目的运用网络药理学探究黄芩治疗慢性鼻窦炎的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systematic pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(integ...目的运用网络药理学探究黄芩治疗慢性鼻窦炎的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systematic pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine,TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM)筛选出黄芩的活性成分;利用Swiss Target Prediction数据库收集黄芩活性成分的靶点;利用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、gharmGKB和DrugBank数据库筛选“慢性鼻窦炎”相关靶点;通过STRING(search tool for the retrieval of interaction gene/proteins)数据库构建活性成分靶点与疾病靶点之间的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;利用Cytoscape3.10.0软件筛选核心靶点;进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路和基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析以探索黄芩治疗慢性鼻窦炎的相关生物学过程及信号通路,利用Autodock tools 1.5.7将前4位关键靶点和前4个活性成分进行分子对接。结果共收集到35个黄芩活性成分,1743个慢性鼻窦炎相关的疾病靶点,这些活性成分与慢性鼻窦炎有121个交叉靶点,通过PPI网络分析,获得28个核心靶点,4个关键靶点,GO功能富集表明黄芩治疗慢性鼻窦炎主要涉及脂多糖、蛋白酪氨酸激酶活性、膜筏、膜微区和膜区域等生物学过程,KEGG通路富集提示主要与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(phosphoinositide 3-kinase-serine/threonine-protein kinase,PI3K-Akt)信号通路、高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end product-receptor of advanced glycation endproducts,AGE-RAGE)信号通路、Ras(reliability,availability and serviceability signaling pathway)信号通路、趋化因子信号通路等密切相关,分子对接结果显示表小檗碱与磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基δ(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunitδ,PIK3CD)对接良好。结论本研究结果表明黄芩可能可通过多种活性成分、多个靶点及多条信号通路发挥其对慢性鼻窦炎治疗的作用。展开更多
文摘目的运用网络药理学探究黄芩治疗慢性鼻窦炎的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systematic pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine,TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM)筛选出黄芩的活性成分;利用Swiss Target Prediction数据库收集黄芩活性成分的靶点;利用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、gharmGKB和DrugBank数据库筛选“慢性鼻窦炎”相关靶点;通过STRING(search tool for the retrieval of interaction gene/proteins)数据库构建活性成分靶点与疾病靶点之间的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;利用Cytoscape3.10.0软件筛选核心靶点;进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路和基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析以探索黄芩治疗慢性鼻窦炎的相关生物学过程及信号通路,利用Autodock tools 1.5.7将前4位关键靶点和前4个活性成分进行分子对接。结果共收集到35个黄芩活性成分,1743个慢性鼻窦炎相关的疾病靶点,这些活性成分与慢性鼻窦炎有121个交叉靶点,通过PPI网络分析,获得28个核心靶点,4个关键靶点,GO功能富集表明黄芩治疗慢性鼻窦炎主要涉及脂多糖、蛋白酪氨酸激酶活性、膜筏、膜微区和膜区域等生物学过程,KEGG通路富集提示主要与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(phosphoinositide 3-kinase-serine/threonine-protein kinase,PI3K-Akt)信号通路、高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end product-receptor of advanced glycation endproducts,AGE-RAGE)信号通路、Ras(reliability,availability and serviceability signaling pathway)信号通路、趋化因子信号通路等密切相关,分子对接结果显示表小檗碱与磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基δ(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunitδ,PIK3CD)对接良好。结论本研究结果表明黄芩可能可通过多种活性成分、多个靶点及多条信号通路发挥其对慢性鼻窦炎治疗的作用。
