线,分析16S-rRNA测序技术的指导价值。结果60例患者60份样本中共获得细菌84个,且两组样品均为副杆状菌属最高,其次为Ruminococcus、Blautia、Aeromonas和Fusobacterium;两组肠道菌群上述菌门丰度存在差异(P<0.05);从粪便标本中共获得有效序列7347481条,人均130857条,测序平均覆盖度为(92.15±5.61)%;观察组手术治疗的NEC患儿中香农-维纳(Shannon)及辛普森多样性(Simpson)指数低于对照组内科保守治疗患儿,差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线结果表明,16S-rRNA测序技术在NEC患儿手术时机选择中的指导AUC为0.846,指导灵敏度为87.51%,特异度为83.16%。结论NEC患儿常伴有肠道细菌基因组改变,且菌群结构的变化与患儿病情严重程度有关,通过16S-rRNA测序技术能指导NEC患儿手术治疗时机。 展开更多
关键词 新生儿坏死性小肠结肠炎 16S rrna测序技术 肠道细菌基因 手术时机
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基于16S rRNA测序的观赏桃根系微生物多样性研究
3
作者 徐曼 王燕 +1 位作者 杨明 吴超广 《农业与技术》 2024年第16期36-40,共5页
观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Sha... 观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Shannon多样性指数存在显著差异,“紫叶垂枝”(ZYCZ)显示出最高的多样性,而“中二乔”(ZEQ)和“烟云”(YY)等品种的多样性较低。此外,“紫叶垂枝”(ZYCZ)在特定分类群中的相对丰度较高,表现出明显的优势地位。研究还揭示了根际微生物群落之间的显著互作关系,如变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)之间的正相关关系,以及有益微生物与病原菌之间的负相关关系。本研究为观赏桃根际微生物群落的多样性和互作关系提供了新的见解,有助于优化观赏桃的种植和管理策略。未来将进一步研究微生物群落在根际环境中的具体功能、微生物-植物互作机制、环境因素的影响以及群落的长期动态变化,旨在提升观赏植物的健康生长和农业生产的可持续性。 展开更多
关键词 观赏桃 根际微生物群落 多样性指数 互作关系 16S rrna测序
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基于16S rRNA技术探讨健脾祛痰法调节血脂异常患者肠道菌群变化特征 被引量：1
4
作者 王华文 张颖 陈民 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2024年第5期183-192,共10页
目的通过观察健脾祛痰法对脾虚痰浊型血脂异常患者的血脂水平、中医证候积分的影响,分析高脂人群采用健脾祛痰法治疗前后肠道菌群的结构变化,检测精炼方颗粒剂中绞股蓝皂苷A、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷的含量,以明确健脾祛痰法降脂... 目的通过观察健脾祛痰法对脾虚痰浊型血脂异常患者的血脂水平、中医证候积分的影响,分析高脂人群采用健脾祛痰法治疗前后肠道菌群的结构变化,检测精炼方颗粒剂中绞股蓝皂苷A、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷的含量,以明确健脾祛痰法降脂的临床疗效,探究健脾祛痰法发挥临床疗效的有效药理成分。方法在辽宁中医药大学附属医院纳入脾虚痰浊血脂异常受试者共计120例,按照就诊顺序随机分为模型组、治疗组,每组60例。两组均予健康宣教,治疗组予精炼方颗粒剂冲服,疗程为2个月。采用全自动生化分析仪检测所有受试者血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平,用中医证候积分量表评定患者中医证候疗效,16S rRNA高通量测序技术检测受试者粪便标本肠道菌群的结构变化。结果治疗组患者血脂水平、中医证候积分较治疗前明显改善,血脂疗效、中医证候总有效率显著优于模型组。治疗组患者用药后肠道菌群样本间差异明显,各分类水平物种组成比例发生变化。用药后肠道中的肠杆菌目(Enterobacteriales)减少,肠道菌群平衡有所恢复。结论健脾祛痰法能够显著降低血脂异常患者TC、LDL水平,改善中医证候,恢复肠道菌群平衡,并通过绞股蓝皂苷A、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷等活性成分发挥降脂作用。 展开更多
关键词 健脾祛痰法 血脂异常 肠道菌群 16Srrna技术
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基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异 被引量：1
5
