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中医药院校高等数学课程中引入数学建模教学的研究与探讨
1
作者 孙继佳 赵莹 +3 位作者 林蓉 叶红 彭春花 邵建华 《数理医药学杂志》 2018年第10期1574-1576,共3页
高等数学是中医药院校的一门公共基础课,而数学建模是连接高等数学所学理论知识与实际应用的桥梁。本研究从数学建模及其重要意义的角度出发,研究和探讨了中医药院校高等数学课程中引入数学建模教学的优势和必要性以及教学的目标、方法... 高等数学是中医药院校的一门公共基础课,而数学建模是连接高等数学所学理论知识与实际应用的桥梁。本研究从数学建模及其重要意义的角度出发,研究和探讨了中医药院校高等数学课程中引入数学建模教学的优势和必要性以及教学的目标、方法和内容;另外,对于数学建模中编程语言和软件应用,结合我校学生调查问卷所反馈的实际情况,建立了适合中医药院校的教学与实践的培养模式。 展开更多
关键词 高等数学 中医药院校 数学建模 编程语言
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基于衰老视角的3种常见慢病共有机制与中药发现
2
作者 崔春利 闫浩晨 +2 位作者 王敏 王川 孙继佳 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期101-111,共11页
目的 通过生物信息学分析、机器学习算法和分子对接等方法和技术探讨非酒精性脂肪肝(NAFLD)、2型糖尿病(T2DM)和动脉粥样硬化(AS)3种常见慢病和衰老基因相关的共有机制和潜在治疗药物。方法 从AgingAtlas、CellAge、GenAge和MSigDB等数... 目的 通过生物信息学分析、机器学习算法和分子对接等方法和技术探讨非酒精性脂肪肝(NAFLD)、2型糖尿病(T2DM)和动脉粥样硬化(AS)3种常见慢病和衰老基因相关的共有机制和潜在治疗药物。方法 从AgingAtlas、CellAge、GenAge和MSigDB等数据库中收集和整理与衰老相关的基因。将从CTD、DisGeNET、GeneCards、OMIM、PharmGKB和TTD等数据库中获得与NAFLD、T2DM、AS相关的基因和基于GEO差异基因分析得到的基因集取交集后,得到这3种常见慢性疾病的相关疾病基因集。利用clusterProfiler包对衰老基因集、3种疾病相关基因集进行KEGG通路富集分析并取交集。将筛选得到的KEGG通路上的富集基因合并后,导入STRING数据库并构建PPI网络,利用MCODE工具分析得到PPI网络中的核心子模块,计算其中每个节点、模块的重要值Nim和Cim。同时,采用Lasso回归模型、Boruta算法以及随机森林模型等3种机器学习模型进行特征基因筛选。利用HIT2.0数据库查找关键特征基因相关的靶向中药小分子。利用SwissADME和ADMETlab 3.0在线系统对小分子进行ADMET评价和分析。利用分子对接方法对关键作用靶点和筛选到的小分子进行对接。结果 总共获得1 325、616、78、597个与衰老、NAFLD、T2DM、AS相关的基因。衰老和3种疾病的KEGG通路富集分析结果取交集后得到2条共有交集通路,共包含243个基因。构建PPI网络,3个核心子模块中Cluster 2的Cim值最高。根据特征基因筛选结果,结合PPI网络模块分析结果,找到4个与衰老相关的特征基因:CDK6、CDKN1A、MYC、PTEN。这4个靶点具有94个潜在中药小分子候选药物,其中,白藜芦醇(resveratrol, RSV)是这4个靶点共有的中药小分子。ADMET评价显示,其具有良好的成药性。PTEN靶点具有较高的Nim值,RSV与PTEN进行分子对接,显示有较好的结合稳定性。结论 从衰老的角度来看,发现了一种潜在的中药小分子RSV,它可能通过调节关键基因PTEN来预防和治疗NAFLD、T2DM和AS这3种常见的慢性疾病。 展开更多
关键词 衰老相关基因 生物信息学分析 老年慢性疾病 机器学习算法
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基于群组专家知识集成的中医临床症候评价方法研究 被引量：2
3
作者 孙继佳 周明眉 +2 位作者 胡义扬 苟小军 苏式兵 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2018年第2期403-407,共5页
