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基于PCR技术的鹿源性产品成分分子检测研究进展 被引量:3
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作者 董世武 王天娇 +2 位作者 张然然 唐丽昕 邢秀梅 《特产研究》 2019年第2期105-108,117,共5页
鹿产品多种多样且价格昂贵,其中仅鹿科动物梅花鹿和马鹿的产品被视为正品。由于产品加工过程中其形态结构及理化性质均有不同程度的改变,传统方法难以对产品成分进行准确的定性分析,而分子检测技术反应灵敏、准确性高,被越来越多地应用... 鹿产品多种多样且价格昂贵,其中仅鹿科动物梅花鹿和马鹿的产品被视为正品。由于产品加工过程中其形态结构及理化性质均有不同程度的改变,传统方法难以对产品成分进行准确的定性分析,而分子检测技术反应灵敏、准确性高,被越来越多地应用于鹿源性产品成分的检测中。本文基于mtDNA、SRY基因、microsatellite DNA和SNP在分子检测中的应用,对近年来鹿源性产品成分的分子检测方法进行了综述,以期为后续鹿源性产品成分的分子检测研究提供参考。 展开更多
关键词 鹿 分子检测 线粒体DNA 细胞色素B 细胞色素氧化酶Ⅰ
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利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性 被引量:7
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作者 苏莹 邢秀梅 +3 位作者 邵元臣 王洪亮 张然然 鞠贵春 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第3期761-767,共7页
本研究利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性,对塔河马鹿、伊河马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿共200个个体的AMELY基因片段测序,分析马鹿Y染色体的单倍型多样性,通过构建系统进化树,研究中国马鹿的群体遗传多样性并对... 本研究利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性,对塔河马鹿、伊河马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿共200个个体的AMELY基因片段测序,分析马鹿Y染色体的单倍型多样性,通过构建系统进化树,研究中国马鹿的群体遗传多样性并对马鹿的父系起源进行探讨。结果显示:塔河马鹿变异位点最多,具有很高的核苷酸多样性,与其他马鹿间的遗传距离远;本试验共定义了6个单倍型,分别为A1、A2、A3、A4、A5、A6,其中塔河马鹿、阿尔泰马鹿和甘肃马鹿具有独有的单倍型;利用所获得AMELY基因序列,构建NJ和ML系统进化树发现:塔河马鹿自成一个单系;甘肃马鹿自成一个单系,伊河马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿聚成一类,阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿聚成一类,塔河马鹿、甘肃马鹿与其他马鹿之间可能存在基因交流。 展开更多
关键词 马鹿 Y染色体 AMELY基因 父系起源
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鹿产品鉴别的研究进展 被引量:7
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作者 董世武 王磊 +1 位作者 周永娜 邢秀梅 《经济动物学报》 CAS 2018年第4期237-244,共8页
鹿产品是名贵中药材,亦可作为保健品,价格昂贵。目前市场上出现了许多杂交鹿的产品,还有其他以次充好、以假乱真的现象,不仅严重扰乱了市场秩序,侵犯了消费者的权益,同时也阻碍了中国鹿业的健康发展,因此鹿产品的鉴别变得非常重要。从... 鹿产品是名贵中药材,亦可作为保健品,价格昂贵。目前市场上出现了许多杂交鹿的产品,还有其他以次充好、以假乱真的现象,不仅严重扰乱了市场秩序,侵犯了消费者的权益,同时也阻碍了中国鹿业的健康发展,因此鹿产品的鉴别变得非常重要。从历年来有关鹿产品鉴别的报道来看,现有的鉴别方法大致可分为性状鉴别、显微鉴别、理化鉴别和分子鉴别4种。本文对相关的报道作了汇总,为后续鹿产品鉴别的研究提供参考。 展开更多
关键词 梅花鹿 马鹿 鹿产品 鉴别
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马鹿特异性SNP分子标记的验证 被引量:1
