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家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义 被引量：8
1
作者 李传海 尚健 +2 位作者 聂文芳 李立峰 曹慧 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期116-122,共7页
[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细... [目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义。[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672和2 446个OTU类型,Shannon指数为5.00~6.17;VEN图比较分析表明,3个鸽粪样品中微生物种群组成较为一致,细菌共有13个门、31个纲、55个目、101个科和164个属,以拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)为主,覆盖了92%以上的物种数。优势菌属为Myroides、Pseudomonas、Sphingobacterium、Sporosarcina、Erysipelothrix、Oceanisphaer,约占总类群的48.5%~54.6%,且鸽粪中存在18.1%细菌16S rDNA序列未能归类。鸽粪中存在大量的好氧微生物,约占总类群的52%,然而,仅有11%的厌氧微生物。此外,发现鸽粪中含有Myroides、Sphingobacterium、Pseudomonas、Erysipelothrix、Acinetobacter 5种致病性微生物菌属。[结论]鸽粪中存在高度丰富的微生物多样性,有一定的传播禽类病原微生物的环境风险。 展开更多
关键词 鸽粪 高通量钡4序 细菌多样性 致病性细菌
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罗尔斯顿菌(Ralstonia sp.)T6对三氯吡啶醇污染土壤的修复及能完全矿化毒死蜱工程菌株的构建 被引量：3
2
作者 张扬 王飞 +1 位作者 黄彦 崔中利 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期761-767,共7页
以毒死蜱降解中间代谢产物3，5，6－三氯－2－吡啶醇（TCP）高效降解菌罗尔斯顿菌（Ralstonia sp．）T6为材料，研究其在土壤中对TCP的降解特性。结果表明，温度、接菌量和初始底物浓度对TCP的降解都有影响，T6菌株降解TCP的最适温度为3... 以毒死蜱降解中间代谢产物3，5，6－三氯－2－吡啶醇（TCP）高效降解菌罗尔斯顿菌（Ralstonia sp．）T6为材料，研究其在土壤中对TCP的降解特性。结果表明，温度、接菌量和初始底物浓度对TCP的降解都有影响，T6菌株降解TCP的最适温度为30℃，当土壤含菌量〔以菌落形成单位（CFU）计〕小于10×10^8 kg－1时，降解率随着含菌量的增加而提高，当含菌量超过10×10^8 kg－1时，降解率不再提高。降解率随着TCP 初始浓度的增加而降低，当TCP初始浓度为50～100 mg·kg－1时，6 d内可将50 mg·kg－1 TCP降解80％。利用基因工程手段，将来源于寡养单胞菌（ Stenotrophomonas sp．） DSP－1的甲基对硫磷水解酶基因（ mpd）插入菌株T6基因组16S rRNA基因中，成功构建一株可彻底矿化毒死蜱的重组工程菌株T6－mpd。生长试验结果表明罗尔斯顿菌T6－mpd和T6的生长特性基本一致。对T6－mpd菌株降解毒死蜱的特性研究结果表明，在LB培养基中， T6－mpd对毒死蜱的水解效率与DSP－1基本一致，但在基础盐（MSM）培养基中，T6－mpd在60 h内对50 mg·L－1毒死蜱的降解率仅为36％，显著低于DSP－1。模拟土壤原位修复试验结果表明，在含菌量为10^8 kg－1条件下，T6－mpd在2 d内可将50 mg·kg－1毒死蜱降解64％。认为T6－mpd菌株在毒死蜱残留污染环境修复中具有潜在的应用前景。 展开更多