作者 倪妍 滕新栋 +6 位作者 徐丽 王绪敏 曲江勇 王丽君 金黎明 邢志凯 刘秀梅 《烟台大学学报（自然科学与工程版）》 CAS 2024年第2期163-171,共9页
通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicute... 通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。 展开更多
关键词 肠道菌群 T1DM T2DM 16S rrna测序
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基于16S rRNA基因及宏基因组测序解析藏猪肠道菌群组成特征
6
作者 李卓君 黄晓畅 +5 位作者 柯善林 杨慧 周云燕 肖石军 陈从英 高军 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1256-1265,共10页
【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有... 【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有核心菌的菌群互作网络,结合27头藏猪肠道微生物宏基因组测序数据,进行KEGG通路和碳水化合物代谢酶(CAZymes)数据库注释分析,以期阐明与藏猪纤维代谢能力强和抗病力等优良特性相关的功能通路。【结果】(1)16S rRNA测序分析结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)(39.34%~60.72%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.65%~38.5%)在藏猪肠道微生物门水平上占优势,而在属水平则依次是普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的丰度最高;(2)利用Cytoscape软件构建藏猪肠道样品中共有的26个核心菌属之间的互作网络,各菌群在网络中存在合作关系和竞争关系,证明藏猪肠道菌群结构比较稳定;(3)宏基因组鸟枪法测序结果显示,在KEGG功能注释中藏猪肠道主要富集营养物质合成代谢和遗传信息处理相关通路,包括氨基酸的生物合成、碳代谢、群体感应通路等。此外,使用CAZymes数据库注释显示藏猪肠道中的糖基转移酶(GTs)基因家族相对丰度最高,主要为GT2、GT4和GT41基因,其次是糖苷水解酶基因家族(GHs)的GH13、GH2和GH3基因。【结论】藏猪具有丰富且独特的微生物组成和功能通路,与免疫和抗病相关的疣微菌门(Verrucomicrobia)和阿克曼氏菌(Akkermansia)是藏猪肠道特有的高丰度菌属,可能与藏猪适应高海拔低氧低温的环境及其抗病性能有关;与粗纤维代谢相关的密螺旋体属Treponema、Sphaerochaeta、纤维杆菌属Fibrobacter在藏猪肠道中富集,能够帮助藏猪降解饲粮中的粗纤维,适应半放牧的饲养模式。研究结果有助于了解肠道微生物在藏猪耐粗饲和抗逆性中的作用机制,为今后对藏猪优良特性的开发利用提供新的思路。 展开更多
关键词 藏猪 16S rrna基因 宏基因组测序 肠道菌群 肠道功能
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产甘油假丝酵母25S rRNA甲基转移酶BMT5对乙酸胁迫耐受的影响及应用
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作者 周柳 陆信曜 +1 位作者 宗红 诸葛斌 《食品与发酵工业》 CSCD 北大核心 2024年第1期1-6,共6页
挖掘功能基因,提升菌株环境胁迫耐受性,对高效利用纤维素水解液产乙醇至关重要。产甘油假丝酵母(Candida glycerinogenes)是具有多重抗逆性的工业菌株,经基因组文库筛选,获得能够提高酵母乙酸耐受性的rRNA甲基转移酶基因CgBmt5。在酿酒... 挖掘功能基因,提升菌株环境胁迫耐受性,对高效利用纤维素水解液产乙醇至关重要。产甘油假丝酵母(Candida glycerinogenes)是具有多重抗逆性的工业菌株,经基因组文库筛选,获得能够提高酵母乙酸耐受性的rRNA甲基转移酶基因CgBmt5。在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中表达CgBmt5提高了乙酸耐受性,重组菌在胁迫下乙醇产量为60.5 g/L,提高17.7%。在C.glycerinogenes中过表达CgBmt5后,乙酸胁迫下乙醇产量提高17.6%,2种过表达的单位菌体产量、底物转化率、生产强度均有提高。进一步将C.glycerinogenes过表达菌应用于纤维素水解液发酵,乙醇产量提高71.7%,转化率提高65.0%,生产强度提高155.7%。乙酸胁迫下,过表达菌中脂质过氧化水平降低,且过氧化氢酶(catalase,CAT)和超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活性增加;转录分析发现,Pfk1和Arg3基因上调,Gpd1和Cox3下调,表明CgBmt5可能通过降低脂质过氧化水平、提高SOD和CAT活性及影响糖代谢和精氨酸合成促进菌株的乙酸耐受和胁迫下的发酵能力。该研究为酵母的胁迫耐受机制和纤维素乙醇技术发展提供了新的生物材料。 展开更多
