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BSA-Seq结合RNA-Seq技术挖掘大豆叶片提前黄化衰老基因
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作者 李世宽 洪慧龙 +3 位作者 付佳祺 谷勇哲 孙如建 邱丽娟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期294-309,共16页
大豆产量与其生殖生长的持续时间呈正相关,延缓其开花后叶片的衰老,提高其生理功能,有利于增加植物的粒重。叶片黄化是植物衰老的显著特征之一。关于在大豆鼓粒后期叶片黄化的研究鲜见报道。本研究对鼓粒后期叶片提前黄化突变体ly和野生... 大豆产量与其生殖生长的持续时间呈正相关,延缓其开花后叶片的衰老,提高其生理功能,有利于增加植物的粒重。叶片黄化是植物衰老的显著特征之一。关于在大豆鼓粒后期叶片黄化的研究鲜见报道。本研究对鼓粒后期叶片提前黄化突变体ly和野生型ofc杂交组合进行遗传分析,结果表明,大豆鼓粒后期叶片提前黄化性状受单隐性核基因控制。通过BSA-Seq在19号染色体得到一个2.23Mb的初定位区间,经开发标记图位克隆后将区间缩短至1.75 Mb,区间内有219个基因,再结合RNA-Seq分析,得到了区间内12个候选基因,其中有4个SNP变异基因和8个差异表达基因。本研究结果为大豆鼓粒后期叶片黄化衰老基因的克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 大豆 突变体 BSA-seq RNA-seq 图位克隆
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基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析
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作者 曹威荣 王燕飞 +3 位作者 张若男 贾浩 刘璇 张利环 《中国饲料》 北大核心 2024年第3期20-27,共8页
为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d... 为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d)两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析,共发现1047个新基因,20176个新转录本,276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析,外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,共筛选到1131个显著的差异剪接基因,在外显子跳跃(SE)、第一个外显子可变剪接(A5SS)、最后一个外显子可变剪接(A3SS)、外显子选择性跳跃(MXE)、内含子滞留(RI)事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析,主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换,其中转换单核苷酸多态性(SNP)所占百分比为73.53%~73.94%;颠换型SNP所占百分比为26.05%~26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析,为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础,为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。 展开更多
关键词 肉鸡 RNA-seq 新转录本 SNP 可变剪接
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基于并行SDAE-Seq2Seq模型的轴承寿命预测方法
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作者 张俊杰 王海瑞 +1 位作者 李亚 朱贵富 《化工自动化及仪表》 CAS 2024年第3期427-437,共11页
基于数据驱动的轴承寿命预测方法大多需要人工提取退化特征,而且对于不同工况下的轴承需要进行针对性优化,也是依赖专家知识和经验进行特征提取。为此,提出一种并行堆叠降噪自动编码器算法(PSDAE)来提取轴承退化特征,并结合Seq2Seq模型... 基于数据驱动的轴承寿命预测方法大多需要人工提取退化特征,而且对于不同工况下的轴承需要进行针对性优化,也是依赖专家知识和经验进行特征提取。为此,提出一种并行堆叠降噪自动编码器算法(PSDAE)来提取轴承退化特征,并结合Seq2Seq模型预测轴承剩余寿命。通过PSDAE直接对原始振动信号进行降噪、降维,得到退化特征,通过神经网络的学习和训练自动获得不同工况下的轴承退化特征。其次,引入注意力机制,将提取的特征输入Seq2Seq模型进行训练,并在PHM2012数据集上验证模型的预测效果。实验结果表明:PSDAE通过并行集成方式降低了模型的训练参数和整体误差,提取的退化特征在单调性和可预测性方面优于堆叠降噪自动编码器(SDAE),使用该退化特征有效减少了Seq2Seq模型的预测误差,提高了预测得分,具有更好的预测效果和稳定性。 展开更多
