北京核磁共振中心建设与成效 被引量：5

1

作者 张黎伟 周勇义 +4 位作者 黄凯 李小寒 张新祥 夏斌 金长文 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2010年第11期9-12,33,共5页

北京核磁共振中心是由国家科技部、教育部、中国科学院和总后卫生部等四部委共同投资,依托北京大学建立的国家大型仪器公用开放平台,是相关学科发展的重要支撑、人才培养的重要基地和服务社会的重要平台。该文对核磁中心的建设与管理成... 北京核磁共振中心是由国家科技部、教育部、中国科学院和总后卫生部等四部委共同投资,依托北京大学建立的国家大型仪器公用开放平台,是相关学科发展的重要支撑、人才培养的重要基地和服务社会的重要平台。该文对核磁中心的建设与管理成效进行了详细阐述,中心建设和运营所取得的经验将为国家大型科学仪器中心的搭建提供借鉴。 展开更多

关键词 核磁共振中心 大型仪器 国家科技

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蛋白质溶液结构及动力学的核磁共振研究 被引量：8

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作者 胡蕴菲 金长文 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期151-172,共22页

高场液相核磁共振技术作为解析高分辨率蛋白质结构的两大主要手段之一,在近二十几年的时间里得到了迅猛的发展.一方面,随着谱仪硬件技术、核磁脉冲技术和蛋白质标记技术的不断发展,液相核磁共振技术所能够研究的蛋白质不断突破分子量的... 高场液相核磁共振技术作为解析高分辨率蛋白质结构的两大主要手段之一,在近二十几年的时间里得到了迅猛的发展.一方面,随着谱仪硬件技术、核磁脉冲技术和蛋白质标记技术的不断发展,液相核磁共振技术所能够研究的蛋白质不断突破分子量的限制,可以达到几万,甚至几十万.另一方面,液相核磁共振技术成功地应用于蛋白质分子动力学的研究中,是目前唯一能够对蛋白质多个位点同时进行动力学研究的实验方法,并且仍在不断地创新、发展和完善中.本文从蛋白质溶液结构的解析和动力学的研究两个主要方面对液相核磁共振研究的基本方法进行简要的介绍,并结合实例介绍一些最新的研究进展. 展开更多

关键词 核磁共振(NMR) 蛋白质结构 动力学

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生物大分子结构及动力学的核磁共振研究 被引量：8

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作者 夏斌 金长文 《现代仪器》 2002年第4期1-5,共5页

本文介绍了核磁共振技术在生物大分子结构与动力学研究中的常用技术及新近的进展。

关键词 生物大分子 结构 动力学 核磁共振

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19F固体核磁共振技术研究膜蛋白相互作用的进展（英文） 被引量：3

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作者 徐小俊 王申林 《波谱学杂志》 CAS 北大核心 2019年第2期238-251,共14页

固体核磁共振技术因其可实现细胞膜环境中的蛋白质结构研究而广受关注.19F元素由于灵敏度高、天然丰度高,无生物背景等优点,被广泛应用于生物核磁共振技术中.氟标固体核磁共振技术常被用于细胞膜中蛋白质的相互作用研究,如:抗菌肽与细... 固体核磁共振技术因其可实现细胞膜环境中的蛋白质结构研究而广受关注.19F元素由于灵敏度高、天然丰度高,无生物背景等优点,被广泛应用于生物核磁共振技术中.氟标固体核磁共振技术常被用于细胞膜中蛋白质的相互作用研究,如:抗菌肽与细胞膜的相互作用、聚合膜蛋白结构分析等.此篇综述介绍了常用的蛋白质氟标修饰的实验方法,总结了常用的19F生物固体核磁共振实验技术,以及介绍了应用19F固体核磁共振研究膜蛋白的成功案例.此外,此篇综述讨论了19F固体核磁共振技术在蛋白质研究中的局限性. 展开更多

关键词 19F固体核磁共振 蛋白相互作用 综述 膜蛋白

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利用核磁共振技术表征生物大分子的动态特性 被引量：5

5

作者 牛晓刚 金长文 《中国科学：化学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1375-1383,共9页

生物大分子的结构是其生物功能的基础.在生命活动中,生物大分子处于不断运动中,同时其构象存在化学交换,因此研究生物大分子的动态特性对于深入理解其结构与功能的关系是十分必要的.液体核磁共振技术可以在原子水平对生物大分子不同位... 生物大分子的结构是其生物功能的基础.在生命活动中,生物大分子处于不断运动中,同时其构象存在化学交换,因此研究生物大分子的动态特性对于深入理解其结构与功能的关系是十分必要的.液体核磁共振技术可以在原子水平对生物大分子不同位点的动态特性同时进行表征,能够覆盖从皮秒到秒甚至更慢的时间尺度,具有其他研究手段不可比拟的优越性.近年来新技术和新方法的发展使核磁共振技术可以研究更大分子量和更加复杂体系的动态特性,特别是可以研究其他技术方法难以观测到的低丰度激发态.本文介绍了利用核磁共振技术研究生物大分子动态特性的主要方法和近期的一些研究进展. 展开更多