关键词 产甘油假丝酵母 基因筛选 环境胁迫 纤维素水解液 rrna甲基转移酶
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基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异
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作者 张帅 陈奎蓉 +10 位作者 许迪 江山 王梦影 张坤 徐玉培 雷国凤 张志程 郭猛 赵云翔 兰干球 梁晶 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1605-1614,共10页
提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Ch... 提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella_1、Treponema_2、Prevotellaceae_NK3B31_group、Eubacterium_coprostanoligenes_group、p-1088-a5_gut_group、Prevotella_9、阿克曼菌属、Prevotellaceae_UCG_009、Ruminococcaceae_UCG-014、Ruminococcaceae_NK4A214_group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链球菌属。Spearman相关性分析结果表明,与FCR显著负相关的微生物大多与短链脂肪酸的产生有关,而与FCR显著正相关的微生物多数为潜在的致病性细菌。本研究通过筛选高、低饲料转化率猪粪便中的差异微生物,并对差异微生物丰度与饲料转化率性状进行相关性分析,最终筛选到与饲料转化率显著关联的粪便微生物,为猪饲料转化率性状的肠道微生物育种标记筛选提供一定参考。 展开更多
关键词 饲料转化率 16S rrna 粪便微生物
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低能N^(+)注入诱导大肠杆菌的16S rRNA遗传进化
9
作者 唐朝 王婷 +2 位作者 王雪瑞 陈明晖 蔡长龙 《辐射研究与辐射工艺学报》 CAS CSCD 2024年第1期52-61,共10页
为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其... 为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其中5株诱变菌16S rRNA基因分别出现片段缺失,点突变(A257C),GC%含量增高,二级结构变异,并获得多药耐药特性。结果提示:低能N^(+)注入可以驱动大肠杆菌16S rRNA基因的随机突变和进化,进而调节耐药基因从头合成或变异,使大肠杆菌耐药性改变。 展开更多
关键词 低能N^(+)注入 大肠杆菌 16S rrna 耐药性
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基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS代谢组学和16S rRNA基因测序探讨骨疏丹补肾机制
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作者 佟琳 冯啟圣 +4 位作者 张静 陆晴 石伟 赵龙山 熊志立 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第6期675-685,698,共12页
目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC... 目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)的非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序分析的肠道微生物组学方法,分析正常对照组、肾阳虚证模型组、骨疏丹给药组和阳性对照组大鼠粪便代谢物谱与肠道菌群组成,采用Pearson相关分析探讨内源性差异代谢物与差异菌群之间的相关性。结果 基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS的代谢组学方法在正负离子模式下共发现骨疏丹参与调控肾阳虚症的22种差异代谢物,如色氨酸、鹅去氧胆酸、肌酐和油酸酰胺等,主要涉及氨基酸代谢、胆汁酸代谢、能量代谢和脂质代谢。基于16S rRNA测序分析发现骨疏丹在属水平显著上调普雷沃氏菌(Prevotellaceae)的相对丰度(P<0.05),显著下调颤杆菌(Oscillibacter)的相对丰度(P<0.05)。相关性分析结果表明甘胆酸和鹅去氧胆酸与在属水平显著改变的普雷沃氏菌(Prevotellaceae)显著正相关(P<0.05),而与考拉杆菌(Phascolarctobacterium)显著负相关(P<0.05)。二十二碳六烯酸与毛螺菌(Lachnospiraceae)显著负相关(P<0.05)。结论 骨疏丹通过良性调节内源性代谢和肠道菌群结构发挥补肾作用,为中药通过肠-肾轴治疗疾病提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 肾阳虚证 骨疏丹 代谢组学 肠道菌群 UPLC-Q-Orbitrap HRMS 16S rrna基因测序
