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鸡T细胞受体γ链基因位点重新测序和组装
1
作者
马俊平
杨犀
+3 位作者
律娜
刘飞
陈燕
朱宝利
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期568-574,共7页
动物T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因由多个不同的高度同源的基因家族组成,通过全基因组测序很难获得准确的基因序列和排列位置。文章通过在NCBI中发布的鸡TCR的γ链(TCRγ或TRG)基因片段序列定位了鸡TRG基因所在区域,并确定了与鸡...
动物T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因由多个不同的高度同源的基因家族组成,通过全基因组测序很难获得准确的基因序列和排列位置。文章通过在NCBI中发布的鸡TCR的γ链(TCRγ或TRG)基因片段序列定位了鸡TRG基因所在区域,并确定了与鸡TRG基因位点对应的细菌人工染色体(BAC)克隆(CH261-174P24)。对该克隆进行高通量的重新测序和组装后,得到含有10个scaffolds的基因组草图,较完整地覆盖了鸡TRG基因位点及两侧区域。通过PCR扩增和测序证明了scaffold内部结构的正确性,校正了鸡参考基因组TRG基因位点一个可变基因和一个缺口序列(gap)附近各一处错误序列,以及可变基因区多处序列错误。文章通过校正鸡参考基因组TRG基因位点的序列,为鸡TRA/D和TRB基因位点的基因组序列分析提供了新方法。
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关键词
鸡
T细胞受体(TCR)
伽马链(TCRγ或TRG)基因位点
测序
组装
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职称材料
题名
鸡T细胞受体γ链基因位点重新测序和组装
1
作者
马俊平
杨犀
律娜
刘飞
陈燕
朱宝利
机构
中国
科学院
微生物
研究所
中国
科学院
大学
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所astip-ias
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期568-574,共7页
基金
国家重点基础研究发展规划项目(编号:2015CB554204)资助
文摘
动物T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因由多个不同的高度同源的基因家族组成,通过全基因组测序很难获得准确的基因序列和排列位置。文章通过在NCBI中发布的鸡TCR的γ链(TCRγ或TRG)基因片段序列定位了鸡TRG基因所在区域,并确定了与鸡TRG基因位点对应的细菌人工染色体(BAC)克隆(CH261-174P24)。对该克隆进行高通量的重新测序和组装后,得到含有10个scaffolds的基因组草图,较完整地覆盖了鸡TRG基因位点及两侧区域。通过PCR扩增和测序证明了scaffold内部结构的正确性,校正了鸡参考基因组TRG基因位点一个可变基因和一个缺口序列(gap)附近各一处错误序列,以及可变基因区多处序列错误。文章通过校正鸡参考基因组TRG基因位点的序列,为鸡TRA/D和TRB基因位点的基因组序列分析提供了新方法。
关键词
鸡
T细胞受体(TCR)
伽马链(TCRγ或TRG)基因位点
测序
组装
Keywords
chicken
T cell receptor（TCR）
gamma gene locus
re-sequencing
assembling
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鸡T细胞受体γ链基因位点重新测序和组装
马俊平
杨犀
律娜
刘飞
陈燕
朱宝利
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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