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结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析
1
作者 杨雨婷 杨国平 +1 位作者 王艳 龚丽坤 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期106-116,共11页
运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE... 运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE的氨基酸序列,运用生物信息学分析软件ORFfinder、ProtParam、ProtScale、TMPRED、TMHMM、SignalP 5.0、NetNGlyc 1.0、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、STRING、SOPMA、SWISS-MODEL、DNAStar、SYFPEITHI、NetCTL 1.2及Net MHCII pan 4.0对RpfB及RpfE蛋白的理化性质、亲疏水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析。结果表明,Rv1009基因全长1089 bp,有5个开放阅读框,其编码蛋白RpfB由362个氨基酸组成,为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有1个N-糖基化位点、29个磷酸化位点、8个优势CTL细胞抗原表位、14个优势Th细胞抗原表位及10个优势B细胞抗原表位;Rv2450c基因全长519 bp,有1个开放阅读框,其编码蛋白RpfE由172个氨基酸组成,为含有信号肽的亲水性蛋白,无跨膜结构,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有2个N-糖基化位点、9个磷酸化位点、4个优势CTL细胞抗原表位、6个优势Th细胞抗原表位及7个优势B细胞抗原表位。RpfB及RpfE蛋白具有较好的免疫原性及多个优势T、B细胞抗原表位,可作为Mtb多肽疫苗研制的候选优势蛋白。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis Mtb) RpfB RpfE 生信分析 抗原表位 多肽疫苗
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抗核抗体、类风湿抗体在老年人梅毒特异性抗体检测中的影响 被引量：2
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作者 江云川 龚丽坤 +3 位作者 高卫 杨婷 沈蓝 张瑛 《医学理论与实践》 2021年第7期1209-1211,共3页
目的:分析抗核抗体(ANA)、类风湿抗体在老年人梅毒特异性抗体检测中的应用价值。方法:选取2017年2月—2019年7月期间共1043例老年梅毒特异性抗体酶联免疫吸附测定(TP-ELISA)有反应的患者,均接受ANA、梅毒螺旋体颗粒凝胶试验(TPPA)、类... 目的:分析抗核抗体(ANA)、类风湿抗体在老年人梅毒特异性抗体检测中的应用价值。方法:选取2017年2月—2019年7月期间共1043例老年梅毒特异性抗体酶联免疫吸附测定(TP-ELISA)有反应的患者,均接受ANA、梅毒螺旋体颗粒凝胶试验(TPPA)、类风湿因子(RF)检测,以TPPA检测结果作为梅毒特异性抗体诊断的“金标准”,将检测结果分为四组,包括ANA阳性组,RF阳性组,RF、ANA同时阳性组,RF、ANA同时阴性组(对照组),计算TPPA与TP-ELISA不符合率,并将对照组的结果与另三组结果进行比较。结果:梅毒特异性抗体TP-ELISA有反应性的1043例老年人中,对照组TPPA与TP-ELISA不符合率1.10%,ANA阳性组TPPA与TP-ELISA不符合率8.70%,RF阳性组TPPA与TP-ELISA不符合率5.42%,RF、ANA同时阳性组TPPA与TP-ELISA不符合率8.65%,三组结果均与对照组相比,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:TP-ELISA检测存在一定的假阳性率,建议在TP-ELISA有反应性的受检标本中联合TPPA复查,必要时再结合ANA检测,以提高诊断可靠性,为临床诊治提供可靠资料。 展开更多
关键词 老年 梅毒特异性抗体检测 抗核抗体 类风湿抗体
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