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16S rRNA甲基化酶基因在鸡源和鸭源沙门菌中的流行特征
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作者 孙凡 王丽 +6 位作者 董洪燕 吴植 谢军 卢会鹏 王莉 黄亚奇 朱善元 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第11期61-67,共7页
氨基糖苷类药物是一种重要的治疗人兽临床上细菌感染的抗菌药物,而16S rRNA甲基化酶是近年新发现的氨基糖苷类药物高度耐药的一种耐药机制。对2021—2022年分离自泰州鸡源和鸭源的143株沙门菌进行阿米卡星抗性平板筛选,并通过PCR方法检... 氨基糖苷类药物是一种重要的治疗人兽临床上细菌感染的抗菌药物,而16S rRNA甲基化酶是近年新发现的氨基糖苷类药物高度耐药的一种耐药机制。对2021—2022年分离自泰州鸡源和鸭源的143株沙门菌进行阿米卡星抗性平板筛选,并通过PCR方法检测耐阿米卡星的菌株是否携带相应的耐药基因。结果显示,沙门菌中armA基因较流行(22/143,15.38%),也有少数菌株携带rmtB基因(1/143,0.70%),其他基因未检测到;不同宿主中,鸡源沙门菌是主要宿主;不同血清型中,印第安纳沙门菌是优势血清型。携带armA基因或rmtB基因的23株阳性菌,阿米卡星的MIC值均高达512μg/mL以上,且表现出多重耐药现象,其中,较为流行的耐药谱是氨苄西林-头孢唑啉-氨曲南-庆大霉素-阿米卡星-萘啶酸-环丙沙星-氯霉素-喹乙醇-复方新诺明-头孢噻肟-链霉素-四环素-氟苯尼考-磷霉素。国内外关于16S rRNA甲基化酶基因在沙门菌中的研究相对较少。本研究结果可为生产实践中耐药菌株的快速监测提供参考,也可为动物临床或养殖业中合理使用氨基糖苷类药物提供理论依据。 展开更多
关键词 鸡源 鸭源 沙门菌 16S rrna甲基化酶基因 耐药性
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基于16S rRNA基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群
12
作者 黄一曼 孙凤霞 李晓玲 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2024年第1期34-39,共6页
目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组... 目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,Shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDS分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfSe对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论 模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。 展开更多
关键词 急性肝内胆汁淤积 大鼠 16S rrna基因测序技术 肠道菌群
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基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化
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作者 朱继伟 卢曼路 +5 位作者 焦倩倩 孙运良 刘璐 丁红红 于燕 潘磊 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期146-155,共10页