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作者 范欢欢 王天骄 +3 位作者 董依萌 李洋 刘汇涛 邢秀梅 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第4期1313-1322,共10页
试验旨在对基于基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术筛选出的马鹿特异性SNPs位点的准确性进行验证,为梅花鹿、马鹿及其杂交后代的鉴别提供可靠的分子遗传标记。随机选取30个马鹿特异性SNPs位点,根据SNPs位点前后各200 bp的... 试验旨在对基于基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术筛选出的马鹿特异性SNPs位点的准确性进行验证,为梅花鹿、马鹿及其杂交后代的鉴别提供可靠的分子遗传标记。随机选取30个马鹿特异性SNPs位点,根据SNPs位点前后各200 bp的序列,利用Primer Premier 6.0软件设计特异性引物,以随机选取的验证样本DNA作为模板进行PCR扩增,并进行Sanger测序,对测序结果利用BioEdit软件进行峰图的观察,利用Mega 6.0软件对测序得到的序列进行比对分析并观察每个特异性SNP位点在不同验证群体中的基因型,对每一个马鹿特异性位点的峰图和比对信息进行统计分析。结果表明,30个马鹿特异性位点中有28个和前期研究结果一致,其中1个SNP位点(SNP3)中G等位基因在梅花鹿中的基因频率为0.05,而G等位基因在马鹿中的基因频率为1,G等位基因在马鹿个体中的基因频率比在梅花鹿个体中高,同时,利用SPSS 22.0进行统计分析发现,该位点在马鹿和梅花鹿中基因型分布表现出显著性差异(P<0.05);另外1个SNP位点(SNP5)中T等位基因在梅花鹿的基因频率为0.15,而在马鹿中的基因频率为1,且这个SNP位点在梅花鹿和马鹿中基因型分布差异显著(P<0.05),所以这2个位点仍然可以作为马鹿的特异性SNPs位点。研究结果说明了GBS测序筛选出的马鹿特异性SNPs可以作为鉴定的分子标记,对梅花鹿、马鹿及其杂交后代的鉴别奠定了理论基础。 展开更多
关键词 马鹿 特异性SNP Sanger测序验证
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梅花鹿与欧洲马鹿染色体水平基因组的比较研究
5
作者 唐丽昕 王天骄 +2 位作者 刘华淼 张然然 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期376-388,共13页
旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色... 旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色体共线性分析,获得两个物种间基因组序列的同源关系和基因组发生的染色体倒位现象,并对被倒位截断和在倒位内部未被截断的两类基因分别进行GO和KEGG功能富集分析;同时对两个物种染色体上的基因进行共线性分析,识别二者基因组间的直系同源区域,检测直系同源基因,估算两个物种的分化时间。结果显示,梅花鹿与欧洲马鹿基因组表现出同源性,有27条染色体的同源性在95%以上;通过基因组的比对确定了梅花鹿的23号染色体是X染色体;而对染色体倒位的统计及基因的GO和KEGG功能富集分析发现,梅花鹿基因组共有37847个倒位,片段长度为1~5 kb的倒位数目最多;而倒位涉及基因的GO功能富集的生物学过程及分子功能有嗅觉中化学刺激的检测、嗅觉感觉、嗅觉感受器活动、信号传感器活动;KEGG富集的是嗅觉传导信号通路。而梅花鹿与欧洲马鹿基因共线性分析共检测出79个同源区段,12629个直系同源基因,利用同源基因的同义突变率(Ks)估算出梅花鹿与欧洲马鹿的分化时间是0.318 MYA(millions of years ago)。本研究利用比较基因组学的方法,获得了梅花鹿与欧洲马鹿基因组间的同源关系以及两个物种染色体倒位现象,通过功能富集分析发现,染色体倒位与嗅觉表型有关,为鹿属动物染色体进化的研究提供新的理论基础。 展开更多
关键词 梅花鹿 欧洲马鹿 染色体水平基因组 比较基因组学
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塔河马鹿三杈茸鲜茸重和茸尺的相关性分析
6
作者 杨苏坤 邓伊华 +3 位作者 李洋 周宏达 杨镒峰 王洪亮 《特产研究》 2023年第3期1-4,共4页
