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西红花β-胡萝卜素羟化酶CsBCH1-z基因的分离与生物信息学分析 被引量：2
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作者 蒋璐 束红梅 +3 位作者 巩元勇 孙雨茜 郭书巧 倪万潮 《中国农学通报》 2019年第16期46-53,共8页
为更好地理解西红花类胡萝卜素合成代谢途径,从西红花中分离和克隆了1个新的β-胡萝卜素羟化酶基因CsBCH1-z,并从柱头cDNA中克隆了该基因的全长编码序列为906 bp,编码301个氨基酸残基,对应的基因组序列为1261 bp,5个外显子由4个内含子... 为更好地理解西红花类胡萝卜素合成代谢途径,从西红花中分离和克隆了1个新的β-胡萝卜素羟化酶基因CsBCH1-z,并从柱头cDNA中克隆了该基因的全长编码序列为906 bp,编码301个氨基酸残基,对应的基因组序列为1261 bp,5个外显子由4个内含子子间隔开。与已知的CsBCH1基因的氨基酸序列比较,发现在N端由于6个碱基的缺失,造成了2个氨基酸的缺失和1个氨基酸由异亮氨酸突变为亮氨酸,另外还有一处单碱基的变异造成苏氨酸突变为丙氨酸。通过预测其蛋白含有3个明显的跨膜结构域,C端包含了2组'HXXXXH'和'HXXHH'结构域,是典型的脂肪酸羟化酶。β-胡萝卜素羟化酶是西红花苷合成的重要前体物质,CsBCH1-z柱头中的表达量>叶片>花瓣;雄蕊中表达很低;球茎中表达不可见。 展开更多
关键词 西红花 β-胡萝卜素羟酶 克隆 生物信息学分析
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基于简化基因组的甜叶菊分子标记开发 被引量：3
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作者 孙雨茜 倪万潮 +3 位作者 杜平 崔晓霞 郭书巧 蒋璐 《中国农学通报》 2020年第27期111-117,共7页
本研究旨在筛选和开发具有多态性的甜叶菊基因组分子标记。选取4个甜叶菊品种为材料,利用简化基因组测序技术(RAD-seq)开发SSR和SNP标记。开发并验证了149对多态性丰富、重复性好、特异性高的简单重复序列(SSR)和4组功能性的SNP标记,开... 本研究旨在筛选和开发具有多态性的甜叶菊基因组分子标记。选取4个甜叶菊品种为材料,利用简化基因组测序技术(RAD-seq)开发SSR和SNP标记。开发并验证了149对多态性丰富、重复性好、特异性高的简单重复序列(SSR)和4组功能性的SNP标记,开发的多态性基因组分子标记中包含了甜叶菊糖苷合成途径关键基因的新标记StKASPSNP-7。验证了基于KASP技术开发甜叶菊功能SNP标记的可行性,为甜叶菊遗传图谱构建、分子鉴定奠定了基础。本研究开发的SSR和SNP标记可应用于甜叶菊的遗传图谱分析、品种真实性的高效快速鉴定以及高糖苷含量新品种的开发。 展开更多
关键词 甜叶菊 简化基因组测序(RAD-seq) 简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP) 竞争性等位基因特异性PCR(KASP)
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