老年血液病患者压力性损伤(压疮)的预防及护理进展

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作者 陈芜敏 《生命科学仪器》 2023年第S01期244-244,共1页

本文首先从内外两个方面分析老年血液病患者压力性损伤产生的原因,然后分别阐述压力性损伤的流行病学、分期、评估,最后从减轻局部压力、加强皮肤检查、提高患者活动频率、加强失禁护理、加强营养护理等方面阐述老年血液病患者压力性损... 本文首先从内外两个方面分析老年血液病患者压力性损伤产生的原因,然后分别阐述压力性损伤的流行病学、分期、评估,最后从减轻局部压力、加强皮肤检查、提高患者活动频率、加强失禁护理、加强营养护理等方面阐述老年血液病患者压力性损伤的预防措施,从加强溃疡创面清洗消毒、保持溃疡创面湿润、生长因子凝胶、负压封闭引流技术、其他创面护理技术等方面阐述老年血液病患者压力性损伤的护理措施。 展开更多

关键词 老年血液病患者 压力性损伤 预防护理

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基于加权基因共表达网络分析筛选肝细胞癌预后相关生物标志物及潜在治疗药物

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作者 张昊军 李泓毅 +4 位作者 智鹏 张钧栋 王紫宁 于琦 卢学春 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2024年第1期40-47,共8页

目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨HCC可能的发病机制,并预测对HCC具有潜在治疗作用的候选药物。方法 下载TCGA数据库和GEO数据库中HCC的转录组数据及其临床记录信息。分别对其基因表... 目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨HCC可能的发病机制,并预测对HCC具有潜在治疗作用的候选药物。方法 下载TCGA数据库和GEO数据库中HCC的转录组数据及其临床记录信息。分别对其基因表达谱数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和差异表达基因分析,选取两个数据集中与疾病正相关性最高的模块基因与差异表达基因取交集作为关键基因。利用GO和KEGG对关键基因进行功能富集分析。利用STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape软件对关键基因进行相关性分析,筛选核心基因。使用R语言程序包K-M进行生存分析明确核心基因与HCC患者预后关系。利用在线数据库DGIdb、DREMIT联合进行HCC潜在治疗药物的筛选,依据药物靶点匹配数量、优选得分、特异性得分对预测结果进行排序,选择排名靠前的药物作为可能的候选治疗药物。结果 最终共得到64个关键基因,主要富集于细胞周期与分裂、DNA复制和损伤修复、病毒感染、P53信号通路等。PPI分析发现,CDC20、KIF2C、CCNB2、KIF20A、CCNA2、TOP2A、UBE2C、NUSAP1、AURKA和TRX2为核心基因。K-M生存分析显示,CDC20、KIF20A、CCNA2、TOP2A与HCC的预后显著相关。DGIdb、DREMI联合筛选对HCC有潜在疗效的候选药物,其中索拉非尼、多维替尼、氟尿嘧啶、米托蒽醌等在DGIdb、DREMI中皆排名靠前。结论 CDC20、KIF20A、CCNA2、TOP2A可能是HCC预后的潜在生物标志物,但仍需进一步临床研究加以验证。HCC的发生发展可能与病毒感染、细胞周期与分裂,DNA复制和损伤修复、P53信号通路有关。索拉非尼、多韦替尼、氟尿嘧啶、米托蒽醌等可能作为HCC治疗的潜在临床候选药物。 展开更多

关键词 肝细胞癌 加权基因共表达网络分析 分子机制 生物标志物 药物预测

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多发性骨髓瘤铁死亡相关组学分析及预后模型的建立 被引量：1

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作者 王紫宁 陈浩然 +1 位作者 张钧栋 卢学春 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期411-419,共9页

目的:通过TCGA及FerrDb数据库探讨铁死亡相关基因在多发性骨髓瘤(MM)中的作用,并构建MM相关铁死亡基因预后模型。方法:利用包含764例MM患者临床信息及基因表达谱数据的TCGA数据库与包括铁死亡相关基因的FerrDb数据库,通过wilcox.test函... 目的:通过TCGA及FerrDb数据库探讨铁死亡相关基因在多发性骨髓瘤(MM)中的作用,并构建MM相关铁死亡基因预后模型。方法:利用包含764例MM患者临床信息及基因表达谱数据的TCGA数据库与包括铁死亡相关基因的FerrDb数据库,通过wilcox.test函数筛选其中的差异表达铁死亡相关基因。应用Lasso回归建立铁死亡相关基因预后模型,并绘制Kaplan-Meier生存曲线。使用COX回归分析筛选独立预后因素。筛选不同风险患者组间的差异基因,并通过富集分析探究MM铁死亡与预后相关的组学机制。结果:通过对764例MM患者骨髓样本及4例正常人骨髓样本进行差异分析,共筛选出铁死亡相关差异基因36个,其中上调基因12个,下调基因24个。使用Lasso回归筛选出6个预后相关基因(GCLM、GLS2、SLC7A11、AIFM2、ACO1、G6PD)并建立了MM铁死亡相关基因预后模型;Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,不同风险患者组间生存率具有显著统计学差异(P<0.01)。单因素COX回归分析结果显示,年龄、性别、ISS分期和风险评分与MM患者总生存期(OS)显著相关(P<0.05);多因素COX回归分析表明,年龄、ISS分期和风险评分是MM患者OS的独立预后指标(P<0.05)。GO与KEGG富集分析显示,铁死亡相关基因可能通过中性粒细胞的趋化与迁移、细胞因子活性及调控、细胞组分、抗原加工提呈、补体及凝血级联反应、造血祖细胞谱系等影响患者预后。结论:铁死亡相关基因在MM发病过程中变化显著,铁死亡相关基因预后模型可用于预测MM患者的生存情况,但铁死亡的潜在功能机制有待进一步临床研究证实。 展开更多