关键词 并行堆叠降噪自动编码器算法 寿命预测 滚动轴承 特征提取 注意力机制 seq2seq模型
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基于RAD-seq的菜心InDel标记开发及应用
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作者 许玉富 黄依琳 +5 位作者 李荣华 黄红弟 郭少龙 李光光 郭培国 夏岩石 《广东农业科学》 CAS 2024年第3期91-102,共12页
【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在... 【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个(72.5%)在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量(PIC)为0.263~0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366~0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有良好的多态性,能有效地揭示不同菜心种质材料间的遗传距离,可为菜心遗传种质分析、新品种选育等方面提供可利用的标记信息。 展开更多
关键词 菜心 RAD-seq INDEL标记 多态性 遗传多样性分析 聚类分析
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基于ALBERT-Seq2Seq-Attention模型的数字化档案多标签分类
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作者 王少阳 成新民 +3 位作者 王瑞琴 陈静雯 周阳 费志高 《湖州师范学院学报》 2024年第2期65-72,共8页
针对现有的数字化档案多标签分类方法存在分类标签之间缺少关联性的问题,提出一种用于档案多标签分类的深层神经网络模型ALBERT-Seq2Seq-Attention.该模型通过ALBERT(A Little BERT)预训练语言模型内部多层双向的Transfomer结构获取进... 针对现有的数字化档案多标签分类方法存在分类标签之间缺少关联性的问题,提出一种用于档案多标签分类的深层神经网络模型ALBERT-Seq2Seq-Attention.该模型通过ALBERT(A Little BERT)预训练语言模型内部多层双向的Transfomer结构获取进行文本特征向量的提取,并获得上下文语义信息;将预训练提取的文本特征作为Seq2Seq-Attention(Sequence to Sequence-Attention)模型的输入序列,构建标签字典以获取多标签间的关联关系.将分类模型在3种数据集上分别进行对比实验,结果表明:模型分类的效果F1值均超过90%.该模型不仅能提高档案文本的多标签分类效果,也能关注标签之间的相关关系. 展开更多
关键词 ALBERT seq2seq ATTENTION 多标签分类 数字化档案
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基于BSR-Seq分析筛选Y1499条锈病抗性相关基因
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作者 蒋雯婷 王光浩 +3 位作者 郭欢 黄晨曦 张宏 吉万全 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期577-584,共8页
条锈病是危害小麦生产安全的重要病害之一,而携带不同抗病基因小麦品种的利用与合理布局是降低病害威胁最经济可靠的途径。为挖掘和丰富小麦条锈病抗性相关基因资源,本研究以筛选到的抗条锈病硬粒小麦种质Y1499和感病材料Gaza为亲本构... 条锈病是危害小麦生产安全的重要病害之一,而携带不同抗病基因小麦品种的利用与合理布局是降低病害威胁最经济可靠的途径。为挖掘和丰富小麦条锈病抗性相关基因资源,本研究以筛选到的抗条锈病硬粒小麦种质Y1499和感病材料Gaza为亲本构建遗传群体,在室内对其进行苗期抗性鉴定和统计分析;利用衍生后代中选择的F 3∶4群体构建混池,进行RNA测序,对测序数据进行相关分析。结果表明,Y1499对CYR32的抗性由两个主效基因互补遗传控制。利用BSR-Seq关联分析在鉴定到3个小麦材料Y1499中条锈病抗性基因候选区间。GO富集结果显示,F 3∶4抗感池间差异表达基因涉及多个过氧化物酶等抗氧化反应相关基因。KEGG富集结果表明,显著差异表达基因主要富集于谷胱甘肽代谢和苯丙烷类生物合成等代谢通路。 展开更多
