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分子生态学方法在微生物肥料质量监测中的应用 被引量:4
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作者 李武 王凌华 +3 位作者 赵勇 张晓君 潘迎捷 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期53-58,共6页
应用PCR—DGGE技术对某微生物肥料的质量进行了跟踪监测,并结合分离培养和克隆文库分析对其菌种组成进行了检测。结果表明,同一生产批次3个不同包装样品的细菌和真菌DGGE(denaturing gradient gel eleetrophoresis)图谱相似性为80%... 应用PCR—DGGE技术对某微生物肥料的质量进行了跟踪监测,并结合分离培养和克隆文库分析对其菌种组成进行了检测。结果表明,同一生产批次3个不同包装样品的细菌和真菌DGGE(denaturing gradient gel eleetrophoresis)图谱相似性为80%-100%,3个不同生产批次之间DGGE图谱相似性为80%-88%,表明该微生物肥料的菌种组成的稳定性较好。但分离培养和克隆文库分析结果显示样品的菌种组成与产品标签说明之间存在较大差异。对于产品标注的6种微生物组成,只有Lactobacillus属的微生物可与之对应,其他检测到的Bacillus、Monascus、Brevibacillus、Psudomonas和Penicillium属的微生物并未包括在产品说明中。研究表明用分子生态学方法可以比较客观准确的对微生物肥料质量进行评估和峪测。 展开更多
关键词 微生物肥料 分离培养 DGGE(变性梯度凝胶电泳) 克隆文库分析
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用PCR指纹图技术分析焦化废水接触氧化池中悬浮污泥和生物膜的微生物种群组成 被引量:14
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作者 李亮 魏桂芳 +1 位作者 童耕雷 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2004年第1期8-9,12,共3页
目的 :应用分子生物学方法 ,以处理焦化工业废水 (A2 /O生物膜工艺 )中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象 ,分析不同环境微生物群落的组成差异。方法 :首先提取群落的总DNA ,获得ERIC PCR和LP RAPD指纹图谱并进行对比分析 ,... 目的 :应用分子生物学方法 ,以处理焦化工业废水 (A2 /O生物膜工艺 )中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象 ,分析不同环境微生物群落的组成差异。方法 :首先提取群落的总DNA ,获得ERIC PCR和LP RAPD指纹图谱并进行对比分析 ,然后结合群落探针杂交的技术 ,检查同样迁移率的条带的序列同源性 ,运用UVIBAND/MAP软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数 ,从而可以得到群落差异的量化结果。结果 :焦化废水接触氧化池中 ,悬浮污泥和生物膜的微生物群落组成存在相当大的差异。结论 :通过这种差异的比较分析 ,有可能让我们更准确地了解氧化池中微生物的群落组成情况 。 展开更多
关键词 分子生物学 焦化工业废水 悬浮污泥 生物膜 微生物群落 PCR指纹图技术
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PCR指纹图谱技术分析人体口腔内微生物菌群结构 被引量:3
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作者 张昕 李卓玉 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2006年第6期433-435,共3页
目的 应用PCR-DGGE指纹图谱技术对人体口腔微生物菌群结构进行系统性研究.方法 对1例健康人唾液周期性采集的样品和8例健康人个体的唾液与牙菌斑采集的样品,进行微生物群落总DNA的抽提.以此为模板扩增16S rRNA V3可变区,产物经DGGE指纹... 目的 应用PCR-DGGE指纹图谱技术对人体口腔微生物菌群结构进行系统性研究.方法 对1例健康人唾液周期性采集的样品和8例健康人个体的唾液与牙菌斑采集的样品,进行微生物群落总DNA的抽提.以此为模板扩增16S rRNA V3可变区,产物经DGGE指纹图谱分析其组成结构,并运用UVIBAND/MAP等软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数.结果 同一健康人个体不同采样时间的唾液菌群结构相似性系数>74%,通过对不同健康个体口腔样本的研究,发现同一个体的唾液与牙菌斑菌群结构存在差异(84%~95%).结论 同一健康个体其唾液微生物菌群在一定时间内基本稳定,仅有微小的变化;唾液与同个体牙菌斑的微生物组成虽然存在差异,但这种差异要明显小于个体间的差异. 展开更多
关键词 口腔微生物 唾液 牙菌斑 16S RRNA 变性梯度凝胶电泳
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应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落 被引量:2
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作者 洪纬 魏桂芳 +2 位作者 庞小燕 王凌华 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期19-22,共4页
