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扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估
1
作者 赵璐 董蕾 +2 位作者 喻勇新 靳淼 王永杰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期299-305,共7页
牡蛎中诺如病毒基因多样的研究对病毒的流行传播和疫情防控具有十分重要的意义,二代测序技术(next generation sequencing, NGS)的扩增子测序具有高通量、高准确性等优势,被广泛应用于基因组学、转录组学和表观基因组学等领域。为评估... 牡蛎中诺如病毒基因多样的研究对病毒的流行传播和疫情防控具有十分重要的意义,二代测序技术(next generation sequencing, NGS)的扩增子测序具有高通量、高准确性等优势,被广泛应用于基因组学、转录组学和表观基因组学等领域。为评估扩增子测序技术对牡蛎中诺如病毒多样性研究的可行性,采用经典的巢式反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR)方法对人为污染诺如病毒的牡蛎样品进行检测并将产物进行扩增子测序,对病毒基因型覆盖度和灵敏度进行分析。结果显示,在覆盖度方面,扩增子测序技术能够检测出人为添加到牡蛎中的6种GⅡ型诺如病毒,覆盖率达到100%;在灵敏度方面,对人为污染有不同数量诺如病毒的牡蛎进行检测及测序分析,证实扩增子测序的灵敏性较高,低于50个病毒粒子也能检测出。综上,扩增子测序技术提高了牡蛎中诺如病毒检测的准确性以及基因型的丰富度。 展开更多
关键词 诺如病毒 贝类 扩增子测序 引物评估 多样性
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2019-2023年上海市临港地区市售牡蛎中人源诺如病毒污染的调查研究
2
作者 徐佳乐 赵璐 +3 位作者 贾添慧 董蕾 王永杰 喻勇新 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第20期28-34,共7页
目的 检测2019-2023年上海市临港地区市售牡蛎中人源诺如病毒(norovirus, NoV)的污染状况,并分析病毒基因型分布特点。方法 本研究自2019年10月至2023年4月从上海市水产市场随机采集545份牡蛎样本,利用巢式逆转录聚合酶链式反应方法对... 目的 检测2019-2023年上海市临港地区市售牡蛎中人源诺如病毒(norovirus, NoV)的污染状况,并分析病毒基因型分布特点。方法 本研究自2019年10月至2023年4月从上海市水产市场随机采集545份牡蛎样本,利用巢式逆转录聚合酶链式反应方法对样本中的NoV进行检测分析。结果 牡蛎中NoV污染的总阳性率为4.04%(22/545);共检出5种基因型病毒:GⅠ.3 (n=5), GⅠ.4 (n=3), GⅡ.17 (n=3), GⅡ.3 (n=9), GⅡ.4 (n=4),其中有4只牡蛎样本存在GⅠ和GⅡ型NoV混合污染的现象。基因型丰度上, 2019年检出以GⅠ型病毒为主,主要是GⅠ.3;2020年至2022年检出以GⅡ型病毒为主,主要是GⅡ.3和GⅡ.4;2023年上半年检出GⅠ、GⅡ型病毒, GⅡ型偏多。季节上,每年的秋冬季牡蛎中NoV的检出率最高,与人群中NoV的季节性暴发规律相吻合。结论 自新冠疫情暴发以来,上海市临港地区市售牡蛎中NoV检出率大幅下降,阳性检出率和基因类群变化与国外研究结果 趋势一致。该研究结果 不仅填补了国内在新冠疫情期间对牡蛎中NoV监测的数据空缺,而且为牡蛎的食用安全评估提供科学依据。 展开更多
关键词 诺如病毒 牡蛎 污染 基因型 风险防控
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一株克氏原螯虾病原——霍乱弧菌的分离鉴定
3
作者 鹿豪洁 李凯 +2 位作者 吕锦贤 王永杰 杨明树 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2024年第3期441-449,共9页