关键词 硬粒小麦 条锈病 BSR-seq 抗病相关基因
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具有活跃节点的多层网络作用下时滞SEQS模型分析
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作者 曹铃苓 杨宏春 +3 位作者 高雅纯 张虎 杨春 付传技 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期277-283,共7页
疾病传播的研究使得对疫情分布和发展的预测更为准确。现有的疾病传播模型对不同城市间流动人口对疾病传播造成的影响研究较少,为此,该文提出了具有活跃节点的多层网络作用下的时滞SEQS(Susceptible-Exposed-Quarantined-Susceptible)... 疾病传播的研究使得对疫情分布和发展的预测更为准确。现有的疾病传播模型对不同城市间流动人口对疾病传播造成的影响研究较少,为此,该文提出了具有活跃节点的多层网络作用下的时滞SEQS(Susceptible-Exposed-Quarantined-Susceptible)模型。其中,时滞SEQS重点研究疾病潜伏期、恢复期及恢复后可再次感染等特性对传播行为的影响,模型中每层静态网络表示不同城市的社交网络,活跃节点表示城市间流动人口,活跃节点的存在使得该多层网络具有时变性,同时模型引入检测机制,以隔离态节点为中心,对在其检测半径内的邻接节点进行检测。研究表明,该模型的传播行为最终演化状态存在3种主要模式:稳态、周期性振荡和非周期性振荡,在能有效降低疾病传染率的情况下,划定精准检测范围可有效控制疾病大规模传播。 展开更多
关键词 活跃节点 检测半径 多层网络 seqS模型 时滞
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基于RNA-Seq探究蔗糖影响黑果枸杞枝刺发生的机理
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作者 乔杨 刘雯 +2 位作者 李璐佳 孙丽丽 王钦美 《经济林研究》 北大核心 2024年第1期126-139,共14页
【目的】黑果枸杞Lycium ruthenicum是集生态、经济和药用价值等为一体的灌木。然而,其密集的枝刺严重阻碍其作为经济林推广,本研究旨在探究蔗糖(Suc)促进黑果枸杞(黑杞)枝刺的发生机理,为培育其无刺优良品种提供依据。【方法】在证明Su... 【目的】黑果枸杞Lycium ruthenicum是集生态、经济和药用价值等为一体的灌木。然而,其密集的枝刺严重阻碍其作为经济林推广,本研究旨在探究蔗糖(Suc)促进黑果枸杞(黑杞)枝刺的发生机理,为培育其无刺优良品种提供依据。【方法】在证明Suc通过能量和信号路径促进黑杞枝刺发生的基础上,利用RNA-Seq对无刺茎顶芽(TleCK)、有刺茎顶芽(ThoCK)、黑暗处理的有刺茎顶芽(ThoDCK)、减少内源Suc处理后有刺变无刺茎顶芽(TleDPL)和喷施外源Suc后无刺变有刺茎顶芽(ThoSuc)5种样品的差异表达基因(DEG)和叶绿体差异基因(cpDEG)进行筛选和分析,并采用RT-qPCR验证了9个DEG的表达情况。【结果】5组有刺和无刺材料顶芽之间(ThoCK vs.TleCK、ThoCK vs.TleDPL、ThoDCK vs.TleDPL、TleCK vs.ThoSuc和TleDPL vs.ThoSuc)的DEG分别为5281、4363、3125、5226和3278个,这5组DEG共同显著富集在9个GO条目和4个KEGG通路(“类黄酮生物合成”“二萜生物合成”“苯丙烷生物合成”、“芪类、二芳基庚烷和姜辣素生物合成”)。韦恩图显示5组比较组共有的DEG是196个,其中33个被预测为转录因子基因,较多转录因子基因被预测为NAC和WRKY家族。5组比较组有3个共有DEG注释在植物激素信号转导KEGG通路,分别参与生长素、茉莉酸和水杨酸信号传导。3个关键有刺和无刺比较组(ThoCK vs.TleCK、ThoCK vs.TleDPL和TleCK vs.ThoSuc)中共有2个DEG被预测为TCP转录因子基因,这3个比较组均有cpDEG被注释到光合作用KEGG通路。9个DEG的RT-qPCR验证了RNA-Seq结果的可靠性。【结论】Suc可能通过影响生长素、茉莉酸和水杨酸信号传导以及赤霉素合成基因表达来促进黑杞枝刺发生,枝刺发生也可能与类黄酮积累和木质素减少有关,而且增施外源和减少内源Suc并非通过简单地逆转cpDEG的表达来影响枝刺发生。注释到WRKY、TCP和NAC转录因子家族的共有DEG可能是调控枝刺发生的关键基因。本研究建立了Suc影响黑杞枝刺发生的机理模型图。 展开更多
关键词 黑果枸杞 顶芽 枝刺 RNA-seq 蔗糖
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基于RNA-Seq技术筛选姜曲海猪子宫和卵巢发育相关基因