目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19~29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌... 目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19~29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%~95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。 展开更多
关键词 菌斑 下颌 牙周 PCR 成年 温度梯度凝胶电泳 TGGE 微生物群落 16SrDNA 相似性系数
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ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构 被引量:37
5
作者 鲁海峰 魏桂芳 +6 位作者 李仲逵 李红 王爱善 顾建萍 金会宇 孙强 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第2期81-84,共4页
目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得... 目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果 除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态) ,其他各DNA样品的ERIC- PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85 %~10 0 % ;佳斯及川川(大熊猫) 2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93%和87% ,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71%。结论 大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。 展开更多
关键词 大熊猫 群结构 SOUTHERN杂交 技术分析 分子杂交 肠道菌 ERIC-PCR 微生物群落结构 DNA提取方法 肠道微生物区系 指纹图谱 DNA样品 群落结构特征 野生动物园 相似性指数 生态学技术 区系结构 健康状况 总DNA 结构比较 不同时期
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从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究
6
作者 魏桂芳 张宇镭 +1 位作者 刘惠莉 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第4期249-251,253,共4页
目的感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不... 目的感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离,直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和NestedPCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术,提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。 展开更多
关键词 冠状病毒 通用引物 TiaqMan探针
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无苯酚培养基分离到的降酚菌多样性的分子分析 被引量:4
7
作者 熊顺子 张学礼 +4 位作者 陈慕云 诸晖 冯玉 周志华 赵立平 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期99-103,共5页
用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多... 用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多组分苯酚羟化酶大亚基(thelargestsubunitofthemulticomponentphenolhydroxylase,LmPH)基因的PCR扩增及16SrRNA基因测序的方法对这些降酚菌株进行表征.通过ARDRA分型,将这24株降酚菌株分为8个类型;利用ERICPCR可以将这24个菌株分为17种类型,说明同一ARDRA类型内菌株具有多样性.对17个ERIC类型代表菌株的16SrDNA扩增产物进行克隆并测序,测序结果在GenBank和RDP中进行比对.结果表明,与这17个代表菌株同源性最高的菌中,有6株是未见报道具有降酚功能的菌株.在这24株降酚菌中,有19株在苯酚含量为200mg/L的MP培养基中培养5d,苯酚降解率为20%左右,其余5株苯酚降解率达到100%,且均属于Rhodococcus属.本研究在降酚菌生物多样性上作了有益的探索. 展开更多
关键词 ERIC—PCR LmPH 16S rDNA 悬浮污泥 降酚菌
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粪便样品中大肠杆菌多态性分子研究 被引量:10
8
作者 张美玲 周志华 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期5-9,共5页
