肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的五大恶性肿瘤之一。据世界卫生组织(World health organization,WHO)最新统计,肝癌发病率位居全球第八,死亡率位居全球第三,严重影响人们的生命健康。外泌体(Exosomes)是磷脂双分子层...肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的五大恶性肿瘤之一。据世界卫生组织(World health organization,WHO)最新统计,肝癌发病率位居全球第八,死亡率位居全球第三,严重影响人们的生命健康。外泌体(Exosomes)是磷脂双分子层包被的细胞外囊泡,携带来自母细胞的蛋白质、核酸等活性物质,可实现细胞间的物质交换和信息交流,参与协调体内的生理病理过程。近年来外泌体与肝癌相关性的研究引起了广泛关注,大量研究表明外泌体蛋白在肝癌的发生发展、诊断治疗和预后方面发挥至关重要的作用。现就外泌体的组成与功能、外泌体蛋白在肝癌的作用进行简要综述。展开更多
抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要...抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要研究方向,湿实验法在进行大规模抗菌肽识别时存在成本高、效率低、周期长等难点,计算机辅助识别法是抗菌肽识别手段的重要补充,如何提升准确率是其中的关键问题。蛋白质序列可以被近似地看作是由氨基酸组成的语言,运用自然语言处理(natural language processing,NLP)技术可能提取到丰富的特征。本文将自然语言处理领域中的预训练模型BERT和微调结构Text-CNN结合,对蛋白质语言进行建模,提供了开源可用的抗菌肽识别工具,并与已发表的5种抗菌肽识别工具进行了比较。结果表明,优化“预训练-微调”策略带来了准确率、敏感度、特异性和马修相关系数的整体提升,为进一步研究抗菌肽识别算法提供了新思路。展开更多
文摘肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的五大恶性肿瘤之一。据世界卫生组织(World health organization,WHO)最新统计,肝癌发病率位居全球第八,死亡率位居全球第三,严重影响人们的生命健康。外泌体(Exosomes)是磷脂双分子层包被的细胞外囊泡,携带来自母细胞的蛋白质、核酸等活性物质,可实现细胞间的物质交换和信息交流,参与协调体内的生理病理过程。近年来外泌体与肝癌相关性的研究引起了广泛关注,大量研究表明外泌体蛋白在肝癌的发生发展、诊断治疗和预后方面发挥至关重要的作用。现就外泌体的组成与功能、外泌体蛋白在肝癌的作用进行简要综述。
文摘抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要研究方向,湿实验法在进行大规模抗菌肽识别时存在成本高、效率低、周期长等难点,计算机辅助识别法是抗菌肽识别手段的重要补充,如何提升准确率是其中的关键问题。蛋白质序列可以被近似地看作是由氨基酸组成的语言,运用自然语言处理(natural language processing,NLP)技术可能提取到丰富的特征。本文将自然语言处理领域中的预训练模型BERT和微调结构Text-CNN结合,对蛋白质语言进行建模,提供了开源可用的抗菌肽识别工具,并与已发表的5种抗菌肽识别工具进行了比较。结果表明,优化“预训练-微调”策略带来了准确率、敏感度、特异性和马修相关系数的整体提升,为进一步研究抗菌肽识别算法提供了新思路。
