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HotDataSpider,一个生物医学文献热点数据自动化抽取工具 被引量：1
1
作者 许庆炜 郭坚 《计算机与数字工程》 2010年第11期69-71,85,共4页
学术期刊中的附加数据是进行数据分析和文本挖掘的重要依据,具有的分散性、多样性和时效性的特点,难以管理和维护,文章将这类数据称HotData。HotDataSpider以生物医学类文献为研究对象,对生物信息学领域15本国际权威期刊提供的附加数据... 学术期刊中的附加数据是进行数据分析和文本挖掘的重要依据,具有的分散性、多样性和时效性的特点,难以管理和维护,文章将这类数据称HotData。HotDataSpider以生物医学类文献为研究对象,对生物信息学领域15本国际权威期刊提供的附加数据进行分析,实现了自动抽取、转换,最终将整理好的数据集批量导入到上海生物信息技术研究中心提供的HotData主题数据库中。 展开更多
关键词 HotData ETL 生物医学 附加数据
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CYP2C19基因与药物代谢相关性研究进展 被引量：7
2
作者 杜红丽 王靖方 +3 位作者 崔建勋 凌飞 魏冬青 王小宁 《广东药学院学报》 CAS 2008年第5期532-535,共4页
关键词 CYP2C19 SNP 单倍型 药物代谢 个性化药物设计
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细胞色素酶2D6的分子对接以及分子动力学研究 被引量：1
3
作者 王靖方 张成城 魏冬青 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第1期40-44,共5页
细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模... 细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用.并且发现,细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216,Asp301,Ser304和Ala305在其与药物分子的相互作用中有着重要的作用.它们可以形成一个或者多个氢键来固定药物分子.同时其活性位点中的Phe120可以通过形成一定的Π-Π相互作用来识别和固定药物分子.这些发现有助于进一步了解细胞色素酶2D6的结构特征,特别是其活性位点附近的结构特征,理解细胞色素酶2D6代谢药物的机理.同时,由于细胞色素酶2D6存在着单核苷酸多肽性,所得到的结果可以为个性化医疗提供一定的理论基础. 展开更多
关键词 细胞色素酶 分子对接 分子动力学模拟 药物代谢机理 个性化医疗
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预测和分析血吸虫含有EF-hand结构域的表膜蛋白的功能 被引量：5
4
作者 于复东 康斌 +1 位作者 李园园 李亦学 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第13期1529-1535,共7页
血吸虫病仍然是严重危害人类健康的重要寄生虫疾病之一.在血吸虫中发现一类特殊的表膜蛋白,它们含有EF-hand结构域,但是对它们功能的了解除了可以作为抗原之外几乎一无所知.蛋白-蛋白相互作用、位点特异性变异和糖基化位点修饰等insilic... 血吸虫病仍然是严重危害人类健康的重要寄生虫疾病之一.在血吸虫中发现一类特殊的表膜蛋白,它们含有EF-hand结构域,但是对它们功能的了解除了可以作为抗原之外几乎一无所知.蛋白-蛋白相互作用、位点特异性变异和糖基化位点修饰等insilico分析的结果表明,这类表膜蛋白不仅可以与具有免疫调节功能的宿主蛋白进行相互作用来帮助血吸虫主动调节宿主的免疫反应,还可以通过位点特异性变异、糖基化修饰自身那些可以被宿主免疫攻击所识别的位点,以帮助血吸虫被动调节宿主免疫攻击.此外,对表膜蛋白C端区域的分析表明,这些蛋白还可以协助血吸虫抑制宿主多核细胞的细胞趋化和宿主的IgG4免疫反应来调节和逃避宿主的免疫攻击.总之,分析结果暗示,这些表膜蛋白可以协助血吸虫在宿主-寄生虫相互作用过程中调节和逃避宿主的免疫攻击,起到自我保护的作用. 展开更多
关键词 血吸虫 宿主-寄生虫相互作用 表膜蛋白 EF-hand结构域 生物信息学分析
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冬凌草甲素处理的Kasumi-1细胞蛋白磷酸化谱分析 被引量：1
5
作者 屯亮亮 李贞 +1 位作者 孙红 李亦学 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期506-514,共9页
白血病是一种常见恶性肿瘤,是我国重点防治的十大恶性肿瘤之一。冬凌草甲素是一种从草药中萃取的化合物。研究表明,冬凌草甲素能够诱导肿瘤细胞凋亡,但人们对其抗癌作用的潜在分子机制还知之甚少。作者系统分析了经冬凌草甲素处理的人... 白血病是一种常见恶性肿瘤,是我国重点防治的十大恶性肿瘤之一。冬凌草甲素是一种从草药中萃取的化合物。研究表明,冬凌草甲素能够诱导肿瘤细胞凋亡,但人们对其抗癌作用的潜在分子机制还知之甚少。作者系统分析了经冬凌草甲素处理的人白血病Kasumi-1细胞的蛋白磷酸化水平变化特征,构建了蛋白位点之间磷酸化水平变化的相关性网络。不同于基因调控网络,磷酸化水平变化相关性网络呈现带状结构。网络结构显示了蛋白磷酸化信号的级联放大传递作用,以及冬凌草甲素对蛋白磷酸化水平影响的多向性。受冬凌草甲素影响而发生磷酸化水平变化的蛋白,显著富集在与控制细胞增殖、激酶结合功能、癌症相关的重要通路中。分析结果显示了冬凌草甲素影响下的蛋白磷酸化水平变化特征及其重要作用。 展开更多
关键词 冬凌草甲素 蛋白磷酸化 信号转导
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