子代测定是动植物育种中的关键环节,一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted maximum likehood,REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量,并估计固定效应(最佳线性无偏估计,BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测,B...子代测定是动植物育种中的关键环节,一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted maximum likehood,REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量,并估计固定效应(最佳线性无偏估计,BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测,BLUPs)。当前动植物遗传评估的先锋软件是ASReml,但其是商业软件,费用昂贵。虽然有如Echidna或R程序包sommer等免费软件,但是Echidna软件用法复杂,而R程序包功能有限。因此本研究利用R语言基于Echidna软件编写R程序包AFEchidna,方便用户通过该程序包使用混合线性模型不仅可求解方差分量、遗传参数和随机效应BLUP值,还可进行多个性状、多个方差结构和多个遗传参数的批量分析,不同模型间的比较以及基因组BLUP分析。开发AFEchidna包来壮大遗传评估免费软件,并期望其效率能接近于商业软件。展开更多
文摘子代测定是动植物育种中的关键环节,一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted maximum likehood,REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量,并估计固定效应(最佳线性无偏估计,BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测,BLUPs)。当前动植物遗传评估的先锋软件是ASReml,但其是商业软件,费用昂贵。虽然有如Echidna或R程序包sommer等免费软件,但是Echidna软件用法复杂,而R程序包功能有限。因此本研究利用R语言基于Echidna软件编写R程序包AFEchidna,方便用户通过该程序包使用混合线性模型不仅可求解方差分量、遗传参数和随机效应BLUP值,还可进行多个性状、多个方差结构和多个遗传参数的批量分析,不同模型间的比较以及基因组BLUP分析。开发AFEchidna包来壮大遗传评估免费软件,并期望其效率能接近于商业软件。
