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基于转录组学和机器学习算法的肺结核铁死亡相关关键基因的研究
1
作者 叶江娥 方雪晖 +1 位作者 熊延军 刘盛盛 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期92-99,共8页
目的:运用转录组学和机器学习方法探索铁死亡关键基因与肺结核发病机制的相关性。方法:以“pulmonary tuberculosis”为关键词,以测序类型(转录组学)和物种(HOMO sapiens)等为条件从公共存储库NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo... 目的:运用转录组学和机器学习方法探索铁死亡关键基因与肺结核发病机制的相关性。方法:以“pulmonary tuberculosis”为关键词,以测序类型(转录组学)和物种(HOMO sapiens)等为条件从公共存储库NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中进行搜索和筛选,得到GSE153326和GSE67589两套转录组数据集。将GSE153326作为训练组数据[包含健康人群血液样本8份,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)阳性血液样本52份]、GSE67589作为验证组数据(包含健康人群血液样本30份,MTB阳性27份);使用R脚本对数据进行矫正和注释,对两转录组的差异表达基因鉴定后,筛选出GSE153326训练组差异基因中与铁死亡相关基因(TBFerDEG)的表达情况,并对TBFerDEG的基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行富集分析;利用LASSO回归分析和SVM算法,从TBFerDEG中获得与铁死亡有明显差异的关键基因,并对其进行ROC分析,探索与关键基因相关的药物调控网络;最后将关键基因导入GSE67589验证组中,以验证训练组筛选出的铁死亡关键基因的诊断意义。结果:通过生物信息学分析,共筛选得到416个TBFerDEG,剔除不符合入选要求的基因,最终得到56个TBFerDEG差异基因。GO富集分析发现,肺结核中与铁死亡相关的生物学进程有细胞对化学应激的反应自噬调节、线粒体自噬、线粒体解体等;参与的通路有AMPK信号通路和铁死亡等。通过LASSO回归分析和SVM算法,最终得到5个与铁死亡相关的关键基因,分别为BID、AR、STK11、ALOX12和SRC,AUC分别为0.807、0.858、0.734、0.840和0.880;验证关键基因结果表明,AR和SRC基因在验证组(GSE67589)中MTB阳性与健康人群中的表达差异均有统计学意义(P值分别为0.004和0.017)。结论:AR和SRC是肺结核中与铁死亡相关的关键基因,可能为今后的基础研究奠定一定的借鉴和参考。 展开更多
关键词 结核 肺 铁死亡 基因表达 机器学习
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活动性肺结核患者外周血长链非编码RNA LOC152742表达的临床意义及诊断价值
2
作者 李霞 张超 林文红 《传染病信息》 2024年第4期352-355,共4页
目的探讨活动性肺结核(active pulmonary tuberculosis,APTB)患者外周长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达的临床意义及诊断价值。方法选取2019年9月至2023年9月在安徽省胸科医院接受治疗的70例APTB患者作为APTB组;选取同期... 目的探讨活动性肺结核(active pulmonary tuberculosis,APTB)患者外周长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达的临床意义及诊断价值。方法选取2019年9月至2023年9月在安徽省胸科医院接受治疗的70例APTB患者作为APTB组;选取同期在本院接受治疗的50例γ-干扰素释放试验(interferon-Gamma release assay,IGRAs)阴性的肺炎患者作为肺炎组;另选取同期在本院进行健康体检的50例IGRAs阴性者作为正常对照组,50例IGRAs阳性者作为潜伏结核感染组。留取4组研究对象的空腹外周血标本并测定外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中LncRNA LOC152742水平并进行比较。分析APTB患者PBMC中LncRNA LOC152742水平与病例特征的关系。采用受试者工作特征曲线分析PBMC中LncRNA LOC152742水平对APTB的诊断价值。结果APTB组、潜伏结核感染组、肺炎组、正常对照组PBMC中LncRNA LOC152742水平差异有统计学意义(P<0.05)。APTB组、潜伏结核感染组、肺炎组、正常对照组的PBMC中LncRNA LOC152742水平依次降低,组间两两比较差异均有统计学意义(P均<0.05)。APTB患者中,不同年龄、吸烟史、初/复治情况者的PBMC中LncRNA LOC152742水平差异无统计学意义(P>0.05);不同的合并空洞情况、累及肺野情况、合并肺外结核情况者的PBMC中LncRNA LOC152742水平差异有统计学意义(P<0.05)。受试者工作特征曲线分析显示,曲线下面积为0.867(95%CI:0.795~0.940),PBMC中LncRNA LOC152742水平诊断APTB的最佳截断值为1.035,灵敏度、特异度分别为81.82%、76.19%。结论APTB患者PBMC中LncRNA LOC152742水平异常增加,且水平与病情严重程度相关,早期测定LncRNA LOC152742水平对APTB具有辅助诊断价值。 展开更多
关键词 活动性肺结核 长链非编码RNA LOC152742 病例特征 诊断价值
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21例肺诺卡菌病临床特征及耐药性分析
3
作者 梅琳 陈华 +1 位作者 张妍蓓 刘盛盛 《新发传染病电子杂志》 2024年第4期34-38,共5页
