旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（Copy number variation，CNV）对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型，同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haplo-view4．1和PHASE2．0软件对拷贝数变异、...旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（Copy number variation，CNV）对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型，同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haplo-view4．1和PHASE2．0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析。结果发现，该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区。Block159984～73717bp）单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型，其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1．45倍（P〈0．05）；Block2（102256～138076bp）内发现9种单倍型和9种常见双倍型，不同型之间差异不显著（P〉0．05）。CNV1（6471～59984bp）是稀有型拷贝数变异区；CNV2（201882～299166bp）缺失型IgG含量是增加型的1．25倍（P〈0．05）。分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点，结果发现Gga-rs16057310、Gga-rs15788237及Gga-rs15788101不同基因型之间差异显著（P〈0．05）。结果表明：Blockl和拷贝数变异CNV2（201882299166bp）及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga-rs15788101对IgG含量有显著影响，位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因。展开更多
文摘旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（Copy number variation，CNV）对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型，同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haplo-view4．1和PHASE2．0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析。结果发现，该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区。Block159984～73717bp）单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型，其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1．45倍（P〈0．05）；Block2（102256～138076bp）内发现9种单倍型和9种常见双倍型，不同型之间差异不显著（P〉0．05）。CNV1（6471～59984bp）是稀有型拷贝数变异区；CNV2（201882～299166bp）缺失型IgG含量是增加型的1．25倍（P〈0．05）。分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点，结果发现Gga-rs16057310、Gga-rs15788237及Gga-rs15788101不同基因型之间差异显著（P〈0．05）。结果表明：Blockl和拷贝数变异CNV2（201882299166bp）及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga-rs15788101对IgG含量有显著影响，位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因。