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作者 朱淑斌 徐盼 +2 位作者 周春宝 许琴瑟 吴嘉韵 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期130-140,共11页
母猪的子宫和卵巢组织发育情况直接影响母猪的繁殖性能,进而对养猪业的经济效益造成重大影响。为探究姜曲海猪子宫和卵巢发育的分子机理,本研究选取1月龄和8月龄姜曲海猪各3头,利用转录组测序技术(RNA-Seq)对子宫和卵巢组织进行测序,通... 母猪的子宫和卵巢组织发育情况直接影响母猪的繁殖性能,进而对养猪业的经济效益造成重大影响。为探究姜曲海猪子宫和卵巢发育的分子机理,本研究选取1月龄和8月龄姜曲海猪各3头,利用转录组测序技术(RNA-Seq)对子宫和卵巢组织进行测序,通过生物信息学手段筛选差异表达基因并进行基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto ncyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,再与猪数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)数据库比对后鉴定出重要的候选基因。结果显示,1月龄和8月龄姜曲海猪子宫组织中有1688个差异表达基因,表达上调和下调的基因各844个;卵巢组织中存在3833个差异表达基因,其中2831个表达上调,1002个表达下调。富集分析结果显示这些差异表达基因主要显著富集于动物器官发育、组织发育和细胞分化等生物学过程。本研究在子宫和卵巢组织中分别筛选出11个和31个与发育性状有关的候选基因,其中共有的候选基因有6个,分别为LHFPL1、MTUS2、LIF、RBP4、EPHB2和TESC。本研究结果为姜曲海猪子宫和卵巢发育分子层面的研究提供了参考,也为今后姜曲海猪繁殖性状的分子改良提供了新的研究方向。 展开更多
关键词 姜曲海猪 子宫 卵巢 转录组测序
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RNA-seq技术在虾蟹研究中的应用
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作者 谢姝敏 张惠玲 +4 位作者 熊佳瑶 花松松 邢超凡 高焕 王攀攀 《水产学杂志》 CAS 2024年第2期116-125,共10页
基于高通量测序技术的RNA-seq技术已被广泛应用于较高经济价值的虾蟹类动物研究中,从分子水平剖析虾蟹类生命周期中相关基因的调控功能和遗传信息。本文综述了对虾蟹类动物转录组研究现状,包括虾蟹类的生长发育、生殖繁育、环境胁迫、... 基于高通量测序技术的RNA-seq技术已被广泛应用于较高经济价值的虾蟹类动物研究中,从分子水平剖析虾蟹类生命周期中相关基因的调控功能和遗传信息。本文综述了对虾蟹类动物转录组研究现状,包括虾蟹类的生长发育、生殖繁育、环境胁迫、免疫应答、营养代谢和分子标记开发等,分析了RNA-seq技术在虾蟹类研究中面临的局限与挑战,以期为更深入开展虾蟹类分子生物学研究提供参考。 展开更多
关键词 RNA-seq 虾蟹类动物 生长繁育 环境胁迫
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基于BSA-seq技术对乌拉尔图小麦条锈病抗病基因的初步定位
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作者 倪楠楠 杨小妮 +5 位作者 赵建辉 李子玥 乔柳惠 李广伟 王道文 王换 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期44-51,共8页
【目的】发掘和克隆小麦条锈病抗病基因,为小麦条锈病抗病育种提供遗传基因资源。【方法】以乌拉尔图小麦为材料,通过接种鉴定筛选具有条锈病抗性的材料,利用正向遗传学和混合分组测序分析法(BSA-seq)在乌拉尔图小麦材料中鉴定新的条锈... 【目的】发掘和克隆小麦条锈病抗病基因,为小麦条锈病抗病育种提供遗传基因资源。【方法】以乌拉尔图小麦为材料,通过接种鉴定筛选具有条锈病抗性的材料,利用正向遗传学和混合分组测序分析法(BSA-seq)在乌拉尔图小麦材料中鉴定新的条锈病抗病基因位点。【结果】通过接种鉴定筛选到6个具有小麦条锈病抗性的乌拉尔图小麦材料,通过构建杂交群体结合BSA-seq技术在其中1个抗病材料TuW1中鉴定出1个新的条锈病抗病基因位点,定位于7AS染色体的0~35.2 Mb区间。【结论】通过正向遗传学结合BSA-seq技术在乌拉尔图小麦中鉴定到1个新的条锈病抗病基因位点,为小麦条锈病抗病育种提供了基因资源。 展开更多
关键词 乌拉尔图小麦 条锈病 抗病基因 混合分组测序分析法 遗传定位
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基于Seq2Seq模型的工作流动态调度多目标进化算法
