基于分子动力学模拟研究温度对乳酸脱氢酶活性的影响 被引量：2

1

作者 曹锟 王若男 +3 位作者 方雅莉 石植真 熊兴东 刘新光 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第1期134-140,共7页

乳酸脱氢酶是糖无氧酵解及糖异生的重要酶系之一,它能够催化丙酮酸形成乳酸,在食品发酵工业中具有很高的应用价值,但该酶易受高温影响,导致乳酸制品产量下降。为了研究不同温度对乳酸脱氢酶的构象及活性的影响,采用分子动力学模拟的方法... 乳酸脱氢酶是糖无氧酵解及糖异生的重要酶系之一,它能够催化丙酮酸形成乳酸,在食品发酵工业中具有很高的应用价值,但该酶易受高温影响,导致乳酸制品产量下降。为了研究不同温度对乳酸脱氢酶的构象及活性的影响,采用分子动力学模拟的方法,针对4种不同温度条件下(37、55、70和85℃)的乳酸脱氢酶分别进行了80 ns的计算模拟,分析了构象变化及酶活性中心的差异。研究发现,在37和55℃条件下,乳酸脱氢酶比较稳定;当温度升高至70和85℃,乳酸脱氢酶的均方根误差、均方根波动、回旋半径值和溶剂可及表面积显著增加,而85℃时的蛋白二级结构已发生较大改变,这表明高温会导致蛋白质构象不稳定。对比37和85℃条件下该酶的底物丙酮酸的结合能力,发现高温会导致丙酮酸的结合位点残基之间的距离增大,进而破坏底物分子结合的微环境。因此,乳酸脱氢酶在温度超过70℃时发生变性,并随着温度的升高变性程度增加,进而导致酶活性丧失,不利于其在食品发酵等方面的应用。本研究在原子水平上分析了4种不同温度对乳酸脱氢酶的影响,揭示了其酶活性及构象变化的关键信息,为乳酸制品在发酵过程中选择合适温度提供了理论支撑。 展开更多

关键词 乳酸脱氢酶 分子动力学模拟 温度 稳定性 酶活性

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以临床执业医师实践技能考试为导向的毕业技能考核研究 被引量：2

2

作者 林鸿程 王树文 +2 位作者 梁馨云 陈俊虎 赖天文 《现代医药卫生》 2023年第6期1047-1050,共4页

目的以临床执业医师实践技能考试为导向,探索符合临床医学院实际情况的毕业技能考核新模式。方法参考国家临床执业医师实践技能考试大纲,采用客观结构化临床考试方法,对临床医学生毕业技能考核模式进行改革探索,并且收集广东医科大学第... 目的以临床执业医师实践技能考试为导向,探索符合临床医学院实际情况的毕业技能考核新模式。方法参考国家临床执业医师实践技能考试大纲,采用客观结构化临床考试方法,对临床医学生毕业技能考核模式进行改革探索,并且收集广东医科大学第二临床医学院2012~2016级2018名临床医学生的毕业技能考核成绩进行分析。结果2018名临床医学生的毕业技能考核成绩为(79.38±4.64)分,其中最高分为92.1分,最低分为61.3分。2014~2016级临床医学生毕业技能考核成绩分析结果显示,90分以上人数减少,70分以下人数未见增加,考核成绩总体呈正态分布。结论以临床执业医师实践技能考试为导向的毕业技能考核模式具有较好的教学效果。 展开更多

关键词 毕业技能考核 客观结构化临床考试 临床实践

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芋螺毒素Lt14a的质量控制研究

3

作者 王若男 吴赟 张广献 《辽宁化工》 CAS 2021年第6期757-759,762,共4页

目的建立芋螺毒素Lt14a原料药的质量控制方法。方法采用高效液相色谱法检测芋螺毒素Lt14a的含量和有关物质。结果研究了芋螺毒素Lt14a的多项质量指标,初步建立了质量控制方法,包括性状、溶解性、水分、pH值、比旋度、折光率、有关物质... 目的建立芋螺毒素Lt14a原料药的质量控制方法。方法采用高效液相色谱法检测芋螺毒素Lt14a的含量和有关物质。结果研究了芋螺毒素Lt14a的多项质量指标,初步建立了质量控制方法,包括性状、溶解性、水分、pH值、比旋度、折光率、有关物质和含量测定。结论所建立的芋螺毒素Lt14a的质量控制方法重复性好,结果准确、可靠。 展开更多

关键词 多肽 芋螺毒素 质量控制

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重组PACAP13神经肽对小鼠胸腺功能的影响

4

作者 吴倩妍 梁阳 +1 位作者 刘贞银 张华华 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第6期877-884,共8页

