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油莎豆茎豆形成相关代谢物挖掘及通路富集分析
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作者 郭晓阳 腊贵晓 +6 位作者 许欣然 余彦鸽 代丹丹 李彦鹏 王艳红 郭红霞 杨铁钢 《河南农业科学》 北大核心 2024年第8期30-43,共14页
为挖掘油莎豆匍匐茎形成茎豆过程中的关键代谢物质,调控匍匐茎形成更多的茎豆,以匍匐茎及新茎豆为研究对象,利用高效液相色谱联合三重四极杆质谱仪进行广泛靶向代谢组学分析,采用多元统计学方法挖掘与茎豆形成相关的差异代谢物质,并富... 为挖掘油莎豆匍匐茎形成茎豆过程中的关键代谢物质,调控匍匐茎形成更多的茎豆,以匍匐茎及新茎豆为研究对象,利用高效液相色谱联合三重四极杆质谱仪进行广泛靶向代谢组学分析,采用多元统计学方法挖掘与茎豆形成相关的差异代谢物质,并富集差异代谢物相关的KEGG代谢通路。结果表明,未膨大匍匐茎(PFJ1)、膨大匍匐茎(PFJ2)及新茎豆(JD1)3组样本中共检测到1 217个代谢物。按照变量投影重要度(VIP)>1、P<0.05且差异倍数(FC)>2或FC<0.5的条件进行差异代谢物筛选,JD1 vs PFJ1筛选到35个差异代谢物,其中26个上调表达,9个下调表达;JD1 vs PFJ2筛选到57个差异代谢物,其中50个上调表达,7个下调表达;PFJ2 vs PFJ1筛选到39个差异代谢物,其中3个上调表达,36个下调表达。利用数据库对代谢物进行定性分析,差异表达代谢物主要被鉴定为氨基酸及其衍生物、核苷酸及其衍生物、有机氧化合物、黄酮类、苯丙素类、酚类等。差异表达代谢物相对含量分析显示,JD1谷胱甘肽含量是PFJ1的14.021倍、PFJ2的29.195倍;JD1 3-甲基组氨酸含量是PFJ1的10.463倍、PFJ2的129.931倍;JD1山柰酚含量是PFJ1的0.421倍、PFJ2的0.358倍。进一步的KEGG通路分析显示,差异表达代谢物主要富集到氨酰-tRNA生物合成,精氨酸和脯氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸及谷氨酸代谢,苯丙氨酸代谢,黄酮及黄酮醇生物合成等代谢通路。综上,与油莎豆茎豆形成相关的代谢物质主要为氨基酸类及黄酮类物质;代谢通路主要集中在氨酰-tRNA生物合成及黄酮和黄酮醇生物合成途径中。 展开更多
关键词 油莎豆 匍匐茎 茎豆形成 代谢组学 氨基酸类 黄酮类
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基于转录组测序的油莎豆茎豆形成关键基因的挖掘与分析
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作者 郭晓阳 余彦鸽 +6 位作者 代丹丹 腊贵晓 理向阳 李彦鹏 王艳红 郭红霞 杨铁钢 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期71-81,共11页
【目的】通过分析油莎豆匍匐茎与新茎豆的转录组数据,挖掘与油莎豆茎豆形成相关的基因,探究油莎豆茎豆形成的分子机制。【方法】以匍匐茎及新茎豆为研究对象,通过转录组比较分析,挖掘茎豆形成相关基因,富集KEGG代谢通路。【结果】与未... 【目的】通过分析油莎豆匍匐茎与新茎豆的转录组数据,挖掘与油莎豆茎豆形成相关的基因,探究油莎豆茎豆形成的分子机制。【方法】以匍匐茎及新茎豆为研究对象,通过转录组比较分析,挖掘茎豆形成相关基因,富集KEGG代谢通路。【结果】与未膨大的匍匐茎相比,膨大后的新茎豆中筛选出差异表达基因2126个,其中283个上调表达,1843个下调表达。GO富集分析显示,主要集中在胚胎发育结束于种子休眠、细胞分裂、细胞核、叶绿体、GTP酶活性等GO terms。KEGG富集分析表明,DEGs主要富集到植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢通路中。其中植物激素信号转导相关基因(生长素反应因子ARF11、稻草人2-like蛋白SCR、LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At2g24230),淀粉和蔗糖代谢相关基因(葡聚糖内切-1,3-葡糖苷酶At2g27500、叶绿体异淀粉酶2 ISA2、含五肽重复序列蛋白At1g71460)在新茎豆中表达下调。上述基因可能是参与茎豆形成的相关基因。【结论】通过对新茎豆与匍匐茎进行转录组分析,挖掘出茎豆形成相关基因及代谢通路,为阐明茎豆形成的分子机制提供理论参考。 展开更多
关键词 茎豆 差异表达基因 KEGG通路 转录因子
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