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作者 严佳豪 张明珠 +3 位作者 杨中国 高晶 王桂玲 赵卓峰 《郑州大学学报(理学版)》 CAS 北大核心 2023年第1期35-41,共7页
将数据处理类工作流在云计算环境下的调度问题建模为动态多目标优化问题,同时为了解决静态多目标优化算法在环境参数动态变化下可能出现的种群多样性缺失问题,在NSGA-II算法的基础上结合Seq2Seq深度学习模型,提出了DNSGA-II-Seq2Seq算法... 将数据处理类工作流在云计算环境下的调度问题建模为动态多目标优化问题,同时为了解决静态多目标优化算法在环境参数动态变化下可能出现的种群多样性缺失问题,在NSGA-II算法的基础上结合Seq2Seq深度学习模型,提出了DNSGA-II-Seq2Seq算法,算法通过Seq2Seq模型学习连续历史环境下局部最优解的变化规律,在环境变化时预测新的解并将其加入NSGA-II算法的种群中,以解决多样性缺失问题,同时加速算法收敛。在改进的WorkflowSim上进行的实验表明,与其他经典的算法相比,DNSGA-II-Seq2Seq算法预测的解和最终结果在多项指标上均优于其他算法,验证了算法的有效性。 展开更多
关键词 工作流调度 seq2seq模型 动态多目标优化算法 DNSGA-II-seq2seq算法
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CNV-seq联合染色体G显带核型分析在唐氏综合征产前诊断中的应用价值 被引量:2
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作者 蒋丽 汪菁 江蓓蕾 《临床和实验医学杂志》 2023年第1期62-66,共5页
目的 通过联合使用低深度全基因组测序(CNV-seq)技术与染色体G显带核型分析技术检测孕妇羊水中胎儿脱落细胞,评估2种检测技术在唐氏综合征产前诊断中联合应用的意义。方法 以2018年7月至2022年7月在亳州市人民医院经无创产前基因检测显... 目的 通过联合使用低深度全基因组测序(CNV-seq)技术与染色体G显带核型分析技术检测孕妇羊水中胎儿脱落细胞,评估2种检测技术在唐氏综合征产前诊断中联合应用的意义。方法 以2018年7月至2022年7月在亳州市人民医院经无创产前基因检测显示为高风险的60例孕妇为研究对象,通过抽取羊水获得胎儿样本60份,同时对胎儿样本进行CNV-seq检测和染色体G显带核型分析,统计检测结果,比较分析CNV-seq检测、染色体G显带核型分析、CNV-seq联合染色体G显带核型分析检测结果。结果 60份羊水样本CNV-seq检测和染色体G显带核型分析成功率均为100%。(1)CNV-seq检测、染色体G显带核型分析、CNV-seq联合染色体G显带核型分析检测出21三体、18三体及13三体的异常检出率一致,分别为70.6%、60.0%、25.0%。(2)其他类型染色体的异常检出率排序为染色体G显带核型分析(41.9%)<CNV-seq检测(51.6%)<CNV-seq+染色体G显带核型分析(58.1%)。(3)染色体G显带核型分析(50.0%)<CNV-seq检测(55.0%)<CNV-seq+染色体G显带核型分析(58.3%)。结论 染色体G显带核型分析为细胞遗传学诊断的金标准,CNV-seq检测可以很好的弥补染色体G显带核型分析的不足,二者各有优势,互为补充,联合应用可有效提高唐氏综合征产前诊断阳性检出率。 展开更多
关键词 唐氏综合征 CNV-seq 染色体G显带核型分析 应用价值
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基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究
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作者 刘有春 李嘉琦 +11 位作者 魏鑫 杨艳敏 张舵 王兴东 孙斌 杨玉春 王升 高树清 王宏光 徐艺格 袁兴福 刘成 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1534-1545,共12页
【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特... 【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q_(30)值94.99%,包含172 513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4 133 595个,均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品种间基因交流频繁、同质性高、遗传基础狭窄,野生种具有独立的遗传背景,但存在野生种到栽培种的单向基因流,应加大野生资源发掘利用以拓宽越橘遗传基础。 展开更多
关键词 越橘 SLAF-seq技术 SNP 遗传群体结构
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基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL
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作者 吴元明 林佳怡 +4 位作者 柳雨汐 李丹婷 张宗琼 郑晓明 逄洪波 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期173-184,共12页
株高是影响水稻产量稳定性的重要因素之一,水稻株高相关QTL的定位及候选基因的挖掘,有助于深入了解株高分子调控机制,进而为培育理想株型的水稻品种奠定基础。以油占8号及广西野生稻为亲本构建的285个CSSL群体为试验对象,结合NGS与BSA-... 株高是影响水稻产量稳定性的重要因素之一,水稻株高相关QTL的定位及候选基因的挖掘,有助于深入了解株高分子调控机制,进而为培育理想株型的水稻品种奠定基础。以油占8号及广西野生稻为亲本构建的285个CSSL群体为试验对象,结合NGS与BSA-seq等方法,利用SNP和InDel两种分子标记进行关联分析,对可能与株高相关的基因组区段进行定位。结果显示,Δ(SNP-index)分子标记在Chr.7和Chr.10中分别关联到3.205和1.311 Mb大小的候选基因组区域。Δ(InDel-index)标记关联到的基因组区域大小分别为2.848和1.292 Mb,且全部包含于Δ(SNP-index)关联到的区间内。结合GO、KEGG、Uniprot、eggNOG等数据库中的功能注释、高质量多态性位点筛选以及已有的株高相关转录组数据,最终关联到Chr.7中的5个候选基因,包括功能和机理已知的OsTCP21。RT-qPCR结果显示,OsTCP21在高株和矮株中的表达差异与已有研究结果相一致,LOC_Os07g05050和LOC_Os07g02850在高株中表达量较高,LOC_Os07g04220和LOC_Os07g02770在矮株中表达量较高。这5个候选基因在水稻株高性状的调控中起重要的作用,OsTCP21是一个关键调控基因。 展开更多
关键词 水稻 株高 定位 BSA-seq RNA-seq
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基于改进Seq2Seq模型的电力智能客服系统设计方法研究
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作者 李刚 张曦月 杨维 《电力信息与通信技术》 2023年第8期68-74,共7页
随着电力用户规模不断增长、业务量不断扩大,传统客服模式已不能满足繁重的用户业务咨询需求,在此背景下设计一种精准的客户服务模式就显得至关重要。针对这一需求,文章首先提出了一种融合注意力机制+双向长短期记忆网络+双向门控循环单... 随着电力用户规模不断增长、业务量不断扩大,传统客服模式已不能满足繁重的用户业务咨询需求,在此背景下设计一种精准的客户服务模式就显得至关重要。针对这一需求,文章首先提出了一种融合注意力机制+双向长短期记忆网络+双向门控循环单元(Attention+BiLSTM+BiGRU)的序列到序列(Seq2Seq)模型;然后通过对上下文语义信息的深层时序特征提取及赋权,有效提高了模型对话性能;最后通过算例仿真,实验结果从定性和定量的角度验证了所述方法具有回答效果更佳、问题识别能力更高的特点,对在线电力智能客服系统的设计和实现具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 电力系统 智能客服 seq2seq 注意力机制 BiGRU BiLSTM
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基于时空注意力-Seq2Seq模型的多风电机组多步风速预测算法
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作者 刘长良 赵陆阳 +1 位作者 王梓齐 徐健 《太阳能学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第8期420-429,共10页
针对在多风电机组风速预测任务中,卷积运算不适用于提取排布不规则的多风电机组空间相关性的问题,提出一种基于时空注意力-Seq2Seq模型的多风电机组多步风速预测算法。首先使用空间注意力机制强化风速序列的空间相关性,并对常规空间注... 针对在多风电机组风速预测任务中,卷积运算不适用于提取排布不规则的多风电机组空间相关性的问题,提出一种基于时空注意力-Seq2Seq模型的多风电机组多步风速预测算法。首先使用空间注意力机制强化风速序列的空间相关性,并对常规空间注意力机制进行改进;之后使用Seq2Seq模型中的编码器进行编码;最后使用结合时间注意力机制的解码器计算多风电机组的多步预测结果。以河北市某风电场的实际数据为算例进行实验,结果表明相比其他对比算法,所提算法的平均绝对误差下降约4.3%~15.0%,精度有较大提高。 展开更多
关键词 风速 深度学习 风电机组 注意力机制 seq2seq 时空相关性