目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16... 目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16SrRNA高通量测序分析其微生物组成,分析两组人群肠道菌群之间的Alpha多样性、Beta多样性、物种差异与标志物种和差异生物功能代谢通路功能预测分析。结果Alpha多样性分析显示,OSA组的物种多样性指数Shannon和Simpson、物种丰度指数Observedspecies及菌群均匀度指数Pielou均低于对照组(P<0.05);Beta多样性分析显示,两组间群落结构存在差异(P<0.05)。OSA组肠道菌群群落结构上与对照组存在差异,潜在致病菌属如假单胞菌属、巨单胞菌属等菌群丰度增加(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,与对照组相比,OSA组假单胞菌属、巨单胞菌属、梭杆菌属丰度升高(P<0.05)。关联网络分析结果显示,影响宿主稳态的为差异标志菌群;随机森林分析和ROC曲线结果显示,假单胞菌属是具有重要鉴别意义的生物标志菌属。差异代谢通路预测功能显示,维持肠道菌群稳态起主要作用功能的是生物合成功能,假单胞菌属参与了芳香族生物胺降解和酮葡萄糖酸代谢。结论OSA患者存在肠道菌群紊乱,肠菌中假单胞菌属可能通过参与物质代谢影响OSA发生发展,可望作为防治OSA的潜在肠菌靶标。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 肠道菌群 16Srrna 多样性 高通量测序
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基于16S rRNA基因测序分析食管鳞癌患者食管菌群分布特征
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作者 孔金玉 刘安祥 +7 位作者 刘怡文 钱梦凡 李婧雅 李若楠 邢玲 周福有 韦波 高社干 《食管疾病》 2024年第3期170-177,共8页
目的描述食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者癌组织和邻近癌旁组织食管菌群组成和结构特点,筛选两组差异性菌群。方法收集安阳市肿瘤医院48例经病理学确诊的原发性ESCC的癌组织和邻近癌旁组织,对16S rRNA基因的5个... 目的描述食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者癌组织和邻近癌旁组织食管菌群组成和结构特点,筛选两组差异性菌群。方法收集安阳市肿瘤医院48例经病理学确诊的原发性ESCC的癌组织和邻近癌旁组织,对16S rRNA基因的5个变异区(V2、V3、V5、V6、V8)进行测序,采用Wilcoxon秩和检验比较两组菌群Alpha多样性及相对丰度差异。结果与癌旁对照组相比,ESCC癌组织Alpha多样性升高。厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和梭杆菌门是ESCC组及癌旁对照组的主要菌门。和癌旁对照组相比,ESCC组含有较高丰度的梭杆菌门及螺旋菌门,较低丰度的放线菌门和蓝藻门(P<0.05)。属水平上,ESCC组梭杆菌属、嗜二氧化碳噬纤维菌属、卡氏菌属和密螺旋体属菌群丰度显著高于癌旁对照组,而葡萄球菌属和微单胞菌属丰度低于癌旁对照组(P<0.05);种水平上,ESCC组具核梭杆菌、牙周梭杆菌、生痰二氧化碳嗜纤维菌和牙龈卟啉单胞菌等丰度高于癌旁对照组,而异乳链球菌和鞘氨醇单胞菌丰度低于癌旁对照组。结论ESCC患者肿瘤和邻近正常肿瘤组织样本的食管微生物组成存在显著差异。 展开更多
关键词 食管鳞状细胞癌 食管菌群 16S rrna
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基于16S rRNA测序分析银屑病小鼠皮肤及肠道微生态菌群
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作者 张雨婷 赵慧霞 +2 位作者 孟欣 赵佳乐 何晓园 《中国麻风皮肤病杂志》 2024年第1期15-20,共6页
目的:基于16S rRNA分析银屑病小鼠与对照组皮肤及肠道微生态菌群的不同,探讨银屑病发病的关键菌群。方法:12例小鼠随机分为实验组和对照组,收集皮肤及粪便样本,采用16S rRNA测序方法检测。结果:与对照组相比,实验组皮肤菌群中相对丰度... 目的:基于16S rRNA分析银屑病小鼠与对照组皮肤及肠道微生态菌群的不同,探讨银屑病发病的关键菌群。方法:12例小鼠随机分为实验组和对照组,收集皮肤及粪便样本,采用16S rRNA测序方法检测。结果:与对照组相比,实验组皮肤菌群中相对丰度降低的有拟杆菌门、红蝽菌纲、毛螺菌目、理研菌科等,相对丰度升高的有厚壁菌门、芽孢杆菌纲、葡萄球菌目等,实验组肠道中相对丰度降低的有拟杆菌门、α-变形菌纲、乳杆菌目等,相对丰度升高的有弯曲杆菌门、梭状芽孢杆菌纲、毛螺菌目等。LefSe分析表明,小鼠皮肤菌群中红蝽菌纲、拟杆菌纲、乳杆菌目、葡萄球菌目等起主要作用,肠道菌群中拟杆菌纲、梭状芽孢杆菌纲、肠杆菌目、毛螺菌目等起主要作用。MetagenomeSeq分析结果显示,两组皮肤和肠道菌群的物种组成及功能在门、纲、目、科、属、种水平上均存在差异,有统计学意义。结论:银屑病小鼠免疫系统受累,皮肤及肠道屏障功能破坏,菌群丰度发生改变,进一步验证了肠-免疫-皮肤轴的相关性。 展开更多
关键词 银屑病 皮肤菌群 肠道菌群 16S rrna
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基于16S rRNA基因测序技术分析原发性胆汁性胆管炎伴抑郁小鼠粪便样本中肠道菌群的变化