关键词 毒死蜱 3 5 6-三氯-2-吡啶醇 修复 工程菌株
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Delftia sp.T3-6酰胺水解酶DamH晶体制备及X-射线衍射分析 被引量：1
3
作者 王飞 张碧滢 +3 位作者 赵晓艳 王秀玲 吴晓玉 崔中利 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1154-1160,共7页
Dam H是菌株Delftia sp.T3-6产生的具有酯键水解活性的酰胺酶,对其原核表达、纯化、结晶条件及蛋白晶体X-射线衍射条件进行了研究。经过原核表达,采用Ni-NTA亲和层析法和透析法纯化蛋白,成功获得了适合晶体生长的蛋白Dam H。289 K下采... Dam H是菌株Delftia sp.T3-6产生的具有酯键水解活性的酰胺酶,对其原核表达、纯化、结晶条件及蛋白晶体X-射线衍射条件进行了研究。经过原核表达,采用Ni-NTA亲和层析法和透析法纯化蛋白,成功获得了适合晶体生长的蛋白Dam H。289 K下采用座滴气相扩散法进行晶体筛选和制备,在蛋白浓度为15 mg/m L及含有0.2 mol/L乙酸铵,pH 7.1,21%(W/V)聚乙二醇3350的缓冲液中获得了理想的蛋白晶体。在低温100 K下通过X-射线衍射仪(Rigaku Micro Max-007 HF)收集了晶体衍射数据。晶体衍射分辨率为3.4,空间群为三斜晶系P1,晶胞参数为a=14.1,b=23.9,c=85.7,α=112.6°,β=77.2°,γ=89.1°。结晶条件的优化和晶体制备为Delftia sp.T3-6 Dam H高分辨率晶体制备提供了参考,晶体衍射数据的收集为Dam H三维结构的解析奠定了前期基础,将有助于阐明Dam H的催化机制。 展开更多
关键词 酰胺水解酶 纯化 结晶条件优化 X-射线衍射
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耕作方式和秸杆还田对纤维素降解细菌多样性的影响 被引量：4
4
作者 景音娟 李传海 +3 位作者 朱安宁 邹芳 肖永良 曹慧 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期1027-1036,共10页
免耕和秸秆还田是培肥地力的重要措施,明确其对土壤纤维素降解细菌群落的影响对于土壤质量提升具有重要意义。选择中国科学院封丘农业生态国家试验站耕作秸秆还田(WtS)、免耕秸秆还田(WntS)、耕作秸秆不还田(Wt)和免耕秸秆不还田(Wnt)4... 免耕和秸秆还田是培肥地力的重要措施,明确其对土壤纤维素降解细菌群落的影响对于土壤质量提升具有重要意义。选择中国科学院封丘农业生态国家试验站耕作秸秆还田(WtS)、免耕秸秆还田(WntS)、耕作秸秆不还田(Wt)和免耕秸秆不还田(Wnt)4种处理小区并采集土壤样品,用CMC-Na刚果红培养基对纤维素降解细菌计数,采用PCR-RFLP技术研究保护性耕作和秸秆还田对纤维素降解细菌群落的影响。结果表明,秸秆还田与免耕处理均不同程度提高了纤维素降解细菌数量。WtS、WntS、Wt和Wnt4个纤维素降解细菌基因文库中,OTUs数量分别为23、26、20和19个,秸秆还田加免耕处理多样性指数最高。本文获得的纤维素降解细菌共属于11个属,秸秆还田土壤中Streptomycetaceae、Flavobacterium、Sphingobium相对丰度明显多于秸秆不还田处理土壤;免耕处理土壤中Pseudomonas、Phyllobacterium、Paenibacillus、Promicromonosporaceae、Sphingobacterium相对丰度明显高于耕作处理土壤。典范对应分析显示四种处理纤维素降解细菌群落结构发生了较大变化,p H、全磷、有机碳和全钾与免耕处理呈显著正相关性,全氮、碱解氮、速效钾、速效磷和有机碳与秸秆还田处理呈显著正相关性。免耕和秸秆还田能提高土壤中纤维素降解细菌数量及多样性,改变纤维素降解细菌群落结构。 展开更多
关键词 免耕 秸秆还田 纤维素降解细菌 多样性 PCR-RFLP
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