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基于L-S-Seq2Seq的双通道超短期电力负荷预测
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作者 李国栋 王春红 +1 位作者 刘嘉城 李凯 《电力信息与通信技术》 2023年第10期56-65,共10页
针对传统方法在电力负荷预测中的输入序列长度选择问题与特征提取能力弱的问题,文章提出了一种同时接受长序列和短序列输入的双通道L-S-Seq2Seq超短期负荷预测模型。该模型主要由处理长序列输入的L-Seq2Seq通道和处理短序列输入的S-Seq2... 针对传统方法在电力负荷预测中的输入序列长度选择问题与特征提取能力弱的问题,文章提出了一种同时接受长序列和短序列输入的双通道L-S-Seq2Seq超短期负荷预测模型。该模型主要由处理长序列输入的L-Seq2Seq通道和处理短序列输入的S-Seq2Seq通道组成,2个通道的编码器均使用C-CNN-LSTM融合电力负荷的全局特征和局部特征,并生成相关的隐藏向量。通过引入注意力机制使解码器在预测不同时间负荷时关注不同时刻的隐藏向量,其中L-Seq2Seq解码器采用基于周期和时变的CC-B注意力机制,S-Seq2Seq解码器采用基于时变的C-B注意力机制,最后通过融合2种解码器的结果输出超短期电力负荷预测值。对该模型进行了公开数据集上的验证,实验结果表明,与其他对比模型相比,文章提出的模型在MAE、RMSE、MAPE指标上分别至少降低了14.58%、7.28%、16.64%,而且R2达到了0.994 5。 展开更多
关键词 超短期负荷预测 seq2seq Bahdanau注意力机制 C-CNN-LSTM 双通道
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利用BSA-Seq技术初步鉴定棉花芽黄候选基因
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作者 王娟 王新 +5 位作者 周小凤 马晓梅 田琴 李保成 余渝 董承光 《绿洲农业科学与工程》 2023年第2期25-29,共5页
芽黄性状可作为棉花育种的标记性状,在棉花杂交选育中可减轻棉花杂交制种和鉴定过程,还可以作为叶绿素等生理代谢研究的理想材料。研究棉花芽黄突变体具有重要的理论和实践意义。本研究以芽黄突变体115-23与绿叶正常材料JSH1527为亲本,... 芽黄性状可作为棉花育种的标记性状,在棉花杂交选育中可减轻棉花杂交制种和鉴定过程,还可以作为叶绿素等生理代谢研究的理想材料。研究棉花芽黄突变体具有重要的理论和实践意义。本研究以芽黄突变体115-23与绿叶正常材料JSH1527为亲本,构建F2分离群体,鉴定后代芽黄性状,选择30个芽黄单株和30个正常绿叶单株构建混合池,对4个样本(2个亲本池和2个混合池)开展全基因组重测序,采用SNP-index进行关联分析,确定芽黄基因的候选区域,筛选芽黄候选基因。结果表明,在2个亲本之间共获得840,612个多态性SNP,利用Δ(SNP-index)方法,在95%的置信区间内将候选区域定位到染色体D02区间,包含93个候选基因,其中4个基因功能注释与叶绿体合成等相关,可能是调控棉花叶色的候选基因。研究结果可为棉花芽黄分子机制及芽黄相关基因的克隆奠定理论基础。 展开更多
关键词 棉花 芽黄 BSA-seq 候选基因
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基于BSA-seq技术对豌豆花色基因的精细定位 被引量:2
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作者 严昕 项超 +5 位作者 刘荣 李冠 李孟伟 李正丽 宗绪晓 杨涛 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1006-1015,共10页
BSA-seq技术在挖掘农艺性状相关的新基因中已被广泛应用,随着豌豆首个参考基因组问世,将BSA-seq技术结合豌豆基因组的基因定位策略势在必行。本研究利用紫花亲本G0004562、白花亲本G0002930以及F2群体,通过BSA-seq技术对豌豆花色基因进... BSA-seq技术在挖掘农艺性状相关的新基因中已被广泛应用,随着豌豆首个参考基因组问世,将BSA-seq技术结合豌豆基因组的基因定位策略势在必行。本研究利用紫花亲本G0004562、白花亲本G0002930以及F2群体,通过BSA-seq技术对豌豆花色基因进行初步定位,获得31.42Mb定位区间,再通过设计InDel分子标记分析进一步缩小定位区间,最终将目标基因定位在包含19个基因的0.99 Mb区间内,通过基因注释信息推测出Psat6g060480.1为豌豆花色候选基因。本研究结果验证了BSA-seq技术快速高效定位豌豆花色基因的可行性,为利用该技术挖掘豌豆其他重要农艺性状相关基因奠定了基础。 展开更多
关键词 豌豆 BSA-seq INDEL 基因定位
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