微生物天然产物数据库的建立及应用 被引量：4

1

作者 姜威 司书毅 +7 位作者 陈湘萍 王林 庄锡亮 邹坚 陈鸿珊 曹凌霄 冯华 陈利 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期119-121,共3页

微生物天然产物数据库(m icrob ia l natura l products database,M NPD)是由中国医学科学院医药生物技术研究所和创腾科技有限公司联合开发,在M DL IS IS B ase化学信息管理系统上构建的综合性天然产物数据库。包括15000多个微生物天... 微生物天然产物数据库(m icrob ia l natura l products database,M NPD)是由中国医学科学院医药生物技术研究所和创腾科技有限公司联合开发,在M DL IS IS B ase化学信息管理系统上构建的综合性天然产物数据库。包括15000多个微生物天然产物的来源、制备、理化性质、二维和三维化学结构、生物活性和原始文献等信息资料,可用于微生物天然产物的信息查询、总结性检索和计算机辅助药物分子设计研究。微生物天然产物数据库是医药领域科研工作者开展药物研发及相关工作的重要工具。本文简要介绍了数据库的开发历程、组成、功能及一些应用实例。 展开更多

关键词 微生物天然产物 数据库 MDL ISIS Base化学信息管理系统

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黄酮类醛糖还原酶抑制剂的抑制机理研究 被引量：7

2

作者 刘海波 王占黎 +1 位作者 乔颖欣 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第7期1059-1064,共6页

为了研究黄酮类醛糖还原酶抑制剂的抑制机理,选择了31个黄酮类化合物作为训练集,使用Catalyst软件包构建了此类抑制剂的药效团模型.并专门针对黄酮类化合物定制了氢键给体和受体模型,效果优于使用Catalyst内预定义的模型.最终的药效团... 为了研究黄酮类醛糖还原酶抑制剂的抑制机理,选择了31个黄酮类化合物作为训练集,使用Catalyst软件包构建了此类抑制剂的药效团模型.并专门针对黄酮类化合物定制了氢键给体和受体模型,效果优于使用Catalyst内预定义的模型.最终的药效团模型由两个氢键给体和一个氢键受体组成,对训练集具有较好预测能力(Correl=0.9013).此外,使用InsightII/Affinity对6个黄酮类化合物进行了分子对接研究.综合药效团模型和分子对接研究的结果,发现黄酮类化合物的抑制活性主要源于黄酮骨架上的C4′或C3′位的羟基与醛糖还原酶活性口袋中的TYR48、VAL47、GLN49和C7位的羟基与HIS110,TRP111所形成的两组氢键. 展开更多

关键词 醛糖还原酶抑制剂 黄酮类化合物 药效团模型

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Crossfire平台及检索技巧

3

作者 雷志伟 纪标 +1 位作者 夏剑辉 许招会 《科技创新导报》 2010年第12期43-44,共2页

本文介绍了Crossfire平台及包括结构(或反应)检索,数据检索及文本检索三种检索方式。为了更全面和更快捷的检索到所需内容,对结构检索中如何设定"定义官能团"(定义分系统定义和用户定义两种)的技巧进行了详细说明。

关键词 CROSSFIRE 检索方法 结构检索 技巧

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药检机构实验室信息化建设中ELN系统应用的探讨 被引量：6

4

作者 周霖 李健 蔡一峰 《中国药事》 CAS 2014年第2期168-171,共4页

目的探讨药检机构实验室信息化建设中电子实验室记录本(ELN)系统的选型和实施。方法结合我国药检机构实验室信息化平台建设的现状,论述ELN系统的意义和具体功能,并提出如何在药检系统信息化中进行ELN系统的选型。结果作为第三方检测实... 目的探讨药检机构实验室信息化建设中电子实验室记录本(ELN)系统的选型和实施。方法结合我国药检机构实验室信息化平台建设的现状,论述ELN系统的意义和具体功能,并提出如何在药检系统信息化中进行ELN系统的选型。结果作为第三方检测实验室的药检机构,在ELN的选型上应该区别于医药生产行业的ELN选型方式,需要选择一款灵活的ELN,同时选择适应日常检验和分析的ELN产品。结论选择灵活的可定制的ELN产品,能够满足药检实验室日常检验和分析的需求,适用于药检行业分析实验室的解决方案。 展开更多

