心血管疾病(cardiovascuar diseases,CVDs)的死亡率位居首位,严重威胁人类健康。沉默信息调节因子5(silent information regulator 5,SIRT5)作为一个新型的去酰基化修饰酶,广泛分布于心肌细胞、血管平滑肌细胞、内皮细胞等心血管细胞中...心血管疾病(cardiovascuar diseases,CVDs)的死亡率位居首位,严重威胁人类健康。沉默信息调节因子5(silent information regulator 5,SIRT5)作为一个新型的去酰基化修饰酶,广泛分布于心肌细胞、血管平滑肌细胞、内皮细胞等心血管细胞中,可通过脱乙酰化、脱琥珀酰化和脱丙二酰化而在多种CVDs中发挥重要作用。该文将从能量代谢、调控炎症反应和氧化应激等方面讨论SIRT5的病理生理学机制,以及SIRT5在心肌梗塞、心肌肥大、心律失常、动脉粥样硬化和心力衰竭等CVDs中所扮演的角色,并且总结了目前SIRT5相关抑制剂和激动剂的研究进展,从而为靶向SIRT5提供防治CVDs的策略。展开更多
目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型...目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。展开更多
文摘心血管疾病(cardiovascuar diseases,CVDs)的死亡率位居首位,严重威胁人类健康。沉默信息调节因子5(silent information regulator 5,SIRT5)作为一个新型的去酰基化修饰酶,广泛分布于心肌细胞、血管平滑肌细胞、内皮细胞等心血管细胞中,可通过脱乙酰化、脱琥珀酰化和脱丙二酰化而在多种CVDs中发挥重要作用。该文将从能量代谢、调控炎症反应和氧化应激等方面讨论SIRT5的病理生理学机制,以及SIRT5在心肌梗塞、心肌肥大、心律失常、动脉粥样硬化和心力衰竭等CVDs中所扮演的角色,并且总结了目前SIRT5相关抑制剂和激动剂的研究进展,从而为靶向SIRT5提供防治CVDs的策略。
文摘目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。