目的 在细胞、器官及个体水平探究垂体腺苷酸环化酶激活肽重组13肽(PACAP13肽)对胸腺功能的影响及其机制。方法 通过体外原代培养胸腺上皮细胞(TEC)及骨髓间充质干细胞(MSC),设置淋巴细胞组、淋巴细胞+TEC组、淋巴细胞+MSC组、淋巴细胞+... 目的 在细胞、器官及个体水平探究垂体腺苷酸环化酶激活肽重组13肽(PACAP13肽)对胸腺功能的影响及其机制。方法 通过体外原代培养胸腺上皮细胞(TEC)及骨髓间充质干细胞(MSC),设置淋巴细胞组、淋巴细胞+TEC组、淋巴细胞+MSC组、淋巴细胞+TEC+MSC组,检测PACAP13肽处理后各组淋巴细胞的增殖情况,检测培养液中细胞因子白细胞介素(IL)-1、IL-2、IL-6和转化生长因子(TGF)的含量;上述各组细胞加入地塞米松(Dex)诱导细胞凋亡,AnnexinⅤ-FITC/PI流式双染检测PACAP13肽对各组淋巴细胞凋亡的情况。设置胸腺组、胸腺+TEC组、胸腺+MSC组、胸腺+TEC+MSC组,并添加PACAP13肽,实时定量PCR(qPCR)检测胸腺信号结合T细胞受体删除环(sjTREC)的含量。注射降植烷诱导狼疮模型小鼠,随机分为模型组和PACAP13组,模型组注射0.9%生理盐水,PACAP13组注射PACAP13肽,qPCR检测胸腺、脾脏sjTREC含量;ELISA检测血清狼疮相关自身抗体水平及逆转录PCR(qRT-PCR)检测胸腺相关mRNA表达水平。结果 与淋巴细胞组相比,淋巴细胞+TEC组、淋巴细胞+MSC组、淋巴细胞+TEC+MSC组胸腺淋巴细胞增殖率增加,凋亡率下降(P<0.05);与对照组相比,PACAP13组淋巴细胞增殖率增加,凋亡率下降,细胞培养液中细胞因子IL-1、IL-2、IL-6和TGF增加(P<0.05)。与胸腺组相比,胸腺+TEC组、胸腺+MSC组、胸腺+TEC+MSC组胸腺sjTREC含量增加;与对照组相比,PACAP13肽组胸腺sjTREC含量增加。与模型组相比,PACAP13组狼疮小鼠胸腺和脾脏中sjTREC的含量增加(P<0.05),胸腺中Aire、Fezf2、Foxp3、TGF-βmRNA表达水平增加(P<0.01),胸腺CXCL13mRNA表达水平下降(P<0.01),血清自身抗体抗dsDNA抗体、抗RNP/sm抗体、ANA水平下降(P<0.05)。结论 PACAP13肽能促进胸腺淋巴细胞增殖和抗凋亡,在体外及体内均具有增强胸腺淋巴细胞的生成和输出能力以及降低狼疮小鼠自身抗体水平的免疫调节作用,其作用机制与调节胸腺细胞因子分泌和基因转录水平有关。 展开更多

关键词 PACAP13肽 胸腺 胸腺上皮细胞 骨髓间充质干细胞

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分子动力学模拟探索乳克鲁维酵母来源的β-半乳糖苷酶热变性条件

5

作者 曹锟 王若男 +2 位作者 熊兴东 吴赟 刘新光 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2022年第2期70-75,共6页

为了研究乳克鲁维酵母中β-半乳糖苷酶可能的熔解温度,采用分子动力学模拟的方法,分别对4种不同温度条件下(35、50、65、80℃)的β-半乳糖苷酶进行了50 ns的计算模拟,分析了酶的构象变化以及酶活性中心的差异。研究在原子水平揭示了β-... 为了研究乳克鲁维酵母中β-半乳糖苷酶可能的熔解温度,采用分子动力学模拟的方法,分别对4种不同温度条件下(35、50、65、80℃)的β-半乳糖苷酶进行了50 ns的计算模拟,分析了酶的构象变化以及酶活性中心的差异。研究在原子水平揭示了β-半乳糖苷酶的温度耐受等关键信息:35℃为最适酶活温度,该温度下的β-半乳糖苷酶的整体构象最稳定;该酶在50℃时的原子波动性显著增加,表明此温度可能趋近熔解温度临界值;蛋白在大于65℃条件下丧失柔性,说明蛋白已经变性;进一步的构象分析发现80℃高温会破坏β-D-半乳吡喃糖(GAL)结合位点微环境。 展开更多