关键词 药品检验 信息化 LIMS ELN

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基于.NET开发的化合物管理系统的设计与实现

5

作者 江文生 《信息与电脑》 2022年第3期106-109,共4页

随着制药行业信息化发展,企业实验产生的新药化合物越来越多,测试数据也多种多样,对化合物及其相关数据的集中管理尤为重要。针对化合物信息及测试数据管理,采用.NET Framework框架技术,结合B/S构架模式和MVC模型设计和实现了一套基于C... 随着制药行业信息化发展,企业实验产生的新药化合物越来越多,测试数据也多种多样,对化合物及其相关数据的集中管理尤为重要。针对化合物信息及测试数据管理,采用.NET Framework框架技术,结合B/S构架模式和MVC模型设计和实现了一套基于C#技术的化合物管理系统。该系统由化合物模块、测试数据模块及系统管理模块等组成,经过产品设计、代码开发、测试和应用程序部署后,进行实际应用。实践表明,系统对结构式的保存、检索等效果良好,并具有很好的扩展性和维护性,可以满足大部分制药企业对化合物管理的应用需求。 展开更多

关键词 化合物管理系统 .NET Framework MVC C#

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工作流技术在搭建自动化药品快速检测系统中的应用研究

6

作者 胡康 张学博 +2 位作者 邹传新 尹利辉 陈为 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期463-468,共6页

目的针对"国家药品快检数据库网络平台"建设过程中近红外光谱的自动化建模和比对功能模块的实现方法和设计思路进行介绍,考察和验证了工作流技术用于实现该模块的可行性。方法采用科研数据管理与分析工具Pipeline Pilot与药... 目的针对"国家药品快检数据库网络平台"建设过程中近红外光谱的自动化建模和比对功能模块的实现方法和设计思路进行介绍,考察和验证了工作流技术用于实现该模块的可行性。方法采用科研数据管理与分析工具Pipeline Pilot与药品近红外光谱快速比对算法的基本原理相结合,逐步搭建药品光谱处理和建模工作流,并与工作站软件OPUS进行比较和验证。结果基于工作流的建模和比对结果与OPUS软件的基本一致,同时还具有自动化的优势,易于使用。结论工作流技术能够准确、快速和简便的实现近红外光谱自动建模和比对功能,未来还可以灵活引入其他化学计量学方法。 展开更多

关键词 近红外光谱 工作流技术 自动化建模 药品快检方法

原文传递

基于B/S模式的含能化合物信息管理系统

7

作者 廉鹏 来蔚鹏 +1 位作者 王富国 王伯周 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1461-1464,共4页

为了将现有含能化合物的大量文字资料转化为数字资料,同时增强检索功能,方便科研人员使用,设计、开发了能够存储含能化合物基本信息、物化性能数据、爆轰性能数据和感度性能数据的数据库。该数据库涵盖了含能化合物的重要性能,实现了多... 为了将现有含能化合物的大量文字资料转化为数字资料,同时增强检索功能,方便科研人员使用,设计、开发了能够存储含能化合物基本信息、物化性能数据、爆轰性能数据和感度性能数据的数据库。该数据库涵盖了含能化合物的重要性能,实现了多用户对含能化合物二维结构及性能精确与模糊检索的功能,提高了检索的命中率和查全率。同时,该数据库为管理员提供了方便添加、删除、修改信息的操作,便于维护,保证了系统的稳定性及安全性。 展开更多