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作者 陶理 任永青 +1 位作者 张紫阳 王晶 《胃肠病学》 2024年第2期86-94,共9页
背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16S rRNA基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照... 背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16S rRNA基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照组、胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组。对照组小鼠给予正常饲料和水喂养;胆汁淤积组小鼠采用含0.1%DDC的饲料连续喂养2周构建胆汁淤积模型;胆汁淤积+抑郁组小鼠先采用慢性温和不可预期应激方式刺激2周,再以含0.1%DDC的饲料喂养2周构建胆汁淤积+抑郁模型;治疗组小鼠在构建胆汁淤积+抑郁模型的基础上,腹腔注射盐酸氯米帕明(7.5 mg·kg^(-1)·d^(-1))2周。造模期间观察小鼠的行为学变化。造模结束后各组小鼠称重,行负重游泳试验、强迫游泳试验、悬尾试验和肝组织HE染色;采集新鲜粪便,基于16S rRNA基因测序技术分析小鼠肠道菌群的变化。结果:与对照组相比,胆汁淤积组和胆汁淤积+抑郁组小鼠体质量明显减轻(P<0.05),抑郁样行为明显加重(P<0.05);与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组小鼠体质量明显升高(P<0.05),抑郁样行为明显减轻(P<0.05)。胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠肝组织出现不同程度的胆汁淤积性损伤;与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组肝脏病理损伤明显减轻。小鼠粪便样本经测序抽平处理后获得个5491个操作分类单元(OTU),4组共有的OTU为162个。对照组与胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠粪便中微生物多样性和群落组成存在较大差异。在门水平上,胆汁淤积组厚壁菌门(Firmicutes)丰度明显升高;胆汁淤积+抑郁组变形菌门(Proteobacteria)丰度明显升高;治疗组厚壁菌门和变形菌门丰度均明显升高,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显下降。对组间差异显著的物种行LEfSe分析发现,LDA值>4的微生物类群有38个。结论:PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群结构和多样性均发生显著变化,抗抑郁治疗能改善肠道菌群的丰度和多样性,通过调节肠道菌群治疗PBC伴抑郁有可能成为一种新的治疗策略。 展开更多
关键词 原发性胆汁性胆管炎 胆汁淤积 抑郁 16S rrna基因测序技术 肠道菌群
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16s rRNA测序分析针灸治疗对腹泻型肠易激综合征(肝郁脾虚证)患者肠道菌群的影响
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作者 黄发樟 姚志芳 《中国医药导刊》 2024年第4期407-411,共5页
目的:从肠道菌群角度入手,探究针灸调节腹泻型肠易激综合征(IBS)的临床疗效及作用机理。方法:选取我院针灸科收治的肠易激综合征患者40例,按照3∶1比例随机分为针灸治疗组(30例),对照组(10例)。根据《中医消化病诊疗指南》评价临床疗效... 目的:从肠道菌群角度入手,探究针灸调节腹泻型肠易激综合征(IBS)的临床疗效及作用机理。方法:选取我院针灸科收治的肠易激综合征患者40例,按照3∶1比例随机分为针灸治疗组(30例),对照组(10例)。根据《中医消化病诊疗指南》评价临床疗效,应用16s rRNA测序检测治疗前后肠道菌群α多样性以及肠道菌群组成。结果:针灸治疗组患者治疗有效率高于对照组(93.33%vs 60%,P<0.05),对针灸治疗组中有效的28例患者的肠道菌群α多样性和组成差异进行分析:治疗后,反应物种丰富度的Chao指数、反应多样小的Shannon指数均优于治疗前(P<0.05)。在属水平上,与治疗前相比,治疗后双歧杆菌属、乳杆菌属、直肠真杆菌属、肠球菌属、粪杆菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、罗氏菌属成为优势菌属(P<0.05)。结论:针灸治疗对腹泻型肠易激综合征(肝郁脾虚证)患者疗效显著。患者治疗前后肠道菌群的变化,提示针灸治疗可能可以通过调节肠道菌群,对腹泻型IBS发挥临床疗效。 展开更多
关键词 16s rrna 针灸 肠易激综合征 肠道菌群