从尾扇边缘溃烂的克氏原螯虾中分离到一株优势菌LK-18,并对该菌株进行种属鉴定和致病性分析。通过菌落形态观察、16S rRNA测序、血清型分析及基因特性鉴定对细菌的类别进行初步判断,并采用浸泡感染、肌肉注射和腹腔注射等方式进行人工... 从尾扇边缘溃烂的克氏原螯虾中分离到一株优势菌LK-18,并对该菌株进行种属鉴定和致病性分析。通过菌落形态观察、16S rRNA测序、血清型分析及基因特性鉴定对细菌的类别进行初步判断,并采用浸泡感染、肌肉注射和腹腔注射等方式进行人工感染实验对细菌的致病性进行评估。经16S rRNA测序分析和4个管家基因(atp A、pyr H、rec A、gyr B)串联分析,该菌株最终被鉴定并命名为VibriocholeraeLK-18。V. choleraeLK-18经PCR鉴定不属于O1和O139血清型,但含hly毒力基因和几丁质分解相关的几丁质酶(chitinase,Chi)基因。人工感染实验虽未能重现烂尾症状,但从克氏原螯虾烂尾组织中分离的V. choleraeLK-18具有致病性,能够引起克氏原螯虾的死亡。研究结果表明霍乱弧菌LK-18是一种致病菌,不仅扩大了非O1/O139群霍乱弧菌的感染宿主范围,同时预警霍乱弧菌有导致克氏原螯虾养殖业暴发疾病的可能,因此要提前做好该疾病的预防工作,从而避免霍乱弧菌感染带来的损失。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 致病菌 霍乱弧菌(Vibrio cholerae) 分离鉴定
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上海市售牡蛎中诺如病毒的污染及基因型和流行趋势分析 被引量：4
4
作者 贾添慧 王永杰 +3 位作者 杨明树 时沙沙 董蕾 喻勇新 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期38-42,共5页
为了检测和分析上海市售牡蛎中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因型和流行病学特征,为牡蛎中NoV的风险防控和食用安全评估提供支撑,2017年10月至2019年10月,在上海市随机抽样,采集牡蛎样品,应用巢式RT-PCR方法检测,使用Norovirus genotypin... 为了检测和分析上海市售牡蛎中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因型和流行病学特征,为牡蛎中NoV的风险防控和食用安全评估提供支撑,2017年10月至2019年10月,在上海市随机抽样,采集牡蛎样品,应用巢式RT-PCR方法检测,使用Norovirus genotyping tool结合系统发育分析序列并进行基因分型;从时间分布和基因型分布两个方面进行基因型和流行病学分析。检测牡蛎样品共633只,阳性检出率为22.1%(140/633),11月至次年2月为牡蛎中NoV污染的高峰期。共检出8种基因型:GI.3(62例)、GI.4(21例)、GI.9(1例)、GII.4(30例)、GII.3(29例)、GII.12(13例)、GII.2(6例)和GII.17(4例)。第一年检出基因型以GI型为主(89.4%),主要为GI.3(67.1%)和GI.4(22.4%);第二年以GII型为主(90.1%),分别为GII.3(35.8%)、GII.4(30.9%)、GII.12(12.3%)、GII.2(7.4%)和GII.17(3.7%)。其中,在25份样品中同时检测到GII.3和GII.4的混合污染,1例GI.9和GII.3的混合污染。结果表明在两年内牡蛎源NoV优势基因型发生从GI型到GII型的转变,推测极有可能受到外因即人类活动的影响,呼吁加强对水质和牡蛎养殖区的人类活动的控制以减少NoV食源性疾病发生。NoV的暴发具有很强的冬季季节性,而人中NoV的流行株还在环境中循环;多基因型污染不仅为NoV基因重组创造机会,也加剧了牡蛎的食用风险,因此有关部门应加强宣传,避免在NoV暴发期食用,尤其是避免生食牡蛎。 展开更多
关键词 诺如病毒 牡蛎 污染 基因型 流行病学趋势
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洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性
5