关键词 含能化合物 B/S模式 数据库

原文传递

基于药效团的血管紧张素转换酶抑制肽的结构优化 被引量：5

8

作者 王伟 沈生荣 +2 位作者 冯凤琴 何国庆 王占黎 《中国科学（B辑）》 CSCD 北大核心 2008年第4期357-364,共8页

采用Discovery Studio2.0中的药效团模型生成方法,产生了基于化学特征的ACE抑制肽的药效团模型.所选择的认为最好的药效团模型(Hypo1)含有5个化学特征(1个阴离子中心、1个氢键受体、1个氢键给体、2个疏水中心).我们先前采用实验的方法,... 采用Discovery Studio2.0中的药效团模型生成方法,产生了基于化学特征的ACE抑制肽的药效团模型.所选择的认为最好的药效团模型(Hypo1)含有5个化学特征(1个阴离子中心、1个氢键受体、1个氢键给体、2个疏水中心).我们先前采用实验的方法,从蚕蛹蛋白中获得具有ACE抑制活性的六肽分子,本文结合产生的ACE抑制肽药效团模型和分子对接研究,对该六肽分子进行结构优化,以识别六肽中对ACE抑制活性起关键作用的结构部分.结果显示,药效团模型的方法可有效用于ACE抑制肽的结构优化. 展开更多

关键词 血管紧张素转换酶 抑制肽 药效团模型 分子对接

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血管紧张素受体和内皮素受体双重受体拮抗剂药效团模型的研究(英文) 被引量：1

9

作者 薛为哲 吕炜 +1 位作者 周智明 王占黎 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1002-1008,共7页

使用Catalyst软件中的HipHop模块分别产生了AT1受体拮抗剂和ETA受体拮抗剂的三维药效团模型。AT1受体拮抗剂最优药效团模型(Hypo-AT1-7)和ETA受体拮抗剂最优药效团模型(Hypo-ETA-1)均经过仔细的验证。两种药效团含有5个药效团特征[氢键... 使用Catalyst软件中的HipHop模块分别产生了AT1受体拮抗剂和ETA受体拮抗剂的三维药效团模型。AT1受体拮抗剂最优药效团模型(Hypo-AT1-7)和ETA受体拮抗剂最优药效团模型(Hypo-ETA-1)均经过仔细的验证。两种药效团含有5个药效团特征[氢键受体(A)、脂肪族疏水(Z)、阴离子基团(N)、芳环(R)及芳环疏水(Y)],这5个特征是受体结合力的决定性因素。双重AT1和ETA受体拮抗剂可以分别与药效团模型Hypo-AT1-7和Hypo-ETA-1叠合。通过比较叠合最优模型Hypo-AT1-7和Hypo-ETA-1,发现两种模型不仅总结了两种拮抗剂的必要结构特征,并具有共同之处。这个研究结果将作为一个有效的工具用于设计和研究新型AT1和ETA双重受体拮抗剂及其结构关系。 展开更多

关键词 AT1和ETA双重受体拮抗剂 血管紧张素Ⅱ 内皮素受体 药效团

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防污剂在溶胀聚合物中扩散的模拟研究 被引量：1

10

作者 程栋材 黄志雄 +4 位作者 任润桃 王晶晶 叶章基 张亮 王跃平 《山东大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期18-25,34,共9页

利用Materials Studio软件进行分子动力学模拟研究平衡溶胀结构聚合物。调查溶胀前后聚合物玻璃化温度,水与链段在平衡溶胀态下的动力学、不同含水量下水分子的局部动力学和防污剂分子扩散行为,从分子角度解释包覆防污剂的受控释放机制... 利用Materials Studio软件进行分子动力学模拟研究平衡溶胀结构聚合物。调查溶胀前后聚合物玻璃化温度,水与链段在平衡溶胀态下的动力学、不同含水量下水分子的局部动力学和防污剂分子扩散行为,从分子角度解释包覆防污剂的受控释放机制。模拟发现处于平衡溶胀态下,3种P(MMA-co-n-BMA)玻璃化温度分别降低21. 72、17. 27、14. 40 K,水的动力学性质接近本体水,并且高于聚合物链段2个指数;溶胀聚合物处于橡胶态时,防污剂的有效扩散明显增加。结果表明,聚合物的含水量与玻璃化温度是控制防污剂分子扩散的关键因素。 展开更多