以粪便样品中分离到的大肠杆菌为研究对象,比较了3种不同方法在分离鉴定大肠杆菌过程中的应用。首先,通过传统方法从粪便样品中分离,筛选和确定了一批大肠杆菌疑似菌株,再用现代分子生物学方法对待鉴定的大肠杆菌疑似菌株,已知大肠杆菌M... 以粪便样品中分离到的大肠杆菌为研究对象,比较了3种不同方法在分离鉴定大肠杆菌过程中的应用。首先,通过传统方法从粪便样品中分离,筛选和确定了一批大肠杆菌疑似菌株,再用现代分子生物学方法对待鉴定的大肠杆菌疑似菌株,已知大肠杆菌MG1655以及几种其它细菌进行ARDRA(AmplifiedRibosomalDNARestrictionAnalysis)分析,最后利用ERIC-PCR技术在个体水平上分析菌株的多样性。结果表明,所有由传统方法确定的大肠杆菌疑似菌株和MG1655都属于同一ARDRA型,并与其它细菌的ARDRA条码型不同。这说明ARDRA分析得到的结果与传统分析方法的结果吻合,利用ARDRA分析可以区分大肠杆菌和其它肠道细菌。但是在本实验中ARDRA分析不能反映大肠杆菌中不同菌株之间的多样性,ERIC-PCR则可以区分它们。 展开更多
关键词 大肠杆菌 ARDRA ERIC—PCR 多态性
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仔猪粪样中大肠杆菌肠毒素基因的检测
9
作者 孙磊 赵立平 《动物医学进展》 CSCD 2003年第6期89-91,共3页
本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片... 本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片段 ,与 Gen Bank中大肠杆菌热稳定性肠毒素基因 STb 1 0 0 %同源。通过 South-ern blot,STb基因也能够被特异、准确、灵敏地检测出来。本实验直接检测仔猪粪样 DNA中的肠毒素基因的片段 ,为致病性大肠杆菌的检测提供了一种更快捷的方法。 展开更多
关键词 仔猪 粪样 大肠杆菌 肠毒素 基因检测
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健康儿童与发育不佳儿童肠道菌群结构的比较研究 被引量:7
10
作者 张美玲 魏桂芳 +1 位作者 郭美蕻 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第3期161-163,共3页
目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4~6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3... 目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4~6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3周跟踪取样,提取粪便样品中细菌总DNA,获得其ERIC-PCR指纹图谱,再将其中一个样品的ERIC-PCR产物作为混合探针通过杂交对指纹图谱上DNA条带序列的异同进一步比较。结果同一个体的肠道菌群结构在取样期间稳定性较好;虽然健康儿童间的肠道菌群结构也有一定差异,但它们却有着共同的结构特征;而健康儿童与FTT儿童的肠道菌群结构差异较大。结论儿童发育状况与肠道菌群结构有一定的关系。 展开更多
关键词 健康儿童 群结构 比较研究 ERIC-PCR 疾病预防控制中心 指纹图谱 微生物区系 PCR产物 评价指标 生长发育 总DNA 结构特征 结构差异 肠道菌群 发育状况 FTT 幼儿园 稳定性 异同 取样 样品 细菌 探针
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健康儿童与轮状病毒感染儿童肠道菌群结构的比较研究 被引量:6
11
作者 张美玲 杜惠敏 +3 位作者 郭美蕻 陈俊仪 庞小燕 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2006年第3期164-166,共3页
目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增... 目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16S rRNA基因,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况。结果轮状病毒感染个体与健康个体相比,肠道菌群中GC含量较低的菌明显减少,同时肠道菌群有宿主专一性。结论轮状病毒感染会导致儿童肠道内菌群结构失调。 展开更多
关键词 轮状病毒 ERIC-PCR PCR—TGGE 肠道菌群
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二甲肼诱发大鼠大肠癌癌前病变模型的肠道双歧杆菌数量研究 被引量:3
12
作者 魏华 张昕 +6 位作者 张晨虹 王婷婷 董立 吴大正 张梦晖 庞小燕 赵立平 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 2007年第20期1524-1526,共3页
目的:探讨二甲肼(DMH)诱发的大肠癌癌前病变模型大鼠的肠道内双歧杆菌数量与大肠癌癌前病变的关系。方法:应用双歧杆菌属特异性引物实时定量PCR,对实验第3与第9周8只模型组大鼠以及同年龄的7只正常对照组大鼠肠道中的双歧杆菌数量进行... 目的:探讨二甲肼(DMH)诱发的大肠癌癌前病变模型大鼠的肠道内双歧杆菌数量与大肠癌癌前病变的关系。方法:应用双歧杆菌属特异性引物实时定量PCR,对实验第3与第9周8只模型组大鼠以及同年龄的7只正常对照组大鼠肠道中的双歧杆菌数量进行检测。结果:第9周的正常对照组大鼠未见明显异常隐窝灶(aberrant crypts foci,ACF),同年龄的模型组平均每只大鼠大肠可形成(37.7±2.6)个ACF。第3周正常对照组与同年龄的模型组大鼠肠道双歧杆菌数量差异无统计学意义,P=0.652;第9周模型组大鼠肠道双歧杆菌数量低于同年龄的正常对照组,但差异无统计学意义,P=0.090。结论:肠道内双歧杆菌的数量与大鼠大肠癌癌前病变没有明显相关性。 展开更多