关键词 核磁共振 蛋白质 动态学 构象交换

原文传递

M^(pro)-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索(英文) 被引量：1

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作者 黄永棋 康雪 +1 位作者 夏斌 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2411-2417,共7页

SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三... SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三维结构域交换二聚体.三维结构域交换通常发生在蛋白质的表面,但Mpro-C的结构域交换却发生在疏水核心.在本文中,我们利用分子动力学模拟及三维结构域交换预测算法研究了Mpro-C中被高度埋藏的核心螺旋片段发生交换的机理.我们发现基于结构与基于序列的已有算法都不能正确预言出Mpro-C和Mpro中发生结构域交换的铰链区位置.分子模拟结果表明Mpro-C中的交换片段在天然态下埋藏得很好,但在变性单体中则会被释放并暴露在外面.因此,在完全或部分解折叠状态下交换片段的打开有助于促进单体间的相互作用及结构域交换二聚体的形成. 展开更多

关键词 SARS冠状病毒 主蛋白酶 分子模拟 结构域交换 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质解折叠

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扩散序谱(DOSY)实验测定缓冲体系中蛋白质表观分子量 被引量：4

7

作者 李红卫 袁志良 夏斌 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期280-286,407,408,409,410,共11页

液体核磁共振扩散序谱(DOSY)可以通过测定溶质分子的自扩散系数(D_t)来研究该分子在溶液中的表观分子量(M).Dt与测试体系和分子本身性质相关,蛋白质体系较为复杂,从而增加了蛋白质自扩散系数(D_(t-protein))测定的难度.本文以3-(三甲基... 液体核磁共振扩散序谱(DOSY)可以通过测定溶质分子的自扩散系数(D_t)来研究该分子在溶液中的表观分子量(M).Dt与测试体系和分子本身性质相关,蛋白质体系较为复杂,从而增加了蛋白质自扩散系数(D_(t-protein))测定的难度.本文以3-(三甲基硅基)丙磺酸钠(DSS)为内标,以蛋白质分子与DSS自扩散系数的比值(D_r)来表征蛋白质分子在溶液中的表观分子量(M_(protein)),该方法降低了缓冲体系对M_(protein)的影响,使得M_(protein)主要由分子本身的性质决定.在此基础上,测定了不同分子量蛋白质分子相对于DSS的D_r,拟合得到了D_r与M_(protein)的相关关系:lgM_(protein)=-2.6488 lgD_r-0.7863,相关系数(R^2)为0.997.最后测定了通过大肠杆菌表达纯化得到的SARS冠状病毒主蛋白酶C端结构域(M^(pro)-C)分子相对于DSS的D_r,并计算出与文献结果一致的M_(protein),进一步验证了拟合公式的准确性和实用性. 展开更多

关键词 液体核磁共振(liquid-state NMR) 表观分子量 扩散序谱(DOSY) 缓冲体系 脉冲梯度场

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枯草芽孢杆菌双精氨酸转运系统TatA_y蛋白的溶液结构（英文）

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作者 胡蕴菲 何鹏 +1 位作者 吴宇杰 金长文 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期291-307,共17页

存在于细菌和植物叶绿体中的双精氨酸(Tat)蛋白质转运系统能将底物蛋白以折叠的状态进行跨膜转运.该系统中的单次跨膜膜蛋白Tat A通过自身寡聚形成转运底物蛋白的通道.该文应用液体核磁共振方法解析了枯草芽孢杆菌Tat Ay蛋白在十二烷基... 存在于细菌和植物叶绿体中的双精氨酸(Tat)蛋白质转运系统能将底物蛋白以折叠的状态进行跨膜转运.该系统中的单次跨膜膜蛋白Tat A通过自身寡聚形成转运底物蛋白的通道.该文应用液体核磁共振方法解析了枯草芽孢杆菌Tat Ay蛋白在十二烷基胆碱磷酸胶束中的结构,它是由一个跨膜螺旋(TMH)和一个两亲性螺旋(APH)构成的L型结构.通过与已经报道的枯草芽孢杆菌Tat Ad蛋白的结构比较,该文能够鉴定出参与维持L型构象的重要氨基酸残基,并指出了Tat A蛋白家族中若干较为保守的结构特征.在此基础上,该文讨论了保守残基在Tat A通道形成过程中可能发挥的作用. 展开更多

关键词 双精氨酸转运 膜蛋白 蛋白质结构 液体核磁共振

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Primer Spanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具 被引量：1

9

作者 裴智勇 侯仙慧 +1 位作者 桂小柯 陈禹保 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期53-58,共6页

基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5&#... 基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5'端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具Primer Spanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该工具设计的引物进行的定点突变效果良好1)。 展开更多

关键词 PCR 定点突变 引物设计 在线工具

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一种检测蛋白质相互作用的双荧光共定位系统 被引量：1

10

作者 周军 周翠红 +1 位作者 邓小燕 陶凤杰 《科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期22-26,共5页