关键词 多发性骨髓瘤 铁死亡 预后模型

原文传递

基于代谢相关基因的多发性骨髓瘤预后模型的构建

4

作者 刘格良 陈熙勐 +6 位作者 张钧栋 陈浩然 王紫宁 智鹏 李卓阳 贺培凤 卢学春 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期162-169,共8页

目的:筛选多发性骨髓瘤(MM)患者代谢相关基因预后生物标志物,构建MM患者代谢基因生存预后模型。方法:检索MM患者相关的组学数据库。选择具有完整临床信息的病例和健康对照组数据进行分析。从HPA与MMRF数据库收集整理MM患者与健康对照骨... 目的:筛选多发性骨髓瘤(MM)患者代谢相关基因预后生物标志物,构建MM患者代谢基因生存预后模型。方法:检索MM患者相关的组学数据库。选择具有完整临床信息的病例和健康对照组数据进行分析。从HPA与MMRF数据库收集整理MM患者与健康对照骨髓组织二代测序数据与临床信息。利用Perl语言从分子签名数据库(MSig DB)提取代谢相关通路基因集。利用差异分析、单因素Cox风险回归分析和LASSO回归分析筛选MM代谢相关预后生物标志物并构建风险预后模型及列线图,利用风险曲线与生存曲线验证模型分组效果。利用基因集富集分析(GSEA)研究高、低风险组之间生物学通路富集的差异。利用多因素Cox风险回归分析验证风险评分的独立预后预测能力。结果:共筛选获取8个与MM患者生存预后显著相关的m RNA(P<0.01),作为分子标签可将MM患者分为高风险组与低风险组。生存曲线与风险曲线显示低风险组患者的总生存期显著优于高风险组(P<0.001)。GSEA富集分析表明,基础代谢相关通路、细胞分化和细胞周期等信号通路在高风险组中显著富集,核糖体与N-聚糖生物合成等相关通路则更多的在低风险组中富集。多因素Cox回归分析显示,由这8个代谢相关基因构成的风险评分可作为MM患者预后的独立危险因素,接收者操作特征曲线显示代谢相关基因分子标签预测效能最佳。结论:新陈代谢相关通路在MM患者发病及预后中具有重要意义,基于8个代谢相关核心基因构建的MM患者风险评估模型,其临床意义尚需进一步的临床研究加以证实。 展开更多

关键词 新陈代谢 风险预后模型 基因集富集分析 多发性骨髓瘤

原文传递

再生障碍性贫血患者RNA互作网络分析及潜在治疗药物预测

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作者 王紫宁 陈浩然 +3 位作者 张钧栋 李泓毅 张昊军 卢学春 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期166-173,共8页

目的探究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者骨髓T细胞差异表达的微小核糖核酸(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)基因,构建互作调控网络并筛选药物,随后评估其治疗方案疗效。方法在基因表达数据库检索并进行综合分析... 目的探究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者骨髓T细胞差异表达的微小核糖核酸(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)基因,构建互作调控网络并筛选药物,随后评估其治疗方案疗效。方法在基因表达数据库检索并进行综合分析,使用R语言对AA相关miRNA与mRNA进行差异表达分析,并通过miRNet预测差异表达miRNAs(DE-miRNAs)的靶向mRNAs,并与差异表达mRNAs(DE-mRNAs)进行比较与负相关配对,得到失调mRNAs,再对失调mRNAs进行功能基因注释(GO)分析与通路富集(KEGG)分析,构建AA的miRNA-mRNA互作调控网络。采用自主研发的表观精准治疗平台(EpiMed)进行潜在治疗药物预测,并将盐酸二甲双胍纳入新型联合治疗方案中,对入组的40例难治性AA进行临床疗效评估,评估主要指标包括血红蛋白、中性粒细胞绝对值、血小板计数及输血依赖等。结果差异分析最终获得26个DE-miRNA与168个靶向DE-mRNA,对其进行构建调控网络。GO和KEGG分析结果显示,AA相关失调mRNA可能参与T细胞分化、造血调控、物质代谢等过程,与病毒感染、细胞脂向分化、细胞凋亡以及物质代谢等信号通路相关。通过EpiMed预测得到环孢素A、吗替麦考酚酯、雷帕霉素、二甲双胍、维生素B、白藜芦醇等药物可能具有治疗AA的作用。研究共纳入难治性再生障碍性贫血患者40例,男17例,女23例,年龄14~83岁,治疗前后血红蛋白浓度、中性粒细胞绝对值计数、血小板计数分别为83.5 g/L vs.119.0 g/L、1.600×10^(9)/L vs.1.875×10^(9)/L、32.5×10^(9)/L vs.46.0×10^(9)/L,差异具有统计学意义(均P<0.05)。治疗后1、3、6、12个月分别有28例(70%)、28例(70%)、32例(80%)、35例(88%)患者获得血液学反应。结论本研究构建的T细胞miRNA-mRNA调控网络为研究AA提供了新的视角,临床研究初步验证含盐酸二甲双胍联合环孢素A方案治疗难治性AA安全有效,副作用可接受,为临床治疗再生障碍性贫血提供了新的方法。 展开更多