目的了解肺诺卡菌的菌种分布、感染特征及菌种耐药情况,为肺诺卡菌病的诊断和治疗提供依据。方法回顾性分析2021年1月至2023年12月在安徽省胸科医院确诊为肺诺卡菌病患者的临床资料,分析诺卡菌菌种分布、临床特点及耐药情况。结果21例... 目的了解肺诺卡菌的菌种分布、感染特征及菌种耐药情况,为肺诺卡菌病的诊断和治疗提供依据。方法回顾性分析2021年1月至2023年12月在安徽省胸科医院确诊为肺诺卡菌病患者的临床资料,分析诺卡菌菌种分布、临床特点及耐药情况。结果21例肺诺卡菌病确诊患者共鉴定出诺卡菌22株,其中1例有合并感染。菌种包括盖尔森基兴诺卡菌7株(31.8%)、皮疽诺卡菌4株(18.2%)、脓肿诺卡菌2株(9.1%)、豚鼠耳炎诺卡菌2株(9.1%)、星型诺卡菌、华莱士诺卡菌、亚洲诺卡菌和南非诺卡菌各1株(4.5%),另有3株(13.6%)未能鉴别种属。患者平均年龄60.8岁,男女性别比为1∶1.1,症状主要表现为咳嗽/咳痰(85.7%)、胸闷(38.1%)、咯血(28.6%)等;胸部CT主要表现为支气管扩张(57.1%)及斑片状影(57.1%)等;气管镜可直观清晰展示气管内黏液、糜烂或血凝块等典型病变特征。11例药物敏感试验结果显示诺卡菌对利奈唑胺、阿米卡星敏感。结论肺诺卡菌病多为中老年患者,男女比例相当,感染菌种主要为盖尔森基兴诺卡菌,对利奈唑胺、阿米卡星敏感。患者临床表现不具备特异性,CT及电子支气管镜下表现具有一定的辅助诊断价值。 展开更多
关键词 诺卡菌 菌种鉴定 临床特征 耐药性
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痰噬菌体生物扩增法检测结核病初治患者中结核分枝杆菌对利福平的耐药性分析 被引量：1
4
作者 王东萍 程红燕 +3 位作者 丁运生 林文红 徐东芳 王庆 《中华临床感染病杂志》 CAS 2013年第2期114-116,共3页
我国是结核病初治耐药率较高的国家,据2010年全国第五次结核病流行病学调查显示初治耐药率为36.9％,初治多重耐药(MDR)率为11.7％[1].在初治患者短程化疗中,利福平具有非常显著的效果,但利福平的耐药性总是伴随异烟肼和其他药物的耐药... 我国是结核病初治耐药率较高的国家,据2010年全国第五次结核病流行病学调查显示初治耐药率为36.9％,初治多重耐药(MDR)率为11.7％[1].在初治患者短程化疗中,利福平具有非常显著的效果,但利福平的耐药性总是伴随异烟肼和其他药物的耐药性同时出现,单独的利福平耐药很少见,因而利福平的耐药性也被看作是多重耐药的标志[2].传统的药敏试验因用时过长,获得最终的鉴定结果需要2～3个月的时间,往往会延误合理化疗方案的制订,因此迫切需要一种价廉、快速、准确的药敏检测方法.前期研究发现,用噬菌体生物扩增法(PhaB)检测结核分枝杆菌(MTB)对一线抗结核药物的敏感性,其结果与绝对浓度药敏结果的符合率在93％以上,且具有快速、简便等优点[3]. 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 结核 肺 噬菌体 抗药性 利福平
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基于诺曼图构建非小细胞肺癌患者单孔胸腔镜手术后肺部并发症风险预测模型 被引量：2
5
作者 杨栋梁 周胜年 +3 位作者 胡泽东 李政 陈兵 刘盛盛 《临床军医杂志》 CAS 2023年第9期924-926,共3页
目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者单孔胸腔镜手术后肺部并发症(PPCs)的危险因素,并建立NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的列线图模型。方法选取安徽省胸科医院自2020年6月至2022年11月收治的280例行单孔胸腔镜手术治疗的NSCLC患者为研究... 目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者单孔胸腔镜手术后肺部并发症(PPCs)的危险因素,并建立NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的列线图模型。方法选取安徽省胸科医院自2020年6月至2022年11月收治的280例行单孔胸腔镜手术治疗的NSCLC患者为研究对象。根据单孔胸腔镜手术后是否发生PPCs将患者分为A组(发生PPCs,n=32)与B组(未发生PPCs,n=248)。采用多因素Logistic回归分析检验NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的危险因素。选择R4.1.3软件建立NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的列线图模型。采用校正曲线与受试者工作特征(ROC)曲线评估NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的列线图模型的预测能力。结果两组患者年龄、慢性阻塞性肺疾病病史、吸烟史、低蛋白血症比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄≥65岁、慢性阻塞性肺疾病史、吸烟史、低蛋白血症均为NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的危险因素(P<0.05)。模型的一致性指数为0.771(95%可信区间0.723~0.811);校正曲线的预测值与实际值基本吻合;ROC曲线下面积为0.758(95%可信区间0.707~0.809)。结论年龄≥65岁、慢性阻塞性肺疾病病史、吸烟史及低蛋白血症均为NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的危险因素,NSCLC患者单孔胸腔镜手术后PPCs的列线图模型具有较高的准确度。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 单孔胸腔镜手术 肺部并发症 危险因素 列线图模型
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