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分子生态学方法在微生物肥料质量监测中的应用 被引量:4
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作者 李武 王凌华 +3 位作者 赵勇 张晓君 潘迎捷 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期53-58,共6页
应用PCR—DGGE技术对某微生物肥料的质量进行了跟踪监测,并结合分离培养和克隆文库分析对其菌种组成进行了检测。结果表明,同一生产批次3个不同包装样品的细菌和真菌DGGE(denaturing gradient gel eleetrophoresis)图谱相似性为80%... 应用PCR—DGGE技术对某微生物肥料的质量进行了跟踪监测,并结合分离培养和克隆文库分析对其菌种组成进行了检测。结果表明,同一生产批次3个不同包装样品的细菌和真菌DGGE(denaturing gradient gel eleetrophoresis)图谱相似性为80%-100%,3个不同生产批次之间DGGE图谱相似性为80%-88%,表明该微生物肥料的菌种组成的稳定性较好。但分离培养和克隆文库分析结果显示样品的菌种组成与产品标签说明之间存在较大差异。对于产品标注的6种微生物组成,只有Lactobacillus属的微生物可与之对应,其他检测到的Bacillus、Monascus、Brevibacillus、Psudomonas和Penicillium属的微生物并未包括在产品说明中。研究表明用分子生态学方法可以比较客观准确的对微生物肥料质量进行评估和峪测。 展开更多
关键词 微生物肥料 分离培养 DGGE(变性梯度凝胶电泳) 克隆文库分析
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用PCR指纹图技术分析焦化废水接触氧化池中悬浮污泥和生物膜的微生物种群组成 被引量:14
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作者 李亮 魏桂芳 +1 位作者 童耕雷 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2004年第1期8-9,12,共3页
目的 :应用分子生物学方法 ,以处理焦化工业废水 (A2 /O生物膜工艺 )中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象 ,分析不同环境微生物群落的组成差异。方法 :首先提取群落的总DNA ,获得ERIC PCR和LP RAPD指纹图谱并进行对比分析 ,... 目的 :应用分子生物学方法 ,以处理焦化工业废水 (A2 /O生物膜工艺 )中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象 ,分析不同环境微生物群落的组成差异。方法 :首先提取群落的总DNA ,获得ERIC PCR和LP RAPD指纹图谱并进行对比分析 ,然后结合群落探针杂交的技术 ,检查同样迁移率的条带的序列同源性 ,运用UVIBAND/MAP软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数 ,从而可以得到群落差异的量化结果。结果 :焦化废水接触氧化池中 ,悬浮污泥和生物膜的微生物群落组成存在相当大的差异。结论 :通过这种差异的比较分析 ,有可能让我们更准确地了解氧化池中微生物的群落组成情况 。 展开更多
关键词 分子生物学 焦化工业废水 悬浮污泥 生物膜 微生物群落 PCR指纹图技术
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PCR指纹图谱技术分析人体口腔内微生物菌群结构 被引量:3
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作者 张昕 李卓玉 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2006年第6期433-435,共3页
目的 应用PCR-DGGE指纹图谱技术对人体口腔微生物菌群结构进行系统性研究.方法 对1例健康人唾液周期性采集的样品和8例健康人个体的唾液与牙菌斑采集的样品,进行微生物群落总DNA的抽提.以此为模板扩增16S rRNA V3可变区,产物经DGGE指纹... 目的 应用PCR-DGGE指纹图谱技术对人体口腔微生物菌群结构进行系统性研究.方法 对1例健康人唾液周期性采集的样品和8例健康人个体的唾液与牙菌斑采集的样品,进行微生物群落总DNA的抽提.以此为模板扩增16S rRNA V3可变区,产物经DGGE指纹图谱分析其组成结构,并运用UVIBAND/MAP等软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数.结果 同一健康人个体不同采样时间的唾液菌群结构相似性系数>74%,通过对不同健康个体口腔样本的研究,发现同一个体的唾液与牙菌斑菌群结构存在差异(84%~95%).结论 同一健康个体其唾液微生物菌群在一定时间内基本稳定,仅有微小的变化;唾液与同个体牙菌斑的微生物组成虽然存在差异,但这种差异要明显小于个体间的差异. 展开更多
关键词 口腔微生物 唾液 牙菌斑 16S RRNA 变性梯度凝胶电泳
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土壤微生物在不同纤维素富集条件下的多样性 被引量:5
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作者 张晶 张晓君 +2 位作者 张梦晖 陈小云 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期1449-1453,共5页
应用PCR-DGGE分子技术并结合聚类分析、主成分分析(PCA)等统计分析方法,对土壤微生物在几种不同的纤维素富集培养条件下的多样性进行分析。结果发现,不同的纤维素富集培养条件对土壤微生物的多样性有不同程度的影响:CMC和PCS两种培养基... 应用PCR-DGGE分子技术并结合聚类分析、主成分分析(PCA)等统计分析方法,对土壤微生物在几种不同的纤维素富集培养条件下的多样性进行分析。结果发现,不同的纤维素富集培养条件对土壤微生物的多样性有不同程度的影响:CMC和PCS两种培养基在50℃时所回收的土壤微生物的菌群结构和组成比较相似;纤维素富集培养基(J培养基)同CMC两种培养基所回收的土壤微生物菌群结构和组成却有很大的差异;50℃条件下所回收的土壤微生物其菌群结构和组成同28℃、37℃两个温度相比也相差较大。这一结果表明,组合不同的纤维素富集培养条件,结合分子和统计分析,可以对土壤样品在不同纤维素富集培养条件下微生物的多样性进行检测和评估,同时还可以为分离目标菌时富集培养条件的选择提供很有价值的参考。 展开更多
关键词 土壤微生物 纤维素富集培养 DGGE 聚类分析 主成份分析(PCA)
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应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落 被引量:2