作者 李聪 田敬孜 王永杰 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第2期358-370,共13页
目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)... 目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)与134条规律间隔短回文重复(CRISPR)间隔序列产生了315个匹配。经注释后获得了128个ORF和135个匹配的功能信息,占比前5位的依次为终止酶(terminase)、衣壳蛋白(capsid protein)、门蛋白(portal protein)、肽酶(peptidase)和DNA甲基化转移酶(DNA methyltransferase)。匹配多在病毒特定功能基因的保守域或关键结构域中。这表明,CRISPR-Cas系统发挥免疫功能时表现出针对病毒特定基因、功能和结构域的靶标特异性。此外,属于Class 1门类下的Type_I型系统的CRISPR-Cas间隔序列匹配数量远高于其他类型系统,占总数的89.0%。结论 本文的研究结果揭示了CRISPR-Cas系统的靶标偏好,增进了对其的认识,为更好地理解病毒-宿主免疫互作机制提供了新的证据和线索。 展开更多
关键词 CRISPR 间隔序列 功能基因 DNA病毒
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首个沃斯古菌门古菌病毒基因组的发现
6
作者 田敬孜 路方鑫 +2 位作者 黎谢飞 周一帆 王永杰 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第1期126-132,共7页
古菌作为细菌和真核生物之外的第三大生命域,广泛分布于陆生、水生甚至肠道等环境中。迄今为止,有关其病毒的研究依然十分薄弱。通过深度分析滴水湖宏病毒组数据,并结合tRNA基因匹配的方法,对其中的古菌病毒进行了探索。结果表明,发现... 古菌作为细菌和真核生物之外的第三大生命域,广泛分布于陆生、水生甚至肠道等环境中。迄今为止,有关其病毒的研究依然十分薄弱。通过深度分析滴水湖宏病毒组数据,并结合tRNA基因匹配的方法,对其中的古菌病毒进行了探索。结果表明,发现了一条沃斯古菌门(Candidatu sWoesearchaeota)古菌病毒基因组序列,长度为23340bp,其tRNA基因序列与宿主的具有100%的一致性,将之命名为Candidatus Woesearchaeota Phage DSL-JZ1,简称DSL-JZ1。基因组注释结果显示,DSL-JZ1除了编码多个沃斯古菌的同源蛋白,还包括尾钉蛋白(tail spikeprotein)、尾丝蛋白(tailfiberprotein)以及裂解酶等有尾病毒目病毒结构和毒力基因。基因组共享基因网络分析证明,DSL-JZ1与目前已知的所有古菌病毒间,包括头尾结构的古菌病毒,缺乏明显的亲缘性。结果揭示DSL-JZ1代表着一个全新的、感染沃斯古菌门古菌的、具有头尾结构的、源自我国淡水湖泊的水生古菌病毒。 展开更多
关键词 沃斯古菌病毒 头尾结构 滴水湖 TRNA基因
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枸杞岛海域表层水真菌群落多样性研究 被引量：2
7
作者 王雪 肖劲洲 王永杰 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第6期11-17,共7页
通过扩增子测序,分析了枸杞岛附近海域表层水中真菌群落组成及其多样性特征。结果表明,枸杞岛周围海域真菌群落组成稳定,优势真菌菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势菌纲为座囊菌纲(Dothideomycetes),优势真菌属包括Hortaea、青霉菌属(Pen... 通过扩增子测序,分析了枸杞岛附近海域表层水中真菌群落组成及其多样性特征。结果表明,枸杞岛周围海域真菌群落组成稳定,优势真菌菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势菌纲为座囊菌纲(Dothideomycetes),优势真菌属包括Hortaea、青霉菌属(Penicillium)、曲霉菌属(Aspergillus)。其中丰度最高的OTU1765属于威尼克外瓶霉(Hortaea werneckii),经FUNGuild功能预测发现这是一种潜在的人类和植物病原真菌。枸杞岛附近海域表层水中真菌群落的生态功能组成比较丰富,主要为植物病原菌和未明确的腐生真菌。研究结果揭示了枸杞岛附近海域表层水中的真菌群落组成特点,为枸杞岛附近海域表层水中微生物资源的开发利用及环境保护提供参考。 展开更多