为了研究新疆塔河马鹿三杈茸鲜茸重与茸尺的相关关系,为准确估测鲜茸重以及合理收茸提供科学依据,本研究通过对780支塔河马鹿标准三杈茸鲜茸重和8个茸尺指标(主干长度、主干围度、眉枝长度、眉枝围度、中枝长度、冰枝长度、嘴头长度和... 为了研究新疆塔河马鹿三杈茸鲜茸重与茸尺的相关关系,为准确估测鲜茸重以及合理收茸提供科学依据,本研究通过对780支塔河马鹿标准三杈茸鲜茸重和8个茸尺指标(主干长度、主干围度、眉枝长度、眉枝围度、中枝长度、冰枝长度、嘴头长度和嘴头围)的相关性和回归分析,以鲜茸重为因变量,茸尺性状为自变量利用回归分析方法建立了鲜茸重预测模型,并进行F检验。通过统计分析表明,塔河马鹿左右侧茸各项指标均无显著差异,其中茸重与主干长、主干围、冰枝长和嘴头围显著正相关(P<0.01),嘴头长和主干长及中枝长显著正相关(P<0.01),其左侧三杈茸鲜茸重估测模型:YL=3.446+0.035X_(1)+0.016X_(2)+0.011X_(3)+0.032X_(4)+0.022X_(5)+0.026X_(6)0.014X_(7)+0.109X_(8)右侧三杈茸鲜茸重估测模型:YR=3.969+0.025X_(1)+0.150X_(2)+0.030X_(4)+0.023X_(5)+0.015X_(6)+0.067X_(8)其复相关系数分别为0.839和0.799。经F检验表明,两个预测模型的回归系数、回归方差和复相关系数均呈极显著差异(P<0.01)。经F检验表明,两个预测模型的回归系数、回归方差和复相关系数均呈极显著差异(P<0.01),模型可靠性较高,嘴头围是影响三杈茸鲜茸重的主要茸尺因子,可作为塔河马鹿选育的重点。 展开更多
关键词 塔河马鹿 鲜茸重 茸尺 相关分析 茸重估测模型
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基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析 被引量:10
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作者 董世武 王天骄 +3 位作者 刘华淼 王磊 唐丽昕 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2422-2430,共9页
旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体... 旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23943582个,质控过滤后得到SNP位点31630个。对31630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。 展开更多
关键词 GBS 梅花鹿 马鹿 杂交鹿 SNP 鉴别
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不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析 被引量:8
8
作者 张然然 刘华淼 +3 位作者 王磊 邢秀梅 苏伟林 高兵 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期235-242,共8页
本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息。选取5个生长时期(10、20、28、44、66d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进... 本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息。选取5个生长时期(10、20、28、44、66d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析。结果,经过测序、转录本拼接获得了375 657条contigs,平均长度为688bp,329 946个unigenes,平均长度为534bp。通过比对Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等7大数据库,90.07%unigenes得到了成功注释。其中39 674个(12.02%)基因成功注释到GO数据库,在level 2水平上共分为41个类别;17 732个(5.37%)基因成功注释到将KOG的26个类别中。对5个生长时期的鹿茸转录本文库进行比较分析,共发现了509个差异基因,其中407个差异表达基因成功注释到GO数据库中,主要为信号转导、氧化还原、转录调节、蛋白酶降解等生物学过程。其中转录调节基因PER1、EGR1的表达随着鹿茸的生长而增加,而GAS1则相反,随着鹿茸的生长而降低,推测PER1、EGR1、GAS1等转录因子在鹿茸生长过程中可能起着重要的调节作用。本研究利用高通量测序技术对不同生长时期的梅花鹿鹿茸组织进行了转录组测序和分析,筛选到了梅花鹿鹿茸在不同生长时期下的差异表达基因,并获得了差异表达基因的功能。 展开更多
关键词 梅花鹿 鹿茸 转录组 差异表达基因
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基于蛋白质组学技术的鹿茸不同部位差异蛋白筛选 被引量:8
9
作者 刘华淼 鞠妍 +1 位作者 张然然 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期618-626,共9页