目的：提出一种基于群组专家知识的乙肝中医临床症候评价模型。方法：根据所收集到的883例慢性乙型病毒性肝炎临床资料为依据,建立乙肝中医症候专家评价表,通过专家打分,得到3种不同证型下的112种相关临床指标专家评价结果,利用聚类分... 目的：提出一种基于群组专家知识的乙肝中医临床症候评价模型。方法：根据所收集到的883例慢性乙型病毒性肝炎临床资料为依据,建立乙肝中医症候专家评价表,通过专家打分,得到3种不同证型下的112种相关临床指标专家评价结果,利用聚类分析和相对熵集结模型建立评价模型。结果：通过模型计算,对与肝胆湿热证、肝郁脾虚证、肝肾阴虚证等3种证型密切相关的临床指标进行了系统分析,同时,建立了这3种基本证型的综合评价模型。结论：所提出乙肝中医临床评价方法能够符合中医临床评价要求,并且对其他疾病的中医临床研究具有一定的参考和借鉴。 展开更多
关键词 乙型病毒性肝炎 中医辨证 综合集成 群组决策 聚类分析 相对熵集结模型
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基于粗糙集技术的乙肝中医临床症候关联规则挖掘研究 被引量：7
4
作者 孙继佳 王鲲 《数理医药学杂志》 2017年第10期1423-1425,共3页
目的:采用粗糙集技术与关联规则结合的数据挖掘方法对乙肝中医临床症候规律进行研究。方法:根据所收集到的883例乙肝患者中医临床资料,采用粗糙集方法建立中医证候决策信息表,提取与乙肝证型有密切关联的症状、体征,然后利用关联规则找... 目的:采用粗糙集技术与关联规则结合的数据挖掘方法对乙肝中医临床症候规律进行研究。方法:根据所收集到的883例乙肝患者中医临床资料,采用粗糙集方法建立中医证候决策信息表,提取与乙肝证型有密切关联的症状、体征,然后利用关联规则找出不同证型下的中医临床指标的相关性。结果:通过对临床数据的挖掘分析,发现口苦、舌苔薄和脉弦等对肝胆湿热证判定以及舌胖、舌荣等对肝郁脾虚证的诊断分析具有很高的参考价值。结论:提出的方法能够有效地揭示中医临床症状之间的内在规律,对于乙肝中医临床研究工作具有一定的参考价值,并且对其他疾病的中医临床研究具有一定的参考和借鉴意义。 展开更多
关键词 乙型肝炎 中医辨证 数据挖掘 粗糙集 关联规则
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一种改进关联分析方法及其在药物分析试验设计中的应用
5
作者 孙继佳 邵建华 苏式兵 《数理医药学杂志》 2012年第1期79-82,共4页
目的:试验设计是数理统计方法在药物分析学中应用比较成熟的领域,近几年来灰色关联分析方法被广泛应用于药物分析试验设计,但传统的灰色关联分析方法本身存在一定的缺陷,因此,提出一种新的改进关联分析方法来进行药物分析的试验设计。方... 目的:试验设计是数理统计方法在药物分析学中应用比较成熟的领域,近几年来灰色关联分析方法被广泛应用于药物分析试验设计,但传统的灰色关联分析方法本身存在一定的缺陷,因此,提出一种新的改进关联分析方法来进行药物分析的试验设计。方法:通过分析和比较现有几种常用关联分析方法,构建一种既考虑因素序列关联度存在负值又兼顾序列差异性的综合算法。结果:通过实例分析,发现改进后的关联分析方法能够如实地反映药物分析数据中的客观事实。结论:本研究提出的改进关联分析方法能够为药物分析领域的试验设计提一种更为有效的数据分析方法,同时,也可以应用于社会、经济、工程、教育等其他各个领域。 展开更多
关键词 药物分析 试验设计 析因设计 灰色关联分析
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典型机器学习算法在脂肪肝分类预测研究中的实现与比较 被引量：8
6
作者 余秋燕 赵莹 +1 位作者 孙继佳 邵建华 《数理医药学杂志》 2019年第1期1-3,共3页
目的:实现和比较5种常见的机器学习算法在脂肪肝分类预测研究中的应用。方法:通过主成分分析对数据的体检指标进行降维,然后应用决策树、神经网络、支持向量机、贝叶斯网络和随机森林算法,分别构建脂肪肝分类预测模型,对1956例体检数据... 目的:实现和比较5种常见的机器学习算法在脂肪肝分类预测研究中的应用。方法:通过主成分分析对数据的体检指标进行降维,然后应用决策树、神经网络、支持向量机、贝叶斯网络和随机森林算法,分别构建脂肪肝分类预测模型,对1956例体检数据进行脂肪肝的分类预测。结果:决策树分类模型在脂肪肝分类预测上的准确率最高,达到70.14%,其次是支持向量机和神经网络模型,处于68%左右的水平。结论:本文所研究的典型算法在脂肪肝分类的预测上具有较为可靠分类预测能力,但决策树模型在应用小样本数据上表现出了优势;同时,还发现臀围(HIP)和甘油三酯(TG)可能与脂肪肝分类关联密切。 展开更多
关键词 脂肪肝 主成分分析 决策树 神经网络 支持向量机 贝叶斯网络 随机森林
