目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用...目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。展开更多
目的了解河北省保定市经男男同性性行为(men who have sex with men,MSM)途径感染HIV-1(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的患者中,HIV-1亚型分布和分子传播网络情况。方法使用In-house方法扩增HIV-1 pol区目的基因序列,通...目的了解河北省保定市经男男同性性行为(men who have sex with men,MSM)途径感染HIV-1(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的患者中,HIV-1亚型分布和分子传播网络情况。方法使用In-house方法扩增HIV-1 pol区目的基因序列,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络。结果CRF01;E是最主要HIV-1毒株亚型,构成比为51.9%(94/181),其次是CRF07;C26.5%(48/181)、B亚型14.4%(26/181)和CRF103;1B2.8%(5/181),其它近年来新鉴定的流行重组毒株占4.4%(8/181);原发耐药率为8.3%(15/181);共有50条序列进入HIV-1分子网络,入网率为27.6%(50/181),共鉴别出17个传播簇,其中最大的一簇是CRF01;E,共有36个节点。结论河北省保定地区通过MSM途径感染HIV-1的人群中HIV-1亚型复杂多样,耐药率处于中等水平,加强耐药监测和防控措施,并对重点传播簇进行干预,对控制该地区疫情发展具有重要意义。展开更多
文摘目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。
文摘目的了解河北省保定市经男男同性性行为(men who have sex with men,MSM)途径感染HIV-1(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的患者中,HIV-1亚型分布和分子传播网络情况。方法使用In-house方法扩增HIV-1 pol区目的基因序列,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络。结果CRF01;E是最主要HIV-1毒株亚型,构成比为51.9%(94/181),其次是CRF07;C26.5%(48/181)、B亚型14.4%(26/181)和CRF103;1B2.8%(5/181),其它近年来新鉴定的流行重组毒株占4.4%(8/181);原发耐药率为8.3%(15/181);共有50条序列进入HIV-1分子网络,入网率为27.6%(50/181),共鉴别出17个传播簇,其中最大的一簇是CRF01;E,共有36个节点。结论河北省保定地区通过MSM途径感染HIV-1的人群中HIV-1亚型复杂多样,耐药率处于中等水平,加强耐药监测和防控措施,并对重点传播簇进行干预,对控制该地区疫情发展具有重要意义。
