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使君子科3种红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
1
作者
钟才荣
何斯敏
+1 位作者
方赞山
张颖
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期1-12,共12页
为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共...
为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共有蛋白质编码序列(CDS)进行密码子第1、第2、第3位碱基的GC含量(分别为GC 1、GC 2、GC 3)、密码子总GC含量(GC all)、有效密码子数(ENC)和相对同义密码子使用度(RSCU)分析;在此基础上,对每种植物的GC 1、GC 2、GC 3、GC all和ENC值进行相关性分析,并对每种植物叶绿体基因组进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子分析;此外,还基于rbcL基因序列和叶绿体基因组共有CDS的RSCU值对使君子科11种植物进行聚类分析。结果表明:3种植物叶绿体基因组GC all值的均值为38.0%~38.2%,GC 1、GC 2和GC 3值的均值均低于50%,均表现为GC 1值的均值最大、GC 3值的均值最小,且GC 3值的均值明显低于GC 1和GC 2值的均值,并与二者呈不显著正相关;ENC值的均值为47.2~47.3,且3种植物叶绿体基因组中ENC值大于45的基因占比均高于70%。3种植物叶绿体基因组中的高频密码子均有29个,以A或U结尾的高频密码子占比达96.6%。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明3种植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。拉关木、红榄李和榄李叶绿体基因组的最优密码子分别有8、6和10个,且多以A或U结尾;共有最优密码子有4个,分别为CGA、AGA、GGA、ACA。聚类分析结果表明红榄李和榄李均首先聚在一起,说明二者的亲缘关系较近。综上所述,3种红树植物叶绿体基因组密码子偏好以A或U结尾,且密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。
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关键词
红树植物
叶绿体基因组
密码子使用偏好性
最优密码子
自然选择
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职称材料
药用红树植物小花老鼠簕繁育研究
2
作者
张天祥
郑春芳
+5 位作者
罗凤萍
何金惠
李单凤
李卫锦
林澍倩
张颖
《种子》
北大核心
2023年第11期38-48,共11页
为实现小花老鼠簕种群恢复和药用资源开发,对小花老鼠簕繁育方法进行了研究。以小花老鼠簕成熟无病虫害叶片为水培材料,以霍格兰营养液为水培基质,以IAA和NAA的浓度梯度及浸泡时间为试验因素,设计三因素四水平正交试验,经比较诱导生根...
为实现小花老鼠簕种群恢复和药用资源开发,对小花老鼠簕繁育方法进行了研究。以小花老鼠簕成熟无病虫害叶片为水培材料,以霍格兰营养液为水培基质,以IAA和NAA的浓度梯度及浸泡时间为试验因素,设计三因素四水平正交试验,经比较诱导生根率、根系形态建成及根系活力探究最优水培条件。比较叶片水培苗和种子土培苗药用成分(生物碱)差异,评价叶片水培效果。结果表明,小花老鼠簕叶片水培易生根。水培液最优激素浓度和处理时间为:1 mg/L IAA+1.5 mg/L NAA+24 h,生根率达80%,成活率为73.3%。小花老鼠簕水培苗和土培苗生物碱成分无明显差异。通过水培进行小花老鼠簕药用资源的综合利用是经济有效的方式。
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关键词
濒危药用红树植物
小花老鼠簕
叶片水培
生长激素
生物碱
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职称材料
海马齿NAC基因的鉴定及盐胁迫响应
被引量:
1
3
作者
韦献雅
李卫锦
+1 位作者
何逸鸣
张颖
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期2305-2313,共9页
NAC基因是仅存于植物中的一类特殊的转录因子,在植物响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究基于转录组测序数据分析,在海马齿(Sesuvium portulacastrum)中共鉴定出10个NAC家族成员,对其蛋白质结构及其理化性质进行分析,结果表明:1...
NAC基因是仅存于植物中的一类特殊的转录因子,在植物响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究基于转录组测序数据分析,在海马齿(Sesuvium portulacastrum)中共鉴定出10个NAC家族成员,对其蛋白质结构及其理化性质进行分析,结果表明:10个SpNACs的氨基酸数量在164~651之间,分子量大小在18400.34 Da~68678.02 Da之间,等电点分布在4.34~8.52之间,均为定位于细胞核的亲水性蛋白,其中SpNAC02和SpNAC08具有跨膜结构。保守基序预测发现多数SpNACs中存在三个motif,但SpNAC05不含motif,SpNAC09只含motif2,SpNAC07只含motif2和motif3。聚类分析结果10个SpNACs聚类在6个亚家族。利用qRT-PCR分析表明在盐胁迫下除SpNAC03在茎、叶不表达以外,其它9个基因均在根、茎和叶中表达。盐生环境下(40‰NaCl)10个NACs基因的表达均受到不同程度的抑制。以上研究丰富了植物NAC基因家族成员信息,为筛选和鉴定海马齿抗逆基因提供参考。
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关键词
海马齿
NAC
家族分析
盐胁迫
QRT-PCR
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职称材料
题名
使君子科3种红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
1
作者
钟才荣
何斯敏
方赞山
张颖
机构
海南省林业科学研究院(海南省
红树林
研究院)
岭南师范学院湛江市红树林生态系统保护与修复重点实验室
红树林
珍稀濒危物种
保护与
利用工程技术研究中心
出处
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期1-12,共12页
基金
海南省省属科研院所技术创新专项(KYYS-2021-13)
国家自然科学基金项目(41776148)。
文摘