旨在了解梅花鹿鹿茸不同部位蛋白表达差异,本研究以腊片部位、血片部位和骨片部位的梅花鹿鹿茸组织为试验材料,运用双向电泳(2-DE)和MALDI-TOF-TOF串联质谱技术对不同部位梅花鹿鹿茸差异表达蛋白质进行鉴定,并对差异蛋白进行生物信息学... 旨在了解梅花鹿鹿茸不同部位蛋白表达差异,本研究以腊片部位、血片部位和骨片部位的梅花鹿鹿茸组织为试验材料,运用双向电泳(2-DE)和MALDI-TOF-TOF串联质谱技术对不同部位梅花鹿鹿茸差异表达蛋白质进行鉴定,并对差异蛋白进行生物信息学分析。结果表明,成功筛选出37个差异表达蛋白,主要涉及多细胞生物体发生、解毒、细胞成分组织或生物发生、细胞聚集、定位、对刺激的反应、生物黏附、发育、单一生物体发生、免疫系统等生物学过程。其中鹿茸腊片、血片、骨片组织中分别有18、5与14个蛋白质表达上调。对差异表达蛋白作进一步分析发现,转录延伸因子(EFB1)、视黄酸结合蛋白(CRABP1)在鹿茸的快速生长中起重要调控作用,而载脂蛋白A1(APOA1)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)、转甲状腺素蛋白(TTR)在鹿茸的快速骨化中起重要的调控作用,对鹿茸快速生长与骨化机制的进一步研究具有重要意义。 展开更多
关键词 梅花鹿 鹿茸 不同部位 双向凝胶电泳 蛋白质组学
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鹿茸组织中内参基因的筛选和验证 被引量:11
10
作者 张然然 刘华淼 +1 位作者 邢秀梅 胡大勇 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第4期883-889,共7页
为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、... 为筛选在不同生长时期鹿茸组织中稳定表达的内参基因,试验以不同生长时期(分别为脱盘后10、20、40和60d)的鹿茸组织为材料,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β2-微球蛋白(B2M)、还原型辅酶Ⅰ(NADH)、60S核糖体蛋白L40(RPL40)、谷胱甘肽还原酶7(GPx)和β肌动蛋白(ACTB)6个看家基因的表达情况,并运用geNorm和NormFinder两个程序综合分析6个看家基因的表达稳定性。结果显示,GAPDH、ACTB、RPL40表达稳定性较好,可用作鹿茸基因表达研究的内参基因,而NADH和GPx的稳定性最差,不适合作内参基因。通过对鹿茸生长相关基因(ANXA5、HSP27、PRD2、CRABP1、LGALS1)表达分析,进一步验证了上述结果,并且发现这5种基因均在脱盘后10d的鹿茸组织中高表达。该研究结果为鹿茸快速生长及骨化相关基因的研究奠定了一定基础。 展开更多
关键词 QRT-PCR 鹿茸 内参基因 GENORM NORMFINDER
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基于Label-free技术的鹿角与鹿骨蛋白组分比较 被引量:3
11
作者 张然然 刘华淼 +4 位作者 王磊 周永娜 唐福全 夏述忠 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2286-2292,共7页
旨在利用Label-free技术对天山马鹿的鹿角与鹿骨蛋白组分进行比较分析。以脱盘后130d的马鹿鹿角和鹿骨为研究对象,利用Label-free蛋白质组学技术和生物信息学方法解析比较鹿角与鹿骨的蛋白质组分。结果共成功鉴定1 138种蛋白质,其中鹿... 旨在利用Label-free技术对天山马鹿的鹿角与鹿骨蛋白组分进行比较分析。以脱盘后130d的马鹿鹿角和鹿骨为研究对象,利用Label-free蛋白质组学技术和生物信息学方法解析比较鹿角与鹿骨的蛋白质组分。结果共成功鉴定1 138种蛋白质,其中鹿骨蛋白934种、鹿角蛋白835种。通过对成功鉴定到的蛋白质进行功能注释发现,鹿骨蛋白特异富集到了低密度脂蛋白受体代谢、黑质体发育、血管再生、细胞凋亡信号通路调节等过程;而鹿角特有蛋白富集到了肽类激素加工过程、活化T细胞增殖调节等生物学过程,其中肽类激素加工过程主要蛋白有CPE、CPN1、ECE1,活化T细胞增殖调节蛋白主要有IGF2、PRKAR1A、PYCARD。利用SPSS软件筛选鹿角与鹿骨显著差异表达蛋白(差异倍数>2,P<0.05),共筛选出差异蛋白质335种,其中75种蛋白在鹿骨中表达上调,260种蛋白在鹿角中表达上调,其中cathelicidin 1与cathelicidin 5在鹿角中为高表达,而cathelicidin 6在鹿骨中高表达。该试验结果弥补了鹿角与鹿骨蛋白质组分研究的空白,为进一步研究鹿角与鹿骨的有效成分奠定基础。 展开更多
关键词 马鹿 鹿角 鹿骨 Label—free 蛋白质组分