关键词 再生障碍性贫血 MIRNA mRNA 药物预测 疗效评估

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免疫衰老影响老年人重型新型冠状病毒肺炎发病机制的研究进展

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作者 侯传东 王紫宁 卢学春 《中华老年多器官疾病杂志》 2023年第12期943-946,共4页

免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS-CoV-2后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)。免疫衰老通过先天性免疫系统和适... 免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS-CoV-2后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)。免疫衰老通过先天性免疫系统和适应性免疫系统,改变免疫细胞数量、表型及功能,造成免疫系统功能障碍和炎症反应失衡,增加老年患者的死亡风险和预后不良事件。通过分析免疫衰老与重型COVID-19之间的关系,有助于发现老年重型COVID-19的有效治疗方法,改善老年患者的生存及预后。 展开更多

关键词 老年人 免疫衰老 新型冠状病毒肺炎

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老年起病的弥漫大B细胞淋巴瘤合并肺癌一例

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作者 钟亚迪 孙璐 +3 位作者 安云霞 杨波 卢学春 郭搏 《中华老年多器官疾病杂志》 2023年第7期538-539,共2页

1临床资料男性,83岁,2020年4月无明显症状,查体发现右肺下叶结节影,全身正电子发射断层显像-计算机断层摄影(positron emission tomography-computed tomography,PET-CT)检查发现右肺下叶基底段异常代谢灶(2.3 cm×0.9 cm,SUVmax=5.... 1临床资料男性,83岁,2020年4月无明显症状,查体发现右肺下叶结节影,全身正电子发射断层显像-计算机断层摄影(positron emission tomography-computed tomography,PET-CT)检查发现右肺下叶基底段异常代谢灶(2.3 cm×0.9 cm,SUVmax=5.08),肝顶部异常高代谢结节(1.6 cm×1.4 cm,SUVmax=7.45)。主要异常化验结果:乳酸脱氢酶为393 U/L,肿瘤标记物CA125为95 U/ml,其他未见异常。 展开更多

关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 第二肿瘤 肺癌

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急性髓系白血病铁死亡相关基因筛选及预后模型的建立

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作者 陈浩然 王紫宁 +8 位作者 耿杰 张钧栋 智鹏 张昊军 李泓毅 张力中 吴胜男 卢学春 贺培凤 《生物信息学》 2023年第2期128-137,共10页

基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型。整合TCGA数据库中151例AML患者和GTEx数据库中337例正常人外周血的临床和转录组数据。将... 基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型。整合TCGA数据库中151例AML患者和GTEx数据库中337例正常人外周血的临床和转录组数据。将Wilcoxon检验和单因素Cox分析结果取交集,筛选出预后相关差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs),使用Lasso回归建立基因标志物预后模型,利用受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC曲线)评价预测价值,Kaplan-Meier法进行生存分析,对AML患者临床数据进行单因素和多因素Cox回归分析,使用差异基因表达分析等方法比较高、低风险患者间的组学差异,最后,利用BeatAML数据库对基因标志物进行验证。将差异基因表达分析和单因素分析结果取交集,得到13个预后相关DEGs。构建了8个基因标志物的预后评分模型,并将患者分为高、低风险两组;ROC曲线分析证实了模型良好的预测性能;生存分析提示高、低风险组患者的生存率具有显著差异;单因素分析显示年龄和风险评分与患者整体生存显著相关,多因素分析显示,年龄和风险评分是独立预后指标。在2个风险组之间筛选出384个DEGs,GO富集分析结果显示,富集的基因大多与中性粒细胞和白细胞的趋化与迁移等免疫相关分子和通路显著相关,KEGG富集通路主要与TNF信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用相关。BeatAML数据库验证结果显示,5个基因与预后显著相关。铁死亡相关基因在AML中显著表达,且高风险患者预后较差,该研究对AML铁死亡相关潜在生物标志物的发现和应用奠定了一定的基础。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 铁死亡 转录组 预后模型