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作者 洪纬 魏桂芳 +2 位作者 庞小燕 王凌华 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期19-22,共4页
目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19~29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌... 目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19~29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%~95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。 展开更多
关键词 菌斑 下颌 牙周 PCR 成年 温度梯度凝胶电泳 TGGE 微生物群落 16SrDNA 相似性系数
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ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构 被引量:37
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作者 鲁海峰 魏桂芳 +6 位作者 李仲逵 李红 王爱善 顾建萍 金会宇 孙强 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第2期81-84,共4页
目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得... 目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果 除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态) ,其他各DNA样品的ERIC- PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85 %~10 0 % ;佳斯及川川(大熊猫) 2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93%和87% ,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71%。结论 大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。 展开更多
关键词 大熊猫 群结构 SOUTHERN杂交 技术分析 分子杂交 肠道菌 ERIC-PCR 微生物群落结构 DNA提取方法 肠道微生物区系 指纹图谱 DNA样品 群落结构特征 野生动物园 相似性指数 生态学技术 区系结构 健康状况 总DNA 结构比较 不同时期
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无苯酚培养基分离到的降酚菌多样性的分子分析 被引量:4
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作者 熊顺子 张学礼 +4 位作者 陈慕云 诸晖 冯玉 周志华 赵立平 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期99-103,共5页
用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多... 用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多组分苯酚羟化酶大亚基(thelargestsubunitofthemulticomponentphenolhydroxylase,LmPH)基因的PCR扩增及16SrRNA基因测序的方法对这些降酚菌株进行表征.通过ARDRA分型,将这24株降酚菌株分为8个类型;利用ERICPCR可以将这24个菌株分为17种类型,说明同一ARDRA类型内菌株具有多样性.对17个ERIC类型代表菌株的16SrDNA扩增产物进行克隆并测序,测序结果在GenBank和RDP中进行比对.结果表明,与这17个代表菌株同源性最高的菌中,有6株是未见报道具有降酚功能的菌株.在这24株降酚菌中,有19株在苯酚含量为200mg/L的MP培养基中培养5d,苯酚降解率为20%左右,其余5株苯酚降解率达到100%,且均属于Rhodococcus属.本研究在降酚菌生物多样性上作了有益的探索. 展开更多
关键词 ERIC—PCR LmPH 16S rDNA 悬浮污泥 降酚菌
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粪便样品中大肠杆菌多态性分子研究 被引量:10
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作者 张美玲 周志华 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期5-9,共5页
以粪便样品中分离到的大肠杆菌为研究对象,比较了3种不同方法在分离鉴定大肠杆菌过程中的应用。首先,通过传统方法从粪便样品中分离,筛选和确定了一批大肠杆菌疑似菌株,再用现代分子生物学方法对待鉴定的大肠杆菌疑似菌株,已知大肠杆菌M... 以粪便样品中分离到的大肠杆菌为研究对象,比较了3种不同方法在分离鉴定大肠杆菌过程中的应用。首先,通过传统方法从粪便样品中分离,筛选和确定了一批大肠杆菌疑似菌株,再用现代分子生物学方法对待鉴定的大肠杆菌疑似菌株,已知大肠杆菌MG1655以及几种其它细菌进行ARDRA(AmplifiedRibosomalDNARestrictionAnalysis)分析,最后利用ERIC-PCR技术在个体水平上分析菌株的多样性。结果表明,所有由传统方法确定的大肠杆菌疑似菌株和MG1655都属于同一ARDRA型,并与其它细菌的ARDRA条码型不同。这说明ARDRA分析得到的结果与传统分析方法的结果吻合,利用ARDRA分析可以区分大肠杆菌和其它肠道细菌。但是在本实验中ARDRA分析不能反映大肠杆菌中不同菌株之间的多样性,ERIC-PCR则可以区分它们。 展开更多
关键词 大肠杆菌 ARDRA ERIC—PCR 多态性
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对降解喹啉的厌氧生物反应器中重要功能菌群的鉴定 被引量:4
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作者 刘彬彬 张峰 +3 位作者 冯晓西 刘勇弟 张晓君 赵立平 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期1390-1395,共6页