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利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源 被引量:3
12
作者 周永娜 刘华淼 +4 位作者 鞠妍 张然然 王磊 董世武 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期282-290,共9页
旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对... 旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对PCR产物进行直接测序和生物信息学分析。结果表明,5个基因片段共筛选到8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3、2、1、1、1个突变位点。利用DNASP5.1软件共定义了10种单倍型,分别为H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10,其中H1是优势单倍型,占梅花鹿种公鹿群体的49.1%,H5和H10为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。171只梅花鹿种公鹿的单倍型多样性为0.696 80,核苷酸多样性为0.000 36。NJ系统进化树和structure群体结构分析结果表明,梅花鹿种公鹿有3个父系类型,分别为Y1、Y2和Y3,除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。 展开更多
关键词 梅花鹿种公鹿 Y染色体 遗传多样性 父系起源
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不同生长时期梅花鹿鹿茸代谢组分析 被引量:3
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作者 张然然 荣敏 +2 位作者 董依萌 王天骄 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期4518-4526,共9页
旨在探究梅花鹿鹿茸不同生长时期小分子代谢物表达差异变化,为鹿茸快速生长与骨化分子机制的研究奠定基础。本研究选取体况良好的4岁龄雄性东北梅花鹿,收取生长25、45、65、100、130 d的鹿茸作为试验样品,每个时期3个生物学重复。利用UH... 旨在探究梅花鹿鹿茸不同生长时期小分子代谢物表达差异变化,为鹿茸快速生长与骨化分子机制的研究奠定基础。本研究选取体况良好的4岁龄雄性东北梅花鹿,收取生长25、45、65、100、130 d的鹿茸作为试验样品,每个时期3个生物学重复。利用UHPLC-TOF-MS技术对样品进行代谢组学分析。样品主成分分析与层次聚类分析结果显示,5个生长时期可分为鹿茸生长期(25、45与65 d)与鹿茸骨化期(100与130 d)两个阶段。筛选、鉴定到171种显著差异表达代谢物(VIP>1,P<0.05,|fold change|>2),比对到HMDB数据库的112种代谢物,分为7大类;其中L-焦谷氨酸、L-组氨酸、L-肌肽与阿坎酸等有机酸类化合物在100 d含量最高,15-脱氧-Δ12,14-前列腺素J2、前列腺素H2、前列腺素I2在130 d显著上调,而其他氨基酸及有机酸类化合物均在生长期表达上调。差异代谢物显著富集到氨酰-tRNA生物合成、组氨酸代谢等13种KEGG代谢通路。本研究从代谢组水平为鹿茸快速生长与骨化分子机制的探究提供数据支撑。 展开更多
关键词 梅花鹿 鹿茸 不同生长时期 UHPLC-TOF-MS
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基于高通量测序技术的敖鲁古雅驯鹿鹿茸转录组分析 被引量:1
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作者 鞠妍 刘华淼 +7 位作者 何金明 王磊 赵佩 张然然 董依萌 董世武 唐丽昕 邢秀梅 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第7期1981-1989,共9页
