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基于核心KASP标记的江苏粳稻品种DNA指纹图谱构建
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作者 朱小品 徐婷婷 +7 位作者 孟珊 杨雪 杨欣 朱银 狄佳春 郭春滨 王宁 颜伟 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期1569-1585,共17页
为了建立江苏粳稻品种DNA指纹图谱数据库,本研究利用水稻10K液相芯片对314份来源广泛的水稻种质资源进行SNP基因分型,筛选出一系列高多态性的SNP位点并开发出122个KASP标记。利用122个KASP标记对38份江苏粳稻品种进行检测,以多态性信息... 为了建立江苏粳稻品种DNA指纹图谱数据库,本研究利用水稻10K液相芯片对314份来源广泛的水稻种质资源进行SNP基因分型,筛选出一系列高多态性的SNP位点并开发出122个KASP标记。利用122个KASP标记对38份江苏粳稻品种进行检测,以多态性信息量(PIC)>0.3,最小等位基因频率(MAF)>0.2,检出率>0.9为筛选标准,筛选出56个具有高效鉴别效率的核心KASP标记。遗传距离相关性分析结果表明,基于56个核心KASP标记的江苏粳稻品种的遗传距离与基于122个高多态性KASP标记的的江苏粳稻品种的遗传距离相关系数为89.1%,呈极显著正相关(P<0.01),表明56个核心标记可以有效代替122个高多态性标记进行品种鉴定。进一步利用56个核心KASP标记对102份江苏粳稻品种的遗传多样性进行分析,并构建了102份品种的DNA指纹图谱和分子身份证二维码,本研究结果为江苏地区粳稻品种鉴定、选育和种质资源高效利用提供了参考。 展开更多
关键词 水稻 KASP标记 DNA指纹图谱 品种鉴定 遗传多样性分析
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基于高通量芯片的大麦高效KASP标记的开发和应用
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作者 徐婷婷 孟珊 +6 位作者 朱小品 邹淑琼 狄佳春 杨欣 朱银 郭春滨 颜伟 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1504-1515,共12页
分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究利用Barley SNP 50K芯片对遗传背景来源广泛的大麦核心资源进行SNP检测,筛选出一系列多态性高的SNP位点,并开发出124个KASP分... 分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究利用Barley SNP 50K芯片对遗传背景来源广泛的大麦核心资源进行SNP检测,筛选出一系列多态性高的SNP位点,并开发出124个KASP分子标记。利用43份不同地理来源的大麦种质检测其有效性,初步筛选出56个KASP标记;以最小等位基因频率≥0.40、多态信息含量≥0.45为标准挑选18个高质量的KASP标记并用于绘制98份江苏省大麦品种的系统发育树,结果显示这18个KASP标记能够将具有相同地理来源及亲缘关系近的大麦材料聚为一类,表明上述KASP标记在大麦品种鉴定、大麦资源亲缘关系分析以及群体划分方面具有一定的指导意义和应用价值。同时构建了98份江苏大麦品种的SNP指纹图谱,验证了KASP技术在我国大麦品种鉴定中的可行性。开发的KASP标记能够准确、快速鉴定大麦品种,有助于大麦种质资源的科学规范管理和遗传多样性研究。 展开更多
关键词 大麦 KASP标记 遗传多样性 指纹图谱 品种鉴定
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基于高通量测序的大麦InDel标记开发及应用 被引量:16
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作者 徐婷婷 汪巧玲 +5 位作者 邹淑琼 狄佳春 杨欣 朱银 赵涵 颜伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1340-1350,共11页
分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究基于大麦的全基因组重测序数据鉴定出的二态性SNP位点,开发出遍布全基因组的118对InDel引物。以49份不同地理来源的大麦种质... 分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究基于大麦的全基因组重测序数据鉴定出的二态性SNP位点,开发出遍布全基因组的118对InDel引物。以49份不同地理来源的大麦种质检测其有效性,筛选出2个等位基因的共显性InDel标记72对,进一步对288份大麦种质进行遗传距离分析及构建系统发育树。结果显示,筛选到32个有效性的核心InDel标记,覆盖大麦7条染色体上,平均PIC为0.44,平均MAF为0.34;基于InDel标记位点的供试大麦的系统发育树结果揭示供试大麦具有丰富的遗传多样性,且能够将具有相同地理来源的多数品种聚为一类。表明开发的32个二态性InDel标记可有效地用于鉴定品种间的亲缘关系,且丰富了大麦品种鉴定的分子标记。上述核心InDel标记在大麦品种鉴定、大麦资源亲缘关系分析以及群体划分方面具有一定的理论意义和应用价值。 展开更多
关键词 大麦 重测序 INDEL标记 品种鉴定
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小麦抗赤霉病鉴定及其抗病基因的检测 被引量:19
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作者 徐婷婷 王永军 +7 位作者 狄佳春 孙苏阳 蔡士宾 汪巧玲 邹淑琼 朱银 杨欣 颜伟 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1301-1308,共8页
小麦赤霉病是由镰刀菌和禾谷镰孢菌引起的小麦真菌病害,严重影响小麦的产量与品质。为了筛选适合黄淮麦区利用的抗病品种资源,于2017-2018年度利用单花滴注对107份黄淮麦区小麦资源进行田间赤霉病抗性鉴定;同时利用与Fhb1、Fhb2、Fhb4和... 小麦赤霉病是由镰刀菌和禾谷镰孢菌引起的小麦真菌病害,严重影响小麦的产量与品质。为了筛选适合黄淮麦区利用的抗病品种资源,于2017-2018年度利用单花滴注对107份黄淮麦区小麦资源进行田间赤霉病抗性鉴定;同时利用与Fhb1、Fhb2、Fhb4和Fhb5共4个与抗赤霉病相关QTL紧密连锁的8个分子标记对供试小麦材料进行了检测。经鉴定,扬富麦101表现为抗赤霉病(R),宁麦13、宁麦资119、扬麦16等12个品种表现为中抗赤霉病(MR);分子标记检测发现,这些抗赤霉病品种携带1个或多个抗赤霉病QTL位点,其中Fhb1基因及其基因组合效应最为明显,Fhb1可以作为主要抗性基因应用于小麦赤霉病抗性育种。 展开更多
关键词 小麦 赤霉病 分子标记
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