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使君子科3种红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
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作者 钟才荣 何斯敏 +1 位作者 方赞山 张颖 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期1-12,共12页
为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共... 为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共有蛋白质编码序列(CDS)进行密码子第1、第2、第3位碱基的GC含量(分别为GC 1、GC 2、GC 3)、密码子总GC含量(GC all)、有效密码子数(ENC)和相对同义密码子使用度(RSCU)分析;在此基础上,对每种植物的GC 1、GC 2、GC 3、GC all和ENC值进行相关性分析,并对每种植物叶绿体基因组进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子分析;此外,还基于rbcL基因序列和叶绿体基因组共有CDS的RSCU值对使君子科11种植物进行聚类分析。结果表明:3种植物叶绿体基因组GC all值的均值为38.0%~38.2%,GC 1、GC 2和GC 3值的均值均低于50%,均表现为GC 1值的均值最大、GC 3值的均值最小,且GC 3值的均值明显低于GC 1和GC 2值的均值,并与二者呈不显著正相关;ENC值的均值为47.2~47.3,且3种植物叶绿体基因组中ENC值大于45的基因占比均高于70%。3种植物叶绿体基因组中的高频密码子均有29个,以A或U结尾的高频密码子占比达96.6%。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明3种植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。拉关木、红榄李和榄李叶绿体基因组的最优密码子分别有8、6和10个,且多以A或U结尾;共有最优密码子有4个,分别为CGA、AGA、GGA、ACA。聚类分析结果表明红榄李和榄李均首先聚在一起,说明二者的亲缘关系较近。综上所述,3种红树植物叶绿体基因组密码子偏好以A或U结尾,且密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。 展开更多
关键词 红树植物 叶绿体基因组 密码子使用偏好性 最优密码子 自然选择
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药用红树植物小花老鼠簕繁育研究
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作者 张天祥 郑春芳 +5 位作者 罗凤萍 何金惠 李单凤 李卫锦 林澍倩 张颖 《种子》 北大核心 2023年第11期38-48,共11页
为实现小花老鼠簕种群恢复和药用资源开发,对小花老鼠簕繁育方法进行了研究。以小花老鼠簕成熟无病虫害叶片为水培材料,以霍格兰营养液为水培基质,以IAA和NAA的浓度梯度及浸泡时间为试验因素,设计三因素四水平正交试验,经比较诱导生根... 为实现小花老鼠簕种群恢复和药用资源开发,对小花老鼠簕繁育方法进行了研究。以小花老鼠簕成熟无病虫害叶片为水培材料,以霍格兰营养液为水培基质,以IAA和NAA的浓度梯度及浸泡时间为试验因素,设计三因素四水平正交试验,经比较诱导生根率、根系形态建成及根系活力探究最优水培条件。比较叶片水培苗和种子土培苗药用成分(生物碱)差异,评价叶片水培效果。结果表明,小花老鼠簕叶片水培易生根。水培液最优激素浓度和处理时间为:1 mg/L IAA+1.5 mg/L NAA+24 h,生根率达80%,成活率为73.3%。小花老鼠簕水培苗和土培苗生物碱成分无明显差异。通过水培进行小花老鼠簕药用资源的综合利用是经济有效的方式。 展开更多
关键词 濒危药用红树植物 小花老鼠簕 叶片水培 生长激素 生物碱
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海马齿NAC基因的鉴定及盐胁迫响应 被引量:1
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作者 韦献雅 李卫锦 +1 位作者 何逸鸣 张颖 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期2305-2313,共9页
NAC基因是仅存于植物中的一类特殊的转录因子,在植物响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究基于转录组测序数据分析,在海马齿(Sesuvium portulacastrum)中共鉴定出10个NAC家族成员,对其蛋白质结构及其理化性质进行分析,结果表明:1... NAC基因是仅存于植物中的一类特殊的转录因子,在植物响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究基于转录组测序数据分析,在海马齿(Sesuvium portulacastrum)中共鉴定出10个NAC家族成员,对其蛋白质结构及其理化性质进行分析,结果表明:10个SpNACs的氨基酸数量在164~651之间,分子量大小在18400.34 Da~68678.02 Da之间,等电点分布在4.34~8.52之间,均为定位于细胞核的亲水性蛋白,其中SpNAC02和SpNAC08具有跨膜结构。保守基序预测发现多数SpNACs中存在三个motif,但SpNAC05不含motif,SpNAC09只含motif2,SpNAC07只含motif2和motif3。聚类分析结果10个SpNACs聚类在6个亚家族。利用qRT-PCR分析表明在盐胁迫下除SpNAC03在茎、叶不表达以外,其它9个基因均在根、茎和叶中表达。盐生环境下(40‰NaCl)10个NACs基因的表达均受到不同程度的抑制。以上研究丰富了植物NAC基因家族成员信息,为筛选和鉴定海马齿抗逆基因提供参考。 展开更多
关键词 海马齿 NAC 家族分析 盐胁迫 QRT-PCR
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