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亚硒酸钠的多器官保护作用及其抗新型冠状病毒的组学预测 被引量：2

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作者 刘格良 张皓旻 +9 位作者 王毅兴 迟小华 陈浩然 陈熙勐 张钧栋 李卓阳 智鹏 杨波 叶芳 卢学春 《实用药物与临床》 CAS 2020年第10期865-875,共11页

目的探索亚硒酸钠多器官保护作用及其针对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在治疗作用。方法从公共开放的基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)获取亚硒酸钠处理正常大鼠的全基因表达谱数据,利用R语言Impute程序包进行数据标准化... 目的探索亚硒酸钠多器官保护作用及其针对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在治疗作用。方法从公共开放的基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)获取亚硒酸钠处理正常大鼠的全基因表达谱数据,利用R语言Impute程序包进行数据标准化,Limma程序包筛选差异表达基因,Robust rank aggregation算法筛选差异显著性基因。进一步的表观调控机制分析利用R语言Clusterprofile程序包和STRING数据库,分别进行基因本体学(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质互作网络分析。再利用本课题组前期建立的表观精准治疗预测平台EpiMed,进行多组学疾病关联分析与药物关联分析。结果共筛选出显著性差异表达基因273个,其中上调的133个,下调的140个。GO富集分析显示,这些基因大部分在细胞质中影响氧化还原酶、转运酶活性,参与血管生成、激素分泌与运输、氧化应激反应、细胞凋亡等生物学进程。亚硒酸钠影响的通路包括IL-17、TNF等炎症通路、叶酸生物合成等造血相关通路、昼夜节律等心功能相关通路、朊病毒通路、细胞增殖分化、细胞周期调控相关通路。共有221个编码蛋白基因出现在蛋白质互作网络中,其中10个关键基因(hub gene)大多与细胞周期调控、免疫调节、炎症反应相关。在疾病关联分析中,EpiMed预测出一系列亚硒酸钠潜在作用靶分子,包括FOS、CCL2、CXCL12、EGR1、IL-1β、C9、SELE、IL-5等,及其具有潜在治疗作用的疾病类型,包括退行性多发性关节炎、流行性感冒、呼吸道合胞体病毒感染、严重急性呼吸综合征(Severe acute respiratory syndrome,SARS)等;在药物关联分析中,EpiMed预测出一系列与亚硒酸钠呈正相关的药物,如奈韦拉平、泛昔洛韦、西多福韦、利巴韦林、氯喹、白头翁、虎杖、冬青等,提示这些药物可能具有与亚硒酸钠相似的治疗作用。而索拉非尼、拉贝洛尔、卡那霉素、薯蓣、景天等一系列药物与亚硒酸钠呈负相关,提示这些药物可能与亚硒酸钠之间存在不良药物相互作用,联用需谨慎。结论亚硒酸钠对炎症、细胞生命周期、免疫环境调节、造血功能、心脏功能相关通路具有调控作用,能够发挥其抗炎、抗病毒、免疫调节及多器官保护作用,降低COVID-19患者因多器官衰竭而死亡的风险,将其用于临床治疗COVID-19具有一定的指导意义。 展开更多

关键词 新型冠状病毒肺炎 亚硒酸钠 生物信息学 基因表达谱

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糖尿病合并冠心病的发病机制与治疗对策研究进展 被引量：11

10

作者 王紫宁 张钧栋 +1 位作者 张皓旻 卢学春 《中华老年多器官疾病杂志》 2022年第3期223-227,共5页

在临床中,糖尿病和冠心病均为慢性多发性疾病。随着我国老龄化加剧,糖尿病合并冠心病的发病率呈逐年升高趋势。既往研究表明,糖尿病和冠心病在发生、发展过程中具有密切相关性。本文就糖尿病合并冠心病的发病机制、治疗对策以及生物信... 在临床中,糖尿病和冠心病均为慢性多发性疾病。随着我国老龄化加剧,糖尿病合并冠心病的发病率呈逐年升高趋势。既往研究表明,糖尿病和冠心病在发生、发展过程中具有密切相关性。本文就糖尿病合并冠心病的发病机制、治疗对策以及生物信息学指导下的精准诊治进行综述,以期为临床治疗此类疾病提供理论基础。 展开更多

关键词 糖尿病 冠心病 共病 生物信息学

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以盐酸多柔比星脂质体为基础的CHOP联合方案治疗初治高龄弥漫大B细胞淋巴瘤患者的回顾性研究 被引量：5

11

作者 王向东 郭搏 +5 位作者 翟冰 杨波 范辉 卢学春 李素霞 朱宏丽 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期1136-1140,共5页

