目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基...目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。展开更多
文摘目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。