关键词 二甲基肼类/副作用 结直肠肿瘤/遗传学 疾病模型 动物 抗肿瘤药/药理学
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ICR小鼠肠道中乳酸菌组成的克隆文库研究 被引量:2
13
作者 孙立国 魏华 +1 位作者 庞小燕 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2008年第4期332-334,共3页
目的对健康雄性ICR小鼠肠道内乳酸菌的组成结构进行研究。方法收集10只健康雄性ICR小鼠的新鲜粪便样品,提取粪便样品中微生物的总DNA,采用乳酸菌类群特异性引物(Lac1)和细菌通用性引物(1391r)的组合扩增16SrRNA基因并构建乳酸菌特异性... 目的对健康雄性ICR小鼠肠道内乳酸菌的组成结构进行研究。方法收集10只健康雄性ICR小鼠的新鲜粪便样品,提取粪便样品中微生物的总DNA,采用乳酸菌类群特异性引物(Lac1)和细菌通用性引物(1391r)的组合扩增16SrRNA基因并构建乳酸菌特异性克隆文库,研究小鼠肠道内各种乳酸菌的组成和比例。结果克隆文库的分析结果表明罗伊乳杆菌(Lactobacillus reuteri)和约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)为ICR小鼠肠道内的优势种,其他还包括鼠乳杆菌(Lactobacillus murinus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、肠乳杆菌(Lacto-bacillus intestinalis)等乳酸菌以及一个潜在的乳酸菌新种。结论健康ICR小鼠肠道内乳酸菌的多样性较高;L.re-uteri种可能具有较高的菌株水平多样性。 展开更多
关键词 乳酸菌 克隆文库 ICR小鼠
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基于双核酸频率分布特征的细菌亲缘关系定量分析 被引量:1
14
作者 张宇镭 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2006年第4期261-263,共3页
目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是... 目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是相近的物种,Pearson相关系数越大,PCC距离越小。结论该方法对细菌亲缘关系的定量描述做了有益的探索。 展开更多
关键词 Pearson相关性系数 双核酸频率特征向量 基因组特征
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一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法 被引量:1
15
作者 李武 王凌华 +3 位作者 张晓君 庞小燕 赵立平 赵勇 《中国乳业》 2005年第9期44-47,共4页
分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDN... 分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDNAV3区PCR-DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法,结合常规分离培养方法,对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示,所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带,显示其微生物组成比较稳定,割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致,分别为Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.bulgaricus(保加利亚乳杆菌)和Streptococcusthermophilus(嗜热链球菌)。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级,二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价,建立了DGGE评价方法,结果表明,该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。 展开更多
关键词 酸奶 DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis 变性梯度凝胶电泳)指纹图谱 分离培养 质量控制 跟踪监测 LACTOBACILLUS 指纹图谱技术
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膳食诱导肥胖大鼠模型的肠道菌群结构及其特异分子标识物 被引量:2
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作者 张翼 张晨虹 +5 位作者 申剑 李后开 倪艳 张晓君 赵立平 庞小燕 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2009年第4期318-322,326,共6页