目的:评价以盐酸多柔比星脂质体为基础的CHOP联合方案治疗初治高龄弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的有效性和安全性。方法:回顾性分析2012年1月1日至2019年12月31日本中心血液科收治的初治DLBCL患者31例,中位年龄为83(71-95)岁,均为Ⅲ-... 目的:评价以盐酸多柔比星脂质体为基础的CHOP联合方案治疗初治高龄弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的有效性和安全性。方法:回顾性分析2012年1月1日至2019年12月31日本中心血液科收治的初治DLBCL患者31例,中位年龄为83(71-95)岁,均为Ⅲ-Ⅳ期患者,国际预后指数≥3分患者为17例。治疗方案采用以盐酸多柔比星脂质体为主的R-CHOP及CHOP方案。在治疗过程中和治疗后对其疗效和安全性进行评价。结果:31例患者共进行219个化疗周期,中位周期7个,总缓解率和完全缓解率分别为80.7%(25/31)和61.3%(19/31),疾病稳定2例(6.5%),疾病进展4例(12.9%)。主要毒副反应为:Ⅲ-Ⅳ级中性粒细胞减少症发生率为29%(9/31);2例(6.5%)患者出现Ⅰ-Ⅱ度心脏事件,表现为新发的Ⅰ度房室传导阻滞;未出现需要紧急治疗和中止化疗的心脏事件。1、2、3年的总生存率分别为83.9%、77.4%和61.3%,无进展生存率分别为77.4%、64.5%和61.3%。结论:对于高龄DLBCL患者,以盐酸多柔比星脂质体为主的化疗方案疗效较好,患者心脏安全性较高。 展开更多

关键词 盐酸多柔比星脂质体 弥漫大B细胞淋巴瘤 高龄 心脏毒性

原文传递

以长期腰背痛和自发骨折为表现的老年不分泌型多发性骨髓瘤一例

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作者 宋謌 杨波 +6 位作者 楼方定 阎丽 周长喜 吴璇 蔡力力 朱平 卢学春 《中华老年多器官疾病杂志》 2022年第2期135-139,共5页

本文报道一例以长期持续腰背部疼痛及多发骨折就诊的72岁老年不典型多发性骨髓瘤患者。患者因腰背痛曾就诊于多家医院,病程约17个月,多次行CT、MRI及实验室检查,提示存在多发骨破坏,考虑重度骨质疏松。针对腰椎压缩性骨折,行腰2/4椎体... 本文报道一例以长期持续腰背部疼痛及多发骨折就诊的72岁老年不典型多发性骨髓瘤患者。患者因腰背痛曾就诊于多家医院,病程约17个月,多次行CT、MRI及实验室检查,提示存在多发骨破坏,考虑重度骨质疏松。针对腰椎压缩性骨折,行腰2/4椎体骨折球囊撑开椎体后凸成形术及腰2椎体活检术,病理未发现肿瘤细胞。由于腰背痛持续加重,患者入住中国人民解放军总医院第二医学中心。综合评估,患者存在严重消瘦(恶液质状态)、纳差、卧床状态、全身多处疼痛、无法站立及行走、贫血、高钙血症、多发骨破坏,无M蛋白血症,考虑多发性骨髓瘤、肿瘤(如肺癌、前列腺癌、类癌等)骨转移、组织细胞增生症X及重度骨质疏松症等诊断。但经髂骨穿刺及活检、基于PET/CT肋骨破坏部位的CT引导下穿刺活检,均未发现肿瘤细胞(包括具有诊断意义的异常浆细胞显著增生)。最后,经胸骨穿刺确诊为多发性骨髓瘤。随后,患者接受了连续6个周期的硼替佐米联合地塞米松(简称PD或BD)方案和2个周期的硼替佐米、地塞米松联合多柔比星脂质体(简称PAD)方案治疗,并每2个周期进行一次疗效评估,评估结果均为部分缓解(VGPR)。患者目前恢复为患病前的生活自理状态。 展开更多

关键词 老年人 多发性骨髓瘤 骨质疏松 诊断

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α干扰素抗病毒相关全基因组表达谱的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎潜在药物研究的意义 被引量：1

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作者 智鹏 杨波 +9 位作者 陈浩然 陈熙勐 迟小华 张钧栋 郭斌 李卓阳 刘格良 张皓旻 王毅兴 卢学春 《转化医学杂志》 2020年第6期368-372,共5页

目的通过分析α干扰素抗病毒相关全基因组表达谱,探索其对新型冠状病毒肺炎的潜在治疗意义。方法应用R语言对来自基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)的α干扰素相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作分析,再... 目的通过分析α干扰素抗病毒相关全基因组表达谱,探索其对新型冠状病毒肺炎的潜在治疗意义。方法应用R语言对来自基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)的α干扰素相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作分析,再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(epigenomic precision medicine prediction platform,EpiMed),寻找与α干扰素调控基因表达谱呈负相关的疾病类型,以及呈正相关的药物。结果α干扰素对基因组表达谱影响复杂,其调控的核心基因有OAS1、MX1、OASL、ISG15、IST1、IRF7等,参与病毒生命周期的负调控、B细胞受体信号通路、肝炎、双链RNA绑定、人类免疫缺陷病毒感染,以及JAK-STAT信号通路等。进一步分析,α干扰素调控的基因组表达谱与社区获得性肺炎和脓毒症等感染性疾病呈高度负相关,而与利托那韦、利巴韦林、奈韦拉平、氟伐他汀呈高度正相关。结论基于α干扰素抗病毒相关基因组表达谱的分析对于探索新型冠状病毒肺炎潜在治疗药物具有一定的借鉴意义。 展开更多

