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融合原子交换特征信息的代谢路径预测
1
作者
黄毅然
万志远
钟诚
《计算机工程与设计》
北大核心
2024年第4期1087-1092,共6页
为获取从任意起始代谢物到目标代谢物的生化相关性较好的代谢路径,提出一种融合原子交换特征信息的基于约束的代谢路径预测算法PVA。结合代谢网络中具有的原子交换特征信息,建立一种基于约束的混合整数线性规划(MILP)代谢路径预测模型,...
为获取从任意起始代谢物到目标代谢物的生化相关性较好的代谢路径,提出一种融合原子交换特征信息的基于约束的代谢路径预测算法PVA。结合代谢网络中具有的原子交换特征信息,建立一种基于约束的混合整数线性规划(MILP)代谢路径预测模型,以搜索从任意起始代谢物到目标代谢物并包含特定原子交换信息的代谢路径。实验结果表明,与同类方法相比,PVA能够有效地发现生化相关性更好的代谢路径。
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关键词
代谢网络
代谢路径预测
原子交换
混合整数线性规划
化学计量
路径优化
代谢工程
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题名
融合原子交换特征信息的代谢路径预测
1
作者
黄毅然
万志远
钟诚
机构
广西大学
计算
机与电子信息学院
广西大学广西高校并行与分布式计算技术重点实验室
广西大学
广西
多媒体通信与网络
技术
重点
实验室
出处
《计算机工程与设计》
北大核心
2024年第4期1087-1092,共6页
基金
国家自然科学基金项目(61862006、61861004)
广西自然科学基金项目(2020GXNSFAA159074)。
文摘
为获取从任意起始代谢物到目标代谢物的生化相关性较好的代谢路径,提出一种融合原子交换特征信息的基于约束的代谢路径预测算法PVA。结合代谢网络中具有的原子交换特征信息,建立一种基于约束的混合整数线性规划(MILP)代谢路径预测模型,以搜索从任意起始代谢物到目标代谢物并包含特定原子交换信息的代谢路径。实验结果表明,与同类方法相比,PVA能够有效地发现生化相关性更好的代谢路径。
关键词
代谢网络
代谢路径预测
原子交换
混合整数线性规划
化学计量
路径优化
代谢工程
Keywords
metabolic network
metabolic pathway prediction
atom exchange
mixed integer linear program
stoichiometry
pathway optimization
metabolic engineering
分类号
TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
融合原子交换特征信息的代谢路径预测
黄毅然
万志远
钟诚
《计算机工程与设计》
北大核心
2024
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