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NAFLD疾病进程关键风险基因发现与验证
7
作者 崔永康 苟小军 +2 位作者 曹姗 王淑斐 孙继佳 《医学研究杂志》 2024年第12期78-87,共10页
目的探讨非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的关键基因,构建NAFLD疾病进程的风险预测模型并进行验证。方法基于GEO数据库中已有的NAFLD表达谱芯片数据集,采用差异表达基因分析、京都基因与基因组百科全书(Kyo... 目的探讨非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的关键基因,构建NAFLD疾病进程的风险预测模型并进行验证。方法基于GEO数据库中已有的NAFLD表达谱芯片数据集,采用差异表达基因分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析、蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析以及机器学习特征筛选方法,发现NAFLD疾病进程中的关键基因;同时,构建从单纯性脂肪肝(simple steatosis,SS)到非酒精性脂肪肝炎(nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的NAFLD疾病进程风险预测模型;最后,通过体外分子生物学实验对关键基因进行验证。结果GEO数据库中差异表达基因分析结果显示,正常对照(normal control,NC)组与NASH组比较有1247个差异表达基因,NC组与SS组之间有1088个差异表达基因,SS组与NASH组比较只有75个差异表达基因。结合前期研究和文献查阅以及KEGG通路富集分析结果显示,有4条与NAFLD疾病相关的共同信号通路,即胆固醇代谢(hsa04979)、半乳糖代谢(hsa00052)、PI3K/Akt信号通路(hsa04151)和PPAR信号通路(hsa03320)等。通过3种不同的机器学习特征筛选方法,最终得到4个共有基因,即AKR1B10、COL1A2、HKDC1、LAMC3。体外分子生物学实验结果显示,AKR1B10、COL1A2在NAFLD中均显著上调,与生物信息学分析结果一致。结论本研究发现了SS发展到NASH的关键基因,同时,构建了NAFLD疾病进程的风险预测模型,为NAFLD疾病的有效控制、干预与临床诊断和治疗提供了有价值的方法与技术。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪性肝病 差异表达基因分析 KEGG通路富集分析 PPI网络分析 疾病进程 风险预测模型
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基于信息熵的乙肝后肝硬化证素提取及病机分析 被引量：8
8
作者 郭志忠 魏滨 +2 位作者 孙继佳 王文海 苏式兵 《世界中医药》 CAS 2016年第10期2172-2175,2179,共5页
目的:提取乙肝后肝硬化证候要素(证素)并分析其组成及分布规律,探讨肝硬化的病机特点。方法:收集294例病毒性乙型肝炎(乙肝)后肝硬化患者的四诊资料,采用基于信息熵的复杂系统划分方法(信息熵法)提取证候要素(证素),确定症状贡献度,并... 目的:提取乙肝后肝硬化证候要素(证素)并分析其组成及分布规律,探讨肝硬化的病机特点。方法:收集294例病毒性乙型肝炎(乙肝)后肝硬化患者的四诊资料,采用基于信息熵的复杂系统划分方法(信息熵法)提取证候要素(证素),确定症状贡献度,并通过诊断阈值,分析乙肝后肝硬化证素组成及分布规律。结果:乙肝后肝硬化患者存在着脾虚、肾气虚、肝阴虚、痰湿、气滞、肝郁、湿热7个主要证素,并有1个至多个证素存在,其中脾虚、气滞、湿热出现频率较高。结论:信息熵法可以用于乙肝后肝硬化证候要素的提取。乙肝后肝硬化的病机复杂,其中脾虚、气滞、湿热可能是其主要的病机因素。 展开更多
关键词 证素 辨证 信息熵 病机 乙肝后肝硬化
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基于关联规则的老年人脂肪肝相关危险因素研究 被引量：7
9
作者 常琴雪 王肖萌 +6 位作者 王淳 王柯云 刘媛媛 李长平 孙继佳 崔壮 马骏 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第4期558-561,共4页