关键词 防污剂 分子动力学 平衡溶胀 玻璃化温度 均方位移

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强大的Thomson Pharma综合医药信息平台 被引量：2

11

作者 陈湘萍 《生物技术世界》 2006年第5期59-62,共4页

中国的医药和生物技术行业正处于蓬勃发展的阶段，近年来一直保持着很高的增长比例。然而这个行业一直以来也是公认的高投入、高风险行业。正如我们所清楚的，药物研究的关键因素在于做出正确的决定，确定哪个治疗领域值得投入，哪些化... 中国的医药和生物技术行业正处于蓬勃发展的阶段，近年来一直保持着很高的增长比例。然而这个行业一直以来也是公认的高投入、高风险行业。正如我们所清楚的，药物研究的关键因素在于做出正确的决定，确定哪个治疗领域值得投入，哪些化合物值得开发，更重要的是确定哪些化合物应当开展临床。任一个环节的决策失误都将导致失败。而正确的决策总是依赖于对信息的全面掌控。信息最方便快捷的来源，便是专业的数据库。 展开更多

关键词 信息平台 医药 决策失误 生物技术 化合物 行业 数据库

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分子模拟技术与控释制剂体系 被引量：2

12

作者 时炜 《生物技术世界》 2006年第4期33-34,共2页

控释类制剂体系与传统药物制剂不同．它能够控制药物在体液内的释放速率，从而达到一次服用．长期受益的目的。图1中列出了传统药物和新型缓控释制剂之间的区别。

关键词 控释制剂 分子模拟技术 药物制剂 释放速率 传统

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上海药物所药物研发信息管理平台简介

13

作者 廖国平 于坤千 +1 位作者 陈湘萍 冯华 《科研信息化技术与应用》 2009年第3期70-76,共7页

介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发... 介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发信息平台方面积累宝贵的经验,具有十分重要的推广价值。 展开更多

关键词 药物研发 信息学 信息管理平台

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化学信息与药物研发过程的管理

14

作者 况幸晏 《生物技术世界》 2006年第3期43-45,共3页

化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学分支，它利用计算机技术和计算机网络技术．对化学信息进行管理、分析，模拟和传播．以实现化学信息的提取、转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系．促进化学学科的知识创新。化学信息学... 化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学分支，它利用计算机技术和计算机网络技术．对化学信息进行管理、分析，模拟和传播．以实现化学信息的提取、转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系．促进化学学科的知识创新。化学信息学正在设法提供一个以用化学结构为框梨的通用化学语言．来组织化学领域的全部知识。化学信息学是化学与药物研究发展工作中的一项关键技术，是在分子水平上进行药物研究与创新的基础。当今的化学研究机构需要获取，管理和挖掘大量的化学数据与信息。 展开更多

关键词 化学信息学 药物研究 管理 研发过程 计算机网络技术 知识创新 计算机技术 化学学科 化学领域 化学语言

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从基因到先导化合物的发现之一——同源建模法预测蛋白质空间结构