试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检... 试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析。利用Diamond、HMMER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析。结果显示,测序获得47818202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46964478条clean reads,组装后得到49171个Unigenes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组。基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44029条序列。Corset聚类后得到49171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13795个SNPs位点和18446个SSRs位点。GO注释结果显示22955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%。与KEGG数据库进行比对分析,发现49171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路。此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OPN、TMSB4、TMSB10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关。本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考。 展开更多
关键词 驯鹿 鹿茸 高通量测序 转录组
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吉林省梅花鹿鲜茸重与茸尺性状的关联分析 被引量:2
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作者 田雪琪 刘汇涛 +3 位作者 房瑞新 范欢欢 李洋 邢秀梅 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第19期131-135,139,共6页
为探究吉林地区梅花鹿鲜茸重与茸尺性状的关系,试验以吉林省鹿茸主产区采集的872支标准形态梅花鹿鹿茸为研究对象,对二杠茸和三杈茸的鲜茸重(Y)及茸尺性状指标[主干长度(X1)、主干围度(X2)、眉枝长度(X3)、眉枝围度(X4)、嘴头长度(X5)... 为探究吉林地区梅花鹿鲜茸重与茸尺性状的关系,试验以吉林省鹿茸主产区采集的872支标准形态梅花鹿鹿茸为研究对象,对二杠茸和三杈茸的鲜茸重(Y)及茸尺性状指标[主干长度(X1)、主干围度(X2)、眉枝长度(X3)、眉枝围度(X4)、嘴头长度(X5)、嘴头围度(X6)、眉二间距(X7)和中枝长度(X8)]进行测量,并对所得数据进行偏相关分析、主成分分析和回归分析。结果表明:两种茸型左右枝鲜茸重及茸尺性状差异不显著(P>0.05),对称性较高。二杠茸中,主干长度与鲜茸重呈极显著相关(P<0.01);第一、二主成分是对主干部分的综合反映,且左右两侧贡献率结果相近,组成成分相似。三杈茸中,主干围度与鲜茸重呈极显著相关(P<0.01);第一、二主成分是对主干部分的综合反映,第三主成分是对分枝部分的反映。通过回归分析,建立二杠茸和三杈茸左右两侧共4个鲜茸重估测模型,即Y2L=-1.641+0.028X1+0.051X2+0.018X3+0.014X4+0.027X6,Y2R=-1.619+0.033X1+0.033X2+0.008X3+0.045X4-0.008X5+0.0318X6,Y3L=-3.793+0.034X1+0.132X2+0.014X3+0.074X4+0.030X6,Y3R=-3.686+0.022X1+0.089X2+0.112X4+0.034X6+0.019X7+0.035X8。经检验4个模型偏回归系数和复相关系数显著(P<0.05),模型可靠性较高。 展开更多
关键词 梅花鹿鹿茸 鲜茸重 茸尺 偏相关分析 主成分分析
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基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选 被引量:1
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作者 邓伊华 王天娇 +3 位作者 王洪亮 董依萌 刘欣 邢秀梅 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第4期1413-1421,共9页
【目的】筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色... 【目的】筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868791354600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20139122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12050781个。使用VCFTOOLS筛选得到544717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。 展开更多