目的研究上海地区老年人健康体检数据,分析与老年人脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用。方法选取2017年上海某社区60岁及以上老年人体检的临床健康数据作为研究对象,脂肪肝影响因素的筛选先采用LASSO回归进行降维和消... 目的研究上海地区老年人健康体检数据,分析与老年人脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用。方法选取2017年上海某社区60岁及以上老年人体检的临床健康数据作为研究对象,脂肪肝影响因素的筛选先采用LASSO回归进行降维和消除变量之间的多重共线性,再采用逐步回归法构建logistic回归模型。关联规则建模并提取与脂肪肝患病相关的规则。结果在所有6252例研究对象中,病例组3345例,该社区老年人脂肪肝患病率为53.50%,为高患病率。性别、BMI、高脂血症、白蛋白、谷丙转氨酶、谷草转氨酶、平均红细胞体积、红细胞压积、尿素、平均血红蛋白含量、血小板、单核细胞数、血小板容积、肌酐、总胆固醇、葡萄糖含量、低密度脂蛋白、甘油三酯、尿酸为老年人患脂肪肝的独立影响因素。关联规则提示性别、BMI、高血压、低密度脂蛋白等变量关联在一起时,一定程度上增加脂肪肝发生的风险。结论分析与脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用,能够为脂肪肝的早期预防与控制提供信息参考,从而更好地预防脂肪肝的发生。 展开更多
关键词 机器学习 脂肪肝 LASSO回归 LOGISTIC回归 关联规则
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基于系统药理学方法的苓桂术甘汤治疗NAFLD的关键成分挖掘及协同机制分析 被引量：3
10
作者 高珊珊 侯立新 +2 位作者 仇勤 孙继佳 苟小军 《中国医院药学杂志》 CAS 北大核心 2021年第23期2456-2463,共8页
目的:从系统药理学视角结合计算方法,深入解析中药复方苓桂术甘汤(LZD)中的主要有效活性成分对非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制及其协同性。方法:应用TCMSP数据库以及PubChem中检索出LZD的... 目的:从系统药理学视角结合计算方法,深入解析中药复方苓桂术甘汤(LZD)中的主要有效活性成分对非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制及其协同性。方法:应用TCMSP数据库以及PubChem中检索出LZD的主要化学成分,使用ACD/Labs软件对LZD主要化学成分进行ADMET筛选;从GeneCards、OMIM、DisGeNET等数据库收集NAFLD相关的作用靶点,运用SEA、HitPick靶点预测系统依次检索各活性成分的潜在作用靶点,通过取两者交集获得LZD治疗NAFLD的潜在作用靶点集,同时,提出利用最小集合覆盖算法(SCP)优化出LZD治疗NAFLD的关键成分集;进一步利用STRING数据库获得LZD潜在作用靶点的PPI网络,通过基于网络距离的计算方法发现LZD关键成分之间的协同治疗作用;最后,利用DAVID平台进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。结果:通过ADMET筛选、靶点预测与识别,筛选出LZD中主要活性成分116个及其作用的78个潜在NAFLD靶点;利用SCP算法优化出LZD中的22个关键成分;对基于STRING构建的PPI网络分析,发现2个核心子模块,同时利用网络扰动计算方法,发现LZD中22个关键成分中有14个成分之间存在协同治疗作用;KEGG通路富集分析,显示LZD主要通过25条相关信号通路,主要涉及:乙型肝炎(hepatitis B)、TNF、丙型肝炎(hepatitis C)、HIF-1等;最后,分子对接验证显示,LZD中的Quercetin、2-methoxyphenylacetone、cinnamic acid、methyl cinnamate、dimethyl phthalate、diethyl phthalate等有效成分与AKT1、CXCL8、JUN、MAPK8、TNF等5个重要靶点均具有较好的结合力。结论:本研究初步揭示了LZD的药效物质基础,探讨了LZD的药理作用机制,为LZD的临床应用以及实验研究提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 苓桂术甘汤 系统药理学 最小集合覆盖算法 PPI网络 GO功能注释 KEGG通路富集分析 分子对接
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