关键词 Α干扰素 新型冠状病毒肺炎 生物信息学 基因表达谱

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西多福韦治疗新型冠状病毒肺炎的组学预测分析

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作者 智鹏 张皓旻 +9 位作者 王毅兴 迟小华 陈浩然 陈熙勐 张钧栋 李卓阳 刘格良 杨波 叶芳 卢学春 《传染病信息》 2021年第2期127-132,共6页

目的探讨西多福韦治疗新型冠状病毒肺炎的组学机制。方法应用R语言对基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中西多福韦相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作网络分析,应用自主研发的表观精准治疗预测平台(epige... 目的探讨西多福韦治疗新型冠状病毒肺炎的组学机制。方法应用R语言对基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中西多福韦相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作网络分析,应用自主研发的表观精准治疗预测平台(epigenomic precision medicine prediction platform,EpiMed)筛选与西多福韦关联的疾病和药物。结果检索GEO并筛选得到GSE39293数据集,差异表达分析共筛选出585个差异表达基因,其中上调差异表达基因494个,下调差异表达基因91个。基因本体论富集条目共53条,主要与干扰病毒复制、I型干扰素作用、免疫调节等有关。京都基因与基因组百科全书富集条目共244条,主要与抗病毒、抗凋亡、免疫调节、凝血系统相关信号通路等有关。蛋白互作网络分析筛选出CDK1、CCNA2、CDC6、KIF11、MAD2L1、NDC80、RRM2、ASPM、NCAPG、CENPU为排名前10位的核心基因。EpiMed预测西多福韦调控的基因组表达谱与肺炎、严重急性呼吸综合征等疾病呈负相关,与利巴韦林、α-干扰素等药物呈正相关,与衣霉素、诺氟沙星等抗生素呈负相关。结论西多福韦能够对机体全基因组产生影响,可能通过诱导感染细胞凋亡降低体内严重急性呼吸综合征冠状病毒-2数量,通过免疫调节、凝血系统相关信号通路等对机体免疫失调及重型患者出现的凝血功能异常进行调节,达到治疗新型冠状病毒肺炎的作用。 展开更多

关键词 西多福韦 新型冠状病毒肺炎 生物信息学 基因表达谱 表观精准治疗预测平台

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阿米替林与自闭症谱系障碍潜在关系挖掘

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作者 吕艳华 武莉 +3 位作者 原雨阳 贺培风 卢学春 于琦 《中华医学图书情报杂志》 CAS 2022年第3期23-33,共11页

目的:探讨阿米替林对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从GEO数据库获取阿米替林作用于大鼠肾脏的全基因组表达谱数据和对照组数据,利用R、Venny和String等工具进行生物信息学分析、构建蛋白互作网络并筛选关键基因,借助领域知... 目的:探讨阿米替林对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从GEO数据库获取阿米替林作用于大鼠肾脏的全基因组表达谱数据和对照组数据,利用R、Venny和String等工具进行生物信息学分析、构建蛋白互作网络并筛选关键基因,借助领域知识得分法和表观精准治疗预测平台进行结果有效性验证及预测。结果:筛选出差异基因331个,GO富集的反应大多参与蛋白质磷酸化、炎症反应、免疫反应等过程,KEGG通路富集主要和氧化磷酸化反应、MAPK信号通路等相关。结论:通过文本验证搜索到10篇与关键靶点相关的文献,结合EpiMed平台的计算结果,发现阿米替林对ASD、特发性肺纤维化、2型糖尿病等具有潜在治疗作用;阿米替林结合西药白藜芦醇、苯异妥因,中药皂荚、钩藤等具有潜在协同作用;阿米替林对ASD具有潜在治疗作用。 展开更多

关键词 阿米替林 自闭症谱系障碍 差异基因分析 临床生物信息学 表观精准治疗预测平台

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基于加权基因共表达网络分析筛选结肠腺癌预后关键基因

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作者 李卓阳 张皓旻 +5 位作者 刘格良 陈浩然 智鹏 陈熙勐 卢学春 贺培凤 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2022年第12期1377-1384,共8页