自发荧光蛋白以快捷灵敏、即时检测和无需破坏活细胞的特点在蛋白质相互作用的研究中得到广泛应用。从发光水母Aquoria victoria中分离的绿色荧光蛋白(GFP)和从珊瑚Discosoma sp.中分离的DsRed红色荧光蛋白是自发荧光蛋白的典型代表。... 自发荧光蛋白以快捷灵敏、即时检测和无需破坏活细胞的特点在蛋白质相互作用的研究中得到广泛应用。从发光水母Aquoria victoria中分离的绿色荧光蛋白(GFP)和从珊瑚Discosoma sp.中分离的DsRed红色荧光蛋白是自发荧光蛋白的典型代表。本研究开发一种基于GFP和红色荧光蛋白(RFP),并可通过待检测蛋白在细胞内表达的空间位移变化产生共定位的双荧光共定位检测系统。该系统为克服两种荧光蛋白光谱渗漏带来的非特异性结果的干扰,将核仁定位信号(NoLS)和出核信号(ABL)分别连接到RFP和GFP。具有定位信号的GFP和RFP的待检测蛋白对可分别在细胞核内和(或)细胞核外表达,伴随它们的相互作用,荧光共定位的现象会产生在细胞内特定的区域。利用抗凋亡蛋白Bcl-2和Bak-BH3短肽作为蛋白对测试该系统,荧光共定位现象明显,系统灵敏可靠。 展开更多

关键词 GFP DSRED 蛋白质相互作用

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S8联合小分子化合物Z18的抗肿瘤效应研究

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作者 周翠红 王晓奎 +2 位作者 周军 毕得 邓小燕 《科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期20-24,共5页

为了探讨S8联合小分子化合物Z18的抗肿瘤效应,本研究通过联合用药方式处理HeLa细胞后,采用台盼蓝染色和流式细胞仪对细胞死亡率和死亡方式进行检测。电镜实验证实Z18诱导细胞自噬,并利用Western Blotting检测联合用药后LC3-II的变化和... 为了探讨S8联合小分子化合物Z18的抗肿瘤效应,本研究通过联合用药方式处理HeLa细胞后,采用台盼蓝染色和流式细胞仪对细胞死亡率和死亡方式进行检测。电镜实验证实Z18诱导细胞自噬,并利用Western Blotting检测联合用药后LC3-II的变化和使用转染了GFP-LC3或mRFP-EGFP-LC3的HeLa细胞检测联合用药对细胞自噬和自噬流的影响。最后通过ATG5 siRNA和CQ抑制自噬和自噬流,观察联合用药对细胞的自噬和死亡的变化,进一步研究S8对Z18的抗肿瘤作用的影响。结果显示,S8联合用药后,细胞死亡率显著升高(P<0.05),死亡方式主要以坏死为主。S8明显地促进了Z18对HeLa细胞的毒性,其促进作用具有剂量依赖性。但联合用药并未降低Z18引起的自噬空泡集聚,LC3-II蛋白表达也未发生变化。抑制自噬后,并未影响联合用药促进细胞死亡的结果。因此,Z18在联合使用S8的情况下,细胞自噬水平没有发生明显变化,而细胞死亡比例明显升高,自噬并不影响联合用药诱导的细胞死亡。S8可能通过调节细胞坏死的其他途径进而促进细胞对Z18的敏感性,并进一步使细胞发生坏死。 展开更多

关键词 S8 Z18 联合用药 坏死 自噬

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Z36联合S8对自噬和死亡的影响

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作者 周翠红 王晓奎 +2 位作者 周军 毕得 邓小燕 《按摩与康复医学》 2012年第9期4-4,共1页

目的：探讨小分子化舍物Z36联合s8对肿瘤细胞的自噬和死亡的影响，进一步认识分子靶向药物的联用在抗肿瘤中的应用。方法：台盼蓝染色和流式细胞仪检测Z36单独处理和Z36联合s8处理后细胞死亡率和坏死细胞数，激光共聚焦荧光显微镜观察GF... 目的：探讨小分子化舍物Z36联合s8对肿瘤细胞的自噬和死亡的影响，进一步认识分子靶向药物的联用在抗肿瘤中的应用。方法：台盼蓝染色和流式细胞仪检测Z36单独处理和Z36联合s8处理后细胞死亡率和坏死细胞数，激光共聚焦荧光显微镜观察GFP—LC3点状聚集变化和通过免疫印迹法检测LC3-Ⅱ蛋白表达的变化，探讨Z36联合S8对自噬和死亡的影响。结果：Z36与S8联合处理后，HeLa细胞死亡率显著升高（P〈O．05），细胞发生坏死。s8明显地促进了Z36对HeLa细胞的毒性，其促进作用具有S8的剂量依赖性。但联合用药并未降低Z36引起的自噬，LC3-Ⅱ蛋白表达也未发生变化。结论：Z36联合使用s8后，并不影响Z36诱导的细胞自噬，而促进了Z36诱导的细胞坏死，S8可能与自噬无关的途径促进Z36诱导的细胞死亡。 展开更多

关键词 S8 Z36 联合用药 坏死 自噬

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