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幽门螺杆菌临床菌株四环素耐药性及其16S rRNA基因突变分析
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作者 陈颖婷 楼雪勇 《中国药物与临床》 CAS 2024年第15期964-967,I0001,共5页
目的探讨幽门螺杆菌对四环素的耐药性,对四环素耐药菌株进行耐药基因突变位点分析,为临床根除幽门螺杆菌选择敏感抗生素以及为患者个体化治疗提供参考。方法分离培养胃黏膜组织中的幽门螺杆菌,采用琼脂稀释法进行幽门螺杆菌四环素药物... 目的探讨幽门螺杆菌对四环素的耐药性,对四环素耐药菌株进行耐药基因突变位点分析,为临床根除幽门螺杆菌选择敏感抗生素以及为患者个体化治疗提供参考。方法分离培养胃黏膜组织中的幽门螺杆菌,采用琼脂稀释法进行幽门螺杆菌四环素药物敏感性检测,聚合酶链反应(PCR)法扩增四环素耐药菌株的16S rRNA基因,测序并对其基因突变位点进行分析。结果成功分离幽门螺杆菌82株,四环素耐药菌株5株,耐药率为6%。本地区幽门螺杆菌的四环素耐药基因为AGA926-928CGA的单碱基突变,另外2株耐药菌株分别发生了G970A的突变及A1119G的突变。结论本地区幽门螺杆菌临床菌株四环素耐药率较低。16S rRNA基因中的A926C突变与幽门螺杆菌对四环素耐药有关。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 分离培养 四环素 抗药性 16S rrna
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细菌16SrRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的价值
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作者 林丹娥 翁立坚 +2 位作者 杨斯岚 林霓阳 房晓祎 《汕头大学医学院学报》 2024年第1期35-38,共4页
目的:探讨细菌16S rRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的应用价值。方法:选取2016年12月—2018年1月汕头大学医学院第一附属医院收治的102例疑似败血症新生儿为研究对象,其中男性66例,女性36例,年龄10 min~28 d。采集研究对象血液标本分... 目的:探讨细菌16S rRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的应用价值。方法:选取2016年12月—2018年1月汕头大学医学院第一附属医院收治的102例疑似败血症新生儿为研究对象,其中男性66例,女性36例,年龄10 min~28 d。采集研究对象血液标本分别用血培养和细菌16S rRNA基因PCR检测法进行病原检测,选取10例同期因非感染性疾病住院的新生儿的血液标本作为对照。结果:102例疑诊败血症新生儿中的46例经临床诊断及实验室确诊为败血症,血培养阳性率32.61%(15/46),16S rRNA基因检测阳性率91.30%(42/46),16S rRNA基因检测阳性率高于血培养(P<0.001)。10例同期住院的非感染性疾病患儿的血液标本PCR检测及血培养结果均为阴性,PCR检测灵敏度为91.30%(42/46),特异度为96.43%(54/56)。结论:与传统血培养相比,16S rRNA基因PCR检测法阳性率高,且敏感准确。 展开更多
关键词 新生儿败血症 16S rrna基因 血培养
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杉虎杂交斑5S rRNA基因甲基化分析 被引量：1
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作者 曹柳 黄潇庆 +2 位作者 陈菁苗 卢艳 黄海 《海南热带海洋学院学报》 2024年第2期11-17,共7页
核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑... 核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑。对杉虎杂交斑及其亲本5S rRNA基因编码区前1 000 bp、编码区以及非转录区的DNA甲基化水平进行测定和比较分析。结果表明,杉虎杂交斑5S rRNA基因整体甲基化水平(0.418)高于棕点石斑鱼(0.379)和清水石斑鱼(0.037),但与母本棕点石斑鱼不具有显著性差异,与父本清水石斑鱼存在显著性差异。对5S rRNA基因编码区和非转录区的甲基化位点进行分析发现,在棕点石斑鱼与杉虎杂交斑中所有甲基化位点是一致的,但在清水石斑鱼中均未发现这些位点,表明杉虎杂交斑的5S rRNA基因甲基化模式与母本棕点石斑鱼一致。结果阐明了杉虎杂交斑5S rRNA基因的DNA甲基化水平和模式,为石斑鱼杂交育种提供理论基础。 展开更多
关键词 石斑鱼 杂交 5S rrna基因 DNA甲基化
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