为探究使君子科(Combretaceae)红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因子,对拉关木(Laguncularia racemosa C.F.Gaertn.)、红榄李〔Lumnitzera littorea(Jack)Voigt〕、榄李(Lumnitzera racemosa Willd.)叶绿体基因组的52个共有蛋白质编码序列(CDS)进行密码子第1、第2、第3位碱基的GC含量(分别为GC 1、GC 2、GC 3)、密码子总GC含量(GC all)、有效密码子数(ENC)和相对同义密码子使用度(RSCU)分析;在此基础上,对每种植物的GC 1、GC 2、GC 3、GC all和ENC值进行相关性分析,并对每种植物叶绿体基因组进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子分析;此外,还基于rbcL基因序列和叶绿体基因组共有CDS的RSCU值对使君子科11种植物进行聚类分析。结果表明:3种植物叶绿体基因组GC all值的均值为38.0%~38.2%,GC 1、GC 2和GC 3值的均值均低于50%,均表现为GC 1值的均值最大、GC 3值的均值最小,且GC 3值的均值明显低于GC 1和GC 2值的均值,并与二者呈不显著正相关;ENC值的均值为47.2~47.3,且3种植物叶绿体基因组中ENC值大于45的基因占比均高于70%。3种植物叶绿体基因组中的高频密码子均有29个,以A或U结尾的高频密码子占比达96.6%。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明3种植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。拉关木、红榄李和榄李叶绿体基因组的最优密码子分别有8、6和10个,且多以A或U结尾;共有最优密码子有4个,分别为CGA、AGA、GGA、ACA。聚类分析结果表明红榄李和榄李均首先聚在一起,说明二者的亲缘关系较近。综上所述,3种红树植物叶绿体基因组密码子偏好以A或U结尾,且密码子使用偏好性主要受自然选择的影响。
关键词
红树植物
叶绿体基因组
密码子使用偏好性
最优密码子
自然选择
Keywords
mangrove
chloroplast genome
codon usage bias
optimal codon
natural selection
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
Q949.762.1 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
药用红树植物小花老鼠簕繁育研究
2
作者
张天祥
郑春芳
罗凤萍
何金惠
李单凤
李卫锦
林澍倩
张颖
机构
温州大学生命与环境科学
学院
海南省林业科学研究院(海南省
红树林
研究院)
岭南师范学院湛江市红树林生态系统保护与修复重点实验室
出处
《种子》
北大核心
2023年第11期38-48,共11页
基金
广东省科技创新战略专项(2022A05)
校级项目(LY2207
WY2209)。
文摘
为实现小花老鼠簕种群恢复和药用资源开发,对小花老鼠簕繁育方法进行了研究。以小花老鼠簕成熟无病虫害叶片为水培材料,以霍格兰营养液为水培基质,以IAA和NAA的浓度梯度及浸泡时间为试验因素,设计三因素四水平正交试验,经比较诱导生根率、根系形态建成及根系活力探究最优水培条件。比较叶片水培苗和种子土培苗药用成分(生物碱)差异,评价叶片水培效果。结果表明,小花老鼠簕叶片水培易生根。水培液最优激素浓度和处理时间为:1 mg/L IAA+1.5 mg/L NAA+24 h,生根率达80%,成活率为73.3%。小花老鼠簕水培苗和土培苗生物碱成分无明显差异。通过水培进行小花老鼠簕药用资源的综合利用是经济有效的方式。
关键词
濒危药用红树植物
小花老鼠簕
叶片水培
生长激素
生物碱
Keywords
endangered medicinal mangrove plants
Acanthus ebracteatus Vahl.
leaf hydroponics culture
growth hormone
alkaloid
分类号
S567.19 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
海马齿NAC基因的鉴定及盐胁迫响应
被引量:
1
3
作者
韦献雅
李卫锦
何逸鸣
张颖
机构
成都农业科技职业
学院
农学园艺
学院
岭南
师范学院
红树林
珍稀濒危物种
保护与
利用工程技术研究中心
岭南师范学院湛江市红树林生态系统保护与修复重点实验室
岭南
师范学院
生命科学与技术
学院
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期2305-2313,共9页
基金
国家自然基金,荒漠植物红砂根际促生细菌筛选及其调控红砂抗逆性的研究(32160407)资助。
文摘
NAC基因是仅存于植物中的一类特殊的转录因子,在植物响应生物和非生物胁迫中发挥重要作用。本研究基于转录组测序数据分析,在海马齿(Sesuvium portulacastrum)中共鉴定出10个NAC家族成员,对其蛋白质结构及其理化性质进行分析,结果表明:10个SpNACs的氨基酸数量在164~651之间,分子量大小在18400.34 Da~68678.02 Da之间,等电点分布在4.34~8.52之间,均为定位于细胞核的亲水性蛋白,其中SpNAC02和SpNAC08具有跨膜结构。保守基序预测发现多数SpNACs中存在三个motif,但SpNAC05不含motif,SpNAC09只含motif2,SpNAC07只含motif2和motif3。聚类分析结果10个SpNACs聚类在6个亚家族。利用qRT-PCR分析表明在盐胁迫下除SpNAC03在茎、叶不表达以外,其它9个基因均在根、茎和叶中表达。盐生环境下(40‰NaCl)10个NACs基因的表达均受到不同程度的抑制。以上研究丰富了植物NAC基因家族成员信息,为筛选和鉴定海马齿抗逆基因提供参考。
关键词
海马齿
NAC
家族分析
盐胁迫
QRT-PCR
Keywords
Sesuvium portulacastrum
NAC
Family analysis
Salt stress
qRT-PCR
分类号
Q945.78 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
使君子科3种红树植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
钟才荣
何斯敏
方赞山
张颖
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
药用红树植物小花老鼠簕繁育研究
张天祥
郑春芳
罗凤萍
何金惠
李单凤
李卫锦
林澍倩
张颖
《种子》
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
3
海马齿NAC基因的鉴定及盐胁迫响应
韦献雅
李卫锦
何逸鸣
张颖
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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职称材料
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