关键词 分子动力学模拟 Β-半乳糖苷酶 温度 稳定性

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超高效液相色谱-三重四极杆串联质谱法检测全血中常见安眠镇静类药物

6

作者 方雅莉 马骥 《河北大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第2期163-170,共8页

建立了超高效液相色谱-三重四极杆复合线性离子阱质谱快速筛查确证全血中49种安眠镇静类药物.样品前处理采用固相支撑液液萃取法.色谱条件:色谱柱为Waters C18(2.1 mm×50 mm,1.7μm),以5 mmol/L乙酸铵-(体积分数为0.1%)甲酸水溶液(... 建立了超高效液相色谱-三重四极杆复合线性离子阱质谱快速筛查确证全血中49种安眠镇静类药物.样品前处理采用固相支撑液液萃取法.色谱条件:色谱柱为Waters C18(2.1 mm×50 mm,1.7μm),以5 mmol/L乙酸铵-(体积分数为0.1%)甲酸水溶液(A),甲醇(B)为流动相,进行梯度洗脱.在0.1~200.0 ng/mL内,49种常见药物展现出良好的线性关系(R 2>0.99),最高检出限为0.1 ng/mL;最高定量限为0.5 ng/mL;全血基质中50、100、200 ng/mL 3个加标水平下回收率为65.9%~109.0%,日内精密度为2.0%~17.6%、日间精密度为2.0%~16.3%.该方法可应用于生物检材中49种常见安眠镇静物质的检测. 展开更多

关键词 安眠镇静类药物 超高效液相色谱串联质谱 全血

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分子动力学模拟揭示MTHFR的温度耐受性机制

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作者 王若男 曹锟 吴赟 《广东化工》 CAS 2021年第10期25-27,共3页

为了研究亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)的温度耐受性,我们采用分子动力学模拟的方法,构建了四种模拟体系(37、45、55和65℃)并对MTHFR分别进行了100ns的计算,分析了酶活性中心的差异及其引起的构象变化。研究发现,在37和45℃条件下,MTHF... 为了研究亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)的温度耐受性,我们采用分子动力学模拟的方法,构建了四种模拟体系(37、45、55和65℃)并对MTHFR分别进行了100ns的计算,分析了酶活性中心的差异及其引起的构象变化。研究发现,在37和45℃条件下,MTHFR整体构象比较稳定;大于55℃时,蛋白的三维结构可能丧失柔性,这表明蛋白质可能已达到熔解温度,通过构象分析发现高温会破坏FAD结合位点微环境。本研究在原子水平揭示了MTHFR的温度耐受等关键信息。 展开更多

关键词 分子动力学模拟 亚甲基四氢叶酸还原酶 温度 稳定性 黄素腺嘌呤二核苷酸

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肺炎链球菌R6中Spr0934蛋白与铁色素相互作用机制的研究

8

作者 王若男 熊兴东 +1 位作者 刘新光 曹锟 《广东医科大学学报》 2022年第1期11-14,33,共5页

目的探究肺炎链球菌R6中未知蛋白Spr0934与其潜在配体铁色素相互作用的机制。方法基于Uniprot数据库对目标蛋白Spr0934进行同源序列比对,筛选出与其同源性较高的候选蛋白;利用Spr0934蛋白结构与铁色素配体进行分子对接;分子动力学模拟... 目的探究肺炎链球菌R6中未知蛋白Spr0934与其潜在配体铁色素相互作用的机制。方法基于Uniprot数据库对目标蛋白Spr0934进行同源序列比对,筛选出与其同源性较高的候选蛋白;利用Spr0934蛋白结构与铁色素配体进行分子对接;分子动力学模拟技术检测铁色素被靶标蛋白结合之后引起的结构变化,并分析二者的结合机理。结果Spr0934与多个细菌蛋白具有较高同源性,其中铁色素结合蛋白4HMQ的活性中心与该蛋白相似性最高;分子对接的结果显示,铁色素与Spr0934的结合能量稳定在-6.27 kcal/mol,表明铁色素为潜在的配体分子;分子动力学模拟的结果证实,与apoSpr0934相比,该配体分子能让蛋白结构趋于稳定,蛋白整体波动性、溶剂可及表面积、氨基酸残基的灵活性均降低,二级结构各组分的比例更为合理。结论在Spr0934与铁色素可能的相互作用机制中,直接相互作用的位点为Asn-83、Tyr-133、Tyr-225和Arg-231,而Ala-82、Tyr-84、Trp-158和Phe-255起辅助作用。 展开更多

关键词 肺炎链球菌 分子动力学模拟 铁色素

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UPLC-MS/MS分析全血与尿液中氯胺酮、氟胺酮、溴胺酮残留 被引量：3

