[目的]基于网络药理学方法,对附子理中汤治疗晚期胃癌的靶点及作用机制进行分析。[方法]通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、人类孟德尔...[目的]基于网络药理学方法,对附子理中汤治疗晚期胃癌的靶点及作用机制进行分析。[方法]通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、遗传关联数据库(Genetic Association Database,GAD)、人类基因综合数据库(Human Gene Comprehensive Database,GeneCards)等数据库获取晚期胃癌的相关靶点,以及附子理中汤治疗晚期胃癌活性成分的潜在靶点,而后基于韦恩图获取胃癌靶点与活性成分靶点的交集,利用Cytoscape 3.5.1软件构建潜在靶点间的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过KOBAS 3.0软件及DAVID在线分析网站(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)对搜集的靶点蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路与基因功能富集分析。最后,基于蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)与SystemsDock网站数据库(SystemsDock Web Site Database,SWSD)进行受体与配体的分子对接,并分析对接分数,以此来探究附子理中汤治疗晚期胃癌的有效性。[结果]从附子理中汤筛选出132个活性成分及306个防治晚期胃癌的潜在靶点。GO富集分析共获取980个GO条目,其中生物过程(biological process,BP)862个,细胞组分(cellular component,CC)29个,分子功能(molecular function,MF)89个。KEGG通路富集分析筛选出65条附子理中汤治疗晚期胃癌的潜在信号通路。分子对接实验显示肿瘤相关蛋白53(tumor protein p53,p53)、巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)、信号传导与转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)具有最高的对接分数,且具有较好的结合性,能与胃癌受体蛋白稳定结合并发挥积极作用。[结论]附子理中汤治疗晚期胃癌具有多组分、多靶点、多途径的调控特点,p53、MIF、STAT3是附子理中汤作用的关键节点,本研究为更深入探索晚期胃癌的防治提供了新的方向与思路。展开更多
文摘[目的]基于网络药理学方法,对附子理中汤治疗晚期胃癌的靶点及作用机制进行分析。[方法]通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、遗传关联数据库(Genetic Association Database,GAD)、人类基因综合数据库(Human Gene Comprehensive Database,GeneCards)等数据库获取晚期胃癌的相关靶点,以及附子理中汤治疗晚期胃癌活性成分的潜在靶点,而后基于韦恩图获取胃癌靶点与活性成分靶点的交集,利用Cytoscape 3.5.1软件构建潜在靶点间的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过KOBAS 3.0软件及DAVID在线分析网站(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)对搜集的靶点蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路与基因功能富集分析。最后,基于蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)与SystemsDock网站数据库(SystemsDock Web Site Database,SWSD)进行受体与配体的分子对接,并分析对接分数,以此来探究附子理中汤治疗晚期胃癌的有效性。[结果]从附子理中汤筛选出132个活性成分及306个防治晚期胃癌的潜在靶点。GO富集分析共获取980个GO条目,其中生物过程(biological process,BP)862个,细胞组分(cellular component,CC)29个,分子功能(molecular function,MF)89个。KEGG通路富集分析筛选出65条附子理中汤治疗晚期胃癌的潜在信号通路。分子对接实验显示肿瘤相关蛋白53(tumor protein p53,p53)、巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)、信号传导与转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)具有最高的对接分数,且具有较好的结合性,能与胃癌受体蛋白稳定结合并发挥积极作用。[结论]附子理中汤治疗晚期胃癌具有多组分、多靶点、多途径的调控特点,p53、MIF、STAT3是附子理中汤作用的关键节点,本研究为更深入探索晚期胃癌的防治提供了新的方向与思路。