15

作者 王占黎 冯华 林建成 《生物技术世界》 2005年第04M期40-42,32,共4页

蛋白质是一切生物藉以表现生命的最重要的基本单元，是自然界存在的小型的自动机器。任何一个生命体的繁衍、新陈代谢、运动，等等，都需要数十亿蛋白质的协调行动才能得以顺利进行。为了执行特定的生物功能，每一个蛋白质分子都有一个... 蛋白质是一切生物藉以表现生命的最重要的基本单元，是自然界存在的小型的自动机器。任何一个生命体的繁衍、新陈代谢、运动，等等，都需要数十亿蛋白质的协调行动才能得以顺利进行。为了执行特定的生物功能，每一个蛋白质分子都有一个独特的三维结构。假如一种蛋白质的空间结构发生了变化，该蛋白就失去了它应有的功能，甚至会对生物体的生命活动产生很大的影响。老年痴呆症和疯牛病的发生就是典型的例子。 展开更多

关键词 基因 先导化合物 同源建模法 蛋白质 空间结构 预测 DISCOVERY STUDIO Modeling 药物分子设计

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Darwin LIMS与药品生产质量控制

16

作者 阎作伟 《生物技术世界》 2006年第2期35-36,共2页

同其他的消费品的生产相比，药品的生产具有其独特的要求：严格遵守政策规范，批量生产，为保证质量需要进行复杂和重复性的测试工作。在药品生产面前，传统的实验室信息管理系统（LIMS）面临着窘境：在实施应用LIMS时．必须冒着数据管... 同其他的消费品的生产相比，药品的生产具有其独特的要求：严格遵守政策规范，批量生产，为保证质量需要进行复杂和重复性的测试工作。在药品生产面前，传统的实验室信息管理系统（LIMS）面临着窘境：在实施应用LIMS时．必须冒着数据管理和数据安全的双重危险，花费大量的时间来完成定制化．给制药公司带来成本控制和效率提高的压力，显然通用型的LIMS不是制药公司真正需要的东西。 展开更多

关键词 生产质量控制 LIMS 药品生产 DARWIN 实验室信息管理系统 制药公司 批量生产 测试工作 数据安全 数据管理

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基于生物活性分子的先导物发现和优化——从基因到先导化合物的发现之三

17

作者 阎作伟 《生物技术世界》 2005年第10M期41-43,共3页

如上篇文章的介绍，在研究靶点结构明晰的情况下。Accelrys公司提供的基于生物大分子靶点信息的合理分子设计工具能够为科研工作者的工作带来前新未有的便利。然而，由于科学研究的前瞻性以及特定靶点在结构确定上仍然存在技术难点，许... 如上篇文章的介绍，在研究靶点结构明晰的情况下。Accelrys公司提供的基于生物大分子靶点信息的合理分子设计工具能够为科研工作者的工作带来前新未有的便利。然而，由于科学研究的前瞻性以及特定靶点在结构确定上仍然存在技术难点，许多研究工作只能从生物活性分子出发。事实上，同基于生物大分子靶点信息的合理分子设计工具相比，基于活性分子结构的方法发展的历史更为悠久，在先导化合物的总结、归纳和优化方面有着非常广泛的应用，是现代药物设计的重要方法。 展开更多

关键词 生物活性分子 先导化合物 优化 生物大分子 基因 设计工具 科研工作者 技术难点 结构确定

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基于生物大分子结构的先导物发现——从基因到先导化合物的发现之二

18

作者 阎作伟 冯华 《生物技术世界》 2005年第08M期42-44,共3页

人类在1959年解开第一个蛋白质结构时用了整整22年的时间，而到2003年，中国科学院解析出SARS病毒蛋白质的结构只用了不到3个月的时间，随着基因组学，蛋白质组学，分子生物学以及分离提取技术的发展，科学家获得能用于结构解析实验的... 人类在1959年解开第一个蛋白质结构时用了整整22年的时间，而到2003年，中国科学院解析出SARS病毒蛋白质的结构只用了不到3个月的时间，随着基因组学，蛋白质组学，分子生物学以及分离提取技术的发展，科学家获得能用于结构解析实验的生物大分子样品速度大大提高。 展开更多

关键词 生物大分子结构 基因组学 先导化合物 分离提取技术 蛋白质结构 2003年 病毒蛋白质 中国科学院 蛋白质组学

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