关键词 塔河马鹿 重测序技术 SNPS 筛选
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产茸相关SNP位点在7个梅花鹿群体中的验证 被引量:4
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作者 田雪琪 李洋 +2 位作者 刘汇涛 王天骄 邢秀梅 《特产研究》 2021年第5期41-47,共7页
本试验对东大、四平梅花鹿两个群体中所筛选出的8个产茸量相关SNP位点,运用竞争性等位基因特异性PCR分型技术(KASP),在7个梅花鹿群体的190头梅花鹿个体中进行验证。结果表明,7个位点具有多态性,其中SNP1427_255427_255、SNP307_1564、SN... 本试验对东大、四平梅花鹿两个群体中所筛选出的8个产茸量相关SNP位点,运用竞争性等位基因特异性PCR分型技术(KASP),在7个梅花鹿群体的190头梅花鹿个体中进行验证。结果表明,7个位点具有多态性,其中SNP1427_255427_255、SNP307_1564、SNP123_7847和SNP2027_423为中度多态性位点,SNP614_2585、SNP1881_130和SNP596_3774为低度多态性位点,SNP219_9123是CC基因型的单态位点;最小基因等位基因频率(MAF)介于0.049~0.396之间,平均值为0.188;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.09~0.426,平均值为0.265;期望杂合度(He)介于0.082~0.49之间,平均值为0.282;多态信息含量(PIC)介于0.078~0.369,平均值为0.232;有效等位基因数(Ne)介于1.2~2.8,平均值为1.9。7个多态性位点中,SNP614_2585、SNP1881_130和SNP596_3774位点偏离Hardy-Weinberg平衡。一般线性模型对多态性SNP位点与产茸量进行关联分析,发现所验证的7个位点对产茸量的影响均不显著,但SNP307_156、SNP614_258和SNP596_377位点存在高产基因型。本研究为产茸量相关SNP的实际应用提供理论依据。 展开更多
关键词 梅花鹿 产茸性能 SNP 相关性分析 群体验证
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TMEM219基因可变剪切体相对表达量及其对鹿茸重量的影响
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作者 赵佩 王磊 +2 位作者 王洪亮 邢秀梅 胡鹏飞 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第7期2150-2158,共9页
试验旨在研究TMEM219基因3种剪切体在不同重量鹿茸尖端的表达规律及TMEM219基因表达对鹿茸重量的影响,以期探究TMEM219基因对鹿茸生长发育的调控机理。利用实时荧光定量PCR技术对TMEM219基因及其3种剪切体在同一重量组鹿茸的不同组织及... 试验旨在研究TMEM219基因3种剪切体在不同重量鹿茸尖端的表达规律及TMEM219基因表达对鹿茸重量的影响,以期探究TMEM219基因对鹿茸生长发育的调控机理。利用实时荧光定量PCR技术对TMEM219基因及其3种剪切体在同一重量组鹿茸的不同组织及不同重量组鹿茸的同一组织mRNA的相对表达水平进行检测,同时测定并比较不同产茸量梅花鹿的血清中胰岛素生长因子1(IGF-1)和胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)的浓度。结果表明,TMEM219基因的3种剪接体在梅花鹿鹿茸的间充质及前成软骨组织(RP)、过渡组织(TZ)及软骨组织(C)中均有表达,TMEM219-918基因相对表达量极显著高于TMEM219-1005与TMEM219-1960基因(P<0.01),TMEM219-1005与TMEM219-1960基因相对表达量无显著差异(P>0.05);高重量组TMEM219基因表达量显著高于低重量组(P<0.05);同时,高重量组个体血清中IGF-1浓度显著高于低重量组个体(P<0.05),而IGFBP-3浓度显著低于低重量组个体(P<0.05)。结果提示,TMEM219基因高表达可能会促进鹿茸的生长,增加鹿茸重量;推测其可能的机理是TMEM219竞争性结合IGFBP-3,减少与其结合的IGF-1,加强IGF-1与IGF-1R的亲和力,进而提高IGF-1对鹿茸生长的促进作用。TMEM219基因可能成为影响鹿茸生长发育的候选基因,为提高鹿茸生长提供理论基础。 展开更多
关键词 鹿茸 TMEM219基因 可变剪切体 荧光定量
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