通过把微生物区系组成的分子水平的动态变化情况与微生物群落的整体功能变化相关联,鉴定重要的功能类群是微生物分子生态学研究的一个重要的策略。应用分子生物学的方法,对一个实验室规模的用于降解喹啉的厌氧反应器生物膜样品的微生物... 通过把微生物区系组成的分子水平的动态变化情况与微生物群落的整体功能变化相关联,鉴定重要的功能类群是微生物分子生态学研究的一个重要的策略。应用分子生物学的方法,对一个实验室规模的用于降解喹啉的厌氧反应器生物膜样品的微生物区系组成变化进行解析,找出可能的主要功能菌。通过DGGE对反应器的种子污泥和运行稳定的厌氧生物膜反应器的微生物区系组成进行了对比分析,并对主要的优势条带进行了分子鉴定。同时对以上两个样品构建16SrDNA克隆文库,通过统计学分析对克隆文库的有效性进行验证,并对文库进行测序分析。DGGE条带及克隆文库的序列分析均表明,在驯化过程中,GammaProteobacteria亚纲与Desulfobacterpostgatei种的微生物显著增加,这种动态变化表明这些细菌可能是在厌氧条件下对喹啉的降解起关键作用的微生物。 展开更多
关键词 生物膜 厌氧反应器 DGGE 16S rDNA克隆文库
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仔猪粪样中大肠杆菌肠毒素基因的检测
10
作者 孙磊 赵立平 《动物医学进展》 CSCD 2003年第6期89-91,共3页
本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片... 本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片段 ,与 Gen Bank中大肠杆菌热稳定性肠毒素基因 STb 1 0 0 %同源。通过 South-ern blot,STb基因也能够被特异、准确、灵敏地检测出来。本实验直接检测仔猪粪样 DNA中的肠毒素基因的片段 ,为致病性大肠杆菌的检测提供了一种更快捷的方法。 展开更多
关键词 仔猪 粪样 大肠杆菌 肠毒素 基因检测
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健康儿童与发育不佳儿童肠道菌群结构的比较研究 被引量:7
11
作者 张美玲 魏桂芳 +1 位作者 郭美蕻 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第3期161-163,共3页
目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4~6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3... 目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4~6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3周跟踪取样,提取粪便样品中细菌总DNA,获得其ERIC-PCR指纹图谱,再将其中一个样品的ERIC-PCR产物作为混合探针通过杂交对指纹图谱上DNA条带序列的异同进一步比较。结果同一个体的肠道菌群结构在取样期间稳定性较好;虽然健康儿童间的肠道菌群结构也有一定差异,但它们却有着共同的结构特征;而健康儿童与FTT儿童的肠道菌群结构差异较大。结论儿童发育状况与肠道菌群结构有一定的关系。 展开更多
关键词 健康儿童 群结构 比较研究 ERIC-PCR 疾病预防控制中心 指纹图谱 微生物区系 PCR产物 评价指标 生长发育 总DNA 结构特征 结构差异 肠道菌群 发育状况 FTT 幼儿园 稳定性 异同 取样 样品 细菌 探针
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健康儿童与轮状病毒感染儿童肠道菌群结构的比较研究 被引量:6
12
作者 张美玲 杜惠敏 +3 位作者 郭美蕻 陈俊仪 庞小燕 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2006年第3期164-166,共3页
目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增... 目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16S rRNA基因,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况。结果轮状病毒感染个体与健康个体相比,肠道菌群中GC含量较低的菌明显减少,同时肠道菌群有宿主专一性。结论轮状病毒感染会导致儿童肠道内菌群结构失调。 展开更多
关键词 轮状病毒 ERIC-PCR PCR—TGGE 肠道菌群
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一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法 被引量:1
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作者 李武 王凌华 +3 位作者 张晓君 庞小燕 赵立平 赵勇 《中国乳业》 2005年第9期44-47,共4页
分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDN... 分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDNAV3区PCR-DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法,结合常规分离培养方法,对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示,所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带,显示其微生物组成比较稳定,割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致,分别为Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.bulgaricus(保加利亚乳杆菌)和Streptococcusthermophilus(嗜热链球菌)。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级,二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价,建立了DGGE评价方法,结果表明,该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。 展开更多
关键词 酸奶 DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis 变性梯度凝胶电泳)指纹图谱 分离培养 质量控制 跟踪监测 LACTOBACILLUS 指纹图谱技术
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