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结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析
1
作者 杨雨婷 杨国平 +1 位作者 王艳 龚丽坤 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期106-116,共11页
运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE... 运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE的氨基酸序列,运用生物信息学分析软件ORFfinder、ProtParam、ProtScale、TMPRED、TMHMM、SignalP 5.0、NetNGlyc 1.0、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、STRING、SOPMA、SWISS-MODEL、DNAStar、SYFPEITHI、NetCTL 1.2及Net MHCII pan 4.0对RpfB及RpfE蛋白的理化性质、亲疏水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析。结果表明,Rv1009基因全长1089 bp,有5个开放阅读框,其编码蛋白RpfB由362个氨基酸组成,为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有1个N-糖基化位点、29个磷酸化位点、8个优势CTL细胞抗原表位、14个优势Th细胞抗原表位及10个优势B细胞抗原表位;Rv2450c基因全长519 bp,有1个开放阅读框,其编码蛋白RpfE由172个氨基酸组成,为含有信号肽的亲水性蛋白,无跨膜结构,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有2个N-糖基化位点、9个磷酸化位点、4个优势CTL细胞抗原表位、6个优势Th细胞抗原表位及7个优势B细胞抗原表位。RpfB及RpfE蛋白具有较好的免疫原性及多个优势T、B细胞抗原表位,可作为Mtb多肽疫苗研制的候选优势蛋白。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis Mtb) RpfB RpfE 生信分析 抗原表位 多肽疫苗
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基于数据挖掘的余惠祥治疗胃痞用药规律分析
2
作者 张雯婷 余秋虹 +3 位作者 姚莉娟 文茜 潘赐明 余惠祥 《亚太传统医药》 2024年第11期164-169,共6页
目的:基于数据挖掘技术对彝乡名医余惠祥治疗胃痞用药规律进行研究分析。方法:收集余惠祥治疗胃痞的门诊病历处方数据,应用古今医案云平台(V2.2.3)对筛选的处方进行胃痞患者症状分布分析、中医证候和证素分析、舌脉分析、处方中药频次... 目的:基于数据挖掘技术对彝乡名医余惠祥治疗胃痞用药规律进行研究分析。方法:收集余惠祥治疗胃痞的门诊病历处方数据,应用古今医案云平台(V2.2.3)对筛选的处方进行胃痞患者症状分布分析、中医证候和证素分析、舌脉分析、处方中药频次分析、处方中药功效分析、处方中药气味归经分析、中药聚类分析、证型-中药关联复杂网络分析。结果:患者以纳呆、呃逆、口干、口苦为最常见的刻下症状,中医证型主要有湿热阻胃证、脾胃虚弱证、肝胃不和证、胃阴不足证和瘀血停胃证,病位证素以胃脘为主,病性证素以虚为主,舌质以红、淡为主;舌苔以薄、黄、腻为主;脉象以细、缓、弦为主。使用频次前15位中药有白术、豆蔻、半夏、枳壳、甘草、白芍、六神曲、砂仁、黄连、五灵脂、吴茱萸、麦芽、广藿香、当归、石菖蒲,药物功效以降逆止呕、健脾和胃为主,性味以温辛为主,归经以入脾经最多。复杂网络图显示白术、豆蔻、半夏、枳壳、甘草、白芍为核心处方,根据聚类分析及结合临床实际将使用频次在前30的核心中药分为10类。结论:余惠祥医师认为胃痞病位在胃,基本病机以脾胃运纳失司、湿热内阻为主,治从健脾和胃、燥湿行气、阴阳同调、中正平和的用药思想。 展开更多
关键词 胃痞 用药规律 余惠祥 数据挖掘
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