关键词 枸杞岛 真菌群落 多样性 植物病原菌 威尼克外瓶霉(Hortaea werneckii)
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全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现
8
作者 周亮 徐声忠 +1 位作者 盛伊建 王永杰 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期43-48,共6页
噬病毒体是寄生于原生生物巨病毒的一类小型双链DNA病毒。带有噬病毒体的巨病毒侵染单细胞真核宿主的能力下降,结果使得真核宿主的存活率上升。噬病毒体最早分离自巨病毒和单细胞真核宿主的共培养体系。随后基于宏基因组学分析表明,噬... 噬病毒体是寄生于原生生物巨病毒的一类小型双链DNA病毒。带有噬病毒体的巨病毒侵染单细胞真核宿主的能力下降,结果使得真核宿主的存活率上升。噬病毒体最早分离自巨病毒和单细胞真核宿主的共培养体系。随后基于宏基因组学分析表明,噬病毒体广泛分布于全球水环境中(尤其是淡水环境中)。通过深度分析全球海洋病毒数据库(Global Ocean Viromes)序列,挖掘出了3条完整的、新的噬病毒体全基因组序列(Global Ocean Viromes Virophage_1/2/3,GOV_V1/2/3)。系统发育和基因组分析表明,GOV_V1与藻类巨病毒的潜在噬病毒体(如QLV和YSLV1,4,6)亲缘关系最近,GOV2_V2和GOV2_V3则与阿米巴虫巨病毒的噬病体(Sputnik家族)亲缘性最近。结果显示,微藻可能是GOV2_V1的真核宿主,而原生动物可能是GOV2_V2和GOV2_V3的真核宿主。 展开更多
关键词 噬病毒体 全球海洋病毒数据库 宏病毒组
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F-RNA噬菌体YM1肠道宿主分析
9
作者 赵海霞 杨明树 +1 位作者 喻勇新 王永杰 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2363-2377,共15页
【背景】F-RNA噬菌体近年来常被作为水环境中诺如病毒污染的指示物。本课题组前期以大肠杆菌ATCC700891T为宿主,从人便样中筛选出一株F-RNA噬菌体YM1,其与大肠杆菌噬菌体MS2亲缘关系最近,MS2宿主通常为含有性菌毛的雄性大肠杆菌。【目... 【背景】F-RNA噬菌体近年来常被作为水环境中诺如病毒污染的指示物。本课题组前期以大肠杆菌ATCC700891T为宿主,从人便样中筛选出一株F-RNA噬菌体YM1,其与大肠杆菌噬菌体MS2亲缘关系最近,MS2宿主通常为含有性菌毛的雄性大肠杆菌。【目的】探索F-RNA噬菌体与其肠道宿主及诺如病毒之间的互作关系,筛选YM1的肠道宿主。【方法】采用选择性培养基筛选YM1阳性便样中的大肠杆菌并进行YM1侵染验证,结合16S rRNA基因扩增子测序分析YM1接种前后便样中的差异性菌群种类,对YM1阳性便样中潜在的YM1肠道宿主进行分析。【结果】筛选到351个大肠杆菌菌株,YM1侵染结果表明这些大肠杆菌均不是YM1的宿主;16S rRNA基因扩增子测序分析差异性菌种显示,Enterobacter sp.(OTU144)和Enterobacter sp.(OTU11)这2株肠杆菌属细菌的相对丰度在YM1感染后发生显著性的降低,表明该2种细菌可能为YM1的潜在肠道宿主。【结论】YM1具有严格的宿主特异性,便样中大肠杆菌并非YM1的肠道宿主,同时发现了2种YM1的潜在宿主,为进一步筛选分离YM1的肠道宿主提供了方向和依据。 展开更多
关键词 F-RNA噬菌体 肠道宿主 便样 大肠杆菌
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