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作者 方雅莉 马骥 张磊 《中国法医学杂志》 CSCD 2023年第1期53-56,62,共5页

目的建立了超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)测定人的血液、尿液样品中氯胺酮、氟胺酮、溴胺酮残留的方法。方法空白血、空白尿样品中加入氯胺酮、氟胺酮和溴胺酮标准溶液,使用乙腈沉淀蛋白法作为前处理方式,采用UPLC-MS/MS检测。... 目的建立了超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)测定人的血液、尿液样品中氯胺酮、氟胺酮、溴胺酮残留的方法。方法空白血、空白尿样品中加入氯胺酮、氟胺酮和溴胺酮标准溶液,使用乙腈沉淀蛋白法作为前处理方式,采用UPLC-MS/MS检测。质谱检测采用正离子扫描,多反应离子监测模式(MRM)。定性定量均以氯胺酮、氟胺酮、溴胺酮母离子和子离子进行分析。结果在0.001、0.050、0.500 mg/L三个添加水平下,氯胺酮、氟胺酮、溴胺酮在空白血、空白尿液样品中的回收率在71.02%~133.68%之间,相对标准偏差在0.28%~13.19%之间,定量限均为0.001 mg/L,检出限均为0.0005 mg/L。结论该方法灵敏度高、分析速度快、操作简便。 展开更多

关键词 氯胺酮 氟胺酮 溴胺酮 超高效液相色谱-串联质谱 血 尿

原文传递

磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(PCK1)与AcCoA的分子动力学模拟研究

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作者 曹锟 王若男 +1 位作者 熊兴东 刘新光 《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》 2022年第11期45-48,共4页

PCK1是糖异生途径的第一个限速酶,能够消耗GTP并催化草酰乙酸生成磷酸烯醇式丙酮酸(PEP),而PEP是多种反应的前体物质。本研究通过分子对接及分子动力学模拟的手段发现,乙酰辅酶A(AcCoA)能被该酶的活性中心结合,结合位点为Gly289、Lys342... PCK1是糖异生途径的第一个限速酶,能够消耗GTP并催化草酰乙酸生成磷酸烯醇式丙酮酸(PEP),而PEP是多种反应的前体物质。本研究通过分子对接及分子动力学模拟的手段发现,乙酰辅酶A(AcCoA)能被该酶的活性中心结合,结合位点为Gly289、Lys342、Arg436、Trp516、Phe530和Asn533。通过分子动力学模拟证实,AcCoA-PCK1比apo-PCK1具有更低的RMSD、RMSF、Rg、SASA值,说明结合配体分子将促使蛋白整体构象更加稳定。这些结果表明,AcCoA与GTP的结合位点高度吻合,暗示在某种生理条件下两种底物分子可能存在竞争关系,从而使蛋白发生乙酰化修饰或者达到抑制PCK1催化功能的作用。总之,本研究从原子水平探究了AcCoA与PCK1潜在的相互作用机制。 展开更多

关键词 磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶 稳定性 乙酰辅酶A 分子对接 分子动力学模拟

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PCK1与TSX抑制剂相互作用的分子对接及分子动力学模拟研究

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作者 曹锟 王若男 +1 位作者 熊兴东 刘新光 《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》 2022年第12期253-256,共4页

磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(PCK1)是调节糖异生途径的限速酶,其活性中心能够催化草酰乙酸生成磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)并消耗1分子GTP。1-烯丙基-3-丁基-8-(N-乙酰基-4-氨基苄基)-黄嘌呤(TSX抑制剂)是一种黄嘌呤类化合物,属于GTP类似物。本... 磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(PCK1)是调节糖异生途径的限速酶,其活性中心能够催化草酰乙酸生成磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)并消耗1分子GTP。1-烯丙基-3-丁基-8-(N-乙酰基-4-氨基苄基)-黄嘌呤(TSX抑制剂)是一种黄嘌呤类化合物,属于GTP类似物。本研究通过分子对接发现,GTP或TSX抑制剂具有共同的潜在结合位点。分子动力学模拟的结果表明,与apo-PCK1相比,GTP-PCK1和TSX-PCK1具有更低的均方根偏差(RMSD)与回旋半径(Rg),说明结合配体分子能促使PCK1整体构象更加稳定。这些结果表明TSX可能竞争GTP的结合位点,从而达到抑制PCK1催化功能的作用。本研究从原子构象水平揭示了TSX抑制剂与PCK1相互作用的机制,为治疗II型糖尿病等衰老相关疾病提供理论基础。 展开更多

关键词 分子对接 分子动力学模拟 磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶 抑制剂 稳定性

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