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对化学反应数据分类获取反应知识的新方法
1
作者
朱倩
姚建华
+2 位作者
李丰
陈海峰
袁身刚
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期112-119,共8页
尽管已有大量化学反应数据可供使用 ,但化学家仍常常感到很难便捷地从中得到所需的信息 .这主要是由于反应数据库基于结构的检索方法与化学家解决问题的方法相去甚远 .为解决这一问题而发展了一种通过对反应进行二级分类得到精细描述反...
尽管已有大量化学反应数据可供使用 ,但化学家仍常常感到很难便捷地从中得到所需的信息 .这主要是由于反应数据库基于结构的检索方法与化学家解决问题的方法相去甚远 .为解决这一问题而发展了一种通过对反应进行二级分类得到精细描述反应知识的层次模型的方法 .第一次分类时不同的同类反应都在由一组普适性好的称作反应结构一级描述符构成的空间中进行 .在第一次分类结果的基础上 ,得到每一类反应的公共结构特征作为第二次分类的结构描述符 ,利用它们进行更精细的分类 ,即可从原始反应数据中得到所需的基核反应 .由特定反应、基核反应和基型反应就可将反应知识更合理地组织在同类反应知识库中 ,使它们得到更好的利用 .
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关键词
化学反应数据
分类
化学反应知识
同类反应
基核反应
结构描述符
化学超空间
层次模型
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职称材料
几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂
被引量：
13
2
作者
聂晶
董喜成
潘家祜
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第7期1129-1135,共7页
由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的...
由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的区域选择法(q^2-GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数(CoMSIA)等四种改进的CoMFA方法,对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)拮抗剂进行了比较研究.结果表明四种改进的CoMFA方法得到的q^2值均比传统CoMFA的高.q^2-GRS方法得到的q^2值有所提高,但综合结果并不理想,AOS与APS得到的q^2较为理想,而在CoMSIA中,q^2几乎不受空间取向或空间位置的影响.同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS/APS程序中的传统PLS进行统计分析,明显提高了其运行速度.最后,根据q^2最高的CoMFA模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物.
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关键词
CoMFA方法
血小板活化因子拮抗剂
比较分子场分析
R^2引导的区域选择法
全取向搜索法
全空间搜索法
配体药物
药物设计
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职称材料
PAF拮抗剂的三维定量构效关系研究
3
作者
聂晶
董喜成
潘家枯
《中国药理通讯》
2003年第3期68-68,共1页
关键词
PAF拮抗剂
三维定量构效关系
配体
药物设计
受体
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职称材料
题名
对化学反应数据分类获取反应知识的新方法
1
作者
朱倩
姚建华
李丰
陈海峰
袁身刚
机构
中国科学院
上海
有机化学
研究所
出处
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期112-119,共8页
文摘
尽管已有大量化学反应数据可供使用 ,但化学家仍常常感到很难便捷地从中得到所需的信息 .这主要是由于反应数据库基于结构的检索方法与化学家解决问题的方法相去甚远 .为解决这一问题而发展了一种通过对反应进行二级分类得到精细描述反应知识的层次模型的方法 .第一次分类时不同的同类反应都在由一组普适性好的称作反应结构一级描述符构成的空间中进行 .在第一次分类结果的基础上 ,得到每一类反应的公共结构特征作为第二次分类的结构描述符 ,利用它们进行更精细的分类 ,即可从原始反应数据中得到所需的基核反应 .由特定反应、基核反应和基型反应就可将反应知识更合理地组织在同类反应知识库中 ,使它们得到更好的利用 .
关键词
化学反应数据
分类
化学反应知识
同类反应
基核反应
结构描述符
化学超空间
层次模型
Keywords
generic reaction, reaction core, structure descriptor, chemical super space
分类号
O6-0 [理学—化学]
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职称材料
题名
几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂
被引量：
13
2
作者
聂晶
董喜成
潘家祜
机构
复旦大学药
学院
中国科学院上海有机化学研究所计算机化学重点实验室
出处
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第7期1129-1135,共7页
基金
科技部国家重点基础发展规划973项目(No.G1998051115)。
文摘
由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的区域选择法(q^2-GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数(CoMSIA)等四种改进的CoMFA方法,对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)拮抗剂进行了比较研究.结果表明四种改进的CoMFA方法得到的q^2值均比传统CoMFA的高.q^2-GRS方法得到的q^2值有所提高,但综合结果并不理想,AOS与APS得到的q^2较为理想,而在CoMSIA中,q^2几乎不受空间取向或空间位置的影响.同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS/APS程序中的传统PLS进行统计分析,明显提高了其运行速度.最后,根据q^2最高的CoMFA模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物.
关键词
CoMFA方法
血小板活化因子拮抗剂
比较分子场分析
R^2引导的区域选择法
全取向搜索法
全空间搜索法
配体药物
药物设计
Keywords
comparative molecular field analysis (CoMFA) , cross-validated R -guided regional selection (q2-GRS) ,all-orientation search and all-placement search (AOS/APS), comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA), platelet activating fac
分类号
TQ464 [化学工程—制药化工]
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职称材料
题名
PAF拮抗剂的三维定量构效关系研究
3
作者
聂晶
董喜成
潘家枯
机构
复旦大学药
学院
中国科学院上海有机化学研究所计算机化学重点实验室
出处
《中国药理通讯》
2003年第3期68-68,共1页
关键词
PAF拮抗剂
三维定量构效关系
配体
药物设计
受体
分类号
R977 [医药卫生—药品]
R914.2 [医药卫生—药物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
对化学反应数据分类获取反应知识的新方法
朱倩
姚建华
李丰
陈海峰
袁身刚
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004
0
下载PDF
职称材料
2
几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂
聂晶
董喜成
潘家祜
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003
13
下载PDF
职称材料
3
PAF拮抗剂的三维定量构效关系研究
聂晶
董喜成
潘家枯
《中国药理通讯》
2003
0
下载PDF
职称材料
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