目的通过对膳食诱导肥胖(Diet Induced Obesity,DIO)大鼠与健康对照组大鼠的肠道菌群结构的分析比较,寻找造成2组大鼠菌群结构差异的分子标识物,探讨肠道菌群的组成和结构与宿主肥胖之间的关系。方法ERIC-PCR结合Southern-blot得到肠道... 目的通过对膳食诱导肥胖(Diet Induced Obesity,DIO)大鼠与健康对照组大鼠的肠道菌群结构的分析比较,寻找造成2组大鼠菌群结构差异的分子标识物,探讨肠道菌群的组成和结构与宿主肥胖之间的关系。方法ERIC-PCR结合Southern-blot得到肠道菌群基因组指纹图谱,利用Southern-blot与多元统计方法(PCA、PLS等)找出差异条带,回收差异条带进行测序,根据序列设计特异性引物,以定量PCR法对结果进行验证。结果ERIC-PCR图谱表明膳食诱导肥胖大鼠在肠道菌群结构上与正常大鼠存在着较大的区别;根据杂交结果找到一段基因组DNA片段为膳食诱导肥胖大鼠组所特有,定量分析表明该DNA片段在2组大鼠间区别明显。结论膳食诱导肥胖大鼠所特有的一段基因组DNA片段可作为肥胖大鼠肠道的特征分子标识物,该标识物有望用于膳食诱导肥胖的机制研究中。 展开更多
关键词 肥胖 高脂膳食 ERIC-PCR 肠道菌群 大鼠
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T-RFLP技术在人肠道柔嫩梭菌类群的组成分析中的应用 被引量:3
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作者 柳欣源 申剑 +3 位作者 王婷婷 李旻 赵立平 庞小燕 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2009年第8期696-700,共5页
目的建立能快速筛查和比较大规模人群肠道中柔嫩梭菌类群组成结构的T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)。方法采用T-RFLP技术特异性地分析柔嫩梭菌类群的组成,考察该方法的重复性和灵敏度。用该方法对15个志愿者肠道中的柔嫩梭菌类群进... 目的建立能快速筛查和比较大规模人群肠道中柔嫩梭菌类群组成结构的T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)。方法采用T-RFLP技术特异性地分析柔嫩梭菌类群的组成,考察该方法的重复性和灵敏度。用该方法对15个志愿者肠道中的柔嫩梭菌类群进行分析,并与DGGE方法分析的结果进行对比。结果T-RFLP方法重复性高,最低能检测到群落中1%的细菌,其结果与DGGE的分析结果具有较好的一致性。结论本研究建立的柔嫩梭菌类群特异性的T-RFLP方法能够对大量肠道样品中柔嫩梭菌类群的结构进行快速、有效的筛查和比较。 展开更多
关键词 T-RFLP 柔嫩梭菌类群 多样性
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CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用 被引量:10
18
作者 华蔚颖 徐昭 +3 位作者 张梦晖 李旻 张晨虹 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2010年第4期312-316,共5页
目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群... 目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析。结果通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致。结论CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析。 展开更多
关键词 CVTree 454高通量测序 菌群结构
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造血干细胞移植术对肠道菌群结构的影响
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作者 刘嘉颀 董陆佳 赵宇峰 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2011年第8期699-702,705,共5页
目的监测造血干细胞移植术(Hematopoietic stem cell transplantation,HSCT)前后肠道菌群结构的动态变化。方法收集3例造血干细胞移植患者手术前后8个时间点的粪便样品,提取样品总DNA进行16S rRNA基因的V3区的bar coded 454焦磷酸测序,... 目的监测造血干细胞移植术(Hematopoietic stem cell transplantation,HSCT)前后肠道菌群结构的动态变化。方法收集3例造血干细胞移植患者手术前后8个时间点的粪便样品,提取样品总DNA进行16S rRNA基因的V3区的bar coded 454焦磷酸测序,并用MANOVA、聚类分析、Pearson相关等统计方法对菌群结构的变化进行动态分析。结果 HSCT移植前,经过放、化疗及预防性抗生素治疗,患者的肠道菌群结构和组成发生显著的改变,多样性明显减少;移植4周后,菌群多样性有恢复的趋势,但菌群结构和组成与治疗前仍有明显的差异。整个HSCT过程中,Escherichia/Shigella及Enterococcus属变成肠道中最优势的细菌类群。结论肠道菌群结构在HSCT术前已发生显著的改变,机会致病菌Escherichia/Shigella及Enterococcus属成为HSCT患者肠道中最优势的细菌类群。 展开更多
关键词 造血干细胞移植 454高通量测序 肠道菌群 菌群失调
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