目的筛选与结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)预后相关的关键基因。方法分别从癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载COAD转录组数据和相应的临床信息。采用R语... 目的筛选与结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)预后相关的关键基因。方法分别从癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载COAD转录组数据和相应的临床信息。采用R语言程序包分别对两组数据进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选共同的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。采用R语言程序包clusterProfiler对共同的DEGs进行富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络筛选核心基因,并采用R语言程序包Survival和GEPIA2在线分析工具对核心基因进行生存分析,识别COAD预后相关的关键基因。最后采用人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库对关键基因进行验证。结果差异表达基因分析和WGCNA分析得到153个共同DEGs。GO富集分析发现这些基因主要富集在离子运输、激素代谢等;KEGG通路富集主要与胆汁分泌、戊糖和葡萄糖醛酸酯相互转化、丙酮酸代谢等有关。PPI分析得到氯离子通道辅助蛋白1(chloride channel accessory 1,CLCA1)、甲状腺素受体结合因子13(thyroid hormone receptor interactor 13,TRIP13)等10个核心基因。通过生存分析和HPA数据库验证发现CLCA1基因与COAD的不良预后显著相关。结论CLCA1基因的低表达对于COAD患者的不良预后具有重要影响,推荐将其作为靶点开展进一步基础及临床研究。 展开更多

关键词 结肠腺癌 预后基因 加权基因共表达网络分析 转录组分析 生存分析

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他克莫司的生物信息学分析及其对自闭症谱系障碍的潜在治疗意义

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作者 吕艳华 原雨阳 +3 位作者 武莉 贺培凤 卢学春 于琦 《中华医学图书情报杂志》 CAS 2022年第11期9-19,28,共12页

目的:探讨他克莫司对自闭症谱系障碍的潜在治疗作用。方法:从基因表达谱数据库获取他克莫司及自闭症谱系障碍的数据,分别进行差异分析、基因本体学富集分析、京都基因与基因组百科全书富集分析、蛋白质相互作用网络分析并筛选关键基因,... 目的:探讨他克莫司对自闭症谱系障碍的潜在治疗作用。方法:从基因表达谱数据库获取他克莫司及自闭症谱系障碍的数据,分别进行差异分析、基因本体学富集分析、京都基因与基因组百科全书富集分析、蛋白质相互作用网络分析并筛选关键基因,将二者的差异基因及KEGG通路进行关联分析,以及利用表观精准治疗预测平台进行药物与疾病关联分析,筛选出与他克莫司相关的疾病、药物及体内作用靶点,并在中文、英文数据库中检索自闭症谱系障碍与关键基因作用的相关文献加以验证。结果:他克莫司组共筛选出差异基因451个,其中基因本体学富集的基因大多参与小分子分解代谢过程、过氧化物酶体基质、黄素腺嘌呤二核苷酸结合、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸结合等过程;京都基因与基因组百科全书通路富集主要和炎症反应、补体和凝血系统、氧化应激、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶点信号通路等过程或功能相关。结合表观精准治疗预测平台的计算结果,发现他克莫司对全基因组表达谱的影响复杂,在蛋白质相互作用网络中共得到449个蛋白,筛选出12个关键基因,主要与细胞周期进程、炎症反应、免疫反应等功能相关;他克莫司和自闭症谱系障碍有关联。并验证了关键靶点的有效性。结论:他克莫司对免疫反应、炎症反应、细胞周期等过程或通路具有调控作用,其可能在抑制免疫反应的同时,还具有抑制神经炎症的功能,对自闭症谱系障碍患者有潜在的治疗意义。 展开更多

关键词 他克莫司 自闭症谱系障碍 差异基因分析 临床生物信息学 表观精准治疗预测平台

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改善病情抗风湿药物对类风湿关节炎滑膜差异表达基因的影响

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作者 程灵婧 张升校 +6 位作者 于琦 郑超越 冯爽 孔腾 孙翔飞 贺培凤 卢学春 《中华风湿病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期541-544,I0005-I0007,F0003,共8页

目的本研究旨在通过生物信息学挖掘与RA滑膜中与疾病发生发展相关的差异表达基因,探讨甲氨蝶呤、托珠单抗和利妥昔单抗等DMARDs对RA滑膜差异表达基因(DEGs)的影响。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中获取RA表达谱芯片GSE7307、GSE12021、... 目的本研究旨在通过生物信息学挖掘与RA滑膜中与疾病发生发展相关的差异表达基因,探讨甲氨蝶呤、托珠单抗和利妥昔单抗等DMARDs对RA滑膜差异表达基因(DEGs)的影响。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中获取RA表达谱芯片GSE7307、GSE12021、GSE55457、GSE55235、GSE77298、GSE89408,包括113份RA滑膜组织标本和70份健康对照(HC)滑膜组织标本。同时获得51例RA治疗前后滑膜表达谱芯片GSE45867、GSE24742、GSE97165。纳入甲氨蝶呤治疗样本8例、托珠单抗治疗样本12例、利妥昔单抗治疗样本12例和三联DMARDs联合治疗样本19例。采用R软件筛选DEGs,制作治疗前后及RA和健康对照(HC)DEGs的Venn图并进行基因本体论(GO)功能富集以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。STRING在线分析工具及Cytoscape软件进一步筛选关键基因。结果与HC相比,RA的滑膜组织中有797个上调DEGs,434个下调DEGs,这些DEGs主要富集在淋巴细胞活化、免疫反应的正向调节等。利用Cytoscape和cytoHubba,在STRING数据库模型的基础上获得的5组差异基因,degree算法筛选出了10个hub基因,分别是LCK、SYK、PTPRC、HLA-DRA、LYN、NCAPG、TOP2A、JUN、CXCR4、CCNB1。甲氨蝶呤治疗显著上调20个DEGs,下调30个DEGs;利妥昔单抗治疗上调100个DEGs,下调55个DEGs;托珠单抗治疗上调91个DEGs,下调317个DEGs。这些差异改变的DEGs分别富集在调节细胞黏附、白细胞-细胞黏附、白细胞转移和胰岛素样生长因子受体信号通路上。值得注意的是,经过治疗,共有306个高表达的DEGs下调,36个低表达的DEGs上调。结论LCK、胰岛素样生长因子受体信号通路等为RA发生发展以及DMARDs治疗的分子机制和关键枢纽基因,与RA对DMARDs治疗响应密切相关。 展开更多

关键词 关节炎 类风湿 滑膜 抗风湿药 基因表达

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不同时间序列COVID-19基因表达与基因调控网络构建

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作者 王琪 乔军 +6 位作者 王灿 张一凡 卢学春 张升校 孙翔飞 于琦 贺培凤 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1769-1776,共8页

目的探讨新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疾病进展相关的潜在调控因素。方法从GEO数据库中获得COVID-19的24个全血转录组样本。使用R包“DSEeq2”识别差异表达的mRNA和LncRNA。利用R包“MaSigPro”和短时间序列表达软件(STEM)识别mRNA和lnc... 目的探讨新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疾病进展相关的潜在调控因素。方法从GEO数据库中获得COVID-19的24个全血转录组样本。使用R包“DSEeq2”识别差异表达的mRNA和LncRNA。利用R包“MaSigPro”和短时间序列表达软件(STEM)识别mRNA和lncRNA的时间表达模式。共表达分析用于发现mRNA-LncRNA的共表达模式。利用TRRUST数据库获取转录因子(TFs)。miRcode、TargetScan、miRTarBase和miRDB构建ceRNA调控网络。利用R包“CIBERSORT”表征免疫细胞浸润情况。结果与健康对照组相比,COVID-19患者在3个伪时间内有3639个差异的mRNA和304个差异的LncRNA。主要功能富集在细胞分裂进展、细胞对干扰素-γ、干扰素-α的反应。CIBERSOR分析显示,CD_(4)^(+)、CD_(8)^(+)和浆细胞在COVID-19发病轨迹中发挥重要作用。随着疾病的进展,识别了1750个具有显著差异表达的mRNA和31个lncRNA。在ceRNA网络中,ALDH1A2/MORC3-FGD5-AS1-miR-144-3p,MORC3/SNTB2-FGD5-AS1-miR-153-3p,YOD1-FGD5-AS1-miR-140-5p和ZBTB44-FGD5-AS1-miR-144被确定为COVID-19的潜在治疗靶点。结论时间序列分析发现的关键基因和调控网络为探索COVID-19的疾病轨迹提供了新的线索。 展开更多

关键词 新冠肺炎 SARS-CoV-2 时间序列分析 ceRNA调控网络 免疫细胞

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SARS病毒感染相关免疫损伤分子机制和干预药物的生物信息学预测及其对COVID-19的意义 被引量：5

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作者 张皓旻 陈浩然 +10 位作者 杨亚坤 陈熙勐 张钧栋 郭斌 智鹏 李卓阳 刘格良 杨波 迟小华 王毅兴 卢学春 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期165-173,共9页

目的:通过对SARS病毒转录组数据进行临床生物信息学分析,探讨免疫损伤组学机制,预测针对性治疗药物,并为COVID-19的临床治疗提供参考。方法:收集公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的SARS病毒转录组数据并筛选差异基因... 目的:通过对SARS病毒转录组数据进行临床生物信息学分析,探讨免疫损伤组学机制,预测针对性治疗药物,并为COVID-19的临床治疗提供参考。方法:收集公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的SARS病毒转录组数据并筛选差异基因,应用富集分析、蛋白质相互作用分析探讨SARS病毒感染相关免疫损伤机制,并应用表观精准治疗平台预测潜在治疗药物。结果:SARS病毒感染相关免疫损伤机制复杂,包括通过Toll样受体等信号通路影响免疫细胞的功能、通过Th17信号通路诱导血浆细胞因子水平升高,以及通过IL-6、NF-κB、TNF等分子生成自身抗体介导自身免疫应答等。川穹、益赛普等药物可能对SARS病毒感染相关免疫损伤具有治疗作用。结论:SARS病毒能够引起大量免疫相关分子及信号通路的异常,川穹、益赛普等药物可能对SARS病毒感染相关免疫损伤具有治疗作用。本研究可为COVID-19的临床治疗提供参考。 展开更多

关键词 SARS病毒 COVID-19 免疫损伤 临床生物信息学 药物预测

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